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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
26/11/2015 |
Data da última atualização: |
15/03/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MOKRY, F. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. |
Afiliação: |
TATIANE C. S. CHUD, UNESP; RICARDO V. VENTURA, UNESP; FLAVIO S. SCHENKEL, University of Guelph; ROBERTO CARVALHEIRO, UNESP; MARCOS E. BUZANSKAS, UNESP; JAQUELINE O. ROSA, UNESP; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CPPSE; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; FABIANA B. MOKRY, Federal University of São Carlos; CINTIA RIGHETTI MARCONDES, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; DANÍSIO P. MUNARI, UNESP. |
Título: |
Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 16, n. 99, 2015. |
Páginas: |
10 p. |
DOI: |
10.1186/s12863-015-0251-7 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Genotype imputation has been used to increase genomic information, allow more animals in genome-wide analyses, and reduce genotyping costs. In Brazilian beef cattle production, many animals are resulting from crossbreeding and such an event may alter linkage disequilibrium patterns. Thus, the challenge is to obtain accurately imputed genotypes in crossbred animals. The objective of this study was to evaluate the best fitting and most accurate imputation strategy on the MA genetic group (the progeny of a Charolais sire mated with crossbred Canchim X Zebu cows) and Canchim cattle. The data set contained 400 animals (born between 1999 and 2005) genotyped with the Illumina BovineHD panel. Imputation accuracy of genotypes from the Illumina-Bovine3K (3K), Illumina-BovineLD (6K), GeneSeek-Genomic-Profiler (GGP) BeefLD (GGP9K), GGP-IndicusLD (GGP20Ki), Illumina-BovineSNP50 (50K), GGP-IndicusHD (GGP75Ki), and GGP-BeefHD (GGP80K) to Illumina-BovineHD (HD) SNP panels were investigated. Seven scenarios for reference and target populations were tested; the animals were grouped according with birth year (S1), genetic groups (S2 and S3), genetic groups and birth year (S4 and S5), gender (S6), and gender and birth year (S7). Analyses were performed using FImpute and BEAGLE software and computation run-time was recorded. Genotype imputation accuracy was measured by concordance rate (CR) and allelic R square (R2). |
Palavras-Chave: |
Canchim breed; Crossbred cattle; Genomic data; Low density panel. |
Thesaurus Nal: |
single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134135/1/regitano4.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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21. | | VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018. 6 p. Na publicação: A. Zerlotini, J. C. C. Panetto. WCGALP 2018.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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22. | | RAGOGNETTI, B. do N. N; STAFUZZA, N. B.; SILVA, T. B. R. da; CHUD, T. C. S.; GRUPIONI, V. A. R.; CRUZ, V. A. R.; DANTAS, J. de O.; NONES, K.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Genetic parameters and mapping quantitative trait loci associated with tibia traits in broilers. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 4, p. 17544-17554, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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23. | | ZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 47. X-meeting 2016.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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24. | | ZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 47. X-meeting 2016.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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25. | | URBINATI, I.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, M. T.; CHUD, T. C. S.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; BUZANSKAS, M. E.; MUNARI, D. P. Selection signatures in Canchim beef cattle Journal of Animal Science and Biotechnology, v. 7, p. 1-9, 2016. Na publicação: Luciana Correia de Almeida Regitano.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
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26. | | CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Strategies for genotype imputation in composite beef cattle BMC Genetics, v. 16, p. 99, 2015. 10 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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27. | | MARCIANO, L. E. A.; MAIA, R. de O. G.; SANTOS; DUARTE, I. N. H.; BERNARDES, P. A.; CHUD, T. C. S.; REGITANO, L. C. de A.; BUZANSKAS, M. E. Estratégias de imputação em gado Canchim utilizando população de referência da raça Nelore. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 55.; CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 28., 2018, Goiânia. Construindo saberes, formando pessoas e transformando a produção animal: anais eletrônicos. Goiânia: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2018.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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28. | | BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; SANTOS, D. J. A.; BERNARDES, P. A.; SILVA, T. B. R.; MUDADU, M. A.; REGITANO, L. C. A.; SILVA, M. V. G. B.; LI, C.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M.; MUNARI, D. P. Admixture analysis in Brazillian synthetic cattle. In: ADSA ASAS JOINT ANNUAL MEETING, 2015, Orlando. Proceedings... Orlando: ADSA: ASAS, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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29. | | ROSA, J. O.; VENTURINI, G. C.; CHUD, T. C. S.; PIRES, B. C.; BUZANSKAS, M. E.; STAFUZZA, N. B.; FURQUIM, G. R.; CRUZ, V. A. R. da; SCHMIDT, G. S.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; LIMA, V. F. M. H. de; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Bayesian inference of genetic parameters for reproductive and performance traits in white leghorn hens. Czech Journal of Animal Science, v. 63 n. 6, p. 230-236, 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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30. | | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Journal of Animal Science and Biotechnology, v. 8, p. 1-10, 2017. Artigo 67. Na publicação: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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35. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, n. 4, p. 80-81, 2017. Edição dos abstracts do Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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