| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
|
Data corrente: |
08/03/2016 |
|
Data da última atualização: |
10/03/2016 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
YUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. |
|
Afiliação: |
PRISCILA MARY YUYAMA, UEL; OSVALDO REIS JÚNIOR, UNICAMP; SUZANA TIEMI IVAMOTO, UEL/IAPAR; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR/UNESP; MARCELO FALSARELLA CARAZZOLLE, UNICAMP; GONÇALO AMARANTE GUIMARÃES PEREIRA, UNICAMP; PIERRE CHARMETANT, CIRAD; THIERRY LEROY, CIRAD; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
|
Título: |
Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes in leaves and fruits. |
|
Ano de publicação: |
2016 |
|
Fonte/Imprenta: |
Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Studies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthermore, this work will open new avenues for studies into specific genes and pathways in this species, especially related to fruit, and our data have potential value in assisted breeding applications. MenosStudies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthe... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Differentially expressed genes; Gene annotation; Homeologous; RNA-seq. |
|
Thesaurus Nal: |
Coffea. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140757/1/Transcriptome-analysis-in-coffea.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02550naa a2200277 a 4500
001 2040005
005 2016-03-10
008 2016 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aYUYAMA, P. M.
245 $aTranscriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes in leaves and fruits.$h[electronic resource]
260 $c2016
520 $aStudies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthermore, this work will open new avenues for studies into specific genes and pathways in this species, especially related to fruit, and our data have potential value in assisted breeding applications.
650 $aCoffea
653 $aDifferentially expressed genes
653 $aGene annotation
653 $aHomeologous
653 $aRNA-seq
700 1 $aREIS JUNIOR, O.
700 1 $aIVAMOTO, S. T.
700 1 $aDOMINGUES, D. S.
700 1 $aCARAZZOLLE, M. F.
700 1 $aPEREIRA, G. A. G.
700 1 $aCHARMETANT, P.
700 1 $aLEROY, T.
700 1 $aPEREIRA, L. F. P.
773 $tMolecular Genetics and Genomics$gv. 291, n. 1, p. 323-336. 2016
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 22 | |
| 1. |  | CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; MOUEN, J.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C.; THIERRY, L.; MANGA, M. A. Contribution of Coffea arabica genetic resources to the adaptation of coffee to abiotic stress. F1 hybrids in Brazil, Cameron and French Guiana. First results. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFE SCIENCE, 26., 2016, China. The programm & abstrcets... China: Asic, 2016. p. 180.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
|    |
| 2. | | SANT'ANA, G. C.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D.; FERREIRA, R. V.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Genomic regions related to altitude adaptation in Coffea arabica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
|  |
| 3. | | FERREIRA, R. V.; ANDRADE, G. A.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Identificação de novos acessos de Coffea Arabica introduzidos na coleção da Etiópia do IAPAR. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 4. | | CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F.; SERA, G. H.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C.; MOUEN, J.; AUKOUMOU, M. M.; ANNEBIQUE, F.; LEROY, T. Adaptation of Coffea arabica F1 Hybrids to various environmental conditions. In: EUCARPIA GENETIC RESOURCES, 2017, Montpellier. Abstracts book... Montpellier: INRA, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 5. | | VILLAIN, L.; SARAH, J. L.; HERNANDEZ, A.; CHARMETANT, P.; BERTRAND, B.; ANTHONY, F.; TOPART, P.; LASHERMES, P.; ANZUETO, F.; CARNEIRO, R. M. D. G. Biodiversity of root knot nematodes, Meloidogyne spp., on Coffee in Central America. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 6. | | VILLAIN, L.; SARAH, J. L.; HERNANDEZ, A.; CHARMETANT, P.; BERTRAND, B.; ANTHONY, F.; TOPART, P.; LASHERMES, P.; ANZUETO, F.; CARNEIRO, R. M. D. G. Biodiversity of root knot nematodes, meloidogyne spp., on coffee in Central America. INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 7. | | SCHOLZ, M. B. dos S.; KITZBERGER, C. S. G.; PAGIATTO, N. F.; PEREIRA, L. F. P.; DAVRIEUX, F.; POT, D.; CHARMETANT, P.; LEROY, T. Chemical composition in wild ethiopian Arabica coffee accessions. Euphytica, v. 209, n. 2 p. 429-438, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 8. | | SCHOLZ, M. B. dos S.; KITZBERGER, C. S. G.; PEREIRA, L. F. P.; DAVRIEUX, F.; POT, D.; CHARMETANT, P.; LEROY, T. Application of near infrared spectroscopy for green coffee biochemical phenotyping. Journal of Near Infrared Spectroscopy, v. 22, n. 6, p. 411-421, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 9. | | PAGIATTO, N. F.; IVAMOTO, S. T.; SERA, T.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; DOMINGUES, D.; PEREIRA, L. F. P. Evaluation of kahweol and cafestol levels in Ethiopian Coffea arabica L. accessions grown in Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 217| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 10. | | IVAMOTO, S. T.; POT, D.; CHARMETANT, P.; MARRACCINI, P.; FERREIRA, L. P.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Diterpenes in Coffea arabica: biochemical aspects and transcriptional analysis of candidate cyps involved in cafestol and kahweol biosynthesis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 216| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 11. | | CHARMETANT, P.; ANDRADE, G.; FERREIRA, R.; MARRACCINI, P.; GUERA, A.; BARTOLO, G.; POT, D.; LEROY, T.; SERA, T.; PEREIRA, L. F. P. Phenotyping and genotyping genetic resources of Coffea arabica at IAPAR. FAO collection, preliminary results. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 221| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 12. | | YUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes in leaves and fruits. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 13. | | CHARMETANT, P.; PERTHUIS, B.; BEDIMO, J. M.; MANGA, A. M.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; ROCHA, O. C.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. Adaptação de acessos de Coffea arabica provenientes de Camarões em várias condições edafoclimáticas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios: anais. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 14. | | CHARMETANT, P.; PERTHUIS, B.; BEDIMO, J. M.; MANGA, A. M.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; ROCHA, O. C.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. Adaptação de acessos de Coffea arabica provenientes de Camarões em várias condições edafoclimáticas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios: anais. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 15. | | SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 16. | | SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PIPOLO, V. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Caracterização nutricional de acessos provenientes da Etiópia de Café Arábica. Coffee Science, Lavras, v. 10, n. 1, p.10-19, jan./mar. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 17. | | LEROY, T.; DE BELLIS, F.; LEGNATE, H.; KANANURA, E.; GONZALES, G.; PEREIRA, L. F.; ANDRADE, A. C.; CHARMETANT, P.; MONTAGNON, C.; CUBRY, P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; KOCHKO, A. de. Improving the quality of African robustas: QTLs for yield- and quality-related traits in Coffea canephora. Tree Genetics & Genomes, v. 7, p. 781-798, 2011| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 18. | | LEROY, T.; DE BELLIS, F.; LEGNATE, H.; KANANURA, E.; GONZALES, G.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; CHARMETANT, P.; MONTAGNON, C.; CUBRY, P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; KOCHKO, A. de. Improving the quality of African robustas: QTLs for yield- and quality-related traits in Coffea canephora. Tree Genetics & Genomes, v. 7, n. 4, p. 781-798, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 19. | | YUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 20. | | SILVA, B. S. R. da; SANT'ANA, G. C.; CHAVES, C. L.; ANDROCIOLI, L. G.; FERREIRA, R. V.; SERA, G. H.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; POT, D.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Population structure and genetic relationships between Ethiopian and Brazilian Coffea arabica genotypes revealed by SSR markers. Genetica, v. 147, n. 2, p. 205–216, April 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| Registros recuperados : 22 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
