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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
25/05/2016 |
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Data da última atualização: |
03/11/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
DELAMUTA, J. R. M. |
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Afiliação: |
JAKELINE RENATA MARÇON DELAMUTA, UEL - Doutoranda. |
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Título: |
Análise polifásica de estirpes de Bradyrhizobium e descrição de novas espécies. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
2015. |
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Páginas: |
58 p. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina, Londrina. |
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Conteúdo: |
RESUMO: O Brasil sobressai no cenário agrícola por ser um grande produtor de diversas culturas de importância econômica, como por exemplo, a soja (Glycine max). Atualmente, tem-se buscado incrementar a produtividade das culturas, mas o manejo inadequado dos solos e das culturas pode limitar a qualidade dos solos e a sustentabilidade agropecuária. A fixação biológica de nitrogênio, realizada por bactérias diazotróficas conhecidas de modo geral como rizóbios, em simbiose com plantas leguminosas, destaca-se como uma importante prática na sustentabilidade agrícola, mas estima-se que a diversidade dessas bactérias ainda é pouco conhecida. A técnica polifásica, utilizada hoje na taxonomia e sistemática dos procariotos, engloba informações genotípicas, fenotípicas e filogenéticas para garantir uma classificação apropriada dos microrganismos. A essas informações deve-se destacar o incremento, na última década, na incorporação de dados de sequências genômicas e os avanços computacionais para analisar tais sequências, proporcionando uma verdadeira revolução nos estudos taxonômicos e filogenéticos de procariotos. Neste trabalho, foram conduzidos estudos polifásicos, incluindo a análise genômica, em grupos de estirpes de Bradyrhizobium com forte indicativo de representarem novas espécies. O primeiro estudo englobou duas estirpes, CNPSo 1112b e CNPSo 2833, microssimbiontes de soja perene (Neonotonia wightii) e desmodium (Desmodium heterocarpon), inicialmente relacionadas às espécies Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium pachyrhizi, respectivamente. A análise polifásica dos dados morfofisiológicos, genotípicos e genômicos suportam a proposta de duas novas espécies, para as quais estão sendo propostos os nomes Bradyrhizobium tropiciagri sp. nov. (CNPSo 1112) e Bradyrhizobium embrapense sp. nov. (CNPSo 2833). No segundo estudo, diferenças genéticas (rep-PCR, hibridação DNA-DNA), genômicas (identidade média de nucleotídeos, conteúdo C+G), fenotípicas (testes morfofisiológicos e perfil de ácidos graxos) e filogenéticas (análise do gene 16S RNAr e multilocus sequence analysis -MLSA) revelaram que um grupo representado por quatro estirpes relevantes para a agricultura e simbiontes de soja, classificadas como Bradyrhizobium japonicum grupo Ia deveriam ser reclassificadas na nova espécie Bradyrhizobium diazoefficiens, sendo a estirpe USDA 110 eleita como estirpe tipo. Os resultados obtidos contribuem para o maior conhecimento da diversidade de rizóbios, com ênfase no gênero Bradyrhizobium, que aparentemente representa a maior porcentagem de rizóbios nos trópicos. Também houve grande aporte de conhecimento sobre a aplicação da genômica em estudos de sistemática procariótica. ABSTRACT: Brazil stands out in the agricultural scenario as a major producer of several economically important crops, such as soybean (Glycine max). Currently, there is need to increase crop yields, but inadequate soil and crop management can limit soil quality and agricultural sustainability. Biological nitrogen fixation, performed by nitrogen-fixing bacteria commonly known as rhizobia in symbiosis with leguminous plants, is highlighted as an important practice in agricultural ustainability, but it is estimated that the diversity of these bacteria is still poorly known. The polyphasic technique used today in taxonomy and systematics of prokaryotes includes genotypic, phenotypic and phylogenetic information to ensure proper classification of microorganisms. In the past decade, emphasis should also be given to the increasing incorporation of genomic data, as well as to the computational advances to analyze such sequences, providing a revolution in taxonomic and phylogenetic studies of prokaryotes. In this study, polyphasic analyses — including genomics — were performedin groups of Bradyrhizobium strains with strong indication of representing new species. The first study included two strains, CNPSo 1112 and CNPSo 2833, microsymbionts of perennial soybean (Neonotonia wightii) and desmodium (Desmodium heterocarpon), and originally classified in the species Bradyrhizobium elkanii and Bradyrhizobium pachyrhizi , respectively. The polyphasic analysis of morpho-physiological, phenotypic and genomic data supported the proposal of two new species, Bradyrhizobium tropiciagri sp. nov. (CNPSo 1112) and Bradyrhizobium embrapense sp. nov. (CNPSo 2833). In the second study, genetic (rep-PCR, DNA-DNA hybridization), genomic (average nucleotide identity -ANI, C+G content), phenotypic (morpho-physiological characteristics and fatty acid profiles) and phylogenetic (analysis of the 16S rRNA gene and multilocus sequencing analysis -MLSA) analyses revealed that a group represented by four strains relevant to agriculture, symbionts of soybean and classified as Bradyrhizobium japonicum group Ia should be reclassified into the new species Bradyrhizobium diazoefficiens, with the USDA 110 strain elected as the type strain. The results contribute to a better understanding of the diversity of rhizobia, with an emphasis on the genus Bradyrhizobium , which apparently is the dominant rhizobial species in the tropics. In addition, the results contribute to improve our knowledge on the application of genomic information in studies of systematics of prokaryotes. MenosRESUMO: O Brasil sobressai no cenário agrícola por ser um grande produtor de diversas culturas de importância econômica, como por exemplo, a soja (Glycine max). Atualmente, tem-se buscado incrementar a produtividade das culturas, mas o manejo inadequado dos solos e das culturas pode limitar a qualidade dos solos e a sustentabilidade agropecuária. A fixação biológica de nitrogênio, realizada por bactérias diazotróficas conhecidas de modo geral como rizóbios, em simbiose com plantas leguminosas, destaca-se como uma importante prática na sustentabilidade agrícola, mas estima-se que a diversidade dessas bactérias ainda é pouco conhecida. A técnica polifásica, utilizada hoje na taxonomia e sistemática dos procariotos, engloba informações genotípicas, fenotípicas e filogenéticas para garantir uma classificação apropriada dos microrganismos. A essas informações deve-se destacar o incremento, na última década, na incorporação de dados de sequências genômicas e os avanços computacionais para analisar tais sequências, proporcionando uma verdadeira revolução nos estudos taxonômicos e filogenéticos de procariotos. Neste trabalho, foram conduzidos estudos polifásicos, incluindo a análise genômica, em grupos de estirpes de Bradyrhizobium com forte indicativo de representarem novas espécies. O primeiro estudo englobou duas estirpes, CNPSo 1112b e CNPSo 2833, microssimbiontes de soja perene (Neonotonia wightii) e desmodium (Desmodium heterocarpon), inicialmente relacionadas às espécies Brad... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Biologia do solo; Fixação de nitrogênio; Microbiologia; Soja. |
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Thesaurus Nal: |
Microbiology; Nitrogen fixation; Soil biology; Soybeans. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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500 $aTese (Doutorado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina, Londrina.
520 $aRESUMO: O Brasil sobressai no cenário agrícola por ser um grande produtor de diversas culturas de importância econômica, como por exemplo, a soja (Glycine max). Atualmente, tem-se buscado incrementar a produtividade das culturas, mas o manejo inadequado dos solos e das culturas pode limitar a qualidade dos solos e a sustentabilidade agropecuária. A fixação biológica de nitrogênio, realizada por bactérias diazotróficas conhecidas de modo geral como rizóbios, em simbiose com plantas leguminosas, destaca-se como uma importante prática na sustentabilidade agrícola, mas estima-se que a diversidade dessas bactérias ainda é pouco conhecida. A técnica polifásica, utilizada hoje na taxonomia e sistemática dos procariotos, engloba informações genotípicas, fenotípicas e filogenéticas para garantir uma classificação apropriada dos microrganismos. A essas informações deve-se destacar o incremento, na última década, na incorporação de dados de sequências genômicas e os avanços computacionais para analisar tais sequências, proporcionando uma verdadeira revolução nos estudos taxonômicos e filogenéticos de procariotos. Neste trabalho, foram conduzidos estudos polifásicos, incluindo a análise genômica, em grupos de estirpes de Bradyrhizobium com forte indicativo de representarem novas espécies. O primeiro estudo englobou duas estirpes, CNPSo 1112b e CNPSo 2833, microssimbiontes de soja perene (Neonotonia wightii) e desmodium (Desmodium heterocarpon), inicialmente relacionadas às espécies Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium pachyrhizi, respectivamente. A análise polifásica dos dados morfofisiológicos, genotípicos e genômicos suportam a proposta de duas novas espécies, para as quais estão sendo propostos os nomes Bradyrhizobium tropiciagri sp. nov. (CNPSo 1112) e Bradyrhizobium embrapense sp. nov. (CNPSo 2833). No segundo estudo, diferenças genéticas (rep-PCR, hibridação DNA-DNA), genômicas (identidade média de nucleotídeos, conteúdo C+G), fenotípicas (testes morfofisiológicos e perfil de ácidos graxos) e filogenéticas (análise do gene 16S RNAr e multilocus sequence analysis -MLSA) revelaram que um grupo representado por quatro estirpes relevantes para a agricultura e simbiontes de soja, classificadas como Bradyrhizobium japonicum grupo Ia deveriam ser reclassificadas na nova espécie Bradyrhizobium diazoefficiens, sendo a estirpe USDA 110 eleita como estirpe tipo. Os resultados obtidos contribuem para o maior conhecimento da diversidade de rizóbios, com ênfase no gênero Bradyrhizobium, que aparentemente representa a maior porcentagem de rizóbios nos trópicos. Também houve grande aporte de conhecimento sobre a aplicação da genômica em estudos de sistemática procariótica. ABSTRACT: Brazil stands out in the agricultural scenario as a major producer of several economically important crops, such as soybean (Glycine max). Currently, there is need to increase crop yields, but inadequate soil and crop management can limit soil quality and agricultural sustainability. Biological nitrogen fixation, performed by nitrogen-fixing bacteria commonly known as rhizobia in symbiosis with leguminous plants, is highlighted as an important practice in agricultural ustainability, but it is estimated that the diversity of these bacteria is still poorly known. The polyphasic technique used today in taxonomy and systematics of prokaryotes includes genotypic, phenotypic and phylogenetic information to ensure proper classification of microorganisms. In the past decade, emphasis should also be given to the increasing incorporation of genomic data, as well as to the computational advances to analyze such sequences, providing a revolution in taxonomic and phylogenetic studies of prokaryotes. In this study, polyphasic analyses — including genomics — were performedin groups of Bradyrhizobium strains with strong indication of representing new species. The first study included two strains, CNPSo 1112 and CNPSo 2833, microsymbionts of perennial soybean (Neonotonia wightii) and desmodium (Desmodium heterocarpon), and originally classified in the species Bradyrhizobium elkanii and Bradyrhizobium pachyrhizi , respectively. The polyphasic analysis of morpho-physiological, phenotypic and genomic data supported the proposal of two new species, Bradyrhizobium tropiciagri sp. nov. (CNPSo 1112) and Bradyrhizobium embrapense sp. nov. (CNPSo 2833). In the second study, genetic (rep-PCR, DNA-DNA hybridization), genomic (average nucleotide identity -ANI, C+G content), phenotypic (morpho-physiological characteristics and fatty acid profiles) and phylogenetic (analysis of the 16S rRNA gene and multilocus sequencing analysis -MLSA) analyses revealed that a group represented by four strains relevant to agriculture, symbionts of soybean and classified as Bradyrhizobium japonicum group Ia should be reclassified into the new species Bradyrhizobium diazoefficiens, with the USDA 110 strain elected as the type strain. The results contribute to a better understanding of the diversity of rhizobia, with an emphasis on the genus Bradyrhizobium , which apparently is the dominant rhizobial species in the tropics. In addition, the results contribute to improve our knowledge on the application of genomic information in studies of systematics of prokaryotes.
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| 4. |  | RIBEIRO, R. A.; DELAMUTA, J. R. M.; HUNGRIA, M. Emprego da metodologia de MLSA em avaliações de filogenia e taxonomia de rizóbios: estudo com Rhizobium spp. Microssimbionte de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.). In: IBEROAMERICAN CONFERENCE ON BENEFICIAL PLANT - MICROORGANISM - ENVIRONMENT INTERACTIONS, 2.; NATIONAL MEETING OF THE SPANISH SOCIETY OF NITROGEN FIXATION, 14.; LATIN AMERICAN MEETING ON RHIZOBIOLOGY, 26.; SPANISH-PROTUGUESE CONGRESS ON NITROGEN FIXATION, 3., 2013, Sevilla. Microorganisms for future agriculture. Sevilla: Universidad de Sevilla; ALAR; SEFIN, 2013. p. 143-144.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
|    |
| 5. | | DELAMUTA, J. R. M.; RIBEIRO, R. A.; HUNGRIA, M. Utilização da técnica de MLSA em estudos taxonômicos e filogenéticos com Bradyrhizobium e sua importância na descrição de novas espécies. In: IBEROAMERICAN CONFERENCE ON BENEFICIAL PLANT - MICROORGANISM - ENVIRONMENT INTERACTIONS, 2.; NATIONAL MEETING OF THE SPANISH SOCIETY OF NITROGEN FIXATION, 14.; LATIN AMERICAN MEETING ON RHIZOBIOLOGY, 26.; SPANISH-PROTUGUESE CONGRESS ON NITROGEN FIXATION, 3., 2013, Sevilla. Microorganisms for future agriculture. Sevilla: Universidad de Sevilla; ALAR; SEFIN, 2013. p. 81-82.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 6. | | RIBEIRO, R. A.; GOMES, D. F.; DELAMUTA, J. R. M.; NOGUEIRA, M. A.; HUNGRIA, M. Análises genômicas na definição de novas espécies. In: REUNIÃO LATINOAMERICANA DE RIZOBIOLOGIA - RELAR, 27., 2016, Londrina. Fortalecendo as parcerias Sul-Sul: anais. Curitiba: SBCS-NEPAR, 2016. p. 130. Editores: Mariangela Hungria, Douglas Fabiano Gomes, Arnaldo Colozzi Filho.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | DELAMUTA, J. R. M.; RIBEIRO, R. A.; MELO, I. S. de; HUNGRIA, M. Evidências polifásicas suportam a reclassificação de bradyrhizobium japonicum tipo Ia em uma nova espécie. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. A responsabilidade socioambiental da pesquisa agrícola: anais. Viçosa: SBCS, 2012. 3 p. Trab. 109. 1 CD-ROM. Fertbio.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 14. | | DELAMUTA, J. R. M.; SCHERER, A. J.; RIBEIRO, R. A.; HUNGRIA, M. Genetic diversity of Agrobacterium species isolated from nodules of common bean and soybean in Brazil, Mexico, Ecuador and Mozambique, and description of the new species Agrobacterium fabacearum sp. nov. International journal of systematic and evolutionary microbiology, v. 70, p. 4233-4244, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 17. | | DELAMUTA, J. R. M.; RIBEIRO, R. A.; MENNA, P.; HUNGRIA, M. Taxonomia e filogenia de estirpes de Bradyrhizobium com base na metodologia de MLSA (Multilocus Sequence Analysis). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBILOGIA, 26.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BACTÉRIAS LÁTICAS; ENCONTRO NACIONAL DE PROFESSORES DE MICROBIOLOGIA; SIMPÓSIO DE COLEÇÕES DE CULTURAS, 4., 2011, Foz do Iguaçu. Anais... São Paulo: SBM, 2011. Resumo, 789-1.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 18. | | COSTA, M. R.; DELAMUTA, J. R. M.; RIBEIRO, R. A.; MERCANTE, F. M.; HUNGRIA, M. Uso de Multilocus Sequence Analysis (MLSA) para identificar rizóbios selecionados pela alta capacidade de fixação de nitrogênio com a cultura do feijoeiro em casa de vegetação e a campo. In: CONGRESSO BRASILEIRO MICROBIOLOGIA, 27., SIMPÓSIO IBEROAMERICANO SOBRE MICRO-ORGANISMOS FOTOSSINTETIZANTES, 2.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICOBACTÉRIAS, 15.; SIMPÓSIO DE FERMENTAÇÃO ALCOÓLICA, 2.; BRAZILIAN MICROBIOME WORKSHOP; BRAZILIAN MICROBIOME PROJECT MEETING, 1.; SIMPÓSIO DE COLEÇÕES DE CULTURA, 4.; MINI-SIMPÓSIO SOBRE NEW DELHI METALO-BETA-LACTAMASE-1 (NDM-1); 2013, NATAL. Anais... [São Paulo]: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | DALL'AGNOL, R. F.; DELAMUTA, J. R. M.; RIBEIRO, R. A.; HUNGRIA, M. Diversidade e filogenia de estirpes de Rhizobium pela metodologia de MLSA. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. A responsabilidade socioambiental da pesquisa agrícola: anais. Viçosa: SBCS, 2012. 4 p. Trab. 1212. 1 CD-ROM. Fertbio.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 20. | | FAGOTTI, D. S. L.; CEREZINI, P.; DELAMUTA, J. R. M.; HUNGRIA, M.; NOGUEIRA, M. A. Diversidade de bactérias diazotróficas endofíticas de milho em cultivos convencional e agroecológico. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. A responsabilidade socioambiental da pesquisa agrícola: anais. Viçosa: SBCS, 2012. 4 p. Trab. 867. 1 CD-ROM. Fertbio.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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