| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Semiárido. Para informações adicionais entre em contato com cpatsa.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
|
Data corrente: |
05/09/2022 |
|
Data da última atualização: |
06/01/2023 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
MEDEIROS, F. L. V.; SANTOS, C. A. F.; COSTA, A. E. S. |
|
Afiliação: |
F. L. B. MEDEIROS, UFRPE; CARLOS ANTONIO FERNANDES SANTOS, CPATSA; A. E. S. COSTA, UFRPE. |
|
Título: |
Comparing SNP-based genetic linkage and physical maps in guava (Psidium guajava). |
|
Ano de publicação: |
2022 |
|
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 21, n. 2, gmr19033, 2022. |
|
DOI: |
DOI http://dx.doi.org/10.4238/gmr19033 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Genome mapping is a simplified representation of molecular markers or nucleotide sequences in chromosomes; developing accurate and dense maps is crucial for marker-assisted selection. We developed and compared genetic linkage maps obtained using JoinMap 4.0 and GACD with a physical map obtained using BLAST analysis based on Eucalyptus SNPs transferred to guava, Psidium guajava (Myrtaceae) - to serve as a reference for trait mapping in this crop. Genotyping was conducted on 112 individuals from an experimental cross between a well-known commercial cultivar and an exotic genotype (Pedro Sato × Purple guava), using the Euchip60K SNP chip, version 2.0 (72,202 SNPs); 79% of the SNPs were monomorphic. After data filtering, 1120 markers were used for map construction. The JoinMap 4.0 linkage map had 203 markers, spanning 1405.2 cM, with an average marker distance of 7.7 cM. The GACD linkage map had 186 markers and spanned 1392.7 cM, with an average marker distance of 8.8 cM. JoinMap and GACD disagreed on the estimated distances and SNP ordering. GACD showed a greater limitation than JoinMap 4.0 as it ordered markers according to their parental origin. The physical map developed using BLAST consisted of 694 hits (e-values from 8xE-10 to 1.15xE-26), spanning 434.88 Mb, with an average marker interval of 0.62 Mb. Both linkage maps showed linkage groups with segments from several chromosomes compared to the physical map, indicating limitations. These results highlight the effectiveness of physical mapping through BLAST to overcome linkage mapping limitations, such as in marker grouping and ordering. The physical maps proposed here can serve as a reference for mapping and QTL estimates in guava. MenosGenome mapping is a simplified representation of molecular markers or nucleotide sequences in chromosomes; developing accurate and dense maps is crucial for marker-assisted selection. We developed and compared genetic linkage maps obtained using JoinMap 4.0 and GACD with a physical map obtained using BLAST analysis based on Eucalyptus SNPs transferred to guava, Psidium guajava (Myrtaceae) - to serve as a reference for trait mapping in this crop. Genotyping was conducted on 112 individuals from an experimental cross between a well-known commercial cultivar and an exotic genotype (Pedro Sato × Purple guava), using the Euchip60K SNP chip, version 2.0 (72,202 SNPs); 79% of the SNPs were monomorphic. After data filtering, 1120 markers were used for map construction. The JoinMap 4.0 linkage map had 203 markers, spanning 1405.2 cM, with an average marker distance of 7.7 cM. The GACD linkage map had 186 markers and spanned 1392.7 cM, with an average marker distance of 8.8 cM. JoinMap and GACD disagreed on the estimated distances and SNP ordering. GACD showed a greater limitation than JoinMap 4.0 as it ordered markers according to their parental origin. The physical map developed using BLAST consisted of 694 hits (e-values from 8xE-10 to 1.15xE-26), spanning 434.88 Mb, with an average marker interval of 0.62 Mb. Both linkage maps showed linkage groups with segments from several chromosomes compared to the physical map, indicating limitations. These results highlight the effectiveness... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
BLAST; Mapeamento de características qualitativas e quantitativas em goiaba; Transferibilidade de SNPs. |
|
Thesagro: |
Genoma; Goiaba; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Psidium Guajava. |
|
Thesaurus Nal: |
Guavas. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
Marc: |
LEADER 02565naa a2200265 a 4500
001 2146109
005 2023-01-06
008 2022 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $aDOI http://dx.doi.org/10.4238/gmr19033$2DOI
100 1 $aMEDEIROS, F. L. V.
245 $aComparing SNP-based genetic linkage and physical maps in guava (Psidium guajava).$h[electronic resource]
260 $c2022
520 $aGenome mapping is a simplified representation of molecular markers or nucleotide sequences in chromosomes; developing accurate and dense maps is crucial for marker-assisted selection. We developed and compared genetic linkage maps obtained using JoinMap 4.0 and GACD with a physical map obtained using BLAST analysis based on Eucalyptus SNPs transferred to guava, Psidium guajava (Myrtaceae) - to serve as a reference for trait mapping in this crop. Genotyping was conducted on 112 individuals from an experimental cross between a well-known commercial cultivar and an exotic genotype (Pedro Sato × Purple guava), using the Euchip60K SNP chip, version 2.0 (72,202 SNPs); 79% of the SNPs were monomorphic. After data filtering, 1120 markers were used for map construction. The JoinMap 4.0 linkage map had 203 markers, spanning 1405.2 cM, with an average marker distance of 7.7 cM. The GACD linkage map had 186 markers and spanned 1392.7 cM, with an average marker distance of 8.8 cM. JoinMap and GACD disagreed on the estimated distances and SNP ordering. GACD showed a greater limitation than JoinMap 4.0 as it ordered markers according to their parental origin. The physical map developed using BLAST consisted of 694 hits (e-values from 8xE-10 to 1.15xE-26), spanning 434.88 Mb, with an average marker interval of 0.62 Mb. Both linkage maps showed linkage groups with segments from several chromosomes compared to the physical map, indicating limitations. These results highlight the effectiveness of physical mapping through BLAST to overcome linkage mapping limitations, such as in marker grouping and ordering. The physical maps proposed here can serve as a reference for mapping and QTL estimates in guava.
650 $aGuavas
650 $aGenoma
650 $aGoiaba
650 $aMarcador Molecular
650 $aMelhoramento Genético Vegetal
650 $aPsidium Guajava
653 $aBLAST
653 $aMapeamento de características qualitativas e quantitativas em goiaba
653 $aTransferibilidade de SNPs
700 1 $aSANTOS, C. A. F.
700 1 $aCOSTA, A. E. S.
773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 21, n. 2, gmr19033, 2022.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
|
Data corrente: |
08/02/2011 |
|
Data da última atualização: |
28/05/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Circulação/Nível: |
B - 1 |
|
Autoria: |
QUEIROZ, V. A. V.; MORAES, E. A.; QUEIROZ, L. R.; TARDIN, F. D.; GUEDES, E. de O.; PEREIRA FILHO, I. A.; LOMBARDI, C. T. |
|
Afiliação: |
VALERIA APARECIDA VIEIRA QUEIROZ, CNPMS; ERICA AGUIAR MORAES, Bolsista; LUCIANO RODRIGUES QUEIROZ, Bolsista; FLAVIO DESSAUNE TARDIN, CNPMS; ESTEFÂNIA DE OLIVEIRA GUEDES, Bolsista; ISRAEL ALEXANDRE PEREIRA FILHO, CNPMS; CLAUDIO TEIXEIRA LOMBARDI, Universidade Estadual do Norte Fluminense. |
|
Título: |
Utilização de cobertura comestível na conservação pós-colheita de minimilho minimamente processado. |
|
Ano de publicação: |
2010 |
|
Fonte/Imprenta: |
Ciência e Tecnologia de Alimentos, Campinas, v. 30, n. 4, p. 910-916, out./dez. 2010. |
|
DOI: |
10.1590/S0101-20612010000400012 |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Minimilhos obtidos das cultivares de milho Vivi, híbrido simples de endosperma doce em fase experimental, e AG 1051, híbrido duplo comercial, comum, foram revestidos com cobertura comestível de fécula de mandioca a 2 e 4% e armazenados a 5 °C. Um tratamento controle, sem revestimento, foi utilizado nas mesmas condições. Foram realizadas análises físico-químicas a cada três dias, durante nove dias, e de perda de massa, diariamente, a partir do terceiro até o décimo segundo dia. Observou-se variação na acidez, no pH e nos teores de Sólidos Solúveis Totais (SST) das amostras ao longo do período de armazenamento. A cobertura com fécula de mandioca não influenciou na acidez e no pH do minimilho obtido da cultivar de milho Vivi, no final do armazenamento, porém elevou a acidez da cultivar AG 1051. De um modo geral, o revestimento com cobertura de fécula de mandioca foi eficiente na preservação da massa de minimilho, no armazenamento refrigerado a 5 °C. O desempenho da cultivar experimental Vivi foi similar ao da cultivar comercial AG 1051 para as variáveis perda de massa (controle e cobertura a 4%) e acidez (cobertura a 2 e 4%) e melhor para a variável SST (cobertura a 2 e 4%). |
|
Palavras-Chave: |
Perda de massa; Sólido solúvel. |
|
Thesagro: |
Acidez; Fécula; Mandioca; Zea mays. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/26582/1/Valeria.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02066naa a2200277 a 4500
001 1876168
005 2018-05-28
008 2010 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1590/S0101-20612010000400012$2DOI
100 1 $aQUEIROZ, V. A. V.
245 $aUtilização de cobertura comestível na conservação pós-colheita de minimilho minimamente processado.$h[electronic resource]
260 $c2010
520 $aMinimilhos obtidos das cultivares de milho Vivi, híbrido simples de endosperma doce em fase experimental, e AG 1051, híbrido duplo comercial, comum, foram revestidos com cobertura comestível de fécula de mandioca a 2 e 4% e armazenados a 5 °C. Um tratamento controle, sem revestimento, foi utilizado nas mesmas condições. Foram realizadas análises físico-químicas a cada três dias, durante nove dias, e de perda de massa, diariamente, a partir do terceiro até o décimo segundo dia. Observou-se variação na acidez, no pH e nos teores de Sólidos Solúveis Totais (SST) das amostras ao longo do período de armazenamento. A cobertura com fécula de mandioca não influenciou na acidez e no pH do minimilho obtido da cultivar de milho Vivi, no final do armazenamento, porém elevou a acidez da cultivar AG 1051. De um modo geral, o revestimento com cobertura de fécula de mandioca foi eficiente na preservação da massa de minimilho, no armazenamento refrigerado a 5 °C. O desempenho da cultivar experimental Vivi foi similar ao da cultivar comercial AG 1051 para as variáveis perda de massa (controle e cobertura a 4%) e acidez (cobertura a 2 e 4%) e melhor para a variável SST (cobertura a 2 e 4%).
650 $aAcidez
650 $aFécula
650 $aMandioca
650 $aZea mays
653 $aPerda de massa
653 $aSólido solúvel
700 1 $aMORAES, E. A.
700 1 $aQUEIROZ, L. R.
700 1 $aTARDIN, F. D.
700 1 $aGUEDES, E. de O.
700 1 $aPEREIRA FILHO, I. A.
700 1 $aLOMBARDI, C. T.
773 $tCiência e Tecnologia de Alimentos, Campinas$gv. 30, n. 4, p. 910-916, out./dez. 2010.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
