| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
|
Data corrente: |
05/05/2021 |
|
Data da última atualização: |
14/05/2021 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
LOPES, F. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; PASSAFARO, T. L.; BRUNES, L. C.; COSTA, M. F. O. e; EIFERT, E. da C.; NARCISO, M. G.; ROSA, G. J. M.; LOBO, R. B.; BALDI, F. |
|
Afiliação: |
CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; MARCOS FERNANDO OLIVEIRA E COSTA, CNPAF; EDUARDO DA COSTA EIFERT, CPAC; MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPAF. |
|
Título: |
Improving genomic prediction accuracy for meat tenderness in Nellore cattle using artificial neural networks. |
|
Ano de publicação: |
2020 |
|
Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 5, 2020. |
|
Páginas: |
p. 438-448 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
The goal of this study was to compare the predictive performance of artificial neural networks (ANNs) with Bayesian ridge regression, Bayesian Lasso, Bayes A, Bayes B and Bayes Cπ in estimating genomic breeding values for meat tenderness in Nellore cattle. The animals were genotyped with the Illumina Bovine HD Bead Chip (HD, 777K from 90 samples) and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP Indicus HD, 77K from 485 samples). The quality control for the genotypes was applied on each Chip and comprised removal of SNPs located on non‐autosomal chromosomes, with minor allele frequency <5%, deviation from HWE (p < 10?6), and with linkage disequilibrium >0.8. The FImpute program was used for genotype imputation. Pedigree‐based analyses indicated that meat tenderness is moderately heritable (0.35), indicating that it can be improved by direct selection. Prediction accuracies were very similar across the Bayesian regression models, ranging from 0.20 (Bayes A) to 0.22 (Bayes B) and 0.14 (Bayes Cπ) to 0.19 (Bayes A) for the additive and dominance effects, respectively. ANN achieved the highest accuracy (0.33) of genomic prediction of genetic merit. Even though deep neural networks are recognized to deliver more accurate predictions, in our study ANN with one single hidden layer, 105 neurons and rectified linear unit (ReLU) activation function was sufficient to increase the prediction of genetic merit for meat tenderness. These results indicate that an ANN with relatively simple architecture can provide superior genomic predictions for meat tenderness in Nellore cattle MenosThe goal of this study was to compare the predictive performance of artificial neural networks (ANNs) with Bayesian ridge regression, Bayesian Lasso, Bayes A, Bayes B and Bayes Cπ in estimating genomic breeding values for meat tenderness in Nellore cattle. The animals were genotyped with the Illumina Bovine HD Bead Chip (HD, 777K from 90 samples) and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP Indicus HD, 77K from 485 samples). The quality control for the genotypes was applied on each Chip and comprised removal of SNPs located on non‐autosomal chromosomes, with minor allele frequency <5%, deviation from HWE (p < 10?6), and with linkage disequilibrium >0.8. The FImpute program was used for genotype imputation. Pedigree‐based analyses indicated that meat tenderness is moderately heritable (0.35), indicating that it can be improved by direct selection. Prediction accuracies were very similar across the Bayesian regression models, ranging from 0.20 (Bayes A) to 0.22 (Bayes B) and 0.14 (Bayes Cπ) to 0.19 (Bayes A) for the additive and dominance effects, respectively. ANN achieved the highest accuracy (0.33) of genomic prediction of genetic merit. Even though deep neural networks are recognized to deliver more accurate predictions, in our study ANN with one single hidden layer, 105 neurons and rectified linear unit (ReLU) activation function was sufficient to increase the prediction of genetic merit for meat tenderness. These results indicate that an ANN with relative... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Bayesian regression models; Carne macia; Deep learning; Genomic selection; Maciez da carne. |
|
Thesagro: |
Carne; Gado de Corte; Genética Animal; Seleção Genética. |
|
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Zebu. |
|
Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/223045/1/Magnabosco-Improving-genomic-prediction-accuracy-for-meat-tenderness-in.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02672naa a2200373 a 4500
001 2131678
005 2021-05-14
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aLOPES, F. B.
245 $aImproving genomic prediction accuracy for meat tenderness in Nellore cattle using artificial neural networks.$h[electronic resource]
260 $c2020
300 $ap. 438-448
520 $aThe goal of this study was to compare the predictive performance of artificial neural networks (ANNs) with Bayesian ridge regression, Bayesian Lasso, Bayes A, Bayes B and Bayes Cπ in estimating genomic breeding values for meat tenderness in Nellore cattle. The animals were genotyped with the Illumina Bovine HD Bead Chip (HD, 777K from 90 samples) and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP Indicus HD, 77K from 485 samples). The quality control for the genotypes was applied on each Chip and comprised removal of SNPs located on non‐autosomal chromosomes, with minor allele frequency <5%, deviation from HWE (p < 10?6), and with linkage disequilibrium >0.8. The FImpute program was used for genotype imputation. Pedigree‐based analyses indicated that meat tenderness is moderately heritable (0.35), indicating that it can be improved by direct selection. Prediction accuracies were very similar across the Bayesian regression models, ranging from 0.20 (Bayes A) to 0.22 (Bayes B) and 0.14 (Bayes Cπ) to 0.19 (Bayes A) for the additive and dominance effects, respectively. ANN achieved the highest accuracy (0.33) of genomic prediction of genetic merit. Even though deep neural networks are recognized to deliver more accurate predictions, in our study ANN with one single hidden layer, 105 neurons and rectified linear unit (ReLU) activation function was sufficient to increase the prediction of genetic merit for meat tenderness. These results indicate that an ANN with relatively simple architecture can provide superior genomic predictions for meat tenderness in Nellore cattle
650 $aAnimal breeding
650 $aZebu
650 $aCarne
650 $aGado de Corte
650 $aGenética Animal
650 $aSeleção Genética
653 $aBayesian regression models
653 $aCarne macia
653 $aDeep learning
653 $aGenomic selection
653 $aMaciez da carne
700 1 $aMAGNABOSCO, C. de U.
700 1 $aPASSAFARO, T. L.
700 1 $aBRUNES, L. C.
700 1 $aCOSTA, M. F. O. e
700 1 $aEIFERT, E. da C.
700 1 $aNARCISO, M. G.
700 1 $aROSA, G. J. M.
700 1 $aLOBO, R. B.
700 1 $aBALDI, F.
773 $tJournal of Animal Breeding and Genetics$gv. 137, n. 5, 2020.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 81 | |
| 41. |  | GORDO, J. M. L.; SILVA, M. C. da; SOLANO, G. de A.; LOPES, F. B.; COSTA, M. F. O. e; ROCHA, F. E. de C.; FIORAVANTI, M. C. S.; SERENO, J. R. B. Cattle farmers: profile and speech content analysis while undergoing training to adopt artificial insemination in Goiás State, Brazil. Revista Brasileira de Zootecnia, v. 42, n. 3, p. 162-167, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
|    |
| 42. | | CARDOSO, D.; OLIVEIRA, N. A. de; LAUDARES, K. M.; VAZ JÚNIOR, R. G.; RAMOS, A. F.; PRADO, C. S. do; EGITO, A. A. do; COSTA. M. F. O. e; FIORAVANTE, M. C. S. Carcass and meat cut yield in feedlot of cattle breeds locally adapted. In: WORLD BUIATRICS CONGRESS, 26., 2010, Santiago. Proceedings... Santiago: Buatrics, 2010. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 43. | | CARDOSO, D.; OLIVEIRA, N. A. de; LAUDARES, K. M.; VAZ JÚNIOR, R. G.; RAMOS, A. F.; PRADO, C. S. do; EGITO, A. A. do; COSTA. M. F. O. e; FIORAVANTE, M. C. S. Carcass and meat cut yield in feedlot of cattle breeds locally adapted. In: WORLD BUIATRICS CONGRESS, 26., 2010, Santiago. Proceedings... Santiago: Buatrics, 2010. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|  |
| 44. | | MOREIRA, L. da C.; MAGNABOSCO, C. de U.; EIFERT, E. da C.; SILVA, S. D. C.; LOPES, F. B.; COSTA, M. F. O. e; PRADO, C. S.; GONZALEZ, R. D. S. Características de qualidade da carcaça em bovinos Nelore Mocho selecionados para maciez. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 24., 2014, Vitória. Anais... Vitória: UFES, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 45. | | MOREIRA, L. da C.; MAGNABOSCO, C. U.; EIFERT, E. da C.; SILVA, S. D. C.; LOPES, F. B.; COSTA, M. F. O. e; PRADO, C. S.; SAINZ, R. D. Características de qualidade da carcaça em bovinos Nelore Mocho selecionados para maciez. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 24., 2014, Vitória. Anais... Vitória: UFES, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 46. | | BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. de U.; BALDI REY, F. S.; COSTA, M. F. O. e; LOBO, R. B.; QUEIROZ, L. C. R. de; SILVA, F. N. O. da; CASTRO, L. M. de. Análise discriminante entre ocorrência de prenhez precoce e características de carcaça em bovinos da raça Nelore. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 27., 2017, Santos. Anais [eletrônicos]... Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2017. Zootec 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 47. | | BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. de U.; BALDI REY, F. S.; COSTA, M. F. O. e; LOBO, R. B.; QUEIROZ, L. C. R. de; SILVA, F. N. O. da; CASTRO, L. M. de. Análise discriminante entre ocorrência de prenhez precoce e características de carcaça em bovinos da raça Nelore. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 27., 2017, Santos. Anais [eletrônicos]... Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2017. Zootec.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 48. | | QUEIROZ, L. C. R. de; BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. de U.; COSTA, M. F. O. e; BALDI REY, F. S.; CASTRO, L. M. de; SANTOS, M. F. dos; SILVA, F. N. O. da. Evolução genética e fenotipica para características de crescimento pré-desmama em bovinos da raça nelore sob seleção para precocidade sexual. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 27., 2017, Santos. Anais [eletrônicos]... Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2017. Zootec 2017| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 49. | | QUEIROZ, L. C. R. de; BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. de U.; COSTA, M. F. O. e; BALDI REY, F. S.; CASTRO, L. M. de; SANTOS, M. F. dos; SILVA, F. N. O. da. Evolução genética e fenotipica para características de crescimento pré-desmama em bovinos da raça nelore sob seleção para precocidade sexual. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 27., 2017, Santos. Anais [eletrônicos]... Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2017. Zootec.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 50. | | MAGNABOSCO, C. de U.; REY, F. S. B.; LOPES, F. B.; SOARES, B. B.; PEREIRA, L. S.; CARVALHO, R. A.; COSTA, M. F. O. e; EIFERT, E. da C.; BRUNES, L. C. Ferramentas genéticas e genômicas na avaliação da eficiência alimentar de bovinos de corte. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2020. 60 p. (Embrapa Cerrados. Documentos, 361).| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
| |
| 51. | | LOPES, F. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; PASSAFARO, T. L.; BRUNES, L. C.; COSTA, M. F. O. e; EIFERT, E. da C.; NARCISO, M. G.; ROSA, G. J. M.; LOBO, R. B.; BALDI, F. Improving genomic prediction accuracy for meat tenderness in Nellore cattle using artificial neural networks. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 5, 2020. p. 438-448| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
| |
| 52. | | BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. de U.; BALDI, F. S.; COSTA, M. F. O. e; QUEIROZ, L. C. R. de; LOBO, R. B.; CROZARA, A. S.; LOPES, F. B. Genetic association between growth and maternal ability traits in Nelore cattle. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 55.; CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 28., 2018, Goiânia. Construindo saberes, formando pessoas e transformando a produção animal: anais eletrônicos. Goiânia: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 53. | | BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. de U.; BALDI, F. S.; COSTA, M. F. O. e; QUEIROZ, L. C. R. de; LOBO, R. B.; CROZARA, A. S.; LOPES, F. B. Genetic association between growth and maternal ability traits in Nelore cattle. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 55.; CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 28., 2018, Goiânia. Construindo saberes, formando pessoas e transformando a produção animal: anais eletrônicos. Goiânia: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 54. | | OLIVEIRA, N. A. de; COSTA, G. L.; NEIVA, J. N. M.; CARDOSO, L. F.; EGITO, A. A. do; REZENDE. P. L. de P.; RESTLE, J.; COSTA, M. F. O. e; FIORAVANTI, M. C. S. Weight gain percentage in feedlot of cattle breeds locally adapted. In: WORLD BUIATRICS CONGRESS, 26., 2010, Santiago. Proceedings... Santiago: Buatrics, 2010. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 55. | | BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. de U.; BALDI REY, F. S.; COSTA, M. F. O. e; LOBO, R. B.; QUEIROZ, L. C. R. de; SANTOS, M. F. dos; CROZARA, A. S. Estimativas de parâmetros genéticos para características associadas à habilidade materna em um rebanho da raça Nelore sob seleção para precocidade sexual. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto, SP. Fenômica e outras ômicas na produção animal: anais... Sertãozinho: Sociedade de Melhoramento Animal/Instituto de Zootecnia, 2017. SBMA 2017. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
| |
| 56. | | MAGNABOSCO, C. de U.; BRUNES, L. C.; BALDI REY, F. S.; QUEIROZ, L. C. R. de; COSTA, M. F. O. e; LOBO, R. B.; CROZARA, A. S.; GUIMARAES, N. C. Estimativas de parâmetros genéticos para características de carcaça em um rebanho nelore sob seleção para precocidade sexual. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 27., 2017, Santos. Anais [eletrônicos]... Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2017. Zootec.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
| |
| 57. | | MAGNABOSCO, C. de U.; BRUNES, L. C.; BALDI REY, F. S.; QUEIROZ, L. C. R. de; COSTA, M. F. O. e; LOBO, R. B.; LINS, C. R. de; CASTRO, L. M. de. Estimativas de parâmetros genéticos para características de crescimento pré-desmame em um rebanho nelore sob seleção para precocidade sexual. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 27., 2017, Santos. Anais [eletrônicos]... Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2017. Zootec.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
| |
| 58. | | MAGNABOSCO, C. de U.; BRUNES, L. C.; BALDI REY, F. S.; QUEIROZ, L. C. R. de; COSTA, M. F. O. e; LOBO, R. B.; SILVA, F. N. O. da; SANTOS, M. F. dos. Estimativas de parâmetros genéticos para características indicadoras de eficiência reprodutiva em um rebanho nelore sob seleção para precocidade sexual. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 27., 2017, Santos. Anais [eletrônicos]... Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2017. Zootec.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
| |
| 59. | | BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. de U.; BALDI, F. S.; COSTA, M. F. O. e; QUEIROZ, L. C. R. de; LOBO, R. B.; GUIMARAES, N. C.; LOPES, F. B. Estimates of genetic parameters for carcass and reproductive traits in Nelore cattle. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 55.; CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 28., 2018, Goiânia. Construindo saberes, formando pessoas e transformando a produção animal: anais eletrônicos. Goiânia: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 60. | | BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. de U.; BALDI, F. S.; COSTA, M. F. O. e; QUEIROZ, L. C. R. de; LOBO, R. B.; GUIMARAES, N. C.; LOPES, F. B. Estimates of genetic parameters for carcass and reproductive traits in Nelore cattle. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 55.; CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 28., 2018, Goiânia. Construindo saberes, formando pessoas e transformando a produção animal: anais eletrônicos. Goiânia: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| Registros recuperados : 81 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
