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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
31/03/2010 |
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Data da última atualização: |
02/09/2010 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
CAPETTINI, F.; AMABILE, R. F.; MINELLA, E.; RIBEIRO JUNIOR, W. Q. |
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Afiliação: |
Flávio Capettini, ICARDA; RENATO FERNANDO AMABILE, CPAC; EUCLYDES MINELLA, CNPT; WALTER QUADROS RIBEIRO JUNIOR, CPAC. |
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Título: |
Programa cooperativo entre o ICARDA/Embrapa: o caso da cevada irrigada para o cerrado do Brasil central. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE CEVADA, 27., 2009, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Embrapa Trigo, 2009. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A cevada, através de resultados de pesquisa da Embrapa, tem demonstrado potencial como uma opção importante para a diversificação do sistema de produção irrigado nos cerrados do Brasil central. O programa de melhoramento cevada do ICARDA tem como objetivo oferecer apoio aos programas nacionais de pesquisa da América Latina. Em função de ter uma área de atuação a nível internacional e uma ampla base de germoplasma, possui experiência de trabalho em diversos ambientes muitas vezes similares ao do Cerrado. A mais recente incorporação de melhoramento de cevada para malte no ICARDA, aos objetivos anteriores de forragem e alimentação humana, aumentam as possibilidades de incrementar projetos de colaboração com objetivos comuns. Neste sentido, o ICARDA centraliza importantes informações necessárias à continuidade dos estudos dirigidos pela pesquisa tanto para o Cerrado como para a região sul do Brasil, possuindo, desta forma, o suporte tecnológico disponível para os trabalhos desenvolvidos para estas regiões. A introdução e seleção de tipos exóticos, através de materiais genéticos proveniente do ICARDA favorecem esta seleção per si, desde que atendam as exigências agronômicas e industriais visando o aumento da produtividade, competitividade e sustentabilidade do sistema agrícola irrigado do cerrado. |
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Thesagro: |
Cerrado; Cevada; Cooperação internacional; Melhoramento genético vegetal. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aA cevada, através de resultados de pesquisa da Embrapa, tem demonstrado potencial como uma opção importante para a diversificação do sistema de produção irrigado nos cerrados do Brasil central. O programa de melhoramento cevada do ICARDA tem como objetivo oferecer apoio aos programas nacionais de pesquisa da América Latina. Em função de ter uma área de atuação a nível internacional e uma ampla base de germoplasma, possui experiência de trabalho em diversos ambientes muitas vezes similares ao do Cerrado. A mais recente incorporação de melhoramento de cevada para malte no ICARDA, aos objetivos anteriores de forragem e alimentação humana, aumentam as possibilidades de incrementar projetos de colaboração com objetivos comuns. Neste sentido, o ICARDA centraliza importantes informações necessárias à continuidade dos estudos dirigidos pela pesquisa tanto para o Cerrado como para a região sul do Brasil, possuindo, desta forma, o suporte tecnológico disponível para os trabalhos desenvolvidos para estas regiões. A introdução e seleção de tipos exóticos, através de materiais genéticos proveniente do ICARDA favorecem esta seleção per si, desde que atendam as exigências agronômicas e industriais visando o aumento da produtividade, competitividade e sustentabilidade do sistema agrícola irrigado do cerrado.
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/11/2022 |
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Data da última atualização: |
07/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus NAL: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 03063naa a2200433 a 4500
001 2148053
005 2022-11-07
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520 $aSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits.
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700 1 $aFERRAZ, J. B. S.
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
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700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tBiochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms$gv. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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