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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
06/01/2017 |
Data da última atualização: |
09/02/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
BUSS, C. E.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; MUDADU, M. de A.; CESAR, A. S. M.; VENTURA, R. V.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. D.; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
C. E. BUSS, UFSCar; P. C. TIZIOTO, CPPSE; P. S. N. OLIVEIRA, CPPSE; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; A. S. M. CESAR, Esalq/USP; R. V. VENTURA, Beef Improvement Opportunities, Guelph; J. AFONSO, UFSCar; A. O. D. LIMA, UFSCar; L. L. COUTINHO, Esalq/USP; RYMER RAMIZ TULLIO, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
Genome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Science, v. 94, p. 428-429, 2016. |
DOI: |
10.2527/jam2016-0891 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Supplement 5. Na publicação: M. A. Mudadu. |
Conteúdo: |
The quality of meat, which includes several traits such as tenderness, juiciness, and fat thickness, is essential for the beef industry. Previous genome-wide association studies (GWAS) using Bayesian methods have shown that Brazilian Nellore cattle have enough genetic variation for improvement of these traits. Thus, the aim of this study was to further identify quantitative trait loci (QTL) associated with meat-quality-related traits in Nellore beef cattle by using the univariate linear mixed model (LMM) approach implemented in the GEMMA software and compare it with our previous GWA studies performed using Bayesian approaches. A total of 387 Nelore steers comprising 34 half-sib families were genotyped using the IlluminaBovineHDBeadChip. We analyzed the association between markers and Warner-Bratzler shear force, backfat thickness, ribeye muscle area, scanning parameters lightness (L*), redness (a*), and yellowness (b*) to ascertain color characteristics of the meat, water-holding capacity, cooking loss, muscle pH, myofibrillar fragmentation index, saturated fat sum, omega-6 fatty acids sum, omega-3 fatty acids sum, and ethereal extract. These phenotypes were measured in the Longissimus dorsi muscle between the 11th and 13th ribs collected at slaughter. We identified fifty-three genomic regions that each contained at least one single nucleotide polymorphism (SNP) that showed a significant association with meat quality traits (1-Mb SNP windows). Highlighted, we found regions associated with three genes?neuronal growth regulator 1 (NEGR1, chr03: 70884613?71949611), dynamin 3, and phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class C (DNM3/PIGC, chr16: 37340706?38007593)?related to lipid metabolism and obesity. Our results provide a better understanding of QTL regions associated with meat quality unexplored in our previous Bayesian approach. MenosThe quality of meat, which includes several traits such as tenderness, juiciness, and fat thickness, is essential for the beef industry. Previous genome-wide association studies (GWAS) using Bayesian methods have shown that Brazilian Nellore cattle have enough genetic variation for improvement of these traits. Thus, the aim of this study was to further identify quantitative trait loci (QTL) associated with meat-quality-related traits in Nellore beef cattle by using the univariate linear mixed model (LMM) approach implemented in the GEMMA software and compare it with our previous GWA studies performed using Bayesian approaches. A total of 387 Nelore steers comprising 34 half-sib families were genotyped using the IlluminaBovineHDBeadChip. We analyzed the association between markers and Warner-Bratzler shear force, backfat thickness, ribeye muscle area, scanning parameters lightness (L*), redness (a*), and yellowness (b*) to ascertain color characteristics of the meat, water-holding capacity, cooking loss, muscle pH, myofibrillar fragmentation index, saturated fat sum, omega-6 fatty acids sum, omega-3 fatty acids sum, and ethereal extract. These phenotypes were measured in the Longissimus dorsi muscle between the 11th and 13th ribs collected at slaughter. We identified fifty-three genomic regions that each contained at least one single nucleotide polymorphism (SNP) that showed a significant association with meat quality traits (1-Mb SNP windows). Highlighted, we found regions a... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Genome-wide association studies. |
Thesagro: |
Gado de corte. |
Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Meat quality; Nellore; quantitative trait loci. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 02864naa a2200337 a 4500 001 2060128 005 2017-02-09 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.2527/jam2016-0891$2DOI 100 1 $aBUSS, C. E. 245 $aGenome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle.$h[electronic resource] 260 $c2016 500 $aSupplement 5. Na publicação: M. A. Mudadu. 520 $aThe quality of meat, which includes several traits such as tenderness, juiciness, and fat thickness, is essential for the beef industry. Previous genome-wide association studies (GWAS) using Bayesian methods have shown that Brazilian Nellore cattle have enough genetic variation for improvement of these traits. Thus, the aim of this study was to further identify quantitative trait loci (QTL) associated with meat-quality-related traits in Nellore beef cattle by using the univariate linear mixed model (LMM) approach implemented in the GEMMA software and compare it with our previous GWA studies performed using Bayesian approaches. A total of 387 Nelore steers comprising 34 half-sib families were genotyped using the IlluminaBovineHDBeadChip. We analyzed the association between markers and Warner-Bratzler shear force, backfat thickness, ribeye muscle area, scanning parameters lightness (L*), redness (a*), and yellowness (b*) to ascertain color characteristics of the meat, water-holding capacity, cooking loss, muscle pH, myofibrillar fragmentation index, saturated fat sum, omega-6 fatty acids sum, omega-3 fatty acids sum, and ethereal extract. These phenotypes were measured in the Longissimus dorsi muscle between the 11th and 13th ribs collected at slaughter. We identified fifty-three genomic regions that each contained at least one single nucleotide polymorphism (SNP) that showed a significant association with meat quality traits (1-Mb SNP windows). Highlighted, we found regions associated with three genes?neuronal growth regulator 1 (NEGR1, chr03: 70884613?71949611), dynamin 3, and phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class C (DNM3/PIGC, chr16: 37340706?38007593)?related to lipid metabolism and obesity. Our results provide a better understanding of QTL regions associated with meat quality unexplored in our previous Bayesian approach. 650 $aBeef cattle 650 $aMeat quality 650 $aNellore 650 $aquantitative trait loci 650 $aGado de corte 653 $aGenome-wide association studies 700 1 $aTIZIOTO, P. C. 700 1 $aOLIVEIRA, P. S. N. 700 1 $aMUDADU, M. de A. 700 1 $aCESAR, A. S. M. 700 1 $aVENTURA, R. V. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aLIMA, A. O. D. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aTULLIO, R. R. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tJournal of Animal Science$gv. 94, p. 428-429, 2016.
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Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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21. | | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; PETRINI, J.; MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURÃO, G. B.; GARRICK, D.; COUTINHO, L. L. A missense mutation in the MYBPH gene is associated with abdominal fat traits in meat-type chickens. Frontiers in Genetics, v. 12, n. 698163, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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22. | | NOVAIS, F. J. DE; YU, H.; CESAR, A. S. M.; MOMEN, M.; POLETI, M. D.; PETRY, B.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; MOROTA, G.; COUTINHO, L. L. Multi-omic data integration for the study of production, carcass, and meat quality traits in Nellore cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 948240, oct. 2022. 14 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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23. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10.; 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. Não paginado. WCGALP 2014.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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24. | | DEFANT, H.; MEIRA, A. N.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; MOREIRA, G. C. M.; PADUAN, M.; MARIANI, P.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; CESAR, A. S. M. Novel polymorphisms in the PLIN2 gene of Nellore cattle. Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 3, 2019. Não paginado. Na publicação: Luciana CA Regitano, Adhemar Zerlotini. gmr16039963.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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26. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Complex pattern of CAST allelic expression in bovine muscle tissue. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 22., 2014, Boston, USA. Program... [Boston]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISMB 2014. Pôster E13.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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27. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 19. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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28. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 144.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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29. | | DINIZ, W. J. da S.; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Iron content affects lipogenic gene expression in the muscle of nelore beef cattle. Plos One, aug. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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