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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
18/07/2017 |
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Data da última atualização: |
11/08/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; MARTINS, A. M.; FERREIRA, M. E. |
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Afiliação: |
MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; ALEXANDRE MAGALHÃES MARTINS, CAPES; MARCIO ELIAS FERREIRA, SRI. |
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Título: |
Molecular dating of phylogenetic divergence between Urochloa species based on complete chloroplast genomes. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 18, n. 516, 2017. |
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Páginas: |
14 p. |
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DOI: |
DOI 10.1186/s12864-017-3904-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Background: Forage species of Urochloa are planted in millions of hectares of tropical and subtropical pastures in South America. Most of the planted area is covered with four species (U. ruziziensis, U. brizantha, U. decumbens and U. humidicola). Breeding programs rely on interspecific hybridizations to increase genetic diversity and introgress traits of agronomic importance. Knowledge of phylogenetic relationships is important to optimize compatible hybridizations in Urochloa, where phylogeny has been subject of some controversy. We used next-generation sequencing to assemble the chloroplast genomes of four Urochloa species to investigate their phylogenetic relationships, compute their times of divergence and identify chloroplast DNA markers (microsatellites, SNPs and InDels). Results: Whole plastid genome sizes were 138,765 bp in U. ruziziensis, 138,945 bp in U. decumbens, 138,946 bp in U. brizantha and 138,976 bp in U. humidicola. Each Urochloa chloroplast genome contained 130 predicted coding regions and structural features that are typical of Panicoid grasses. U. brizantha and U. decumbens chloroplast sequences are highly similar and show reduced SNP, InDel and SSR polymorphism as compared to U. ruziziensis and U. humidicola. Most of the structural and sequence polymorphisms were located in intergenic regions, and reflected phylogenetic distances between species. Divergence of U. humidicola from a common ancestor with the three other Urochloa species was estimated at 9.46 mya. U. ruziziensis, U. decumbens, and U. brizantha formed a clade where the U. ruziziensis lineage would have diverged by 5.67 mya, followed by a recent divergence event between U. decumbens and U. brizantha around 1.6 mya. Conclusion: Low-coverage Illumina sequencing allowed the successful sequence analysis of plastid genomes in four species of Urochloa used as forages in the tropics. Pairwise sequence comparisons detected multiple microsatellite, SNP and InDel sites prone to be used as molecular markers in genetic analysis of Urochloa. Our results placed the origin of U. humidicola and U. ruziziensis divergence in the Miocene-Pliocene boundary, and the split between U. brizantha and U. decumbens in the Pleistocene. MenosAbstract: Background: Forage species of Urochloa are planted in millions of hectares of tropical and subtropical pastures in South America. Most of the planted area is covered with four species (U. ruziziensis, U. brizantha, U. decumbens and U. humidicola). Breeding programs rely on interspecific hybridizations to increase genetic diversity and introgress traits of agronomic importance. Knowledge of phylogenetic relationships is important to optimize compatible hybridizations in Urochloa, where phylogeny has been subject of some controversy. We used next-generation sequencing to assemble the chloroplast genomes of four Urochloa species to investigate their phylogenetic relationships, compute their times of divergence and identify chloroplast DNA markers (microsatellites, SNPs and InDels). Results: Whole plastid genome sizes were 138,765 bp in U. ruziziensis, 138,945 bp in U. decumbens, 138,946 bp in U. brizantha and 138,976 bp in U. humidicola. Each Urochloa chloroplast genome contained 130 predicted coding regions and structural features that are typical of Panicoid grasses. U. brizantha and U. decumbens chloroplast sequences are highly similar and show reduced SNP, InDel and SSR polymorphism as compared to U. ruziziensis and U. humidicola. Most of the structural and sequence polymorphisms were located in intergenic regions, and reflected phylogenetic distances between species. Divergence of U. humidicola from a common ancestor with the three other Urochloa species was esti... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Brachiaria; Capim Urochloa; Gramínea Forrageira. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161894/1/s12864-017-3904-2.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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| 163. |  | LACERDA, T. S.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JUNIOR. G. J.; RANGEL, P. H. N.; FERREIRA, M. E. Desenvolvimento de painéis multiplex de marcadores microssatélites para programas de melhoramento assistido para qualidade de grãos em arroz. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 130. p. 180.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 164. | | LACERDA, T. S.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JUNIOR. G. J.; RANGEL, P. H. N.; FERREIRA, M. E. Desenvolvimento de painéis multiplex de marcadores microssatélites para programas de melhoramento assistido para qualidade de grãos em arroz. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 180. Resumo 130.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 165. | | BUSO, G. S. C.; AMARAL, Z. P.; BRONDANI, R. V.; REIS, A. M. M.; MORETZSOHN, M. C.; FERREIRA, M. E. Desenvolvimento de primers SSR para Phaseolus vulgaris. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA E CARIBE, 2., 1999, Brasilia, DF. Anais... Brasilia: Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia, 1999. CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 166. | | BELO, A.; CAVALHEIRO, S. T.; AMARAL, Z. P.; FERREIRA, M. E.; GUIMARAES, E. P.; RANGEL, P. H. N. Correlation between genetic distance of parents and heterosis in rice (Oryza sativa L.). In: ENCONTRO LATINO-AMERICANO DE BIOTECNOLOGIA VEGETAL: REDBIO, 4., 2001, Goiânia. Programa e resumos. [S.l.:s.n.], 2001. p. 155. Seção resumos.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 167. | | BELÓ, A.; CAVALHEIRO, S. T.; AMARAL, Z. P.; FERREIRA, M. E.; GUIMARÃES, E. P.; RANGEL, P. H. N. Correlation between genetic distance of parents and heterosis in rice (Oryza sativa L.). In: ENCONTRO LATINO-AMERICANO DE BIOTECNOLOGIA VEGETAL, 4., 2001, Goiania. Programa e resumos. Goiânia: Universidade Federal de Goiânia, 2001. p. 155. Seção resumos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 168. | | NAKAMURA, E. K.; FERREIRA, M. E.; FUTIWAKI, T. R.; PORTO, A. J. V.; INAMASU, R. Y.; GUIMARAES, J. O. Editor de redes de petri: desenvolvimento e implementacao. In: SIMPOSIO DE INICIACAO CIENTIFICA DA UNIVERSIDADE DE SAO PAULO, 3., dez. 1995, Sao Carlos, SP. Resumos... Sao Carlos: USP-EESC, 1995. v.2 p.349. Ref.7.83.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 173. | | RITSCHEL, P. S.; REVERS, L. F.; LEITE, G. B.; FERREIRA, M. E.; OLIVEIRA, P. R. D. de. Genetic analysis of accessions in a pear germplasm bank. In: INTERNATIONAL PEAR SYMPOSIUM, 10., 2007, Peniche. Programme and abstracts. [Alcobaça, Portugal: ISHS], 2007. p. 40. Resumo PO 37.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 174. | | DE BEM, I. O.; ANJOS, L. M. dos; RITSCHEL, P. S.; COELHO, A. G. S.; FERREIRA, M. E. Genetic diversity of apirenic vitis accessions of a germplasm bank. Journal of Basic and Applied Genetics, Buenos Aires, v. 23, p. 271, 2012. Suplemento. Resumo apresentado nos anais no XV Congreso Latinoamericano de Genética, 2012, Rosário, Argentina.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 175. | | LOPES, M. A.; FALEIRO, F. G.; FERREIRA, M. E.; LOPES, D. B.; VIVIAN, R.; BOITEUX, L. S. Embrapa's contribution to the development of new plant varieties and their impact on Brazilian agriculture. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Viçosa, MG, S2, p. 31-46, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Hortaliças; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 176. | | SILVA, N. J. M. L.; LINS, T. C. L.; AMARAL, Z.; RANGEL, P. H. N.; FERREIRA, M. E. Fingerprinting de DNA na avaliação de duplicações de genótipos no banco de germoplasma de arroz (Oryza sativa L.). In: WORKSHOP DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 4., 1999, Brasília. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: EMBRAPA-CENARGEN, 1999. p. 83.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 177. | | ARTUR, A. G.; CRUZ, M. C. P. da; FERREIRA, M. E.; BARRETO, V. C. de M.; YAGI, R. Esterco bovino e calagem para formação de mudas de guanandi Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 6, p. 843-850, jun. 2007 Título em inglês: Cattle manure and liming for guanandi seedlings production.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 178. | | REIS, A. M. M.; BUSO, G. S. C.; BRONDANI, R. P. V.; AMARAL, Z. P. FERREIRA, M. E. Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites para pimenta e pimentão (Capsicum SPP). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 5., 2000, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2000. p. 49.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 179. | | ARAYA, S.; FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; MARTINS, A. M.; COSTA, A. M.; FERREIRA, M. E. Desenvolvimento de marcadores microssatélites por meio do sequenciamento parcial do genoma de maracujá-azedo (Passiflora Edulis Sims) e transferibilidade para 78 espécies do gênero passiflora. In: SIMPÓSIO MELHORAMENTO DE PLANTAS, 2016, Brasília, DF. Variabilidade genética, ferramentas e mercado: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2016. p. 19 Biotecnologia (Menção Honrosa).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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