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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
20/03/2024 |
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Data da última atualização: |
20/03/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, D. A. B.; BRESOLIN, T.; COELHO, S. G.; CAMPOS, M. M.; LAGE, C. F. A.; LEÃO, J. M.; PEREIRA, L. G. R.; HERNANDEZ, L.; DOREA, J. R. R. |
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Afiliação: |
DARIO A. B. OLIVEIRA, UNIVERSITY OF WISCONSIN-MADISON; TIAGO BRESOLIN, UNIVERSITY OF ILLINOIS; SANDRA G. COELHO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS; MARIANA MAGALHAES CAMPOS, CNPGL; UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS; UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS; LUIZ GUSTAVO RIBEIRO PEREIRA, CNPGL; LAURA HERNANDEZ, UNIVERSITY OF WISCONSIN-MADISON; JOÃO R. R. DOREA, UNIVERSITY OF WISCONSIN-MADISON. |
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Título: |
A polar transformation augmentation approach for enhancing mammary gland segmentation in ultrasound images. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Computers and Electronics in Agriculture, v. 220, 108825, 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.compag.2024.108825 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Environmental factors can detrimentally affect mammary gland development, leading to negative impacts on milk secretion in mammals. Ultrasonography serves as a non-invasive and non-destructive method for assessing mammary gland characteristics and development. Deep learning approaches enable automated monitoring of mammary gland development, though they typically require large, labeled datasets that may be limited by data collection constraints. This study aimed to develop and evaluate a polar transformation-based augmentation strategy to enhance the performance of deep learning algorithms for mammary gland segmentation in small datasets. We collected 405 ultrasound images of mammary glands (front and rear quarters) from 29 crossbred F1 Holstein x Gyr calves aged 5 to 11 weeks. The parenchyma tissue in these images was manually annotated using the VGG Image Annotator. A leave-one-animal-out cross-validation approach was employed to train the semantic segmentation algorithm. In this approach, all images from one calf were used as a testing set, and images from the remaining 28 calves were used for training in each of the 29 iterations. Our proposed method involved utilizing a polar transform technique for data augmentation in ultrasound images and the PSPNet deep learning algorithm for image segmentation. The average F1-score on the testing set was 54% in week 1, 70% in week 2, and 75% in week 3. Our findings revealed that the algorithm’s performance was suboptimal for images with very small parenchyma (week 1). However, as the mammary gland developed, the identification and segmentation of parenchymal tissue significantly improved. The performance of deep learning algorithms in segmenting small tissues could potentially be enhanced by using larger datasets and higher resolution images. In conclusion, our study demonstrates that polar transformation is an effective strategy for augmenting mammary gland ultrasound images, which in turn improves the performance of deep neural networks in segmenting parenchymal tissue. MenosEnvironmental factors can detrimentally affect mammary gland development, leading to negative impacts on milk secretion in mammals. Ultrasonography serves as a non-invasive and non-destructive method for assessing mammary gland characteristics and development. Deep learning approaches enable automated monitoring of mammary gland development, though they typically require large, labeled datasets that may be limited by data collection constraints. This study aimed to develop and evaluate a polar transformation-based augmentation strategy to enhance the performance of deep learning algorithms for mammary gland segmentation in small datasets. We collected 405 ultrasound images of mammary glands (front and rear quarters) from 29 crossbred F1 Holstein x Gyr calves aged 5 to 11 weeks. The parenchyma tissue in these images was manually annotated using the VGG Image Annotator. A leave-one-animal-out cross-validation approach was employed to train the semantic segmentation algorithm. In this approach, all images from one calf were used as a testing set, and images from the remaining 28 calves were used for training in each of the 29 iterations. Our proposed method involved utilizing a polar transform technique for data augmentation in ultrasound images and the PSPNet deep learning algorithm for image segmentation. The average F1-score on the testing set was 54% in week 1, 70% in week 2, and 75% in week 3. Our findings revealed that the algorithm’s performance was suboptimal for images... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Polar transformation; Segmentação semântica; Semantic segmentation; Transformação polar; Ultrassonografia. |
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Thesagro: |
Bovino; Glândula Mamaria; Ultrassom. |
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Thesaurus Nal: |
Mammary glands; Ultrasonography. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 03118naa a2200349 a 4500
001 2163042
005 2024-03-20
008 2024 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.compag.2024.108825$2DOI
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260 $c2024
520 $aEnvironmental factors can detrimentally affect mammary gland development, leading to negative impacts on milk secretion in mammals. Ultrasonography serves as a non-invasive and non-destructive method for assessing mammary gland characteristics and development. Deep learning approaches enable automated monitoring of mammary gland development, though they typically require large, labeled datasets that may be limited by data collection constraints. This study aimed to develop and evaluate a polar transformation-based augmentation strategy to enhance the performance of deep learning algorithms for mammary gland segmentation in small datasets. We collected 405 ultrasound images of mammary glands (front and rear quarters) from 29 crossbred F1 Holstein x Gyr calves aged 5 to 11 weeks. The parenchyma tissue in these images was manually annotated using the VGG Image Annotator. A leave-one-animal-out cross-validation approach was employed to train the semantic segmentation algorithm. In this approach, all images from one calf were used as a testing set, and images from the remaining 28 calves were used for training in each of the 29 iterations. Our proposed method involved utilizing a polar transform technique for data augmentation in ultrasound images and the PSPNet deep learning algorithm for image segmentation. The average F1-score on the testing set was 54% in week 1, 70% in week 2, and 75% in week 3. Our findings revealed that the algorithm’s performance was suboptimal for images with very small parenchyma (week 1). However, as the mammary gland developed, the identification and segmentation of parenchymal tissue significantly improved. The performance of deep learning algorithms in segmenting small tissues could potentially be enhanced by using larger datasets and higher resolution images. In conclusion, our study demonstrates that polar transformation is an effective strategy for augmenting mammary gland ultrasound images, which in turn improves the performance of deep neural networks in segmenting parenchymal tissue.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 94 | |
| 1. |  | FREITAS, G. A. R.; COELHO, S. G.; GONCALVES, L. C.; RODRIGUES, J. A. S.; BORGES, I. Consumo e digestibilidade aparente da matéria seca, proteína e energia bruta, e balanco de nitrogênio das silagens de cinco genótipos de milho. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 55, n. 4, p. 443-449, 2003.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 8. | | AZEVEDO, R. A. de; ARAÚJO, L.; COELHO, S. G.; FARIA FILHOI, D. E. de; DUARTE, E. R.; GERASEEV, L. C. Desempenho de bezerros alimentados com silagem de leite de transição. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 5, p. 545-552, maio 2013. Título em inglês: Performance of calves fed silage transition milk.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 11. | | SOUZA, R. S. de; LEÃO, J. M.; CAMPOS, J. C.; COELHO, S. G.; CAMPOS, M. M.; LIMA, J. A. M.; FARIA, B. K. A. Avaliação da correlação entre proteína plasmática total do soro de bezerras F1 mestiças Holandês x Zebu avaliada com refratômetro óptico e digital. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 52., 2015, Belo Horizonte. Zootecnia: otimizando recursos e potencialidades: anais. Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | FURINI, P. M.; SANTOS, G. B.; AZEVEDO, R. A.; RUFINO, S. R. de A.; CARVALHO, B. C. de; MACHADO, F. S.; CAMPOS, M. M.; COELHO, S. G. Avaliação do desenvolvimento da glândula mamária de bezerras mestiças leiteiras até os 90 dias de idade por meio de ultrassonografia. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | NOBRE, M. M.; COELHO, S. G.; HADDAD, J. P. A.; CAMPOS, E. F.; LANA, A. M. Q.; REIS, R. B.; SATURNINO, H. M. Avaliação da incidência e fatores de risco da retenção de placenta em vacas mestiças leiteiras. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, v. 64, n. 1, p. 101-107, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | JOLOMBA, J. R.; MARCONDES, M. I.; VELOSO, C. M.; OSS, D. B.; AZEVEDO, R. A.; COELHO, S. G.; CAMPOS, M. M. Breed effect on energy requirements of crossbred (Holstein x Gyr) or purebred Holstein calves. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE BOVINOCULTURA LEITEIRA - SIMLEITE, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOVINOCULTURA LEITEIRA, 3., 2015, Viçosa, MG. Anais... Viçosa: UFV, 2015. p. 381-383.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 15. | | MATOS, J. P. C. De; RUFINO, S. R. De A.; CARVALHO, B. C. de; CAMPOS, M. M.; COELHO, S. G.; PIRES, M. de F. A. Comportamento de bezerros na fase de cria: utilização de abrigo móvel. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE AGROPECUÁRIA SUSTENTÁVEL., 8.; INTERNATIONAL CONFERENCE ON SUSTAINABLE AGRICULTURE, 5. Sinop. Ciência, tecnologia e inovação para o desenvolvimento sustentável das novas fronteiras agrícolas: anais. [Sinop: SIMBRAS], 2016. p. 180-184.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | SOARES, G. O.; NEVES, L. F. M.; GOMES, M. B.; FERREIRA, S. E.; SILVA, A. S.; DIAVÃO, J.; COELHO, S. G.; MACHADO, F. S.; CAMPOS, M. M. Consumo de leite, concentrado e água de bezerros holandeses nos primeiros 28 dias de idade sob estresse térmico por calor. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE PIBIC/CNPQ, 26., 2022, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2022. p. 30-34.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 17. | | VIEIRA, F. A. P.; BORGES, I.; STEHLING, C. A. V.; GONCALVES, L. C.; COELHO, S. G. C.; FERREIRA, M. I. C.; RODRIGUES, J. A. S. Qualidade de silagens de sorgo com aditivos. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 56, n. 6, p. 764-772, dez. 2004.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 18. | | LOMBARDI, M. C.; DINIZ NETO, H. do C.; COELHO, S. G.; MACHADO, F. S.; PEREIRA, L. G. R.; TOMICH, T. R.; CAMPOS, M. M. Evaluation of ingestive behavior, ruminal and blood parameters, performance, and thermography as a phenotypic divergence markers of residual feed intake in rearing dairy heifers. Animals, v. 12, n. 3, article 331, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
|  |
| 19. | | LOURES, A. R. S.; GOMES, M. B.; NEVES, L. F. M.; FERREIRA, S. E.; SILVA, A. S.; COELHO, S. G.; CARVALHO, W. A.; CAMPOS, M. M. O estresse térmico por calor altera a saúde em bezerros leiteiros? In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE, 27., 2023, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2024. p. 99-103. (Embrapa Gado de Leite. Eventos Técnicos & Científicos, 2). Pibic/CNPq.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 20. | | AZEVEDO, R. A.; MACHADO, F. S.; CAMPOS, M. M.; FURINI, P. M.; RUFINO, S. R.; PEREIRA, L. G. R.; TOMICH, T. R.; COELHO, S. G. The effects of increasing amounts of milk replacer powder added to whole milk on feed intake and performance in dairy heifers. Journal of Dairy Science, v. 99, n. 10, p. 8018-8027, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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