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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
31/10/2017 |
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Data da última atualização: |
31/10/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
RENDÓN-ANAYA, M.; MONTERO-VARGAS, J. M.; SABURIDO-ALVAREZ, S.; VLASOVA, A.; CAPELLA-GUTIERREZ, S.; ORDAZ-ORTIZ, J. J.; AGUILAR, O. M.; VIANELLO, R. P.; SANTALLA, M.; DELAYE, L.; GABALDÓN, T.; GEPTS, P.; WINKLER, R.; GUIGÓ, R.; DELGADO-SALINAS, A.; HERRERA-ESTRELLA, A. |
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Afiliação: |
MARTHA RENDÓN-ANAYA, CINVESTAV, México; JOSAPHAT M. MONTERO-VARGAS, CINVESTAV, México; SOLEDAD SABURIDO-ALVAREZ, CINVESTAV, México; ANNA VLASOVA, CENTRE FOR GENOMIC REGULATION, Barcelona; SALVADOR CAPELLA-GUTIERREZ, CENTRE FOR GENOMIC REGULATION, Barcelona; JOSE JUAN ORDAZ-ORTIZ, CINVESTAV, México; O. MARIO AGUILAR, UNLP-CONICET, Argentina; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF; MARTA SANTALLA, NATIONAL SPANISH RESEARCH COUNCIL, Espanha; LUIS DELAYE, CINVESTAV, México; TONI GABALDON, CENTRE FOR GENOMIC REGULATION, Barcelona; PAUL GEPTS, UNIVERSITY OF CALIFORNIA, Davis; ROBERT WINKLER, CINVESTAV, México; RODERIC GUIGÓ, CENTRE FOR GENOMIC REGULATION, Barcelona; ALFONSO DELGADO-SALINAS, UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MEXICO; ALFREDO HERRERA-ESTRELLA, CINVESTAV, México. |
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Título: |
Genomic history of the origin and domestication of common bean unveils its closest sister species. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Genome Biology, v. 18, n. 1, p. 1-17, Mar. 2017. |
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DOI: |
0.1186/s13059-017-1190-6 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Modern civilization depends on only a few plant species for its nourishment. These crops were derived via several thousands of years of human selection that transformed wild ancestors into high-yielding domesticated descendants. Among cultivated plants, common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the most important grain legume. Yet, our understanding of the origins and concurrent shaping of the genome of this crop plant is limited. Results: We sequenced the genomes of 29 accessions representing 12 Phaseolus species. Single nucleotide polymorphism-based phylogenomic analyses, using both the nuclear and chloroplast genomes, allowed us to detect a speciation event, a finding further supported by metabolite profiling. In addition, we identified ~1200 protein coding genes (PCGs) and ~100 long non-coding RNAs with domestication-associated haplotypes. Finally, we describe asymmetric introgression events occurring among common bean subpopulations in Mesoamerica and across hemispheres. Conclusions: We uncover an unpredicted speciation event in the tropical Andes that gave rise to a sibling species, formerly considered the ?wild ancestor? of P. vulgaris, which diverged before the split of the Mesoamerican and Andean P. vulgaris gene pools. Further, we identify haplotypes strongly associated with genes underlying the emergence of domestication traits. Our findings also reveal the capacity of a predominantly autogamous plant to outcross and fix loci from different populations, even from distant species, which led to the acquisition by domesticated beans of adaptive traits from wild relatives. The occurrence of such adaptive introgressions should be exploited to accelerate breeding programs in the near future. MenosBackground: Modern civilization depends on only a few plant species for its nourishment. These crops were derived via several thousands of years of human selection that transformed wild ancestors into high-yielding domesticated descendants. Among cultivated plants, common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the most important grain legume. Yet, our understanding of the origins and concurrent shaping of the genome of this crop plant is limited. Results: We sequenced the genomes of 29 accessions representing 12 Phaseolus species. Single nucleotide polymorphism-based phylogenomic analyses, using both the nuclear and chloroplast genomes, allowed us to detect a speciation event, a finding further supported by metabolite profiling. In addition, we identified ~1200 protein coding genes (PCGs) and ~100 long non-coding RNAs with domestication-associated haplotypes. Finally, we describe asymmetric introgression events occurring among common bean subpopulations in Mesoamerica and across hemispheres. Conclusions: We uncover an unpredicted speciation event in the tropical Andes that gave rise to a sibling species, formerly considered the ?wild ancestor? of P. vulgaris, which diverged before the split of the Mesoamerican and Andean P. vulgaris gene pools. Further, we identify haplotypes strongly associated with genes underlying the emergence of domestication traits. Our findings also reveal the capacity of a predominantly autogamous plant to outcross and fix loci from different populations, e... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Adaptive traits; Genomic introgression. |
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Thesagro: |
Feijão; Phaseolus vulgaris. |
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Thesaurus Nal: |
Biological speciation; Domestication; Genomics. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/165852/1/CNPAF-2017-gb.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Tabuleiros Costeiros. Para informações adicionais entre em contato com cpatc.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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Data corrente: |
23/10/2013 |
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Data da última atualização: |
23/10/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
ARAGAO, R. de; SANTANA, G. R. de; COSTA, C. E. F. F. da; CRUZ, M. A. S.; FIGUEIREDO, E. E. de; SRINIVASAN, V. S. |
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Afiliação: |
MARCUS AURELIO SOARES CRUZ, CPATC. |
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Título: |
Chuvas intensas para o estado de Sergipe com base em dados desagregados de chuva diária. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, Campina Grande, AL, v. 17, n. 3, p. 243-252, 2013. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A frequência de inundações tem crescido em diversas partes do Brasil e do mundo, como consequência de impactos antrópicos ou de mudanças climáticas. Para mitigar os efeitos das inundações, obras hidráulicas são projetadas com vazão de projeto que pode ser determinada através do emprego de estatística aplicada a séries históricas de vazão ou de precipitação, via equação de chuvas intensas (IDF). Para a determinação da IDF são utilizados dados pluviográficos ou dados pluviométricos diários desagregados. Dada à escassez, no Estado de Sergipe, de dados pluviográficos como também de equações IDF foram desenvolvidas, neste trabalho, as equações IDF para todo o Estado, utilizando-se dados de chuva diária de 48 postos, desagregados com base em fatores de proporcionalidade, além das distribuições de Weibull e Gumbel. Obtiveram-se os melhores resultados com a distribuição de Weibull. A espacialização dos parâmetros da função IDF evidenciou a grande variabilidade das precipitações no Estado de Sergipe. |
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Palavras-Chave: |
Sergipe. |
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Thesagro: |
Chuva; Inundação; Mudança Climática. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aA frequência de inundações tem crescido em diversas partes do Brasil e do mundo, como consequência de impactos antrópicos ou de mudanças climáticas. Para mitigar os efeitos das inundações, obras hidráulicas são projetadas com vazão de projeto que pode ser determinada através do emprego de estatística aplicada a séries históricas de vazão ou de precipitação, via equação de chuvas intensas (IDF). Para a determinação da IDF são utilizados dados pluviográficos ou dados pluviométricos diários desagregados. Dada à escassez, no Estado de Sergipe, de dados pluviográficos como também de equações IDF foram desenvolvidas, neste trabalho, as equações IDF para todo o Estado, utilizando-se dados de chuva diária de 48 postos, desagregados com base em fatores de proporcionalidade, além das distribuições de Weibull e Gumbel. Obtiveram-se os melhores resultados com a distribuição de Weibull. A espacialização dos parâmetros da função IDF evidenciou a grande variabilidade das precipitações no Estado de Sergipe.
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773 $tRevista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, Campina Grande, AL$gv. 17, n. 3, p. 243-252, 2013.
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Registro original: |
Embrapa Tabuleiros Costeiros (CPATC) |
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