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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
31/01/2018 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
TATIANE C. S. CHUD, FCAV/Unesp; DEREK M. BICKHART, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; JOHN B. COLE, Usda; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; DANÍSIO P. MUNARI, FCAV/Unesp. |
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Título: |
Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2018. |
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Páginas: |
1 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2018. P0490. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius B. da Silva. |
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Conteúdo: |
Gene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future selective breeding. MenosGene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Copy number variants. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Composite breeds. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171991/1/PL-CopyNumber-PAGXXVI.pdf
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Marc: |
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520 $aGene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future selective breeding.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 62. |  | SILVA, S. D.; MICHEREFF FILHO, M.; SILVA, K. F. A. S.; LOPES, R. B.; FARIA, M. R. de. Persistência do fungo Beauveria bassiana em folhas de algodoeiro. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 084. p. 125| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 63. | | SILVA, S. D.; MICHEREFF FILHO, M.; SILVA, K. F. A. S.; LOPES, R. B.; FARIA, M. R. de. Persistência do fungo Beauveria bassiana em folhas de algodoeiro. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. p. 125| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 65. | | COSTA, L. S. A. S.; FARIA, M. R. de; CHIARAMONTE, J. B.; MAUCHLINE, T. H.; BETTIOL, W.; MENDES, R. Wheat rhizosphere bacterial communities and protection against root rot caused by Bipolaris sorokiniana. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 51., 2019, Recife. Os avanços da fitopatologia na era genômica: anais. Recife: SBF, UFRPE, 2019. p. 148.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 66. | | COSTA, L. S. A. S.; FARIA, M. R. de; CHIARAMONTE, J. B.; ROSSMANN, M.; BETTIOL, W.; MENDES, R. Wheat rhizosphere bacterial communities and tolerance against root rot caused by Fusarium graminearum. In: PLANT MICROBIOME SYMPOSIUM, 2., 2018, Amsterdam. [Abstracts...] Amsterdam: Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW), 2018. Ref. P11.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 67. | | SILVEIRA, E. B.; AL-JANABI, S. M.; FARIA, M. R. de; MAGALHÃES, B. P.; TIGANO, M. S. Uso da técnica de RAPD no estudo de polimorfismo do gafanhoto Schistocerca pallens (Orthoptera: Acrididae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 16.; ENCONTRO NACIONAL DE FITOSSANITARISTAS, 7., 1997, Salvador, BA. Resumos. Salvador: Sociedade Entomológica do Brassil, 1997. p. 358.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 68. | | COSTA, L. S. A. S.; FARIA, M. R. de; CHIARAMONTE, J. B.; MAUCHLINE, T. H.; BETTIOL, W.; MENDES, R. Rhizobacterial community dynamics of resistant and susceptible wheat genotypes in the presence of the pathogen Fusarium graminearum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 51., 2019, Recife. Os avanços da fitopatologia na era genômica: anais. Recife: SBF, UFRPE, 2019. p. 147.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 69. | | FARIA, M. R. de; COSTA, L. S. A. S.; CHIARAMONTE, J. B.; ROSSMANN, M.; BETTIOL, W.; MENDES, R. Rhizosphere bacterial communities as a strategy in wheat protection against root rot caused by Bipolaris sorokiniana. In: SIMPÓSIO DE MANEJO DE DOENÇAS DE PLANTAS, 18., 2018, Lavras. Biotecnologia aplicada à fitopatologia: anais... Lavras: NEFIT-UFLA, 2018. p. 173.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 70. | | LOPES, R. B.; SOUZA, T. A. D.; MASCARIN, G. M.; SOUZA, D. A. de; BETTIOL, W.; SOUZA, H. R.; FARIA, M. R. de. Akanthomyces diversity in Brazil and their pathogenicity to plant-sucking insects. Journal of Invertebrate Pathology, v. 200, article 107955, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 71. | | MÜLLER, A. A.; FARIA, M. R. de; SOUZA, L. A. de; BUECKE, J.; VALE, M. P. do; SILVA, J. S. de O. Avaliação do fungo Beauveria bassiana no controle de lagartas de Eupalamides daedalus Cramer (Lepidoptera: Castniidae) em dendezeiros. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 20., 2004, Gramado. Programa e resumos... Gramado: Sociedade Entomológica do Brasil, 2004. p. 295.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 72. | | FARIA, M. R. de; LUNDGREN, J. G.; FONTES, E. M. G.; FERNANDES, O. A.; SCHMIDT, F.; VAN TUAT, N.; ANDOW, D. A. Assessing the effects of Bt cotton on generalist arthropod predators. In: HILBECK, A.; ANDOW, D. A.; FONTES, E. M. G.; KAPUSCINSKI, A. R.; SCHEI, P. J. (Ed.). Environmental risk assessment of genetically modified organisms: methodologies for assessing Bt cotton in Brazil. Wallingford, UK: CABI Publishing, 2006. v. 2. p. 175-199. (Environmental risk assessment of genetically modified organisms series, v. 2).| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 74. | | ZENGZHI, L.; ALVES, S. B.; ROBERTS, D. W.; MEIZHEN, F.; DELALIBERA JUNIOR, I.; JIAN, T.; LOPES, R. B.; FARIA, M. R. de; RANGEL, D. E. N. Biological control of insects in Brazil and China: history, current programs and reasons for their successes using entomopathogenic fungi. Biocontrol Science and Technology, v. 20, n. 2, p. 117-136, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 75. | | IWANICKI, N. S.; DELALIBERA JÚNIOR, I.; FARIA, M. R. de; LOPES, R. B.; SANCHES, M. M.; SOUZA, M. L. de; SEIXAS, C. D. S.; SÓSA-GOMEZ, D. R. Controle de qualidade de produtos microbiológicos. In: MEYER, M. C.; BUENO, A. de F.; MAZARO, S. M.; SILVA, J. C. da (ed.). Bioinsumos na cultura da soja. Brasília, DF: Embrapa, 2022. p. 507-533.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Soja. |
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| 76. | | FARIA, M. R. de; GUIMARÃES, R. A.; PINTO, F. A. M. F.; SIQUEIRA, C. da S.; SILVA, C. A.; MEDEIROS, F. H. V.; BETTIOL, W. Contribution of organic amendments to soil properties and survival of Stenocarpella on maize stalk. Scientia Agricola, Piracicaba, v. 77, n. 6, e20180033, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 79. | | FARIA, M. R. de; SOUZA, D. A. de; SANCHES, M. M.; SCHMIDT, F. G. V.; OLIVEIRA, C. M. de; BENITO, N. P.; LOPES, R. B. Evaluation of key parameters for developing a Metarhizium rileyi-based biopesticide against Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) in maize: laboratory, greenhouse, and field trials. Pest Management Science, v. 78, p. 1146-1154, 2022. Na publicação: Marcos Faria; Daniela Aguiar Souza; Francisco Guilherme Vergolino Schmidt.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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