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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
17/01/2017 |
Data da última atualização: |
22/02/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; FELICIO, A. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; FRITZ-WATERS, E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L. |
Afiliação: |
ALINE SILVA MELLO CESAR, USP, Iowa State University; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; MIRELE DAIANA POLETI, USP; SÓNIA CRISTINA DA SILVA ANDRADE, USP; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, CPPSE; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA, CPPSE; ANDREZZA MARIA FELÍCIO, USP; MICHELE LOPES DO NASCIMENTO, USP; AMALIA SATURNINO CHAVES, USP; DANTE PAZZANESE DUARTE LANNA, USP; RYMER RAMIZ TULLIO, CPPSE; RENATA TIEKO NASSU, CPPSE; JAMES EUGENE KOLTES, University of Arkansas; ERIC FRITZ-WATERS, University of Arkansas; GERSON BARRETO MOURÃO, USP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; JAMES M. REECY, Iowa State University; LUIZ LEHMANN COUTINHO, USP. |
Título: |
Differences in the skeletal muscle transcriptome profile associated with extreme values of fatty acids content. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-16, 2016. |
DOI: |
10.1186/s12864-016-3306-x |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Background: Lipids are a class of molecules that play an important role in cellular structure and metabolism in all cell types. In the last few decades, it has been reported that long-chain fatty acids (FAs) are involved in several biological functions from transcriptional regulation to physiological processes. Several fatty acids have been both positively and negatively implicated in different biological processes in skeletal muscle and other tissues. To gain insight into biological processes associated with fatty acid content in skeletal muscle, the aim of the present study was to identify differentially expressed genes (DEGs) and functional pathways related to gene expression regulation associated with FA content in cattle. Results: Skeletal muscle transcriptome analysis of 164 Nellore steers revealed no differentially expressed genes (DEGs, FDR 10%) for samples with extreme values for linoleic acid (LA) or stearic acid (SA), and only a few DEGs for eicosapentaenoic acid (EPA, 5 DEGs), docosahexaenoic acid (DHA, 4 DEGs) and palmitic acid (PA, 123 DEGs), while large numbers of DEGs were associated with oleic acid (OA, 1134 DEGs) and conjugated linoleic acid cis9 trans11 (CLA-c9t11, 872 DEGs). Functional annotation and functional enrichment from OA DEGs identified important genes, canonical pathways and upstream regulators such as SCD, PLIN5, UCP3, CPT1, CPT1B, oxidative phosphorylation mitochondrial dysfunction, PPARGC1A, and FOXO1. Two important genes associated with lipid metabolism, gene expression and cancer were identified as DEGs between animals with high and low CLA-c9t11, specifically, epidermal growth factor receptor (EGFR) and RNPS. Conclusion: Only two out of seven classes of molecules of FA studied were associated with large changes in the expression profile of skeletal muscle. OA and CLA-c9t11 content had significant effects on the expression level of genes related to important biological processes associated with oxidative phosphorylation, and cell growth, survival, and migration. These results contribute to our understanding of how some FAs modulate metabolism and may have protective health function. MenosBackground: Lipids are a class of molecules that play an important role in cellular structure and metabolism in all cell types. In the last few decades, it has been reported that long-chain fatty acids (FAs) are involved in several biological functions from transcriptional regulation to physiological processes. Several fatty acids have been both positively and negatively implicated in different biological processes in skeletal muscle and other tissues. To gain insight into biological processes associated with fatty acid content in skeletal muscle, the aim of the present study was to identify differentially expressed genes (DEGs) and functional pathways related to gene expression regulation associated with FA content in cattle. Results: Skeletal muscle transcriptome analysis of 164 Nellore steers revealed no differentially expressed genes (DEGs, FDR 10%) for samples with extreme values for linoleic acid (LA) or stearic acid (SA), and only a few DEGs for eicosapentaenoic acid (EPA, 5 DEGs), docosahexaenoic acid (DHA, 4 DEGs) and palmitic acid (PA, 123 DEGs), while large numbers of DEGs were associated with oleic acid (OA, 1134 DEGs) and conjugated linoleic acid cis9 trans11 (CLA-c9t11, 872 DEGs). Functional annotation and functional enrichment from OA DEGs identified important genes, canonical pathways and upstream regulators such as SCD, PLIN5, UCP3, CPT1, CPT1B, oxidative phosphorylation mitochondrial dysfunction, PPARGC1A, and FOXO1. Two important genes associated with lipi... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Global oxidative metabolism. |
Thesagro: |
Bos Indicus. |
Thesaurus Nal: |
Cattle; Gene expression; Human Health; Lipids; Sequence analysis; Zebu. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 03391naa a2200433 a 4500 001 2060888 005 2017-02-22 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1186/s12864-016-3306-x$2DOI 100 1 $aCESAR, A. S. M. 245 $aDifferences in the skeletal muscle transcriptome profile associated with extreme values of fatty acids content.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aBackground: Lipids are a class of molecules that play an important role in cellular structure and metabolism in all cell types. In the last few decades, it has been reported that long-chain fatty acids (FAs) are involved in several biological functions from transcriptional regulation to physiological processes. Several fatty acids have been both positively and negatively implicated in different biological processes in skeletal muscle and other tissues. To gain insight into biological processes associated with fatty acid content in skeletal muscle, the aim of the present study was to identify differentially expressed genes (DEGs) and functional pathways related to gene expression regulation associated with FA content in cattle. Results: Skeletal muscle transcriptome analysis of 164 Nellore steers revealed no differentially expressed genes (DEGs, FDR 10%) for samples with extreme values for linoleic acid (LA) or stearic acid (SA), and only a few DEGs for eicosapentaenoic acid (EPA, 5 DEGs), docosahexaenoic acid (DHA, 4 DEGs) and palmitic acid (PA, 123 DEGs), while large numbers of DEGs were associated with oleic acid (OA, 1134 DEGs) and conjugated linoleic acid cis9 trans11 (CLA-c9t11, 872 DEGs). Functional annotation and functional enrichment from OA DEGs identified important genes, canonical pathways and upstream regulators such as SCD, PLIN5, UCP3, CPT1, CPT1B, oxidative phosphorylation mitochondrial dysfunction, PPARGC1A, and FOXO1. Two important genes associated with lipid metabolism, gene expression and cancer were identified as DEGs between animals with high and low CLA-c9t11, specifically, epidermal growth factor receptor (EGFR) and RNPS. Conclusion: Only two out of seven classes of molecules of FA studied were associated with large changes in the expression profile of skeletal muscle. OA and CLA-c9t11 content had significant effects on the expression level of genes related to important biological processes associated with oxidative phosphorylation, and cell growth, survival, and migration. These results contribute to our understanding of how some FAs modulate metabolism and may have protective health function. 650 $aCattle 650 $aGene expression 650 $aHuman Health 650 $aLipids 650 $aSequence analysis 650 $aZebu 650 $aBos Indicus 653 $aGlobal oxidative metabolism 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 700 1 $aPOLETI, M. D. 700 1 $aANDRADE, S. C. da S. 700 1 $aTIZIOTO, P. C. 700 1 $aOLIVEIRA, P. S. N. de 700 1 $aFELICIO, A. M. 700 1 $aNASCIMENTO, M. L. do 700 1 $aCHAVES, A. S. 700 1 $aLANNA, D. P. D. 700 1 $aTULLIO, R. R. 700 1 $aNASSU, R. T. 700 1 $aKOLTES, J. E. 700 1 $aFRITZ-WATERS, E. 700 1 $aMOURÃO, G. B. 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aREECY, J. M. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 773 $tBMC Genomics, London$gv. 17, p. 1-16, 2016.
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61. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A. An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Scientific Reports, v. 8, p. 1-12, 2018. Article number: 17072. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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62. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A. An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Scientific Reports, v. 8, n. 17072, 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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64. | | CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; REECY, J. M.; POLETI, M. D.; OLIVEIRA, P. S. N. de; OLIVEIRA, G. B. de; MOREIRA, G. C. M.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. L.; KOLTES, J. E.; Fritz-Waters, E.; KRAMER, L.; GARRICK, D.; BEIKI, H.; GEISTLINGER, L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L. Identification of putative regulatory regions and transcription factors associated with intramuscular fat content traits. BMC Genomics, v. 19, p. 1-20, 2018. Article number: 499. Na publicação: Luciana C. A. Regitano, Maurício A. Mudadu, Adhemar Zerlotini.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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65. | | TIZIOTO, P. L.; COUTINHO, L. L.; OLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O.; ROCHA, M. I.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; ZERLOTINI NETO, A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Gene expression differences in Longissimus muscle of Nelore steers genetically divergent for residual feed intake. Scientific Reports, v. 6, p. 1-12, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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66. | | CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; FELICIO, A. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; FRITZ-WATERS, E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L. Differences in the skeletal muscle transcriptome profile associated with extreme values of fatty acids content. BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-16, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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68. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. de A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOK PRODUCTION, 10; . 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of animal Science, 2014Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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69. | | CARDOSO, T. F.; COUTINHO, L. L.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; SILVEIRA, J. C. DA; CHIARATTI, M. R.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Multi-omics approach reveals miR-SNPs affecting muscle fatty acids profile in Nelore cattle. Genes, v. 12, n. 1, p. 1-18, Jan. 2021. Article 67. Na publicação: Adhemar Zerlotini.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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71. | | LIMA, A. O. D.; OLIVEIRA, P. S. N.; TIZIOTO, P. C.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. S.; SILVA, J. V. D.; ANDRADE, S. C. S.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; SOUZA, M. M.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; BUSS, C. E.; MUDADU, M. de A.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. PRUNE2 gene has a potential effect on residual feed intake in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, p. 152-153, 2016. p. 148-149. Supplement 5.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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72. | | OLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; NASCIMENTO, M. L. do; SOUZA, M. M.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P.; SONSTEGARD, T.; MOURÃO, G. B.; REECY, J. M.; GARRICK, D. J.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. Positional candidate genes for residual intake and gain in Nelore beef cattle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOK PRODUCTION, 10; . 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of animal Science, 2014Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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73. | | LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. Frontiers in Genetics, v. 11, p. 1-14, Mar. 2020. Article 189. Na publicação: Luciana C. A. Regitano.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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74. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; ROSA, K. de O. da; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. de; LIMA, A. O. de; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Perfil transcriptômico do músculo Longissimus dorsi de bovinos Nelore extremos para conteúdo de ferro. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA PARA O PROGRESSO DA CIÊNCIA, 67., 2015, São Carlos, SP. Resumos....São Paulo: SBPC, 2015 C. 3-2Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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75. | | OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 2, p. 1-8, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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76. | | FANALLI, S. L.; SILVA, B. P. M. DA; GOMES, J. D.; CICONELLO, F. N.; ALMEIDA, V. V. DE; FREITAS, F. A. O.; MOREIRA, G. C. M.; VIGNATO, B. S.; AFONSO, J.; REECY, J.; KOLTES, J.; KOLTES, D.; REGITANO, L. C. de A.; BAILEIRO, J. C. DE C.; FREITAS, L.; COUTINHO, L. L.; FUKUMASU, H.; ALENCAR, S. M. DE; LUCHIARI FILHO, A.; CESAR, A. S. M. Effect of dietary soybean oil inclusion on liver-related transcription factors in a pig model for metabolic diseases. Scientific Reports, v. 12, 10318, jun. 2022. 10 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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77. | | ALMEIDA, V. V.; SILVA, J. P. M.; SCHINCKEL, A. P.; MEIRA, A. N.; MOREIRA, G. C. M.; GOMES, J. D.; POLETI, M. D.; DARGELIO, M. D. B.; PATINHO, I.; CONTRERAS-CASTILLO, C. J.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REECY, J. M.; KOLTES, D.; SERÃO, N. V. L.; REGITANO, L. C. de A.; FUKUMASU, H.; BRUSTOLINI, A. P. L.; ALENCAR, S. M.; LUCHIARI FILHO, A.; CESAR, A. S. M. Effects of increasing dietary oil inclusion from different sources on growth performance, carcass and meat quality traits, and fatty acid profile in genetically lean immunocastrated male pigs. Livestock Science, v.248, jun. 2021, 104515. 10 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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