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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
24/11/2010 |
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Data da última atualização: |
04/04/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUSA, T. N.; TARAZONA-SANTOS, E. M.; WILSON, D. J.; MADUREIRA, A. P.; FALCAO, P. R. K.; FONTES, C. J. F.; GIL, L. H. S.; FERREIRA, M. U.; CARVALHO, L. H.; BRITO, C. F. A. |
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Afiliação: |
TAIS N. SOUSA, CPqRR/FIOCRUZ; EDUARDO M. TARAZONA-SANTOS, ICB/UFMG; DANIEL J. WILSON, University of Chicago; ANA P. MADUREIRA, Universidade Federal de São João del Rei; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; COR J. F. FONTES, UFMT; LUIZ H. S. GIL, IPEPATRO; MARCELO U. FERREIRA, USP; LUZIA H. CARVALHO, CPqRR/FIOCRUZ; CRISTIANA F. A. BRITO, CPqRR/FIOCRUZ. |
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Título: |
Genetic variability and natural selection at the ligand domain of the Duffy binding protein in Brazilian Plasmodium vivax populations. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Malaria Journal, London, v. 9, n. 334, 2010. |
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Páginas: |
12 p. |
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DOI: |
doi:10.1186/1475-2875-9-334 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background. Plasmodium vivax malaria is a major public health challenge in Latin America, Asia and Oceania, with 130-435 million clinical cases per year worldwide. Invasion of host blood cells by P. vivax mainly depends on a type I membrane protein called Duffy binding protein (PvDBP). The erythrocyte-binding motif of PvDBP is a 170 amino-acid stretch located in its cysteine-rich region II (PvDBPII), which is the most variable segment of the protein. Methods. To test whether diversifying natural selection has shaped the nucleotide diversity of PvDBPII in Brazilian populations, this region was sequenced in 122 isolates from six different geographic areas. A Bayesian method was applied to test for the action of natural selection under a population genetic model that incorporates recombination. The analysis was integrated with a structural model of PvDBPII, and T- and B-cell epitopes were localized on the 3-D structure. Results. The results suggest that: (i) recombination plays an important role in determining the haplotype structure of PvDBPII, and (ii) PvDBPII appears to contain neutrally evolving codons as well as codons evolving under natural selection. Diversifying selection preferentially acts on sites identified as epitopes, particularly on amino acid residues 417, 419, and 424, which show strong linkage disequilibrium. Conclusions. This study shows that some polymorphisms of PvDBPII are present near the erythrocyte-binding domain and might serve to elude antibodies that inhibit cell invasion. Therefore, these polymorphisms should be taken into account when designing vaccines aimed at eliciting antibodies to inhibit erythrocyte invasion. MenosBackground. Plasmodium vivax malaria is a major public health challenge in Latin America, Asia and Oceania, with 130-435 million clinical cases per year worldwide. Invasion of host blood cells by P. vivax mainly depends on a type I membrane protein called Duffy binding protein (PvDBP). The erythrocyte-binding motif of PvDBP is a 170 amino-acid stretch located in its cysteine-rich region II (PvDBPII), which is the most variable segment of the protein. Methods. To test whether diversifying natural selection has shaped the nucleotide diversity of PvDBPII in Brazilian populations, this region was sequenced in 122 isolates from six different geographic areas. A Bayesian method was applied to test for the action of natural selection under a population genetic model that incorporates recombination. The analysis was integrated with a structural model of PvDBPII, and T- and B-cell epitopes were localized on the 3-D structure. Results. The results suggest that: (i) recombination plays an important role in determining the haplotype structure of PvDBPII, and (ii) PvDBPII appears to contain neutrally evolving codons as well as codons evolving under natural selection. Diversifying selection preferentially acts on sites identified as epitopes, particularly on amino acid residues 417, 419, and 424, which show strong linkage disequilibrium. Conclusions. This study shows that some polymorphisms of PvDBPII are present near the erythrocyte-binding domain and might serve to elude antibodies that... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genetic variability; Modelagem estrutural; Seleção natural; Structural modelling; Variabilidade genética. |
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Thesagro: |
Polimorfismo. |
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Thesaurus Nal: |
malaria; Natural selection; Plasmodium vivax; Polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/80555/1/1475-2875-9-334-4.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 41. |  | SANTOS, M. T.; KNEGT, F. H. P.; FERRAZ, L. F. C.; REIS, F. C.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G.; OTTOBONI, L. M. M. Modelagem molecular por homologia da enzima DHBP sintase de Acidithiobacillus ferrooxidans. In: CONGRESSO ABERTO AOS ESTUDANTES DE BIOLOGIA, 7., 2005, Campinas. Caderno... Campinas: Unicamp, Instituto de Biologia, 2005. p. 45. Evento conhecido também como: CAEB. Na publicação: Falcão, P. K.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 42. | | FALCAO, P. R. K.; TADA, S. F. de S.; SOUZA, A. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; FILETO, R.; HIGA, R. H.; NESHICH, G. Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2004. 5 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 64). Na publicação: Michel Eduardo Beleza Yamaghishi.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 43. | | REIS, F. de C.; CALDAS, L. F.; SANTOS, M. T. dos; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G.; OTTOBONI, L. M. M. Molecular modeling of polypetide deformylase from acidithiobacillus ferrooxidans. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-95. Na publicação: Paula K. Falcão.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 44. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MARANGONI, S.; MARTINS, D.; WINCK, F. V.; NOVELLO, J. C. Molecular modeling of the protein twitching motility of Xylella fastidiosa. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 99. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira. X-meeting 2005. Presented Posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 45. | | FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 46. | | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 5 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 78). Na publicação: Goran Neshich.| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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| 47. | | CASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K.; ZERLOTINI NETO, A.; STEFANATO, F; BOYD, L. Perfil de expressão de genes em trigo em resposta à infecção por ferrugem da folha. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2015-Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes-Trabalho 98. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 51. | | MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A.; DOMINIQUINI, F.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. Sting contacts: a web-based application for identification and analysis of amino acid contacts within protein structure and across protein interfaces. Bioinformatics, v. 20, n. 13, p. 2145-2147, 2004. Na publicação: P. R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 52. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Analysing protein-protein interface using JPIV. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-14. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 57. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. An integrated database of structural parameters for protein analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-44. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser-Falcão, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 58. | | CRUZ, S. A. B. da; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. JMOL and STING integration: a STING for multiple patforms. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 86. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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