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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
14/08/2020 |
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Data da última atualização: |
10/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
ANDRESSA O. DE LIMA, UFSCar; JAMES E. KOLTES, Iowa State University; WELLISON J. S. DINIZ, UFSCar; PRISCILA S. N. DE OLIVEIRA; ALINE S. M. CESAR, Esalq/USP; POLYANA C. TIZIOTO, NGS Genomic Solution; JULIANA AFONSO, UFSCar; MARCELA M. DE SOUZA, Iowa State University; JULIANA PETRINI, UNIFAL; MARINA I. P. ROCHA, UFSCar; TAINÃ F. CARDOSO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ L. COUTINHO, Esalq/USP; GERSON B. MOURÃO, Esalq/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 11, p. 1-14, Mar. 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00189 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article 189. Na publicação: Luciana C. A. Regitano. |
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Conteúdo: |
Feed efficiency helps to reduce environmental impacts from livestock production, improving beef cattle profitability. We identified potential biomarkers (hub genes) for feed efficiency, by applying co-expression analysis in Longissimus thoracis RNA-Seq data from 180 Nelore steers. Six co-expression modules were associated with six feed efficiency-related traits (p-value ≤ 0.05). Within these modules, 391 hub genes were enriched for pathways as protein synthesis, muscle growth, and immune response. Trait-associated transcription factors (TFs) ELF1, ELK3, ETS1, FLI1, and TCF4, were identified with binding sites in at least one hub gene. Gene expression of CCDC80, FBLN5, SERPINF1, and OGN was associated with multiple feed efficiency-related traits (FDR ≤ 0.05) and were previously related to glucose homeostasis, oxidative stress, fat mass, and osteoblastogenesis, respectively. Potential regulatory elements were identified, integrating the hub genes with previous studies from our research group, such as the putative cis-regulatory elements (eQTLs) inferred as affecting the PCDH18 and SPARCL1 hub genes related to immune system and adipogenesis, respectively. Therefore, our analyses contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying feed efficiency in bovine and the hub genes disclosed can be used as biomarkers for feed efficiency-related traits in Nelore cattle. |
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Palavras-Chave: |
Biomarcadores; Expressão gênica; Feed efficiency; Hub genes; Longissimus thoracis; Systems biology; WGCNA. |
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Thesagro: |
Bos Indicus. |
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Thesaurus Nal: |
Gene expression. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215312/1/AP-Potential-biomarkers-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Soja. Para informações adicionais entre em contato com valeria.cardoso@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
04/07/2006 |
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Data da última atualização: |
19/03/2008 |
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Autoria: |
SFREDO, G. J.; KLEPKER, D.; BORKERT, C. M.; OLIVEIRA, F. A. de. |
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Título: |
Rendimento de grãos de soja em função da saturação de Ca e Mg, na CTC, e da saturação por bases, em solos de Cerrados. |
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Ano de publicação: |
2006 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. |
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Páginas: |
p. 173-174. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf. |
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Conteúdo: |
A baixa fertilidade natural dos solos de Cerrados, é um dos fatores que influem na baixa produtividade das lavouras quando a tecnologia recomendada não é utilizada na sua totalidade. A correção do solo, para fins de cultivo de soja, inicia com a aplicação de calcário. Além do aumento do valor de pH, da CTC e de outras vantagens da calagem, torna-se necessário estabelecer as faixas de suficiência da Saturação de Ca e Mg, em relação à CTC e da Saturação por bases (V%). Estão estabelecidos níveis de suficiência de Saturação de Ca e Mg, em relação à CTC e da V%, a partir de resultados gerais em vários solos das regiões consideradas tradicionais para a cultura da soja. Entretanto, foi verificado que os níveis de suficiência em % na CTC, de 50% para Ca, de 20% para Mg e V% de 50%, estão acima dos obtidos em solos de Cerrados. O objetivo deste trabalho foi estabelecer níveis de suficiência de saturação em relação à CTC de Ca e Mg e de V%, em condições de solos de Cerrados do Brasil. Para isso, instalaram-se vários experimentos na região Sul do Maranhão, em 1997, dois em LV, e, no Mato Grosso, em LE. Mediante a aplicação de seis níveis de calcário dolomítico, foram estabelecidos níveis crescentes de V% (30%, 40%, 50%, 60%, 70% e 80%). Além disso, foram considerados resultados de experimentos com doses de enxofre e doses e fontes de micronutrientes em solos do MA, PI e MT. Foram utilizados mais de 2000 pontos entre cada nutriente e a produção relativa, em vários anos de pesquisa. Destes, 288 pontos foram reunidos, calculando-se o nível crítico pelo método matemático de Cate & Nelson. As saturações na CTC, suficientes para produtividades acima de 80% da máxima foram, 34% de Ca, 18% de Mg e a V% 53%. Para o Ca, o valor é menor que o valor recomendado para o Brasil (50%), enquanto que, para o Mg e para a V%, os valores são próximos aos recomendados (20% e 50%, respectivamente). As faixas para interpretação das saturações são, para %Ca, Baixo <26; Médio de 26 a 34 e Suficiente >34, para %Mg, Baixo <13, Médio de 13 a 18 e Suficiente >18, e para V%, Baixo <30, Médio de 30 a 50 e Suficiente >50. Assim, há pouca probabilidade de aumento da produtividade da soja com valores acima das concentrações de nutrientes na faixa considerada suficiente (S). MenosA baixa fertilidade natural dos solos de Cerrados, é um dos fatores que influem na baixa produtividade das lavouras quando a tecnologia recomendada não é utilizada na sua totalidade. A correção do solo, para fins de cultivo de soja, inicia com a aplicação de calcário. Além do aumento do valor de pH, da CTC e de outras vantagens da calagem, torna-se necessário estabelecer as faixas de suficiência da Saturação de Ca e Mg, em relação à CTC e da Saturação por bases (V%). Estão estabelecidos níveis de suficiência de Saturação de Ca e Mg, em relação à CTC e da V%, a partir de resultados gerais em vários solos das regiões consideradas tradicionais para a cultura da soja. Entretanto, foi verificado que os níveis de suficiência em % na CTC, de 50% para Ca, de 20% para Mg e V% de 50%, estão acima dos obtidos em solos de Cerrados. O objetivo deste trabalho foi estabelecer níveis de suficiência de saturação em relação à CTC de Ca e Mg e de V%, em condições de solos de Cerrados do Brasil. Para isso, instalaram-se vários experimentos na região Sul do Maranhão, em 1997, dois em LV, e, no Mato Grosso, em LE. Mediante a aplicação de seis níveis de calcário dolomítico, foram estabelecidos níveis crescentes de V% (30%, 40%, 50%, 60%, 70% e 80%). Além disso, foram considerados resultados de experimentos com doses de enxofre e doses e fontes de micronutrientes em solos do MA, PI e MT. Foram utilizados mais de 2000 pontos entre cada nutriente e a produção relativa, em vários anos de pesquisa. Des... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Nível crítico; Saturação de bases. |
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Thesagro: |
Adubação; Fertilidade do Solo; Soja. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aA baixa fertilidade natural dos solos de Cerrados, é um dos fatores que influem na baixa produtividade das lavouras quando a tecnologia recomendada não é utilizada na sua totalidade. A correção do solo, para fins de cultivo de soja, inicia com a aplicação de calcário. Além do aumento do valor de pH, da CTC e de outras vantagens da calagem, torna-se necessário estabelecer as faixas de suficiência da Saturação de Ca e Mg, em relação à CTC e da Saturação por bases (V%). Estão estabelecidos níveis de suficiência de Saturação de Ca e Mg, em relação à CTC e da V%, a partir de resultados gerais em vários solos das regiões consideradas tradicionais para a cultura da soja. Entretanto, foi verificado que os níveis de suficiência em % na CTC, de 50% para Ca, de 20% para Mg e V% de 50%, estão acima dos obtidos em solos de Cerrados. O objetivo deste trabalho foi estabelecer níveis de suficiência de saturação em relação à CTC de Ca e Mg e de V%, em condições de solos de Cerrados do Brasil. Para isso, instalaram-se vários experimentos na região Sul do Maranhão, em 1997, dois em LV, e, no Mato Grosso, em LE. Mediante a aplicação de seis níveis de calcário dolomítico, foram estabelecidos níveis crescentes de V% (30%, 40%, 50%, 60%, 70% e 80%). Além disso, foram considerados resultados de experimentos com doses de enxofre e doses e fontes de micronutrientes em solos do MA, PI e MT. Foram utilizados mais de 2000 pontos entre cada nutriente e a produção relativa, em vários anos de pesquisa. Destes, 288 pontos foram reunidos, calculando-se o nível crítico pelo método matemático de Cate & Nelson. As saturações na CTC, suficientes para produtividades acima de 80% da máxima foram, 34% de Ca, 18% de Mg e a V% 53%. Para o Ca, o valor é menor que o valor recomendado para o Brasil (50%), enquanto que, para o Mg e para a V%, os valores são próximos aos recomendados (20% e 50%, respectivamente). As faixas para interpretação das saturações são, para %Ca, Baixo <26; Médio de 26 a 34 e Suficiente >34, para %Mg, Baixo <13, Médio de 13 a 18 e Suficiente >18, e para V%, Baixo <30, Médio de 30 a 50 e Suficiente >50. Assim, há pouca probabilidade de aumento da produtividade da soja com valores acima das concentrações de nutrientes na faixa considerada suficiente (S).
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