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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
03/01/2018 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. |
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Afiliação: |
Marcos Rodrigues Lagrotta, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Moysés Nascimento, UFV; Darlene Ana Souza Duarte, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; Rodrigo Reis Mota, University of Liège. |
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Título: |
Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a segunda referiu-se à paralelização de uma única cadeia MCMC. Utilizou-se a biblioteca MPI e o pacote OpenMPI associado ao compilador gfortran para execução em paralelo desses algoritmos. Foram utilizados dados simulados considerando 10.000 marcadores SNPs e 4.100 indivíduos. O algoritmo sequencial padrão foi processado em 77,29 horas. Ao usar múltiplas cadeias em paralelo o processamento foi 77% mais rápido (17,75hs), enquanto que a estratégia de paralelização de uma única cadeia apresentou um ganho de desempenho de 15% (65,37hs). Conclui-se que a computação paralela é eficiente e pode ser aplicada à SG. |
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Palavras-Chave: |
Marcadores SNP; Regressão Bayesiana. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic improvement; Statistics. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/170170/1/2017-M.Deon-RBM-Computacao.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 48 | |
| 41. |  | SILVA, F. F.; ROCHA, G. S.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; PETERNELLI, L. A.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. Seleção genômica ampla para curvas de crescimento. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, v. 65, n. 5, p. 1519-1526, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 42. | | MOURA, L. M.; OLIVEIRA, L. C. M.; SILVA, K. J. da; DUARTE, D. D.; SILVA, R. A. da; PARRELLA, R. A. da C.; OLIVEIRA, N. A. de; DURÃES, N. N. L. Caracterização de híbridos de sorgo biomassa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 43. | | SILVA, V. L.; BRENARDO, F. R.; DUARTE, D. V.; GOMES, R. B.; TREITLER, A. C.; BLOCH JUNIOR, C.; PRATES, M. V.; GROSSI-de-SÁ, M. F.; MELO, F. R. Purification and characterization of alpha amylase inhibitor from Schinopsos brasiliensis seeds (SbAlpha-Al) actives against insect pests. The FEBS Journal, v. 272, p. 556, 2005. Supplement 1. Edition of the Abstracts of 30th FEBS Congress and 9th IUBMB Conference, Budapest, Hungary, 2-7 July 2005. The protein world.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 44. | | SILVA, D. C. da; ALMEIDA, A. C. de S.; DUARTE, D. M.; CORRÊA, F.; FREITAS, M. M. de; LACERDA, M. C.; BARRIGOSSI, J. A. F.; JESUS, F. G. de. Resistência de variedades de arroz a Sitophilus zeamays (Coleoptera: Curculionidae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 25., 2014, Goiânia. Entomologia integrada à sociedade para o desenvolvimento sustentável: anais. Goiânia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 45. | | DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 46. | | SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; ROCHA, G. S.; DUARTE, D. A. S.; LOPES, P. S.; BRUSTOLIN, O. J. B.; THUS, S.; VIANA, J. M. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Genomic growth curves of an outbred pig population. Genetics and Molecular Biology, v. 36, n. 4, p. 520-527, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 47. | | TOMAZALLI, I. B.; FREITAS, J. B. DE; FABBI, L. M.; FILIPINI, T. A.; SILVA, C. M. da; BEDIN, J. M.; DUARTE, D. A. M.; SANTOS, A. dos; BACARRIN, A.; HIGA, L. R. G.; YANO, D. M. Y.; KILLNER, M.; FREZZA, A. L. C.; ABECIA, E. C. de G.; TRONCO, V. M.; TOMAZELLI JÚNIOR, O.; BARIONI JUNIOR, W. Comparison of the BAX system PCR method to Brazil's official method for the detection of Salmonella in food, water, and environmental samples. Journal of Food Protection, v. 71, n. 12, p. 2442-2447, dec. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 48. | | FÁVARO, F. N.; NEUMAIER, N.; DUARTE, D. A. B. G.; ALMEIDA FILHO, K. M.; GIANELLI, F. M.; CAMARGO, L. M.; TOLEDO, C. F. T.; DELATTRE, N.; SIBALDELLI, R. N. R.; OLIVEIRA, M. C. N.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B. Índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI) de cultivares de soja sob três níveis de disponibilidade hídirca no solo. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 58-60. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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