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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
16/11/2017 |
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Data da última atualização: |
09/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA JÚNIOR, G. A.; CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MUNARI, D. P.; FERRAZ, J. B. S.; MULLART, E.; DeNISE, S.; SMITH, S.; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
Gerson A. Oliveira Júnior, USP; Tatiane C. S. Chud, UNESP; Ricardo V. Ventura, University of Guelph, Guelph, Canada; Dorian J. Garrick, Iowa State University, Ames; John B. Cole, United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service, Maryland, USA; Danísio Prado Munari, UNESP Jaboticabal; José B. S. Ferraz, USP; Erik Mullart, CRV Holding B. V., Arnhem, 454, the Netherlands; SUE DeNISE, Zoetis, Kalamazoo, MI; SHANNON SMITH, Zoetis, Kalamazoo, MI; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Genotype imputation in a tropical crossbred dairy cattle population. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Dairy Science, v. 100, n. 12, p. 9623-9634, 2017. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3168/jds.2017-12732 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The objective of this study was to investigate different strategies for genotype imputation in a population of crossbred Girolando (Gyr × Holstein) dairy cattle. The data set consisted of 478 Girolando, 583 Gyr, and 1,198 Holstein sires genotyped at high density with the Illumina BovineHD (Illumina, San Diego, CA) panel, which includes ∼777K markers. The accuracy of imputation from low (20K) and medium densities (50K and 70K) to the HD panel density and from low to 50K density were investigated. Seven scenarios using different reference populations (RPop) considering Girolando, Gyr, and Holstein breeds separately or combinations of animals of these breeds were tested for imputing genotypes of 166 randomly chosen Girolando animals. The population genotype imputation were performed using FImpute. Imputation accuracy was measured as the correlation between observed and imputed genotypes (CORR) and also as the proportion of genotypes that were imputed correctly (CR). This is the first paper on imputation accuracy in a Girolando population. The sample-specific imputation accuracies ranged from 0.38 to 0.97 (CORR) and from 0.49 to 0.96 (CR) imputing from low and medium densities to HD, and 0.41 to 0.95 (CORR) and from 0.50 to 0.94 (CR) for imputation from 20K to 50K. The CORRanim exceeded 0.96 (for 50K and 70K panels) when only Girolando animals were included in RPop (S1). We found smaller CORRanim when Gyr (S2) was used instead of Holstein (S3) as RPop. The same behavior was observed between S4 (Gyr + Girolando) and S5 (Holstein + Girolando) because the target animals were more related to the Holstein population than to the Gyr population. The highest imputation accuracies were observed for scenarios including Girolando animals in the reference population, whereas using only Gyr animals resulted in low imputation accuracies, suggesting that the haplotypes segregating in the Girolando population had a greater effect on accuracy than the purebred haplotypes. All chromosomes had similar imputation accuracies (CORRsnp) within each scenario. Crossbred animals (Girolando) must be included in the reference population to provide the best imputation accuracies. MenosThe objective of this study was to investigate different strategies for genotype imputation in a population of crossbred Girolando (Gyr × Holstein) dairy cattle. The data set consisted of 478 Girolando, 583 Gyr, and 1,198 Holstein sires genotyped at high density with the Illumina BovineHD (Illumina, San Diego, CA) panel, which includes ∼777K markers. The accuracy of imputation from low (20K) and medium densities (50K and 70K) to the HD panel density and from low to 50K density were investigated. Seven scenarios using different reference populations (RPop) considering Girolando, Gyr, and Holstein breeds separately or combinations of animals of these breeds were tested for imputing genotypes of 166 randomly chosen Girolando animals. The population genotype imputation were performed using FImpute. Imputation accuracy was measured as the correlation between observed and imputed genotypes (CORR) and also as the proportion of genotypes that were imputed correctly (CR). This is the first paper on imputation accuracy in a Girolando population. The sample-specific imputation accuracies ranged from 0.38 to 0.97 (CORR) and from 0.49 to 0.96 (CR) imputing from low and medium densities to HD, and 0.41 to 0.95 (CORR) and from 0.50 to 0.94 (CR) for imputation from 20K to 50K. The CORRanim exceeded 0.96 (for 50K and 70K panels) when only Girolando animals were included in RPop (S1). We found smaller CORRanim when Gyr (S2) was used instead of Holstein (S3) as RPop. The same behavior was obse... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Impute. |
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Thesaurus Nal: |
genotype; single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 03028naa a2200289 a 4500
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 94 | |
| 62. |  | COSTA, N. de L.; GIANLUPPI, V.; BRAGA, R. M.; BENDAHAN, A. B.; MATTOS, P. S. R. de; VILARINHO, A. A.; OLIVEIRA, J. M. F. de. Alternativas tecnológicas para a pecuária de Roraima. Boa Vista, RR: Embrapa Roraima, 2009. (Embrapa Roraima. Documentos, 19).| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 66. | | BENDAHAN, A. B.; COSTA, N. de L.; BRAGA, R. M.; MATTOS, P. S R. de; MEDEIROS, R. D. de; FERREIRA, G. B. Potencial de utilização da cana-de-açúcar para alimentação animal nos cerrados de Roraima. Amazônia: Ci. & Desenv., Belém, v.4, n.8, jan./jun., 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 68. | | ALVES, R. de B. N.; MATTOS, P. S. R. de; FREITAS, V. M. T. de; DORALINA, F. B.; ANDRADE, E. dos S. Práticas e experimentações sobre espécies vegetais e animais para sistemas agroecológicos em Casas Tradicionais de Matriz Africana. Cadernos de Agroecologia v. 13, n. 1, jul. 2018. Suplemento. Edição dos Anais do 10 Congresso Brasileiro de Agroecologia; 6 Congresso Latino-americano de Agroecologia; 5 Seminário de Agroecologia do Distrito Federal e Entorno, Brasília, DF, set. 2017. Na publicação: Lucas Souza; Alex...| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 69. | | ALVES, R. de B. N.; MATTOS, P. S. R. de; FREITAS, V. M. T. de; DORALINA, F. B.; ANDRADE, E. dos S. Práticas e experimentações sobre espécies vegetais e animais para sistemas agroecológicos em Casas Tradicionais de Matriz Africana. Cadernos de Agroecologia, v. 13, n. 1, jul. 2018. Suplemento. Edição dos Anais do 10 Congresso Brasileiro de Agroecologia; 6 Congresso Latino-americano de Agroecologia; 5 Seminário de Agroecologia do Distrito Federal e Entorno, Brasília, DF, set. 2017. Na publicação: Lucas Souza; Alex...| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 70. | | VILENA, J. de O.; CHAGAS, E. A.; MORAIS, B. S.; PIO, R.; MATTOS, P. S. R. de; SCHWENGBER, J. A. M.; ARAÚJO, M. da C. da R.; NEVES, L. C. Análise biométrica de acessos de camu-camu oriundos de população nativa do Rio Branco, RR, ricos em vitamina C. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: SBF, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 71. | | DONINI, L. P.; CHAGAS, E. A.; MATTOS, P. S. R. de; VILENA, J. de O.; CARVALHO, A. dos S.; PIO, R.; ARAUJO, M. da C. da R.; NEVES, L. C. Avaliação intraespecífica de acessos de Myrciaria Dubia provenientes do rio Urubu, região da Serra da Lua, RR. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: SBF, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 72. | | VILLELA, L. C. V.; PAIVA, S. R.; FACO, O.; ARAUJO, A. M. de; AZEVEDO, H. C.; SOUZA, C. J. H. de; MATTOS, P. S. R. de; LEDUR, M. C.; MORAES, J. C. F. Conservação in situ de recursos genéticos animais no Brasil: espécies de pequeno porte - Memória descritiva do 1o. Workshop. Sobral: Embrapa Caprinos e Ovinos, 2009. 41 p. (Embrapa Caprinos e Ovinos. Documentos, 94).| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Roraima. |
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| 73. | | SEVILHA, A. C.; DIAS, T. A. B.; FERREIRA, M. A. J. F.; SILVA, D. A. da; FREITAS, F. O.; MATTOS, P. S. R. de; PIRES, C. S. S.; WALTER, B. M. T.; MOREIRA, J. R. de A. Conservação in situ de recursos genéticos. In: PAIVA, S. R.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; SALOMAO, A. N.; JOSE, S. C. B. R.; MOREIRA, J. R. de A. (Ed.). Recursos genéticos: o produtor pergunta, a Embrapa responde. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2019. p. 93-108 Na publicação: Fábio de Oliveira Freitas; José Roberto Moreira.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 74. | | QUADROS, A. P. N. de; RÊGO, G. M. S. do; SILVA, T. F. da; CARVALHO, A. de M.; MARTINS, T. F.; BINDER, L. de C.; CASTRO, M. B. de; MATTOS, P. S. R. de; LABRUNA, M. B.; PALUDO, G. R. Capybara (Hydrochoerus hydrochaeris) exposure to Rickettsia in the Federal District of Brazil, a non-endemic area for Brazilian spotted fever. Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, v. 30, n. 2, e028720, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 75. | | COSTA, A. M.; BURLE, M. L.; ROSA, A. J. de M.; SOARES, Z. A. B.; CAMPOS, J. I.; MATTOS, P. S. R. de; ALBUQUERQUE, L. B. de; FERREIRA, M. A. J. F.; MACHADO, K. C.; DIAS, T. A. B. Diagnóstico socioeconômico e produtivo do assentamento Sílvio Rodrigues e Entorno, zona de amortecimento do Parque Nacional da Chapada dos Veadeiros, Alto Paraíso de Goiás, GO. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2022. 94 p. (Embrapa Cerrados. Documentos, 396).| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 76. | | NECHET, K. de L.; MARSARO JUNIOR, A. L.; VIEIRA, B. de A. H.; MATTOS, P. S. R. de; ARAUJO, S. L. F.; ALBUQUERQUE, T. C. S. de; CRUZ, L. de S.; SILVA, R. B. Q. da; ZILLI, J. E. Resultados Projeto AgroEcoBV: tecnologias de manejo agroecológico em pequenas propriedades no entorno de Boa Vista. Boa Vista, RR: Embrapa Roraima, 2010. 57 p. (Embrapa Roraima. Documentos, 42).| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 77. | | SILVA, F. I. C. da; MATTOS, P. S. R. de; MOREIRA, J. R. de A.; MELO, L. A. M. P. de; CARVALHO. M. V. de; ARANTES, L. G.; QUADROS, A. P. N. de; ARRUDA, Y. da C. Evaluation of physiological responses in different anesthetic protocols in capybaras (Hydrochoerus Hydrochaeris). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 78. | | TOLEDO, N. M. de; McMANUS, C.; PAIM, T. do P.; PAIVA, S. R.; FACO, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAUJO, A. M. de; CARNEIRO, P.; CAETANO, A. R.; SANTOS, S. A.; MATTOS, P. S. R. de; MORAES, J. C. F. Estrutura genética de raças ovinas brasileiras. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 588. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 79. | | OLIVEIRA, S. de; MATTOS, P. S. R.; MATTOS, K. K.; TOPPA, R. H.; COSTA, A. P.; MARCILI, A.; FERREIRA, J. I. G. S.; KRAWCZAK, F. da S.; LABRUNA, M. B.; GENNARI, S. M.; PENA, H. F. de J. Presence of anti-Toxoplasma gondii, -Neospora caninum, - Leishmania spp. and -Ehrlichia canis antibodies in free-ranging maned wolves (Chrysocyon brachyurus) in the northeastern region of the state of São Paulo, Brazil. Brazilian Journal of Veterinary Research and Animal Science, São Paulo, v. 53, n. 3, p. 243-250, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 80. | | NECHET, K. de L.; ARAUJO, S. L. F.; CRUZ, L. de S.; MARSARO JUNIOR, A. L.; MATTOS, P. S. R. de; ALBUQUERQUE, T. C. S. de; VIEIRA, B. de A. H.; ZILLI, J. E. Monitoramento de seis propriedades agrícolas da Região periurbana de Boa Vista com proposta de transição agroecológica. Boa Vista, RR: Embrapa Roraima, 2010. 41p. (Embrapa Roraima. Documentos, 33).| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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