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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
09/01/2024 |
Data da última atualização: |
09/01/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
MALUF, M. P.; SILVESTRINI, M.; RUGGIERO, L. M. de C.; GUERREIRO FILHO, O.; COLOMBO, C. A. |
Afiliação: |
MIRIAN PEREZ MALUF, CNPCa; MILENE SILVESTRINI, INSTITUTO AGRONÔMICO; LUCIANA MACHADO DE CAMPOS RUGGIERO, INSTITUTO AGRONÔMICO; OLIVEIRO GUERREIRO FILHO, INSTITUTO AGRONÔMICO; CARLOS AUGUSTO COLOMBO, INSTITUTO AGRONÔMICO. |
Título: |
Genetic diversity of cultivated Coffea arabica inbred lines assessed by RAPD, AFLP and SSR marker systems. |
Ano de publicação: |
2005 |
Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 62, n. 4, p. 366-373, 2005. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Título em português: Caracterização da diversidade genética de linhagens comerciais de Coffea arabica através de marcadores moleculares do tipo RAPD, AFLP e SSR. |
Conteúdo: |
ABSTRACT: One of the greatest problems in Coffea arabica breeding is identifying precisely any inbred line, based only on botanical and agronomical descriptors, because of the reduced genetic variability of the species, close pedigree origin, which results in small phenotypic variation. Recently, molecular markers have been used for plant germplasm characterization and identification in several commercial species. This work evaluates the reliability of three marker systems: RAPD, AFLP and SSR, to characterize the genetic variability of commercially-used Coffea inbred lines developed by the Instituto Agronômico (IAC), and their potential for cultivar identification. All methods identified polymorphisms among the cultivars. The genetic diversity recognized by the methods is very similar, although is very narrow. RAPD and SSR marker systems grouped more efficiently the evaluated cultivars according to parental origin. None of the methods allowed inbred line identification. Therefore for varietal protection, it would be necessary using a combination of botanical, agronomical and molecular markers descriptors for precise cultivar identification. RESUMO: A identificação de linhagens de Coffea arabica a partir de descritores botânicos e agronômicos é um problema para o desenvolvimento de cultivares. Basicamente, a limitada variação fenotípica observada em cultivares é o resultado de uma estreita variabilidade genética em C. arabica associada com uma origem genealógica próxima. Recentemente, os uso de marcadores moleculares tem contribuído para a caracterização e identificação de várias espécies de interesse comercial. O objetivo deste trabalho foi comparar a confiabilidade de três tipos de marcadores moleculares, RAPD, AFLP e SSR, para a caracterização da variabilidade genética e uma possível identificação de linhagens comerciais de Coffea desenvolvidas pelo IAC. Os métodos avaliados permitiram identificar polimorfismos entre cultivares. A variabilidade genética detectada por eles é muito semelhante, ainda que reduzida. Marcadores do tipo RAPD e SSR foram mais eficientes em análises de parentesco, e o agrupamento das linhagens correspondeu à sua origem genealógica. No entanto, nenhum dos métodos testados permitiu a identificação individual de linhagens. Neste caso, a utilização conjunta de descritores botânicos, agronômicos e marcadores moleculares é recomendada para a identificação precisa de linhagens, visando processos de proteção legal de cultivares de Coffea. MenosABSTRACT: One of the greatest problems in Coffea arabica breeding is identifying precisely any inbred line, based only on botanical and agronomical descriptors, because of the reduced genetic variability of the species, close pedigree origin, which results in small phenotypic variation. Recently, molecular markers have been used for plant germplasm characterization and identification in several commercial species. This work evaluates the reliability of three marker systems: RAPD, AFLP and SSR, to characterize the genetic variability of commercially-used Coffea inbred lines developed by the Instituto Agronômico (IAC), and their potential for cultivar identification. All methods identified polymorphisms among the cultivars. The genetic diversity recognized by the methods is very similar, although is very narrow. RAPD and SSR marker systems grouped more efficiently the evaluated cultivars according to parental origin. None of the methods allowed inbred line identification. Therefore for varietal protection, it would be necessary using a combination of botanical, agronomical and molecular markers descriptors for precise cultivar identification. RESUMO: A identificação de linhagens de Coffea arabica a partir de descritores botânicos e agronômicos é um problema para o desenvolvimento de cultivares. Basicamente, a limitada variação fenotípica observada em cultivares é o resultado de uma estreita variabilidade genética em C. arabica associada com uma origem genealógica próxima. Rece... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Coffea Arábica; Identificação; Marcador Molecular; Variedade. |
Thesaurus Nal: |
Cultivar identification. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1160620/1/Genetic-diversity.pdf
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Marc: |
LEADER 03433naa a2200241 a 4500 001 2160620 005 2024-01-09 008 2005 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aMALUF, M. P. 245 $aGenetic diversity of cultivated Coffea arabica inbred lines assessed by RAPD, AFLP and SSR marker systems.$h[electronic resource] 260 $c2005 500 $aTítulo em português: Caracterização da diversidade genética de linhagens comerciais de Coffea arabica através de marcadores moleculares do tipo RAPD, AFLP e SSR. 520 $aABSTRACT: One of the greatest problems in Coffea arabica breeding is identifying precisely any inbred line, based only on botanical and agronomical descriptors, because of the reduced genetic variability of the species, close pedigree origin, which results in small phenotypic variation. Recently, molecular markers have been used for plant germplasm characterization and identification in several commercial species. This work evaluates the reliability of three marker systems: RAPD, AFLP and SSR, to characterize the genetic variability of commercially-used Coffea inbred lines developed by the Instituto Agronômico (IAC), and their potential for cultivar identification. All methods identified polymorphisms among the cultivars. The genetic diversity recognized by the methods is very similar, although is very narrow. RAPD and SSR marker systems grouped more efficiently the evaluated cultivars according to parental origin. None of the methods allowed inbred line identification. Therefore for varietal protection, it would be necessary using a combination of botanical, agronomical and molecular markers descriptors for precise cultivar identification. RESUMO: A identificação de linhagens de Coffea arabica a partir de descritores botânicos e agronômicos é um problema para o desenvolvimento de cultivares. Basicamente, a limitada variação fenotípica observada em cultivares é o resultado de uma estreita variabilidade genética em C. arabica associada com uma origem genealógica próxima. Recentemente, os uso de marcadores moleculares tem contribuído para a caracterização e identificação de várias espécies de interesse comercial. O objetivo deste trabalho foi comparar a confiabilidade de três tipos de marcadores moleculares, RAPD, AFLP e SSR, para a caracterização da variabilidade genética e uma possível identificação de linhagens comerciais de Coffea desenvolvidas pelo IAC. Os métodos avaliados permitiram identificar polimorfismos entre cultivares. A variabilidade genética detectada por eles é muito semelhante, ainda que reduzida. Marcadores do tipo RAPD e SSR foram mais eficientes em análises de parentesco, e o agrupamento das linhagens correspondeu à sua origem genealógica. No entanto, nenhum dos métodos testados permitiu a identificação individual de linhagens. Neste caso, a utilização conjunta de descritores botânicos, agronômicos e marcadores moleculares é recomendada para a identificação precisa de linhagens, visando processos de proteção legal de cultivares de Coffea. 650 $aCultivar identification 650 $aCoffea Arábica 650 $aIdentificação 650 $aMarcador Molecular 650 $aVariedade 700 1 $aSILVESTRINI, M. 700 1 $aRUGGIERO, L. M. de C. 700 1 $aGUERREIRO FILHO, O. 700 1 $aCOLOMBO, C. A. 773 $tScientia Agricola$gv. 62, n. 4, p. 366-373, 2005.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Registros recuperados : 17 | |
1. | | SILVESTRINI, M.; MALUF, M. P.; RUGGIERO, L. M. de C.; GUERREIRO-FILHO, O.; COLOMBO, C. A. Caracterização de linhagens comerciais de café através de marcadores moleculares. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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2. | | ANDRADE, A. C.; VIEIRA, L. G. E.; COLOMBO, C. A.; PEREIRA, G. A. G. Coffee functional genomics in Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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3. | | ANDRADE, A. C.; VIEIRA, L. G. E.; COLOMBO, C. A.; PEREIRA, G. A. G. Coffee functional genomics in Brazil. INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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4. | | MALUF, M. P.; SILVESTRINI, M.; RUGGIERO, L. M. de C.; GUERREIRO FILHO, O.; COLOMBO, C. A. Genetic diversity of cultivated Coffea arabica inbred lines assessed by RAPD, AFLP and SSR marker systems. Scientia Agricola, v. 62, n. 4, p. 366-373, 2005. Título em português: Caracterização da diversidade genética de linhagens comerciais de Coffea arabica através de marcadores moleculares do tipo RAPD, AFLP e SSR.Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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5. | | NOBILE, P. M.; QUECINI, V.; BAZZO, B.; QUITERIO, G.; MAZZAFERA, P.; COLOMBO, C. A. Transcriptional profile of genes involved in the byosynthesis of phytate and ferritin in coffea. Journal of Agricultural and Food Chemistry, Washington DC, v. 58, n. 6, p. 3479-3487, mar. 2010.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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6. | | VENANCIO, M. M. H.; KIIHL, T. A. M.; SIMON, R. de A.; PUTTINI, F. de A.; NICOMEDES JÚNIOR, J.; COLOMBO, C. A. Caracterização agro-morfológica de acessos elite de mamona (Ricinus communis) do banco de germoplasma do Instituto Agronômico de Campinas. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 356Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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7. | | SAWAZAKI, H. E.; SA, L. A. N. de; GONÇALVES, C. R. N. C. B.; VEIGA, R. F. A.; COLOMBO, C. A. Molecular diagnosis optimization of virus, bacteria and fungi in sugarcane. Internacional Research Journal of Plant Science, Sapele, v. 4, n. 3, p. 76-83, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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8. | | VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E. Obtenção de marcadores moleculares por meio de PCR-RFLP de genes relacionados com qualidade em café. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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9. | | SAWAZAKI, H. E.; SÁ, L. A. N. de; ALCÂNTARA, M. Q.; POLEZ, V. L. P.; GONÇALVES, C. R. N. C. B.; VEIGA, R. F. A.; COLOMBO, C. A. Otimização da diagnose molecular de vírus, bactéria e fungo em cana-de-açúcar. Biológico, São Paulo, v. 73, n. 2, p. 282-287, 2011. Anais da 24ª Reunião Anual do Instituto Biológico, São Paulo, nov. 2011.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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10. | | ZUCCHI, M. I.; PINHEIRO, J. B.; VELLO, N. A.; OLIVEIRA, E. J. de; ARIAS, C. A. A.; PRIOLLI, R. H. G.; MOLLER, M.; COLOMBO, C. A. Uso de marcadores microssatélites na caracterização de cultivares brasileiras de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 3., 2005, Gramado. Anais... Passo Fundo: Embrapa Trigo; Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2005. 1 CD-ROM. Seção: Área 1 - Espécies Anuais - Resumos: Pdf.1645. Editado por Ana Christina Sagebin Albuquerque, Cláudia de Mori, Edson Iorczeski, João Carlos Haas, Paulo Fernando Bertagnolli.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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11. | | CARVALHO, V. C.; SAWAZAKI, H. E.; GONÇALVES, C. R. N. C. B.; SENGER, M. M. M.; SA, L. A. N. de; VEGA, R. F. A.; ALCÂNTARA, M. Q.; COLOMBO, C. A. Análises moleculares de bactérias e fungo em cana-de-açúcar. In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 4., 2010, Campinas. Anais... Campinas: IAC: ITAL: APTA; Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, 2010. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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12. | | MONDEGO, J. M. C.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; TOKUDA, E. K.; PARIZZI, L. P.; COSTA, G. G. L.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, G. A. G. An EST-based analysis identifies new genes and reveals distinctive gene expression features of Coffea arabica and Coffea canephora. BMC Plant Biology, v.11, n. 30, 2011.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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13. | | VIDAL, R. O.; MONDEGO, J. M. C.; POT, D.; AMBRÓSIO, A. B.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. A high-throughput data mining of single nucleotide polymorphisms in Coffea species expresed sequence tags suggests differential homeologous gene expression in the allotetrapoloid Coffea arabica. PLANT PHYSIOLOGY, v. 154, p. 1053-1066. 2010. 1053-1066Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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14. | | PERSEGUINI, J. M. C. K.; CHIORATTO, A. F.; ZUCCHI, M. I.; COLOMBO, C. A.; CARBONELL, S. A. M.; MONDEGO, J. M. C.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; CAMPOS, T. de; SOUZA, A. P. de; RUBIANO, L. B. Genetic diversity in cultivated carioca common beans based on molecular marker analysis. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 34, n. 1, p. 88-102, 2011.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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15. | | COLOMBO, C. A.; YAMAMOTO, P. Y.; RAMOS, L. C. S.; MAZZAFERA, P.; GALLO, P. B.; VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Novos marcadores para fins de mapeamento e localização de QTLs a partir de PCR-RFLP de genes de genoma café brasileiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas : anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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16. | | PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; POT, D.; MOLLER, M.; GALLO, P. B.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; YAMAMOTO, P. Y.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; FERREIRA, L. P.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A. Construção de um mapa genético a partir de uma população F2 derivada do cruzamento entre Coffea arabica e C. canephora e Sua utilidade para qualidade de bebida. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas : anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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17. | | VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Brazilian Journal of Plant Physiology, v. 18, n. 1, p. 95-108, 2006.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: -- - A |
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