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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
03/06/2023 |
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Data da última atualização: |
07/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRAGA, L. G.; CHUD, T. C. S.; WATANABE, R. N.; SAVEGNAGO, R. P.; SENA, T. M.; CARMO, A. S. do; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
LARISSA G. BRAGA, Universidade Estadual Paulista; TATIANE C. S. CHUD, University of Guelph; RAFAEL N. WATANABE, Universidade Estadual Paulista; RODRIGO P. SAVEGNAGO, Michigan State University; THOMAZ M. SENA, Universidade Estadual Paulista; ADRIANA S. DO CARMO, Universidade Federal de Goiás; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; DANISIO P. MUNARI, Universidade Estadual Paulista. |
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Título: |
Identification of copy number variations in the genome of Dairy Gir cattle. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 18, n. 4, e0284085, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0284085 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Studying structural variants that can control complex traits is relevant for dairy cattle production, especially for animals that are tolerant to breeding conditions in the tropics, such as the Dairy Gir cattle. This study identified and characterized high confidence copy number variation regions (CNVR) in the Gir breed genome. A total of 38 animals were whole-genome sequenced, and 566 individuals were genotyped with a high-density SNP panel, among which 36 animals had both sequencing and SNP genotyping data available. Two sets of high confidence CNVR were established: one based on common CNV identified in the studied population (CNVR_POP), and another with CNV identified in sires with both sequence and SNP genotyping data available (CNVR_ANI). We found 10 CNVR_POP and 45 CNVR_ANI, which covered 1.05 Mb and 4.4 Mb of the bovine genome, respectively. Merging these CNV sets for functional analysis resulted in 48 unique high confidence CNVR. The overlapping genes were previously related to embryonic mortality, environmental adaptation, evolutionary process, immune response, longevity, mammary gland, resistance to gastrointestinal parasites, and stimuli recognition, among others. Our results contribute to a better understanding of the Gir breed genome. Moreover, the CNV identified in this study can potentially affect genes related to complex traits, such as production, health, and reproduction. |
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Thesagro: |
Gado Leiteiro; Genoma. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1154204/1/Identification-of-copy-number-variations-in-the-genome.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 21 | |
| 2. |  | SOARES, B. B.; BRUNES, L. C.; BALDI, F.; NARCISO, M. G.; CARMO, A. S. do; MAGNABOSCO, C. U. Associação genética entre escores visuais e características reprodutivas em bovinos Nelore. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 16., 2022, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2022. p. 74.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 3. | | SOARES, B. B.; BRUNES, L. C.; BALDI, F.; NARCISO, M. G.; CARMO, A. S. do; MAGNABOSCO, C. U. Associação genética entre escores visuais e características reprodutivas em bovinos Nelore. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 16., 2022, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2022. p. 74.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 5. | | PEREIRA, L. S.; BRUNES, L. C.; REY, F. S. B.; CARMO, A. S. do; CARVALHO, R. A.; SOARES, B. B.; MAGNABOSCO, C. de U. Associação genética entre eficiência alimentar e características de crescimento, reprodução e carcaça em bovinos da Raça Guzerá. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2021. 39 p. (Embrapa Cerrados. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 391).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 6. | | CARMO, A. S. do; KOLLING, G. J.; EGITO, A. A. do; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; GARCIA, J. F.; SILVA, M. V. G. B. Divergência genômica entre as raças bovinas Brasileiras localmente adaptadas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 25., 2015, Fortaleza. Dimensões tecnológicas e sociais da zootecnia: anais. Fortaleza: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015. 3 p. ZOOTEC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | SOARES, B. B.; BRUNES, L. C.; BALDI, F.; NARCISO, M. G.; CARMO, A. S. do; PEREIRA, L. S.; CARVALHO, R. A. de; MAGNABOSCO, C. U. Parâmetros genéticos de características morfológicas e de carcaça em bovinos Nelore. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 15., 2021, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 57. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 8. | | SOARES, B. B.; BRUNES, L. C.; BALDI REY, F. S.; CARMO, A. S. do; PEREIRA, L. S.; CARVALHO, R. A.; NARCISO, M. G.; MAGNABOSCO, C. de U. Parâmetros genéticos para características morfológicas de crescimento e de carcaça em bovinos Nelore. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2021. 39 p. (Embrapa Cerrados. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 388).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
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| 9. | | ALVES, C. V. O.; GUERREIRO, M. S. S.; CARDOSO, C. E. L.; OLIVEIRA, A. M. G.; OLIVEIRA, J. L. de; CARMO, A. S. do. Mercado de abacaxi no Extremo Sul da Bahia: um estudo de caso dos bares e restaurantes do município de Porto Seguro (BA). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória, ES. Anais... Caçador, SC: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008. 1 DVD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | ALVES, C. V. O.; GUERREIRO, M. S. S.; CARDOSO, C. E. L.; OLIVEIRA, A. M. G.; OLIVEIRA, J. L. de; CARMO, A. S. do. Mercado de abacaxi no Extremo Sul da Bahia: um estudo de caso dos bares e restaurantes do município de Porto Seguro (BA). In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA TROPICAL, 2., 2008, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, 2008. RESUMO_0183.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 11. | | BORGES, C. A. V.; NUNES, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CARMO, A. S. Do; MACHADO, M. A.; FURLONG, J.; PRATA, M. C. de A. Combinação de métodos concorrentes para classificação de bovinos leiteiros quanto à resistência a nematoides In: ENCONTRO MINEIRO DE ESTATÍSTICA, 14., 2016, Varginha. Anais... Alfenas: Universidade Federal de Alfenas, 2016. P. 90.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | GARCIA, J. F.; CARMO, A. S. DO; UTSUNOMIYA, Y. T.; NEVES, H. H. DE R.; CARVALHEIRO, R.; TASSELL, C. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B. How bioinformatics enables livestock applied sciences in the genomic era. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2012, Heidelberg. Proceedings... Porto Alegre: Sociedade Brasileira e Computação, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | SILVA, M. V. G. B.; VERNEQUE, R. da S.; PANETTO, J. C. do C.; CARMO, A. S. DO; FARAH, M. M.; SCHETTINO, G. M. Uso de fármacos em torneios leiteiros. Aonde vamos chegar? Balde Branco, v. 50, n. 600, p. 42-44, 2014.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | CARMO, A. S. do; OLIVEIRA JÚNIOR, G. A. de; CHUD, T. C. S.; PANETTO, J. C. do C.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide CNVs analysis to identify variants associated with coat color in Gyr breed. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 52., 2015, Belo Horizonte. Zootecnia: otimizando recursos e potencialidades: anais. Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 15. | | CARMO, A. S. do; OLIVEIRA JÚNIOR, G. A. de; CHUD, T. de O. S.; PANETTO, J. C. do C.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Identificação de CNVs associados com características reprodutivas e produtivas em animais Gir Leiteiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 25., 2015, Fortaleza. Dimensões tecnológicas e sociais da zootecnia: anais. Fortaleza: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015. 3 p. ZOOTEC| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | CAMPOS, B. M.; CARMO, A. S. do; SILVA, T. B. R. da; VERARDO, L. L.; GOUVEIA, J. J. de S.; MALHADO, C. H. M.; SILVA, M. V. G. B.; CARNEIRO, P. L. S. Identification of artificial selection signatures in Caracu breed lines selected for milk production and meat production. Livestock Science, v. 206, p. 82-87, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 17. | | BRAGA, L. G.; CHUD, T. C. S.; WATANABE, R. N.; SAVEGNAGO, R. P.; SENA, T. M.; CARMO, A. S. do; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. Identification of copy number variations in the genome of Dairy Gir cattle. PLoS ONE, v. 18, n. 4, e0284085, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 18. | | NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, article 17, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 19. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. Accuracy of genomic predictions in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 7, p. 5479-5490, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 20. | | CAMPOS, B. M.; CARMO, A. S. do; EGITO, A. A. do; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. S. M. do; GOUVEIA, J. J. S. de; MALHADO, C. H. M.; VERARDO, L. L.; SILVA, M. V. G. B. da; CARNEIRO, P. L. S. Genetic diversity, population structure, and correlations between locally adapted zebu and taurine breeds in Brazil using SNP markers. Tropical Animal Health and Production, v. 49, n. 8, p 1677-1684, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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