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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
Data corrente: |
13/09/2023 |
Data da última atualização: |
17/01/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. |
Afiliação: |
JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA-NETO, UFPE; MANASSÉS DANIEL DA SILVA, UFPE; ELISEU BINNECK, CNPSO; NATONIEL FRANKLIN DE MELO, CPATSA; RAHISA HELENA DA SILVA; ANA LUIZA TRAJANO MANGUEIRA DE MELO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; FERNANDA DE OLIVEIRA BUSTAMANTE, UFPE; ANA CHRISTINA BRASILEIRO-VIDAL, UFPE; ANA MARIA BENKO-ISEPPON, UFPE. |
Título: |
Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. |
Ano de publicação: |
2023 |
Fonte/Imprenta: |
Plants, v. 12, 3246, 2023. |
Páginas: |
23 p. |
DOI: |
10.3390/plants12183246 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Stylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. MenosStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? ... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Aquaporinas; Bioma Caatinga; Elementos móveis; Genoma nuclear; PRR-genes; R-genes. |
Thesagro: |
Leguminosa; Stylosanthes Scabra. |
Thesaurus Nal: |
Aquaporins; Drought; Nuclear genome. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02798naa a2200385 a 4500 001 2156669 005 2024-01-17 008 2023 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.3390/plants12183246$2DOI 100 1 $aFERREIRA-NETO. J. R. C. 245 $aBridging the gap$bcombining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga.$h[electronic resource] 260 $c2023 300 $a23 p. 520 $aStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. 650 $aAquaporins 650 $aDrought 650 $aNuclear genome 650 $aLeguminosa 650 $aStylosanthes Scabra 653 $aAquaporinas 653 $aBioma Caatinga 653 $aElementos móveis 653 $aGenoma nuclear 653 $aPRR-genes 653 $aR-genes 700 1 $aSILVA, M. D. da 700 1 $aBINNECK, E. 700 1 $aMELO, N. F. de 700 1 $aSILVA, R. G. da 700 1 $aMELO, A. L. T. M. de 700 1 $aPANDOLFI, V. 700 1 $aBUSTAMANTE, F. de O. 700 1 $aVIDAL, A. C. B. 700 1 $aBENKO-ISEPPON, A. M. 773 $tPlants$gv. 12, 3246, 2023.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Registros recuperados : 33 | |
1. | | FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, S. M. de S. e; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R. Teores de proteina total, fibra bruta cálcio e fósforo de 9 genótipos de Vigna unguiculata (L.) Walp. In: REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 28., 2005, Teresina, PI. Resumos...Teresina: SBB; UFPI; Herbário Graziela Barroso: CEFET-PI; UESPI; CPAMN, 2005.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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2. | | FERREIRA NETO, J. R. C.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; SILVA, S. M. de S.; LOPES, A. C. de A.; FRANCO, L. J. D. Composição química dos grãos secos em genótipos de feijão-caupi. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 1.; REUNIÃO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 6., 2006, Teresina. Tecnologias para o agronegócio: anais. Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2006. 1 CD-ROM. (Embrapa Meio-Norte. Documentos, 121).Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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3. | | FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, S. M. de S. e; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; FRANCO, L. J. D. Composição química de nove genótipos de feijão-caupi. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA, 1.; PRÊMIO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA DA FAPEPI, 1., 2005, [Teresina]. Anais...[Teresina]: FAPEPI, 2005. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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4. | | FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, S. M. de S. e; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; FRANCO, L. J. D. Composição química de nove genótipos de feijão-caupi [Vigna unguiculata (L) Walp.]. In: REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 28., 2005, Teresina, PI. Resumos...Teresina: SBB; UFPI; Herbário Graziela Barroso: CEFET-PI; UESPI; CPAMN, 2005.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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5. | | FERREIRA-NETO, J. R. C.; SILVA, M. D. da; BENKO-ISEPPON, A. M.; PANDOLFI, V.; BINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; KIDO, E. A. Inositol phosphates and Raffinose family oligosaccharides pathways: Structural genomics and transcriptomics in soybean under root dehydration Plant Gene, v. 20, 100202, 2019. 13 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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6. | | FERREIRA NETO, J. R. C.; OLIVEIRA, J. de A.; COSTA, J. H. da S.; LIMA, P. S. da C.; SOUZA, V. A. B. de. Extração de DNA de folhas adultas de mangífera indica L. In: REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 28., 2005, Teresina, PI. Resumos...Teresina: SBB; UFPI; Herbário Graziela Barroso: CEFET-PI; UESPI; CPAMN, 2005.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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8. | | KIDO, E. A.; FERREIRA-NETO, J. R. C.; BINNECK, E.; SILVA, M. da; SILVA JUNIOR, W. da; BENKO-ISEPPON, A. M. Explore the RNA-sequencing and the next-generation sequencing in crops responding to abiotic stress. In: SHARMA, P.; YADAV, D.; GAUR, R. K. (ed.). Bioinformatics in Agriculture: Next Generation Sequencing Era. [S. l.]: Elsevier Academic Press, c2022. CHAP. 10, p. 161-175.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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9. | | SODRZEIESKI, P. A.; FERREIRA-NETO, J. R. C.; ABURJAILE, F. F.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; SILVA, C. A. S.; BENKO-ISEPPON, A. M. Genome sequencing of soybean (Glycine max) access resistant to asian soybean rust (Phakopsora pachyrhizi). In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 68., 2023, Ouro Preto, MG. Paleogenomics sequencing ancient DNA. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2023. e-book. p. 421.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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10. | | ARAÚJO, F. T. de; PANDOLFI, V.; FERREIRA NETO, J. R.; SANTOS, R. F. dos; MORGANTE, C. V.; MELO, N. F. de; ISEPPON, A. M. B. Seleção de candidatos a genes referência para estudos de expressão gênica em Stylosanthes scabra. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DO NORDESTE, 21., 2016, Recife. Anais... Ribeirão Preto: SBG; Recife: UFPE: UFRPE: UPE, 2016. p. 89.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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11. | | NASCIMENTO, A. T. B. do; SILVA, C. B.; COSTA, M. M. R.; FERREIRA NETO, J. R. C.; ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; KIDO, E. A. Análise de diversidade em genótipos de feijão-caupi do programa de melhoramento da Embrapa Meio-Norte. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/248a.pdf. Acesso em: 08 ago. 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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12. | | FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. Plants, v. 12, 3246, 2023. 23 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
Biblioteca(s): Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
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13. | | SANTOS, R.; BASANTE, C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A. Mineração de motivos SSR em sequências expressas de feijão-caupi contendo TAGS supersage diferecialmente expressas sob desidratação radicular. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/344a.pdf. Acesso em: 09 ago. 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte. |
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14. | | FERREIRA NETO, J. R. C.; COSTA, M. M. R.; PANDOLFI, V.; SILVA, R. L. de O.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A. L.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, É. A. Modulação transcricional de genes associados à fosforilação oxidativa em genótipos contrastantes de feijão-caupi submetidos à desidratação radicular. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/345a.pdf. Acesso em: 09 ago. 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte. |
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15. | | BRITTO-KIDO, S. de A.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A. Natural antisense transcripts in plants: a review and identification in soybean infected with Phakopsora pachyrhizi SuperSAGE Library. The Scientific World Journal, v. 2013, 14 p., 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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16. | | CORREIA, C. N.; SILVA, R. L. de O.; FERREIRA NETO, J. R. C.; ALMEIDA, J. C. Q. P. de; SILVA, M. D. da; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A. Desenvolvimento de marcadores moleculares AFLP para mapeamento genético em feijão-caupi. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 4 p. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11).Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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17. | | KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; FERREIRA NETO, J. R. C.; BARBOSA, P. D. de A.; ANDRADE, P. P. de; LANE, R.; GUIMARÃES, F. C. M.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M. Differential transcriptional profiling of phakopsora pachyrhizi-infected soybean revealed by high-thoughput supersage. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 9., 2013, Durban. [Proceedings...]. Durban: OPDT: OPOT, 2013. Abst. 387. 1 CD-ROM. WSRC.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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18. | | CABRAL, G. A. de L.; BINNECK, E.; SOUZA, M. C. P. de; SILVA, M. D. da; FERREIRA NETO, J. R. C.; POMPELLI, M. F.; ENDRES, L.; KIDO, E. A. First expressed tfome of physic nut ( Jatropha curcas L.) after salt stimulus. Plant Molecular Biology Reporter, v. 38, p. 189-208, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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19. | | BEZERRA-NETO, J. P.; BELARMINO, L.; PANDOLFI, V.; FERREIRA NETO, J. R. C.; GUIMARÃES, F. C. M.; ROMERO, C.; KIDO, E. A.; NEPOMUCENO, A. L.; BENKO-ISEPPON, A. M. Soybean aquaporins: diferential expression, genome distribuition and structure. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 9., 2013, Durban. [Proceedings...]. Durban: OPDT: OPOT, 2013. Abst. 388. 1 CD-ROM. WSRC.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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20. | | BASANTE, C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M.; NEPOMUCENO, A.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A. Transcriptoma supersage de feijão-caupi sob desidratação radicular. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/337a.pdf. Acesso em: 09 ago. 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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