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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
10/09/2021 |
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Data da última atualização: |
24/02/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; BÁRBARA S. F. MÜLLER, UNIVERSITY OF FLORIDA, Gainesville-FL; JANEO EUSTÁQUIO DE ALMEIDA FILHO, BAYER BRAZIL; ODILON PEIXOTO MORAIS JÚNIOR, UFG; CLEBER MORAIS GUIMARAES, CNPAF; TEREZA CRISTINA DE OLIVEIRA BORBA, CNPAF; ISABELA PAVANELLI DE SOUZA; MARIA IMACULADA ZUCCHI, AGRIBUSINESS TECHNOLOGY AGENCY, São Paulo; LEANDRO G. NEVES, RAPID GENOMICS, Gainesville-FL; ALEXANDRE S. G. COELHO, UFG; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
Genome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Plant Science, v. 11, 574674, Nov. 2020. |
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ISSN: |
1664-462X |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fpls.2020.574674 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Drought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from DArT and CaptureSeq. The estimated linkage disequilibrium extension, corrected for structure and relatedness (r2sv), was 98.63 and 124.18 kb for landraces and breeding lines, respectively. Germplasm was structured into landraces and lines/cultivars. We carried out GWASs for 100-SW and yield in field environments with and without water stress for 3 consecutive years, using single-, segment-, and gene-based models. Higher number of associations at high stringency was identified for the SW trait under irrigation, totaling ~185 QTLs for both single- and segment-based, whereas gene-based GWASs showed ~220 genomic regions containing ~650 genes. For SW under drought, 18 QTLs were identified for single- and segment-based and 35 genes by gene-based GWASs. For yield, under irrigation, 25 associations were identified, whereas under drought the total was 10 using both approaches. In addition to the consistent associations detected across experiments, these GWAS approaches provided important complementary QTL information (~221 QTLs; 650 genes; r2 from 0.01% to 32%). Several QTLs were mined within or near candidate genes playing significant role in productivity, providing better understanding of the genetic mechanisms underlying these traits and making available molecular tools to be used in marker-assisted breeding. The findings also allowed the identification of genetic material (germplasm) with better yield performance under drought, promising to a common bean breeding program. Finally, the availability of this highly diverse Mesoamerican panel is of great scientific value for the analysis of any relevant traits in common bean. MenosDrought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from DArT and CaptureSeq. The estimated linkage disequilibrium extension, corrected for structure and relatedness (r2sv), was 98.63 and 124.18 kb for landraces and breeding lines, respectively. Germplasm was structured into landraces and lines/cultivars. We carried out GWASs for 100-SW and yield in field environments with and without water stress for 3 consecutive years, using single-, segment-, and gene-based models. Higher number of associations at high stringency was identified for the SW trait under irrigation, totaling ~185 QTLs for both single- and segment-based, whereas gene-based GWASs showed ~220 genomic regions containing ~650 genes. For SW under drought, 18 QTLs were identified for single- and segment-based and 35 genes... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Candidate markers; CaptureSeq; DArTseq markers; Genetic diversity; GWAS; Seed-weight. |
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Thesagro: |
Feijão; Marcador Molecular; Phaseolus Vulgaris; Resistência a Seca. |
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Thesaurus Nal: |
Beans; Genetic markers; Seed yield. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225833/1/fps.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| 41. |  | LOPES, F. A. C.; STEINDORFF, A. S.; GERALDINE, A. M.; BRANDÃO, R. S.; MONTEIRO, V. N.; LOBO JUNIOR, M.; COELHO, A. S. G.; ULHOA, C. J.; SILVA, R. N. Biochemical and metabolic profiles of Trichoderma strains isolated from common bean crops in the Brazilian Cerrado, and potential antagonism against Sclerotinia sclerotiorum. Fungal Biology, Oxford, v. 116, p. 815-824, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 42. | | BUENO, L. G.; VIANELLO, R. P.; RANGEL, P. H. N.; UTUMI, M. M.; CORDEIRO, A. C. C.; PEREIRA, J. A.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F.; MENDONÇA, J. A.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; BRONDANI, C. Adaptabilidade e estabilidade de acessos de uma coleção nuclear de arroz. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 47, n. 2, p. 216-226, fev. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 43. | | LOUZADA, G. A. S.; BANDEIRA, L. F.; BRONDANI, R. P. V.; TRIGUEIRO, E. L.; MIRANDA, D. D.; PAULA, D. P. COELHO, A. S. G.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Caracterização genômica de Eucalyptus através do seqüenciamento de pontas de BACs. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. A era da genômica: da bioestatística à bioinformática: anais. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 597.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 44. | | OLIVEIRA, R. de S.; RIBEIRO, C. V. G.; NERES, D. F.; PORTO, A. C. da M.; RIBEIRO, D.; SIQUEIRA, L. de; ZAUZA, E. A. V.; COELHO, A. S. G.; REIS, C. A. F.; ALFENAS, A. C.; NOVAES, E. Evaluation of genetic parameters and clonal selection of Eucalyptus in the Cerrado region. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 20, n. 3, e29982031, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 45. | | REVERS, L. F.; IRALA, P. B.; SERAFIM, D. C. da S.; COELHO, A. S. G.; MACHADO, C. A. E.; LAMPE, V. S.; OLIVEIRA, P. R. D. de; GARRIDO, L. da R. Construção de um mapa genético de referência para o desenvolvimento de ferramentas moleculares aplicadas ao melhoramento da videira. In: CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 10.; CONGRESSO BRASILEIRO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 11.; SEMINÁRIO FRANCO-BRASILEIRO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 2., 2005, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2005. p. 300.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 46. | | PANTALIÃO, G. F.; VIANELLO, R. P.; BUENO, L. G.; MENDONÇA, J. A.; COELHO, A. S. G.; CORDEIRO, A. C. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIEIRA, A. F.; BRONDANI, C. Development of SNP markers for grain yield screening of Brazilian rice cultivars. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 55, e01643, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Roraima; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 47. | | BASTOLLA, F. M.; PAZZINI, F.; CARAZZOLLE, M. F.; BRONDANI, R. V.; COELHO, A. S. G.; GRATTAPAGLIA, D.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PEREIRA, G. A. G.; PASQUALI, G.; CASCARDO, J. C. M. Differential expression of xylem specific genes involved in cellulose quality for two contrasting Eucalyptus species. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. A era da genômica: da bioestatística à bioinformática: anais. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 627.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 48. | | PASQUALI, G.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; BASTOLLA, F. M.; VOM ENDT, D.; BRONDANI, R. V.; COELHO, A. S. G.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PEREIRA, G. A. G.; CASCARDO, J. C. M.; GRATTAPAGLIA, D. Microarray analysis of eucalyptus gene expression. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 35., 2006, Águas de Lindóia, SP. Programas e resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 49. | | GOMES-MESSIAS, L. M.; VIANELLO, R. P.; MARINHO, G. R.; RODRIGUES, L. A.; COELHO, A. S. G.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. de. Genetic mapping of the Andean anthracnose resistance gene present in the common bean cultivar BRSMG Realce. Frontiers in Plant Science, v, 13, 1033687, Nov. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 54. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 56. | | SOUZA, D. D. de; QUEIROZ, A. P. de; PEREIRA, F. S.; DIANESE, E. de C.; FAJARDO, T. V. M.; NHANI JUNIOR, A.; LAU, D.; SILVA, L. A. da; RIBEIRO, B. M.; COELHO, A. S. G.; AGUIAR, R. W. de S.; MELLO, R. N. de; SILVA, F. N. da. Molecular characterization and sequence analysis of four Brazilian rice stripe necrosis virus isolates. Archives of Virology, v. 166, n. 6, p. 1763-1767, June 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Trigo; Embrapa Uva e Vinho. |
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| 57. | | KIRCH, R. P.; SCHWAMBACH, J.; BASTOLLA, F. M.; PAZZINI, F.; PIZZOLI, G.; ROESLER, G. A.; MIRANDA, R. P.; CARAZZOLLE, M. F.; BRONDANI, R. V.; COELHO, A. S. G.; GRATTAPAGLIA, D.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; PEREIRA, G. A. G.; FETT-NETO, A. G.; CASCARDO, J. C. M.; PASQUALI, G. Projeto Genolyptus: seqüenciamento e análise de transcritos de plântulas de Eucalyptus grandis submetidos a diferentes estímulos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. A era da genômica: da bioestatística à bioinformática: anais. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 528.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 58. | | PEREIRA, W. J.; ABREU, F. R. M.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P. Transcriptoma para seca revela novos genes para o germoplasma do feijão comum mesoamericano. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 12., 2017, Piracicaba. Produtividade e sustentabilidade da cultura do feijão: do campo para a mesa: resumos. Piracicaba: CENA: IAC, 2017. p. 32. CONAFE| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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