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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
Data corrente: |
09/07/2009 |
Data da última atualização: |
14/06/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
KUBO, K. S.; STUART, R. M.; FREITAS-ASTÚA, J.; ANTONIOLI-LUIZON, R.; LOCALI-FABRIS, E. C.; COLETTA-FILHO, H. D.; MACHADO, M. A.; KITAJIMA, E. W. |
Afiliação: |
Karen Sumire Kubo, APTA; R. M. Stuart, APTA; Juliana Freitas-Ástua, CNPMF; Renata Antonioli-Luizon, APTA; Eliane Cristina Locali-Fabris, APTA; Helvecio Della Coletta-Filho, APTA; Marcos Antonio Machado, APTA; Elliot Watanabe Kitajima, ESALQ. |
Título: |
Evaluation of the genetic variability of orchid fleck virus by single-strand conformational polymorphism analysis and nucleotide sequencing of a fragment from the nucleocapsid. |
Ano de publicação: |
2009 |
Fonte/Imprenta: |
Archives of Virology, v. 154, n. 6, p. 1009-1014, mai. 2009. |
ISSN: |
0304-8608 |
DOI: |
DOI 10.1007/s00705-009-0395-8 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The variability of a fragment of the nucleocapsid gene of orchid fleck virus (OFV) was investigated by single-strand conformational polymorphism (SSCP) analysis and nucleotide sequencing. Forty-eight samples of 18 genera of orchids were collected from Brazil, Costa Rica and Australia. The SSCP analysis yielded six different band patterns, and phylogenetic analysis based on the nucleotide fragment sequence obtained in this work and six available in GenBank showed two different groups, one with isolates 023Germany and So-Japan, and other with the rest of the isolates. None of the analyses showed geographic correlation among the Brazilian strains. The data obtained in this study showed a low genetic variation in this region of the genome; the dN/dS ratio of 0.251-0.405 demonstrated a negative selective pressure that maintains the stability of the analyzed fragments. |
Palavras-Chave: |
Nuclear type. |
Thesaurus Nal: |
Orchid fleck virus. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 01736naa a2200253 a 4500 001 1654417 005 2023-06-14 008 2009 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a0304-8608 024 7 $aDOI 10.1007/s00705-009-0395-8$2DOI 100 1 $aKUBO, K. S. 245 $aEvaluation of the genetic variability of orchid fleck virus by single-strand conformational polymorphism analysis and nucleotide sequencing of a fragment from the nucleocapsid.$h[electronic resource] 260 $c2009 520 $aThe variability of a fragment of the nucleocapsid gene of orchid fleck virus (OFV) was investigated by single-strand conformational polymorphism (SSCP) analysis and nucleotide sequencing. Forty-eight samples of 18 genera of orchids were collected from Brazil, Costa Rica and Australia. The SSCP analysis yielded six different band patterns, and phylogenetic analysis based on the nucleotide fragment sequence obtained in this work and six available in GenBank showed two different groups, one with isolates 023Germany and So-Japan, and other with the rest of the isolates. None of the analyses showed geographic correlation among the Brazilian strains. The data obtained in this study showed a low genetic variation in this region of the genome; the dN/dS ratio of 0.251-0.405 demonstrated a negative selective pressure that maintains the stability of the analyzed fragments. 650 $aOrchid fleck virus 653 $aNuclear type 700 1 $aSTUART, R. M. 700 1 $aFREITAS-ASTÚA, J. 700 1 $aANTONIOLI-LUIZON, R. 700 1 $aLOCALI-FABRIS, E. C. 700 1 $aCOLETTA-FILHO, H. D. 700 1 $aMACHADO, M. A. 700 1 $aKITAJIMA, E. W. 773 $tArchives of Virology$gv. 154, n. 6, p. 1009-1014, mai. 2009.
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Registros recuperados : 22 | |
2. | | COLETTA FILHO, H. D.; RODRIGUES, C.; TAKITA, M. A.; MACHADO, M. A. Ensaio de patogenicidade da bactéria Xylella fastidiosa, estirpe J1 a 12, em plantas de tabaco. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, supl., p. S48, ago. 2004. Edição dos Resumos do XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, ago. 2004.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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5. | | CARVALHO, S. A. de; GIRARDI, E. A.; MOURÃO FILHO, F. de A.; FERRAREZI, R. S.; COLETTA FILHO, H. D. Advances in citrus propagation in Brazil. Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 41, n. 6, (e-422), 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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7. | | SOUZA, A. A. de; TAKITA, M. A.; PEREIRA, E. O.; RODRIGUES, C. M. COLETTA FILHO, H. D.; MACHADO, M. A. Expressão de genes de adesão e adaptação de Xylella fastidiosa durante crescimento in planta e formação de biofilme in vitro. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, supl., p. S44, ago. 2004. Edição dos Resumos do XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, ago. 2004.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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9. | | BOVANAES, L.; STUCHI, E. S.; SAFADY, N. G.; FRANCISCO, C. S.; GIL, M. C. S.; COLETTA-FILHO, H. D. Genetic structure of Candidatus Liberibacter asiaticus in brazil: the geographic regions and host effects. In: INTERNATIONAL CITRUS CONGRESS, 2016, Foz do Iguaçu. Sustainable citriculture: the role of applied knowledge: abstract book. Londrina: IAPAR; Campinas: IAC, 2016. Resumo S6-319, p. 88.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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10. | | KUBO, K. S.; STUART, R. M.; FREITAS-ASTÚA, J.; ANTONIOLI-LUIZON, R.; LOCALI-FABRIS, E. C.; COLETTA-FILHO, H. D.; MACHADO, M. A.; KITAJIMA, E. W. Evaluation of the genetic variability of orchid fleck virus by single-strand conformational polymorphism analysis and nucleotide sequencing of a fragment from the nucleocapsid. Archives of Virology, v. 154, n. 6, p. 1009-1014, mai. 2009.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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11. | | COLETTA-FILHO, H. D.; TARGON, M. L. P. N.; TAKITA, M. A.; DE NEGRI, J. D.; POMPEU JUNIOR, J.; MACHADO, M. A.; AMARAL, A. M.; MULLER, G. W. First report of the causal agent of Huanglongbing ("Candidatus Liberibacter asiaticus") in Brazil. Plant Disease, v. 88, n. 12, p. 1382, 2004.Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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12. | | COLETTA-FILHO, H. D.; CARLOS, E. F.; TAKITA, M. A.; TARGON, M. L. P. N.; ALVES, K. C. S.; AMARAL, A. M. do; MACHADO, M. A. Effective detection and genome sequencing approaches of candidatus Liberibacter sp. causing Huanglongbing (HLB) in São Paulo, Brazil. In: INTERNATIONAL CITRUS CANKER AND HUANGLONGBING RESEARCH WORKSHOP, 2., 2005, Orlando. Proceedings... Orlando: Florida Citrus Mutual, 2005. p. 79Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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13. | | OSIRO, D.; COLNAGO, L. A.; OTOBONI, A. M. M. B.; LEMOS, E. G. M.; SOUZA, A. A.; COLETTA FILHO, H. D.; MACHADO, M. A. A kinetic model for Xylella fastidiosa adhesion, biofilm formation, and virulence. FEMS Microbiology Letters, v. 236, p. 313-318, 2004.Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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14. | | AMARAL, A. M. do; BAPTISTA, J. C.; SOUZA, C. B.; WINCK, F. V.; RONCOLETTA, J.; COLETTA FILHO, H. D.; TAKITA, M. A.; MACHADO, M. A. Functional genomics and diagnostic of Xanthomonas axonopodis pv. citri towards pathogenicity-related genes. In: INTERNATIONAL CITRUS CANKER AND HUANGLONGBING RESEARCH WORKSHOP, 2. 2005, Orlando. Proceedings... Orlando: Florida Citrus Muual, 2005. p. 69Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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15. | | TAKITA, M. A.; SOUZA, A. A. de; BORGES, K. M.; COLETTA FILHO, H. D.; MONGE, G. A.; DESTÉFANO, S.; RODRIGUES NETO, J.; MACHADO, M. A. Região RPF (Regulação de Fatores de Patogenicidade) distingue espécies de Xanthomonas. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, p. S253, ago. 2004. Edição dos Resumos do XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, ago. 2004.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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16. | | TAKITA, M. A.; AMARAL, A. M. do; SOUZA, A. A. de; COLETTA FILHO, H. D.; CARVALHO, S. A.; MACHADO, M. A. Resistência de plantas de diferentes espécies de Capsicum a Xanthomonas axonopodis PV. Citri. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, p. S255, ago. 2004. Edição dos Resumos do XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, ago. 2004.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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17. | | STUCHI, E. S.; SILVA, S. R.; COLETTA-FILHO, H. D.; FRANCO, D.; CARVALHO, S. A.; SEMPIONATO, O. R.; DONADIO, L. C.; ALVES, K. C. S. Navelina ISA 315 sweet orange: a CVC tolerant cultivar. In: INTERNATIONAL RESEARCH CONFERENCE ON HUANGLONGBING, 2008, Orlando, Florida. Proceedings of the meeting... Orlando: Florida Citrus Mutual, 2008. p. 337.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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18. | | MACHADO, M. A.; ASTUA-MONGE, G.; TARGON, M. L. P. N.; TAKITA, M. A.; FREITAS-ASTUA, J.; SOUZA, A. A.; COLETTA FILHO, H. D.; AMARAL, A. M. do; CRISTOFANI, M.; BASTIANEL, M.; PALMIERI, D. A.; BASILIO, A. C. Citrus genomics in Brazil (CitEST): experiences and future perspectives. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 34., 2005, Águas de Lindóia. Programa e índices... Águas de Lindóia: SBBq, 2005.Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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19. | | SOUZA, A. A. de; TAKITA, M. A.; COLETTA FILHO, H. D.; TARGON, M. L. P. N.; CARLOS, E. F.; FABRIS, E. C. L.; AMARAL, A. M.; ASTÚA, J. F.; PINHATI, A. C. O.; CAMARGO, R. L. B.; BERGER, I. J.; RODRIGUES, C. M.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. Analysis of expressed sequence tags from Citrus sinensis L. Osbeck infected with Xylella fastidiosa. Genetics and Molecular Biology, v. 30, n. 3, suppl., p. 957-964, 2007.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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20. | | SOUZA, A. A. de; TAKITA, M. A.; COLETTA-FILHO, H. D.; TARGON, M. L. P. N.; CARLOS, E. F.; LOCALI-FABRIS, E. C.; AMARAL, A. M.; FREITAS-ÁSTUA, J.; SILVA-PINHATI, A. C. O.; BOSCARIOL-CAMARGO, R. L.; BERGER, I. J.; RODRIGUES, C. M.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. Analysis of expressed sequence tags from Citrus sinensis L. Osbeck infected with Xylella fastidiosa. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 957-964, 2007.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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