| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
|
Data corrente: |
20/10/2011 |
|
Data da última atualização: |
20/10/2011 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P. |
|
Afiliação: |
RAMON VIDAL, UNICAMP; LUCIA PIRES FERREIRA, CBP&D/Café/IAPAR; SERGIO DIAS LANNES, CBP&D/Café/IAPAR; LUIZ G. E. VIEIRA, CIRAD/UMR DAP; JORGE MONDEGO, UNICAMP; MARCELO, F. CARAZZOLE, UNICAMP; GONÇALO A. PEREIRA, UNICAMP; DAVID POT, LBI-AMG IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
|
Título: |
Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. |
|
Ano de publicação: |
2009 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides. MenosPolimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal,... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
INDEL; Mapeamento; SNP. |
|
Thesagro: |
Genoma. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/43989/1/Analise-in-silico-e-in-vivo.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03097nam a2200253 a 4500
001 1903595
005 2011-10-20
008 2009 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aVIDAL, R.
245 $aAnalise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp.$h[electronic resource]
260 $aIn: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café.$c2009
520 $aPolimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides.
650 $aGenoma
653 $aINDEL
653 $aMapeamento
653 $aSNP
700 1 $aFERREIRA, L. P.
700 1 $aLANNES, S. D.
700 1 $aVIEIRA, L. G. E.
700 1 $aMONDEGO, J.
700 1 $aCARAZZOLLE, M. F.
700 1 $aPEREIRA, G. A.
700 1 $aPOT, D.
700 1 $aPEREIRA, L. F. P.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 12 | |
| 10. |  | FERNANDES, D. S.; HEINEMANN, A. B.; PAZ, R. L. F. da; AMORIM, A. de O.; OLIVEIRA, D. F. de. Comparação entre dois métodos de estimativa de evapotranspiração de referência para Santo Antônio de Goiás, GO: Hargreaves versus Penman-Monteith. In: ENCONTRO SUL BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 3., 2009, Santa Maria. Mudanças climáticas globais: efeitos sobre o tempo e clima regional: [anais]. Santa Maria: Universidade Federal de Santa Maria, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
|    |
| 11. | | PAZ, R. L. F. da; AMORIM, A. de O.; CARDOSO, A. S.; FERNANDES, D. S.; HEINEMANN, A. B. Sistema de suporte a decisões agronômicas via Web para o Estado de Goiás. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 16., 2009, Belo Horizonte. Mudanças climáticas, recursos hídricos e energia para uma agricultura sustentável: resumos. Viçosa, MG: UFV; Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2009. p. 138.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 12. | | PAZ, R. L. F. da; AMORIM, A. de O.; CARDOSO, A. S.; FERNANDES, D. S.; HEINEMANN, A. B. Sistema de suporte a decisões agronômicas via Web para o Estado de Goiás. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 16., 2009, Belo Horizonte. Mudanças climáticas, recursos hídricos e energia para uma agricultura sustentável: [trabalhos apresentados.]. Viçosa, MG: UFV; Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| Registros recuperados : 12 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
