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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
29/06/2011 |
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Data da última atualização: |
25/07/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GARCIA, R. A. V.; RANGEL, P. N.; BRONDANI, C.; MARTINS, W. S.; MELO, L. C.; CARNEIRO, M. S.; BORBA, T. C. O.; BRONDANI, R. P. V. |
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Afiliação: |
ROBERTHA A. V. GARCIA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE GOIÁS; PRISCILA NASCIMENTO RANGEL, UNIVERSIDADE FEDERAL DE GOIÁS; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; WELLINGTON S. MARTINS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE GOIÁS; LEONARDO CUNHA MELO, CNPAF; MONALISA S. CARNEIRO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TEREZA CRISTINA DE OLIVEIRA BORBA, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO BRONDANI, CNPAF. |
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Título: |
The characterization of a new set of EST-derived simple sequence repeat (SSR) markers as a resource for the genetic analysis of Phaseolus vulgaris. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genetics, v. 12, n. 41, 2011. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Over recent years, a growing effort has been made to develop microsatellite markers for the genomic analysis of the common bean (Phaseolus vulgaris) to broaden the knowledge of the molecular genetic basis of this species. The availability of large sets of expressed sequence tags (ESTs) in public databases has given rise to an expedient approach for the identification of SSRs (Simple Sequence Repeats), specifically EST-derived SSRs. In the present work, a battery of new microsatellite markers was obtained from a search of the Phaseolus vulgaris EST database. The diversity, degree of transferability and polymorphism of these markers were tested. Results: From 9,583 valid ESTs, 4,764 had microsatellite motifs, from which 377 were used to design primers, and 302 (80.11%) showed good amplification quality. To analyze transferability, a group of 167 SSRs were tested, and the results showed that they were 82% transferable across at least one species. The highest amplification rates were observed between the species from the Phaseolus (63.7%), Vigna (25.9%), Glycine (19.8%), Medicago (10.2%), Dipterix (6%) and Arachis (1.8%) genera. The average PIC (Polymorphism Information Content) varied from 0.53 for genomic SSRs to 0.47 for EST-SSRs, and the average number of alleles per locus was 4 and 3, respectively. Among the 315 newly tested SSRs in the BJ (BAT93 X Jalo EEP558) population, 24% (76) were polymorphic. The integration of these segregant loci into a framework map composed of 123 previously obtained SSR markers yielded a total of 199 segregant loci, of which 182 (91.5%) were mapped to 14 linkage groups, resulting in a map length of 1,157 cM. Conclusions: A total of 302 newly developed EST-SSR markers, showing good amplification quality, are available for the genetic analysis of Phaseolus vulgaris. These markers showed satisfactory rates of transferability, especially between species that have great economic and genomic values. Their diversity was comparable to genomic SSRs, and they were incorporated in the common bean reference genetic map, which constitutes an important contribution to and advance in Phaseolus vulgaris genomic research. MenosBackground: Over recent years, a growing effort has been made to develop microsatellite markers for the genomic analysis of the common bean (Phaseolus vulgaris) to broaden the knowledge of the molecular genetic basis of this species. The availability of large sets of expressed sequence tags (ESTs) in public databases has given rise to an expedient approach for the identification of SSRs (Simple Sequence Repeats), specifically EST-derived SSRs. In the present work, a battery of new microsatellite markers was obtained from a search of the Phaseolus vulgaris EST database. The diversity, degree of transferability and polymorphism of these markers were tested. Results: From 9,583 valid ESTs, 4,764 had microsatellite motifs, from which 377 were used to design primers, and 302 (80.11%) showed good amplification quality. To analyze transferability, a group of 167 SSRs were tested, and the results showed that they were 82% transferable across at least one species. The highest amplification rates were observed between the species from the Phaseolus (63.7%), Vigna (25.9%), Glycine (19.8%), Medicago (10.2%), Dipterix (6%) and Arachis (1.8%) genera. The average PIC (Polymorphism Information Content) varied from 0.53 for genomic SSRs to 0.47 for EST-SSRs, and the average number of alleles per locus was 4 and 3, respectively. Among the 315 newly tested SSRs in the BJ (BAT93 X Jalo EEP558) population, 24% (76) were polymorphic. The integration of these segregant loci into a framework map co... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise genética; Microssatélite. |
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Thesagro: |
Feijão; Genética; Marcador molecular; Phaseolus vulgaris. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/36872/1/bmc.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 118 | |
| 41. |  | MAGALHÃES, J. A.; CARNEIRO, M. S. de S.; ANDRADE, A. C.; MOCHEL FILHO, W. de J. E.; OLIVEIRA, G. L. de; MACEDO, E. de O.; PASSARINHO, F. P. Produtividade de duas gramíneas forrageiras sob efeito de irrigação e adubação nitrogenada. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 42. | | MAGALHAES, J. A.; CARNEIRO, M. S. de S.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, E. S.; RODRIGUES, B. H. N.; COSTA, N. de L.; CASTRO, K. N. de C. Produtividade de matéria seca, eficiência do uso do nitrogênio e relação folha/colmo do capim-andropogon sob irrigação e adubação em Parnaíba-PI. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 10.; WORKSHOP DE POLÍTICAS PÚBLICAS, 10.; SIMPÓSIO DE SUSTENTABILIDADE DA ATIVIDADE LEITEIRA, 11., 2011, Maceió. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2011. p. 1-3| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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| 43. | | REIS-PRADO, F. G.; SARTORATO, A.; COSTA, J. G. C.; RAVA, C. A.; SIBOV, S. T.; PINHEIRO, J. B.; CARNEIRO, M. S. Reação de cultivares de feijoeiro comum à mancha angular em casa de vegetação. Fitopatologia Brasileira, v. 31, n. 3, p. 306-309, maio/jun. 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 44. | | BRITO, T. M.; SILVA, S. F.; CARNEIRO, M. S. de S.; POMPEU, R. C. F. F.; OLIVEIRA, D. de S.; ROGERIO, M. C. P. Qualidade de silagens de milho produzido em consorciação ou não com gramíneas tropicais: pH associado ao conteúdo de matéria seca. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA CAPRINOS E OVINOS, 5., 2016, Sobral. Anais... Sobral: Embrapa Caprinos e Ovinos, 2016. p. 22-23.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 45. | | MAGALHÃES, J. A.; CARNEIRO, M. S. de S.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, E. S.; RODRIGUES, B. H. N.; MOCHEL FILHO, W. de J. E.; COSTA, N. de L. Produtividade do capim Andropogon gayanus sob efeito de irrigação e adubação nitrogenada. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringá: SBZ: UEM, 2009. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 46. | | MAGALHAES, J. A.; CARNEIRO, M. S. de S.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, E. S.; RODRIGUES, B. H. N.; MOCHEL FILHO, W. de J. E.; COSTA, N. de L. Produtividade do capim Andropogon gayanus sob efeito de irrigação e adubação nitrogenada. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringá: SBZ: UEM, 2009. Ref. B508. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 47. | | MAGALHAES, J. A.; CARNEIRO, M. S. de S.; ANDRADE, A. C.; RODRIGUES, B. H. N.; CARVALHO, K. N.; COSTA, N. de L. Produtividade do capim-marandu sob irrigação e adubação. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 6.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 7.; FÓRUM DE COORDENADORES DE PÓS GRADUAÇÃO EM PRODUÇÃO ANIMAL DO NORDESTE, 1.; FÓRUM DE AGROECOLOGIA RO RIO GRANDE DO NORTE, 1., 2010, Mossoró. Anais...Mossoró: Sociedade Nordestina de Producao Animal: UFERSA, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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| 48. | | MOCHEL FILHO, W. de J. E.; CARNEIRO, M. S. de S.; ANDRADE, A. C.; MAGALHÃES, J. A.; OLIVEIRA, G. L. de; MACEDO, E. de O.; PASSARINHO, F. P. Produtividade do capim Mombaça sob efeito de irrigação e adubação nitrogenada. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 45., 2008, Lavras. Biotecnologia e sustentabilidade: anais dos resumos. Lavras: Sociedade Brasileira de Zootecnia: UFLA, 2008. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 49. | | TELES, T. G. R. M.; CARNEIRO, M. S. de S.; SOARES, I.; PEREIRA, E. S.; SOUZA, P. Z. de; MAGALHAES, J. A. Produção e composição química da Brachiaria brizantha cv. MG-4 sob efeito de adubação com NPK. Acta Scientiarum. Animal Sciences, Maringá, v. 33, n. 2, p. 137-143, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 50. | | CAMPOS, A. P.; MIRANDA, D. F. H.; ALVES, G. B. B.; CARNEIRO, M. S.; PRIANTI, M. G.; GONÇALVES, L. M. F.; CASTRO, V.; COSTA, F. A. L. The role of alveolar type II cells in swine leptospirosis. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 35, n. 7, p. 620-626. jul. 2015. Título em português: O papel das células alveolares tipo II na leptospirose suína.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 51. | | COSTA, N. de L.; MAGALHÃES, J. A.; MORAES, A. de; CARNEIRO, M. S. de S.; NASCIMENTO, L. E. da S.; COSTA, M. R. G. F. Resposta de Brachiaria humidicola cv. Tupi a fertilização fosfatada. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21., 2011, Maceió. Inovações tecnológicas e mercado consumidor: anais. Maceió: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2011. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 52. | | COSTA, N. de L.; MAGALHÃES, J. A.; MORAES, A. de; CARNEIRO, M. S. de S.; NASCIMENTO, L. E. da S.; COSTA, M. R. G. F. Resposta de Brachiaria humidicola cv. Tupi a níveis de potássio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21., 2011, Maceió. Inovações tecnológicas e mercado consumidor: anais. Maceió: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2011. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 53. | | COSTA, M. R. G. F.; CANDIDO, M. J. D.; CARNEIRO, M. S. de S.; MORAIS NETO, L. B. de; MAGALHAES, J. A.; COSTA, N. de L. Uso do fogo em pastagens naturais. PUBVET, Londrina, v. 5, n. 9, Ed. 156, Art. 1050, 2011. 22 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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| 54. | | EVANGELISTA, D. E.; CARNEIRO, M. S.; BALSALOBRE, T. W. A.; CRUZ, L. P.; FERNANDES, L. G. V.; BARRETO, F. Z.; COSTA, J. G. C. Seleção de marcadores AFLP visando identificar genes de resistência a murcha do fusário em feijoeiro comum. In: JORNADA CIENTÍFICA E TECNOLÓGICA DA UFSCAR, 8., 2009, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: UFSCar, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 55. | | GARCIA, R. A. V.; BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C.; MELO, L.; BUSO, G. S. C.; BASSINELLO, P.; CARNEIRO, M. S.; SIBOV, S. T.; DEL PELOSO, M. J. Seleção de marcadores SSRs para o desenvolvimento de mapa genético para feijão visando a identificação de QTLs. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 8., 2005, Goiânia. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2005. v. 1. p. 45-48. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 182).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 56. | | MAGALHAES, J. A.; CARNEIRO, M. S. de S.; ANDRADE, A. C.; RODRIGUES, B. H. N.; COSTA, N. de L.; CARVALHO, K. N. de. Teores de matéria seca e proteína bruta do capim-marandu sob irrigação e adubação. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21., 2011, Maceió. Inovações tecnológicas e mercado consumidor: anais. Maceió: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2011. 3 p. Autoria: CARVALHO, K. N. de. [i.e. CASTRO, K. N. de C.]. KARINA NEOOB DE CARVALHO CASTRO.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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| 57. | | ANDRADE, A. C.; RODRIGUES, B. H. N.; MAGALHAES, J. A.; CARNEIRO, M. S. DE S.; COSTA, N. de L.; SANTOS, F. J. de S.; BEZERRA, E. E. A. Teores de proteína bruta, fibra em detergente neutro e fibra em detergente ácido de gramíneas forrageiras sob irrigação e nitrogênio em Parnaíba, Piauí. PUBVET, Londrina, V. 4, N. 28, Ed. 133, Art. 899, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Roraima. |
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| 58. | | LOPES, M. N.; CÂNDIDO, M. J. D.; POMPEU, R. C. F. F.; SILVA, R. G. da; MORAIS NETO, L. B. de; CARNEIRO, M. S. de S. Tillering dynamics in massai grass fertilized with nitrogen and grazed by sheep. Bioscience Journal, v. 32, n. 2, p. 446-454, Mar./Apr. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 59. | | FURTADO, R. N.; CARNEIRO, M. S. S.; CÂNDIDO, M. J. D.; GOME, F. H. T.; PEREIRA, E. S.; POMPEU, R. C. F. F.; SOMBRA, W. A. Valor nutritivo de dietas contendo torta de mamona submetida a métodos alternativos de destoxificação para ovinos. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, v. 64, n. 1, p. 155-162, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 60. | | OLIVEIRA, A. H. de; CARNEIRO, M. S. de S.; SALES, R. de O.; PEREIRA, E. S.; ARAÚJO FILHO, J. M. de; MAGALHAES, J. A.; COSTA, N. de L. Valor nutritivo do resíduo de panificação na alimentação de ovinos. PUBVET, Londrina, v. 5, n. 8, Ed. 155, Art. 1043, 2011. 11 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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