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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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Data corrente: |
28/04/2021 |
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Data da última atualização: |
28/04/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CORNACINI, M. R.; MANOEL, R. O.; ALCANTARA, M. A. M.; MORAES, M. L. T.; SILVA, E. A. A.; PEREIRA NETO, L. G.; SEBBENN, A. M.; ROSSINI, B. C.; MARINO, C. L. |
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Afiliação: |
MAIARA R. CORNACINI, UNESP, Botucatu-SP; RICARDO O. MANOEL, UNESP, Botucatu-SP; MARCELO A. M. ALCANTARA, UNESP, Botucatu-SP; MARIO L. T. MORAES, UNESP, Ilha Solteira-SP; EDVALDO A. A. SILVA, UNESP, Botucatu-SP; LEONEL GONCALVES PEREIRA NETO, CNPASA; ALEXANDRE M. SEBBENN, INSTITUTO FLORESTAL DE SÃO PAULO, Piracicaba-SP; BRUNO C. ROSSINI, UNESP, Botucatu-SP; CELSO L. MARINO, UNESP, Botucatu-SP. |
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Título: |
Detection and application of novel SSR markers from transcriptome data for Astronium fraxinifolium Schott, a threatened Brazilian tree species. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, 2021. |
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ISSN: |
0301-4851 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-021-06338-5 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Astronium fraxinifolium is an endangered tree species from Brazil. Due to its significance in environmental reforestation, as well as the continued exploitation of its wood, it is necessary to develop management programs that support the conservation of the species. Simple sequence repeats (SSR) or microsatellite markers are widely used in population genetic studies across a range of diverse organisms. In this study, we present the first SSR markers developed for A. fraxinifolium as well as their frequency and distribution based on transcriptome data. From transcriptome data, we identified more than 100 thousand sequences presenting microsatellites, with a predominant distribution of trinucleotide repeats. From the initial screening, we selected 20 microsatellite loci which were validated and evaluated for genetic indices in two natural populations. All loci were polymorphic, ranging from four to 11 alleles per locus. The observed and expected heterozygosities ranged from 0 to 1.0 and from 0.533 to 1.0, respectively, while the genetic differentiation (GST = 0.363) was greater within than between populations. The developed SSR loci from RNA-Seq data provides a foundation for future studies on genetic diversity and population structure, mating system, and gene flow for A. fraxinifolium populations and related species, aiming at conservation and management. |
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Palavras-Chave: |
Conservation genetics; Microsatellite markers. |
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Thesagro: |
Anacardiaceae; Astronium Fraxinifolium. |
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Thesaurus Nal: |
Conservation plants; Genetic markers; Microsatellite repeats; Population genetics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/222904/1/mbr-2021.pdf
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Marc: |
LEADER 02452naa a2200337 a 4500
001 2131540
005 2021-04-28
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
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520 $aAstronium fraxinifolium is an endangered tree species from Brazil. Due to its significance in environmental reforestation, as well as the continued exploitation of its wood, it is necessary to develop management programs that support the conservation of the species. Simple sequence repeats (SSR) or microsatellite markers are widely used in population genetic studies across a range of diverse organisms. In this study, we present the first SSR markers developed for A. fraxinifolium as well as their frequency and distribution based on transcriptome data. From transcriptome data, we identified more than 100 thousand sequences presenting microsatellites, with a predominant distribution of trinucleotide repeats. From the initial screening, we selected 20 microsatellite loci which were validated and evaluated for genetic indices in two natural populations. All loci were polymorphic, ranging from four to 11 alleles per locus. The observed and expected heterozygosities ranged from 0 to 1.0 and from 0.533 to 1.0, respectively, while the genetic differentiation (GST = 0.363) was greater within than between populations. The developed SSR loci from RNA-Seq data provides a foundation for future studies on genetic diversity and population structure, mating system, and gene flow for A. fraxinifolium populations and related species, aiming at conservation and management.
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773 $tMolecular Biology Reports, 2021.
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Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
28/10/2008 |
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Data da última atualização: |
19/04/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
Nacional - A |
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Autoria: |
PEREIRA, G. E.; LIMA, L. C. de O.; REGINA, M. de A.; ROSIER, J.-P.; FERRAZ, V.; MOURÃO JUNIOR, M. |
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Afiliação: |
GIULIANO ELIAS PEREIRA, CNPUV; Luiz Carlos de Oliveira Lima, UFLA; Murilo de Albuquerque Regina, EPAMIG; Jean-Pierre Rosier, EPAGRI; Vany Ferraz, UFMG; MOISES CORDEIRO MOURAO DE O JUNIOR, CPATU. |
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Título: |
Avaliação do potencial de cinco cultivares de videiras americanas para sucos de uva no sul de Minas Gerais. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
Ciência e Agrotecnologia, Lavras, v. 32, n. 5, p. 1531-1537, 2008. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Disponível também on-line. |
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Conteúdo: |
Objetivou-se, no presente trabalho realizar uma caracterização dos sucos de uva de cinco cultivares de videira americana Vitis labrusca (Folha de Figo, Alwood, Concord, BRS-Rúbea e Isabel) segundo suas características visuais, olfativas e gustativas, utilizando um método descritivo por um painel de degustadores da Embrapa Uva e Vinho (EMBRAPA/CNPUV) de Bento Gonçalves e da Associação Brasileira de Enologia (ABE), constituído por doze degustadores. De acordo com os resultados, os sucos das cultivares Isabel e Folha de Figo foram superiores aos demais, segundo a análise de componentes principais (ACP), principalmente pelas variáveis limpidez, equilíbrio olfativo, intensidade e corpo gustativo, persistência olfato-gustativa e julgamento geral (notas). O suco Folha de Figo foi superior ao Isabel quanto à tonalidade, sendo o primeiro caracterizado como vermelho-violáceo. A cultivar Folha de Figo é a mais utilizada na região para a produção de suco, podendo os produtores utilizarem também a cultivar Isabel, que mostrou potencial nas condições edafo-climáticas do sul de Minas Gerais. |
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Palavras-Chave: |
Americana; Análise sensorial; Cultivar; Minas Gerais; Videira. |
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Thesagro: |
Suco; Uva; Variedade; Viticultura; Vitis Labrusca. |
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Categoria do assunto: |
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X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/30625/1/AvaliacaoPotencialCinco.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/CPATSA-2009-09/39291/1/OPB1938.pdf
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Marc: |
LEADER 01986naa a2200313 a 4500
001 1410177
005 2013-04-19
008 2008 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aPEREIRA, G. E.
245 $aAvaliação do potencial de cinco cultivares de videiras americanas para sucos de uva no sul de Minas Gerais.
260 $c2008
500 $aDisponível também on-line.
520 $aObjetivou-se, no presente trabalho realizar uma caracterização dos sucos de uva de cinco cultivares de videira americana Vitis labrusca (Folha de Figo, Alwood, Concord, BRS-Rúbea e Isabel) segundo suas características visuais, olfativas e gustativas, utilizando um método descritivo por um painel de degustadores da Embrapa Uva e Vinho (EMBRAPA/CNPUV) de Bento Gonçalves e da Associação Brasileira de Enologia (ABE), constituído por doze degustadores. De acordo com os resultados, os sucos das cultivares Isabel e Folha de Figo foram superiores aos demais, segundo a análise de componentes principais (ACP), principalmente pelas variáveis limpidez, equilíbrio olfativo, intensidade e corpo gustativo, persistência olfato-gustativa e julgamento geral (notas). O suco Folha de Figo foi superior ao Isabel quanto à tonalidade, sendo o primeiro caracterizado como vermelho-violáceo. A cultivar Folha de Figo é a mais utilizada na região para a produção de suco, podendo os produtores utilizarem também a cultivar Isabel, que mostrou potencial nas condições edafo-climáticas do sul de Minas Gerais.
650 $aSuco
650 $aUva
650 $aVariedade
650 $aViticultura
650 $aVitis Labrusca
653 $aAmericana
653 $aAnálise sensorial
653 $aCultivar
653 $aMinas Gerais
653 $aVideira
700 1 $aLIMA, L. C. de O.
700 1 $aREGINA, M. de A.
700 1 $aROSIER, J.-P.
700 1 $aFERRAZ, V.
700 1 $aMOURÃO JUNIOR, M.
773 $tCiência e Agrotecnologia, Lavras$gv. 32, n. 5, p. 1531-1537, 2008.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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