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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
23/12/2020 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PERIPOLLI, E.; REIMER, C.; HA, NGOC-THUY; GEIBEL. J.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SIMIANER, H.; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
Elisa Peripolli; Christian Reimer; Ngoc-Thuy Ha; Johannes Geibel; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; Fernando Baldi; Henner Simianer; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Genome-wide detection of signatures of selection in indicine and Brazilian locally adapted taurine cattle breeds using wholegenome re-sequencing data. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 21, article 624, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-020-07035-6 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: The cattle introduced by European conquerors during the Brazilian colonization period were exposed to a process of natural selection in different types of biomes throughout the country, leading to the development of locally adapted cattle breeds. In this study, whole-genome re-sequencing data from indicine and Brazilian locally adapted taurine cattle breeds were used to detect genomic regions under selective pressure. Within-population and cross-population statistics were combined separately in a single score using the de-correlated composite of multiple signals (DCMS) method. Putative sweep regions were revealed by assessing the top 1% of the empirical distribution generated by the DCMS statistics. Results: A total of 33,328,447 biallelic SNPs with an average read depth of 12.4X passed the hard filtering process and were used to access putative sweep regions. Admixture has occurred in some locally adapted taurine populations due to the introgression of exotic breeds. The genomic inbreeding coefficient based on runs of homozygosity (ROH) concurred with the populations? historical background. Signatures of selection retrieved from the DCMS statistics provided a comprehensive set of putative candidate genes and revealed QTLs disclosing cattle production traits and adaptation to the challenging environments. Additionally, several candidate regions overlapped with previous regions under selection described in the literature for other cattle breeds. Conclusion: The current study reported putative sweep regions that can provide important insights to better understand the selective forces shaping the genome of the indicine and Brazilian locally adapted taurine cattle breeds. Such regions likely harbor traces of natural selection pressures by which these populations have been exposed and may elucidate footprints for adaptation to the challenging climatic conditions. MenosBackground: The cattle introduced by European conquerors during the Brazilian colonization period were exposed to a process of natural selection in different types of biomes throughout the country, leading to the development of locally adapted cattle breeds. In this study, whole-genome re-sequencing data from indicine and Brazilian locally adapted taurine cattle breeds were used to detect genomic regions under selective pressure. Within-population and cross-population statistics were combined separately in a single score using the de-correlated composite of multiple signals (DCMS) method. Putative sweep regions were revealed by assessing the top 1% of the empirical distribution generated by the DCMS statistics. Results: A total of 33,328,447 biallelic SNPs with an average read depth of 12.4X passed the hard filtering process and were used to access putative sweep regions. Admixture has occurred in some locally adapted taurine populations due to the introgression of exotic breeds. The genomic inbreeding coefficient based on runs of homozygosity (ROH) concurred with the populations? historical background. Signatures of selection retrieved from the DCMS statistics provided a comprehensive set of putative candidate genes and revealed QTLs disclosing cattle production traits and adaptation to the challenging environments. Additionally, several candidate regions overlapped with previous regions under selection described in the literature for other cattle breeds. Conclusion: The cu... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bos taurus indicus; Bos taurus taurus; Local adaptation; Next-generation sequencing; Signatures of selection. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1129869/1/Genome-wide-detection-of-signatures-of-selection-in-indicine-and-Brazilian.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/219647/1/34-Genome-wide.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| 161. |  | BARBOSA, B. R. P.; SANTOS, S. A.; ABREU, U. G. P. de; EGITO, A. A. do; COMASTRI FILHO, J. A.; JULIANO, R. S.; PAIVA, S. R.; McMANUS, C. Tolerância ao calor em bovinos das raças Nelore branco, Nelore vermelho e Pantaneira. Revista Brasileira de Saúde e Produção Animal, Salvador, v. 15, n. 4, p. 854-865, out./dez. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 162. | | SANTOS, S. A.; McMANUS, C.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; SILVA, G. A. da; EGITO, A. A. do; JULIANO, R. S. Termografia em cavalos pantaneiros: temperatura da narina e focinho como indicador de tolerância ao exercício e ao calor. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. 550 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). Editora técnica Clara Oliveira Goedert. p. 22| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 163. | | SANTOS, S. A.; SILVA, L. A. C. de; McMANUS, C.; ÍTAVO, C. C. B. F.; BARBOSA, B. R. P.; SILVA, G. A. da; EGITO, A. A. do. Termorregulação e tolerância ao calor. In: SANTOS, S. A.; SALIS, S. M. de; COMASTRI FILHO, J. A. (Ed.). Cavalo pantaneiro: rústico por natureza. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 259-277.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pantanal. |
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| 165. | | MENEZES, G. R. de O.; KATSURAGI, R. R.; NOBRE, P. R. C.; SOUZA JUNIOR, M. D. de; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; GONDO, A. Avaliação genômica e resultados para características Slick e Dupla musculatura de touros da raça Senepol: edição 2022. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2022. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 305).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 166. | | MENEZES, G. R. de O.; KATSURAGI, R. R.; SANTOS JUNIOR, E. F. DOS; CARVALHO FILHO, I.; NOBRE, P. R. C.; SOUZA JUNIOR, M. D. DE; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; GONDO, A. Avaliação genômica e resultados para características Slick e Dupla Musculatura de touros da raça Senepol: edição 2023. Campo Grande, MS: Embrapa Gado e Corte, 2023. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 315).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 169. | | CARDOSO, D.; OLIVEIRA, N. A. de; LAUDARES, K. M.; VAZ JÚNIOR, R. G.; RAMOS, A. F.; PRADO, C. S. do; EGITO, A. A. do; COSTA. M. F. O. e; FIORAVANTE, M. C. S. Carcass and meat cut yield in feedlot of cattle breeds locally adapted. In: WORLD BUIATRICS CONGRESS, 26., 2010, Santiago. Proceedings... Santiago: Buatrics, 2010. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 170. | | PEREIRA, G. de M.; MARTINS, T. R.; LATTA, K. I.; RIBAS, M. N.; FERNANDES JUNIOR, J. A.; GOMES, R. da C.; EGITO, A. A. do; MENEZES, G. R. de O. Carcass traits of Senepol heifers with divergent residual water intake In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 55.; CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 28., 2018, Goiânia. Construindo saberes, formando pessoas e transformando a produção animal: anais. Viçosa: Sociedade Brasileira de Zootecnia; Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 177. | | CARVALHO, V.; MARTINS, V. M. V.; RAMOS, A. F.; MARTINS, E.; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; FONTEQUE, J. H.; QUEIROZ, M. I.; EGITO, A. A. do. Frequência alélica de genes candidatos relacionados a características produtivas em bovinos da raça crioula lageana. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 105. p. 152| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 178. | | CARVALHO, V.; MARTINS, V. M. V.; RAMOS, A. F.; MARTINS, E.; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; FONTEQUE, J. H.; QUEIROZ, M. I.; EGITO, A. A. do. Frequencia alélica de genes candidatos relacionados à características produtivas na raça bovina brasileira Crioula Lageana visando sua inserção no mercado consumidor. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 10., 2009, Palmira. Memorias... Palmira, Colombia: Universidad Nacional de Colombia, 2009. p. 399-402| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 179. | | PERIPOLLI, E.; REIMER, C.; HA, NGOC-THUY; GEIBEL. J.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SIMIANER, H.; SILVA, M. V. G. B. Genome-wide detection of signatures of selection in indicine and Brazilian locally adapted taurine cattle breeds using wholegenome re-sequencing data. BMC Genomics, v. 21, article 624, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 180. | | MENEZES, G. R. de O.; REGITANO, L. C. de A.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; SILVA, L. O. C. da; SIQUEIRA, F.; EGITO, A. A. do. Genômica aplicada ao melhoramento de gado de corte. In: ROSA, A. do N.; MARTINS. E. N.; MENEZES, G. R. de O.; SILVA, L. O. C. da (Ed.). Melhoramento genético aplicado em gado de corte: Programa Geneplus-Embrapa. Brasília, DF: Embrapa; Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2013. Capítulo 17. p. 213-225.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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