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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
20/12/2018 |
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Data da última atualização: |
19/02/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; REECY, J. M.; POLETI, M. D.; OLIVEIRA, P. S. N. de; OLIVEIRA, G. B. de; MOREIRA, G. C. M.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. L.; KOLTES, J. E.; Fritz-Waters, E.; KRAMER, L.; GARRICK, D.; BEIKI, H.; GEISTLINGER, L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
ALINE S. M. CESAR, USP, Iowa State University; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; JAMES M. REECY, Iowa State University; MIRELE D. POLETI, USP; Priscila Silva Neubern de Oliveira, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; GABRIELLA B. DE OLIVEIRA, USP; GABRIEL C. M. MOREIRA, USP; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; POLYANA C. TIZIOTO, USP; JAMES EUGENE KOLTES, Iowa State University; Elyn Fritz-Waters, Iowa State University; LUKE KRAMER, Iowa State University; DORIAN GARRICK, Massey University; HAMID BEIKI, Iowa State University; LUDWIG GEISTLINGER, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; GERSON B. MOURÃO, USP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; Luiz Lehmann Coutinho, USP. |
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Título: |
Identification of putative regulatory regions and transcription factors associated with intramuscular fat content traits. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 19, p. 1-20, 2018. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-018-4871-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: 499. Na publicação: Luciana C. A. Regitano, Maurício A. Mudadu, Adhemar Zerlotini. |
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Conteúdo: |
Background: Integration of high throughput DNA genotyping and RNA-sequencing data allows for the identification of genomic regions that control gene expression, known as expression quantitative trait loci (eQTL), on a whole genome scale. Intramuscular fat (IMF) content and carcass composition play important roles in metabolic and physiological processes in mammals because they influence insulin sensitivity and consequently prevalence of metabolic diseases such as obesity and type 2 diabetes. However, limited information is available on the genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals. Thus, our hypothesis was that eQTL analyses could identify putative regulatory regions and transcription factors (TFs) associated with intramuscular fat (IMF) content traits. Results: We performed an integrative eQTL study in skeletal muscle to identify putative regulatory regions and factors associated with intramuscular fat content traits. Data obtained from skeletal muscle samples of 192 animals was used for association analysis between 461,466 SNPs and the transcription level of 11,808 genes. This yielded 1268 cis- and 10,334 trans-eQTLs, among which we identified nine hotspot regions that each affected the expression of > 119 genes. These putative regulatory regions overlapped with previously identified QTLs for IMF content. Three of the hotspots respectively harbored the transcription factors USF1, EGR4 and RUNX1T1, which are known to play important roles in lipid metabolism. From co-expression network analysis, we further identified modules significantly correlated with IMF content and associated with relevant processes such as fatty acid metabolism, carbohydrate metabolism and lipid metabolism. Conclusion: This study provides novel insights into the link between genotype and IMF content as evident from the expression level. It thereby identifies genomic regions of particular importance and associated regulatory factors. These new findings provide new knowledge about the biological processes associated with genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals. MenosBackground: Integration of high throughput DNA genotyping and RNA-sequencing data allows for the identification of genomic regions that control gene expression, known as expression quantitative trait loci (eQTL), on a whole genome scale. Intramuscular fat (IMF) content and carcass composition play important roles in metabolic and physiological processes in mammals because they influence insulin sensitivity and consequently prevalence of metabolic diseases such as obesity and type 2 diabetes. However, limited information is available on the genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals. Thus, our hypothesis was that eQTL analyses could identify putative regulatory regions and transcription factors (TFs) associated with intramuscular fat (IMF) content traits. Results: We performed an integrative eQTL study in skeletal muscle to identify putative regulatory regions and factors associated with intramuscular fat content traits. Data obtained from skeletal muscle samples of 192 animals was used for association analysis between 461,466 SNPs and the transcription level of 11,808 genes. This yielded 1268 cis- and 10,334 trans-eQTLs, among which we identified nine hotspot regions that each affected the expression of > 119 genes. These putative regulatory regions overlapped with previously identified QTLs for IMF content. Three of the hotspots respectively harbored the transcription factors USF1, EGR4 and RUNX1T1, which are known to play important roles in l... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Ácidos graxos; Doenças metabólicas; EQTL; Expressão gênica; Expression quantitative trait loci. |
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Thesaurus Nal: |
Fatty acids; Gene expression; Mammals; Metabolic diseases. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/189052/1/AP-Identification-Cesar-etal.pdf
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Marc: |
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520 $aBackground: Integration of high throughput DNA genotyping and RNA-sequencing data allows for the identification of genomic regions that control gene expression, known as expression quantitative trait loci (eQTL), on a whole genome scale. Intramuscular fat (IMF) content and carcass composition play important roles in metabolic and physiological processes in mammals because they influence insulin sensitivity and consequently prevalence of metabolic diseases such as obesity and type 2 diabetes. However, limited information is available on the genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals. Thus, our hypothesis was that eQTL analyses could identify putative regulatory regions and transcription factors (TFs) associated with intramuscular fat (IMF) content traits. Results: We performed an integrative eQTL study in skeletal muscle to identify putative regulatory regions and factors associated with intramuscular fat content traits. Data obtained from skeletal muscle samples of 192 animals was used for association analysis between 461,466 SNPs and the transcription level of 11,808 genes. This yielded 1268 cis- and 10,334 trans-eQTLs, among which we identified nine hotspot regions that each affected the expression of > 119 genes. These putative regulatory regions overlapped with previously identified QTLs for IMF content. Three of the hotspots respectively harbored the transcription factors USF1, EGR4 and RUNX1T1, which are known to play important roles in lipid metabolism. From co-expression network analysis, we further identified modules significantly correlated with IMF content and associated with relevant processes such as fatty acid metabolism, carbohydrate metabolism and lipid metabolism. Conclusion: This study provides novel insights into the link between genotype and IMF content as evident from the expression level. It thereby identifies genomic regions of particular importance and associated regulatory factors. These new findings provide new knowledge about the biological processes associated with genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Soja. Para informações adicionais entre em contato com valeria.cardoso@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados; Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
05/04/2000 |
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Data da última atualização: |
14/08/2006 |
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Autoria: |
SOUZA, P. I. de M.; MOREIRA, C. T.; FARIAS NETO, A. L. de; KIIHL, R. A. de S.; ALMEIDA, L. A. de; PRADO, L. C.; FARIA, L. C. de. |
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Título: |
Comportamento e descricao da cultivar de soja BRS Carla para o Estado da Bahia. |
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Ano de publicação: |
1999 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNIAO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIAO CENTRAL DO BRASIL, 21., 1999, Dourados. Resumos... Dourados: Embrapa Agropecuaria Oeste / Londrina: Embrapa Soja, 1999. |
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Páginas: |
p.109-110. |
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Série: |
(Embrapa Agropecuaria Oeste. Documentos, 7; Embrapa Soja. Documentos, 134). |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A cultivar BRS Carla, indicada para Goias e Distrito Federal, esta tendo, sua extensao proposta para os Estados de Minas Gerais e Bahia. 'Carla', originaria da hibridacao entre BR-16 e BR 83-147, foi obtida pelo metodo genealogico modificado. O cruzamento e o avanco das geracoes ate linhagem realizaram-se na Embrapa Soja, Londrina-PR, e a selecao deu-se na Embrapa Cerrados, Planaltina-DF. No ano 1994/1995 em tres ambientes no Estado da Bahia, a cv. 'Carla' apresentou produtividade de 2.673 kg/ha superado as testemunhas 'IAC-8 RCH' e 'Itiquira' em 20 e 15%, respectivamente e 4% superior a 'FT-109' e 'Conquista'. Na media dos anos 1994/1995 e 1995/1996, em seis locais, 'Carla' apresentou uma produtividade de 2.211 kg/ha, sendo superior as testemunhas 'IAC-8 RCH' em 13% e a 'FT 109' em 8%. No ano de 1997/1998, em quatro locais, 'Carla' teve produtividade de 3.187 kg/ha, superando as cultivares testemunhas 'Mirador' e 'Conquista' em 19 e 3%, respectivamente. Nesse ultimo ano agricola 'Carla' foi testada em doze locais e comparada com a cultivar mais precoce, 'Emgopa 316', resultando em uma superioridade de producao de 12% e um ciclo de quatro dias mais longo que a cultivar de comparacao. No Estado da Bahia 'Carla' apresenta-se com ciclo precoce de 102 a 113 dias e altura de planta de 60 cm, altura satisfatoria a colheita mecanizada. E resistente ao cancro-da-haste e a mancha olho-de-ra. A sua recomendacao atende a demanda por cultivares de ciclo precoce-medio, possibilitando o cultivo de uma area mais ampla, com maior eficiencia e produtividade. MenosA cultivar BRS Carla, indicada para Goias e Distrito Federal, esta tendo, sua extensao proposta para os Estados de Minas Gerais e Bahia. 'Carla', originaria da hibridacao entre BR-16 e BR 83-147, foi obtida pelo metodo genealogico modificado. O cruzamento e o avanco das geracoes ate linhagem realizaram-se na Embrapa Soja, Londrina-PR, e a selecao deu-se na Embrapa Cerrados, Planaltina-DF. No ano 1994/1995 em tres ambientes no Estado da Bahia, a cv. 'Carla' apresentou produtividade de 2.673 kg/ha superado as testemunhas 'IAC-8 RCH' e 'Itiquira' em 20 e 15%, respectivamente e 4% superior a 'FT-109' e 'Conquista'. Na media dos anos 1994/1995 e 1995/1996, em seis locais, 'Carla' apresentou uma produtividade de 2.211 kg/ha, sendo superior as testemunhas 'IAC-8 RCH' em 13% e a 'FT 109' em 8%. No ano de 1997/1998, em quatro locais, 'Carla' teve produtividade de 3.187 kg/ha, superando as cultivares testemunhas 'Mirador' e 'Conquista' em 19 e 3%, respectivamente. Nesse ultimo ano agricola 'Carla' foi testada em doze locais e comparada com a cultivar mais precoce, 'Emgopa 316', resultando em uma superioridade de producao de 12% e um ciclo de quatro dias mais longo que a cultivar de comparacao. No Estado da Bahia 'Carla' apresenta-se com ciclo precoce de 102 a 113 dias e altura de planta de 60 cm, altura satisfatoria a colheita mecanizada. E resistente ao cancro-da-haste e a mancha olho-de-ra. A sua recomendacao atende a demanda por cultivares de ciclo precoce-medio, possibilitando o c... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bahia; Brasil; Cultivar BRS Carla; Soybean. |
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Thesagro: |
Cerrado; Glycine Max; Melhoramento; Soja. |
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Thesaurus NAL: |
Brazil; plant breeding; soybeans; varieties. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02665naa a2200361 a 4500
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245 $aComportamento e descricao da cultivar de soja BRS Carla para o Estado da Bahia.
260 $c1999
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490 $a(Embrapa Agropecuaria Oeste. Documentos, 7; Embrapa Soja. Documentos, 134).
520 $aA cultivar BRS Carla, indicada para Goias e Distrito Federal, esta tendo, sua extensao proposta para os Estados de Minas Gerais e Bahia. 'Carla', originaria da hibridacao entre BR-16 e BR 83-147, foi obtida pelo metodo genealogico modificado. O cruzamento e o avanco das geracoes ate linhagem realizaram-se na Embrapa Soja, Londrina-PR, e a selecao deu-se na Embrapa Cerrados, Planaltina-DF. No ano 1994/1995 em tres ambientes no Estado da Bahia, a cv. 'Carla' apresentou produtividade de 2.673 kg/ha superado as testemunhas 'IAC-8 RCH' e 'Itiquira' em 20 e 15%, respectivamente e 4% superior a 'FT-109' e 'Conquista'. Na media dos anos 1994/1995 e 1995/1996, em seis locais, 'Carla' apresentou uma produtividade de 2.211 kg/ha, sendo superior as testemunhas 'IAC-8 RCH' em 13% e a 'FT 109' em 8%. No ano de 1997/1998, em quatro locais, 'Carla' teve produtividade de 3.187 kg/ha, superando as cultivares testemunhas 'Mirador' e 'Conquista' em 19 e 3%, respectivamente. Nesse ultimo ano agricola 'Carla' foi testada em doze locais e comparada com a cultivar mais precoce, 'Emgopa 316', resultando em uma superioridade de producao de 12% e um ciclo de quatro dias mais longo que a cultivar de comparacao. No Estado da Bahia 'Carla' apresenta-se com ciclo precoce de 102 a 113 dias e altura de planta de 60 cm, altura satisfatoria a colheita mecanizada. E resistente ao cancro-da-haste e a mancha olho-de-ra. A sua recomendacao atende a demanda por cultivares de ciclo precoce-medio, possibilitando o cultivo de uma area mais ampla, com maior eficiencia e produtividade.
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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