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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Uva e Vinho. |
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Data corrente: |
08/05/2017 |
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Data da última atualização: |
06/05/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F.; NICKEL, O. |
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Afiliação: |
THOR VINICIUS MARTINS FAJARDO, CNPUV; MARCOS FERNANDO VANNI, CNPUV; OSMAR NICKEL, CNPUV. |
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Título: |
Absolute quantification of viruses by TaqMan real-time RT-PCR in grapevines. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Ciência Rural, Santa Maria, v. 47, n. 6, e20161063, 2017. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The absolute quantification determines the absolute amount of a targeted nucleic acid expressed as a copy number or concentration. The knowledge of virus concentrations in commercial crops possesses high relevance to ensure a reliable diagnosis. The objective of this study was to perform an absolute quantification of five viruses in infected grapevines (Vitis spp.). Different known amounts of the standard sample (cloned viral cDNA or in vitro transcribed viral RNA) were quantified by TaqMan RT-qPCR. Based on these data, standard curves were generated plotting Ct values (threshold cycle) against the log of the standard sample amount. Infected grapevine samples were evaluated to determine virus titers, which were highly variable. This result may contribute to improve virus diagnosis by accurately quantifying virus titre variations in grapevines. Key words: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 and -4. RESUMO: A quantificação absoluta determina a quantidade absoluta de um ácido nucleico alvo expressa como número de cópias ou concentração. O conhecimento das concentrações virais em culturas comerciais tem grande relevância para assegurar um diagnóstico confiável. O objetivo deste trabalho foi realizar uma quantificação absoluta de cinco vírus em videiras infectadas (Vitis spp.). Diferentes quantidades conhecidas da amostra padrão (cDNA viral clonado ou RNA viral transcrito in vitro) foram quantificadas por RT-qPCR TaqMan. A partir destes dados, curvas padrão foram geradas plotando-se os valores de Ct (ciclo limiar) contra o log da quantidade da amostra padrão. Amostras de videiras infectadas foram avaliadas visando-se determinar os títulos virais que foram bastante variáveis. Este resultado contribui para melhorar o diagnóstico viral ao quantificar com precisão variações no título viral em videiras. Palavras-chave: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 e -4. A quantificação absoluta determina a quantidade absoluta de um ácido nucleico alvo expressa como número de cópias ou concentração. O conhecimento das concentrações virais em culturas comerciais tem grande relevância para assegurar um diagnóstico confiável. O objetivo deste trabalho foi realizar uma quantificação absoluta de cinco vírus em videiras infectadas (Vitis spp.). Diferentes quantidades conhecidas da amostra padrão (cDNA viral clonado ou RNA viral transcrito in vitro) foram quantificadas por RT-qPCR TaqMan. A partir destes dados, curvas padrão foram geradas plotando-se os valores de Ct (ciclo limiar) contra o log da quantidade da amostra padrão. Amostras de videiras infectadas foram avaliadas visando-se determinar os títulos virais que foram bastante variáveis. Este resultado contribui para melhorar o diagnóstico viral ao quantificar com precisão variações no título viral em videiras. Palavras-chave: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 e -4. MenosThe absolute quantification determines the absolute amount of a targeted nucleic acid expressed as a copy number or concentration. The knowledge of virus concentrations in commercial crops possesses high relevance to ensure a reliable diagnosis. The objective of this study was to perform an absolute quantification of five viruses in infected grapevines (Vitis spp.). Different known amounts of the standard sample (cloned viral cDNA or in vitro transcribed viral RNA) were quantified by TaqMan RT-qPCR. Based on these data, standard curves were generated plotting Ct values (threshold cycle) against the log of the standard sample amount. Infected grapevine samples were evaluated to determine virus titers, which were highly variable. This result may contribute to improve virus diagnosis by accurately quantifying virus titre variations in grapevines. Key words: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 and -4. RESUMO: A quantificação absoluta determina a quantidade absoluta de um ácido nucleico alvo expressa como número de cópias ou concentração. O conhecimento das concentrações virais em culturas comerciais tem grande relevância para assegurar um diagnóstico confiável. O objetivo deste trabalho foi realizar uma quantificação absoluta de cinco vírus em videiras infectadas (Vitis spp.). Diferentes quantidades conhecidas da amostra padrão (cDNA viral clonado ou RNA viral transcrito in vitro) foram quantificadas por RT-qPCR TaqMan. A partir destes dados, curvas padrão foram geradas plotando-... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
GLRaV-3; GRSPaV; GVA; GVD; RT-qPCR; Videira. |
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Thesagro: |
Uva; Virus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159589/1/CR-Absolute-quatification-virus-RT-qPCR-2017.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Uva e Vinho (CNPUV) |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Rondônia. Para informações adicionais entre em contato com cpafro.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Rondônia. |
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Data corrente: |
25/09/2009 |
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Data da última atualização: |
25/09/2009 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
FERREIRA, M. das G. R.; SANTOS, M. R. A. dos; BRAGADO, A. C. R. |
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Afiliação: |
Maria das Graças Rodrigues Ferreira, Embrapa Rondônia; Maurício Reginaldo Alves dos Santos, Embrapa Rondônia; Ana Cleide Ribeiro Bragado Bolsista Embrapa Rondônia. |
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Título: |
Avaliação da resposta embriogênica em clones de café conilon (Coffea canephora Pierre). |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTOS DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. Seção Trabalhos técnico-científicos.1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11). CBMP 2009. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Segmentos foliares de clones de Coffea canephora, 199, 61, 184, 193, 100, 194, 120 e 59, pertencentes ao programa de melhoramento da Embrapa Rondônia, foram avaliados quanto à calogênese, visando à obtenção de embriões somáticos. Os explantes foram inoculados em meio de indução de calos MS/2, tiamina (10 mg.L-1), piridoxina (1 mg.L-1), ácido nicotínico (1 mg.L-1), glicina (1 mg.L-1) e mioinositol (100 mg.L-1), caseína (100 mg.L-1), extrato de malte (400 mg.L-1), 2,4-D (2,21 mg.L-1), 2,i-P (1 mg.L-1), AIB (1 mg.L-1), acrescido de 2,0% de sacarose, solidificado com 0,8% de ágar. Os cultivos foram mantidos no escuro, a 28°C. Durante os 120 dias subseqüentes, avaliou-se a presença de calos e de setores embriogênicos. Verificou-se que os clones 199, 184, 193, 100, 194 e 59 foram os mais responsivos quanto à formação de calos, observando-se diferença entre os genótipos empregados. Apenas nos clones 194, 193 e 199 foi identificada a presença de setores embriogênicos, em 25,0, 13,3 e 4,9% dos explantes, respectivamente. |
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Palavras-Chave: |
Coffea canephora Pierre; Melhoramento de plantas. |
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Thesagro: |
Café; Propagação Vegetativa. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Rondônia (CPAF-RO) |
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