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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
06/11/2008 |
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Data da última atualização: |
11/07/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ANDREOTTI, R.; PEDROSO, M. S.; CAETANO, A. R.; MARTINS, N. F. |
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Afiliação: |
RENATO ANDREOTTI E SILVA, CNPGC; MARISELA S. PEDROSO, CENTRO DE INGENIERÍA GENÉTICA Y BIOTECNOLOGIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; NATALIA FLORENCIO MARTINS, Cenargen. |
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Título: |
Comparison of predicted binders in Rhipicephalus (Boophilus) microplus intestine protein variants BM86 Campo Grande Strain, BM86 and BM95. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, v. 17, n. 1, p. 93-98, abr./jun. 2008. |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Conteúdo: |
ABSTRACT - This paper reports the sequence analysis of Bm86 Campo Grande strain comparing it with Bm86 and Bm95 antigens from the preparations TickGardPLUS and GavacTM, respectively. The PCR product was cloned into pMOSBlue and sequenced. The secondary structure prediction tool PSIPRED was used to calculate alpha helices and beta strand contents of the predicted polypeptide. The hydrophobicity profile was calculated using the algorithms from the Hopp and Woods method, in addition to identification of potential MHC class-I binding regions in the antigens. Pair-wise alignment revealed that the similarity between Bm86 Campo Grande strain and Bm86 is 0.2% higher than that between Bm86 Campo Grande strain and Bm95 antigens. The identities were 96.5% and 96.3% respectively. Major suggestive differences in hydrophobicity were predicted among the sequences in two specific regions. RESUMO - O objetivo deste estudo foi analisar a seqüência de Bm86 cepa Campo Grande comparando-a com os antígenos Bm86 e Bm95 das preparações TickGardPLUS e GavacTM, respectivamente. O produto de PCR foi clonado em PMOSBlue e seqüenciado. Para calcular os conteúdos de alfa-hélice e fita beta do polipeptídio previsto, foi utilizada a ferramenta de prognóstico de estrutura secundária PSIPRED. O perfil de hidrofobicidade foi calculado usando os algoritmos de Hopp e Woods, além da identificação das possíveis regiões de ligação com MHC classe I nos antígenos. O alinhamento "pair-wise" revelou que a similaridade entre Bm86 cepa Campo Grande e Bm86 é 0,2% maior que aquela entre Bm86 cepa Campo Grande e Bm95. As identidades foram de 96,5% e 96,3%, respectivamente. Com relação à hidrofobicidade, os resultados sugerem que a maior diferença MenosABSTRACT - This paper reports the sequence analysis of Bm86 Campo Grande strain comparing it with Bm86 and Bm95 antigens from the preparations TickGardPLUS and GavacTM, respectively. The PCR product was cloned into pMOSBlue and sequenced. The secondary structure prediction tool PSIPRED was used to calculate alpha helices and beta strand contents of the predicted polypeptide. The hydrophobicity profile was calculated using the algorithms from the Hopp and Woods method, in addition to identification of potential MHC class-I binding regions in the antigens. Pair-wise alignment revealed that the similarity between Bm86 Campo Grande strain and Bm86 is 0.2% higher than that between Bm86 Campo Grande strain and Bm95 antigens. The identities were 96.5% and 96.3% respectively. Major suggestive differences in hydrophobicity were predicted among the sequences in two specific regions. RESUMO - O objetivo deste estudo foi analisar a seqüência de Bm86 cepa Campo Grande comparando-a com os antígenos Bm86 e Bm95 das preparações TickGardPLUS e GavacTM, respectivamente. O produto de PCR foi clonado em PMOSBlue e seqüenciado. Para calcular os conteúdos de alfa-hélice e fita beta do polipeptídio previsto, foi utilizada a ferramenta de prognóstico de estrutura secundária PSIPRED. O perfil de hidrofobicidade foi calculado usando os algoritmos de Hopp e Woods, além da identificação das possíveis regiões de ligação com MHC classe I nos antígenos. O alinhamento "pair-wise" revelou que a similaridade... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Antigen; Bm86; Bm95; Rhipicephalus (Boophilus) microplus; Tick. |
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Thesagro: |
Antígeno; Carrapato; Imunologia. |
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Thesaurus Nal: |
Antigens; immunology; Rhipicephalus microplus; Ticks. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/326689/1/Comparison-predicted-binders-2008.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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Biblioteca |
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Registro |
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| Registros recuperados : 305 | |
| 41. |  | BCHARA, M.; MCMANUS, C.; BLACKBURN, H.; AZEVEDO, H. C.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Validação de um painel reduzido de marcadores moleculares associados com susceptibilidade ao vírus da pneumonia ovina. Revista RG News, v. 4, n. 3, p. 83, 2018. Edição especial dos Anais do 5 Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, Fortaleza, nov. 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 42. | | BCHARA, M.; MCMANUS, C.; BLACKBURN, H.; AZEVEDO, H. C.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Validação de um painel reduzido de marcadores moleculares associados com susceptibilidade ao vírus da pneumonia ovina. Revista RG News, v. 4, n. 3, p. 83, 2018. Edição especial dos Anais do 5 Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, Fortaleza, nov. 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 44. | | GORNI, C.; FILIPPINI, F.; SBARRA, F.; FERRAZ, J. B.; STELLA, A.; CAETANO, A. R.; MARIANI, P. Linkage disequilibrium (LD) and association studies in Marchigiana cattle breed. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOMES CONFERENCE, 17., 2009, San Diego, CA. [Proceedings...]. [S. l.: s.n.], 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 46. | | FERNANDES, A.; MAGNABOSCO, C. U.; OJALA, M.; CAETANO, A. R.; FAMULA, T. R. Estimativas de parametros geneticos e ambientais de medidas corporais e peso em bovinos da raca Brahman nos tropicos. In: REUNIAO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 33., 1996, Fortaleza, CE. Anais... Fortaleza: SBZ, 1996. p. 136-138.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 48. | | LAZZARI, B.; NARDELLI-COSTA, J.; PANZITTA, F.; STELLA, A.; CAETANO, A. R.; MARIANI, P. A pipeline for automatic detection of SNPs in goat polymorphic sequences. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN ASSOCIATION FOR ANIMAL PRODUCTION, 56., 2005, Uppsala, Sweden. Book of abstracts. [Uppsala]: Wageningen Academic Publ., 2005. p. 369.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 50. | | ALMEIDA, I. G. de; FARIA, M. T. de; IANELLA, P.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Estrutura genética do pirarucu (Arapaima gigas) na região de Santarém, PA, Brasil. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília, DF. A produção animal no mundo em transformação. Brasília, DF: SBZ, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 51. | | SILVA, E. C. da; PIOVEZAN, U.; MCMANUS, C. M.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Estrutura genética do suíno Monteiro (Sus scrofa) em regiões do Pantanal, MS, Brasil. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., Brasília, DF. A produção animal no mundo em transformação: Anais. Brasília: SBZ, 2012. 3p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 52. | | LAURI, A.; CHESSA, S.; RASCHETTI, M.; CASTIGLIONI, B.; MARIANI, P.; CAETANO, A. R. New labelling technology for molecular probes applied to the ligation detection reaction - Universal Array System. Molecular Biotechnology, v. 47, n. 1, p. 1-8, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 54. | | CAETANO, A. R.; EDEAL, J. B.; BURNS, K.; JOHNSON, R. K.; TUGGLE, C. K.; POMP, D. Physical mapping of genes in the porcine ovarian transcriptome. Animal Genetics, Oxford, GB, v. 36, n. 4, p. 322-330, Aug. 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 56. | | SILVA, E. C. da; PIOVEZAN, U.; MCMANUS, C. M.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Diversidade genética de populações do suíno Monteiro (Sus scrofa) na região do Pantanal, MS, Brasil. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., Brasília, DF. A produção animal no mundo em transformação: Anais. Brasília: SBZ, 2012. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 57. | | RIPAMONTE, P.; MERIGHE, G. K. F.; CAETANO, A. R.; WATANABE, Y. F.; MEIRELLES, F. V. Uso da técnica de differential display PCR (DDPCR) na identificação de genes expressos diferencialmente em embriões bovinos produzidos in vitro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 50., 2004, Costão do Santinho, Florianópolis. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2004. p. 111| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 58. | | SILVA, E. C. da; PIOVEZAN, U.; MCMANUS, C. M.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Estrutura genética do suíno Monteiro (Sus scrofa) em regiões do Pantanal, MS, Brasil. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., Brasília, DF. A produção animal no mundo em transformação: Anais. Brasília: SBZ, 2012. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 59. | | ALMEIDA, I. G. de; FARIA, M. T. de; IANELLA, P.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Estrutura genética do pirarucu (Arapaima gigas) na região de Santarém, PA, Brasil. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília, DF. A produção animal no mundo em transformação. Brasília, DF: SBZ, 2012. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 60. | | NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; COUTINHO, L. L. Associação de poliformismos de base única (SNP) no íntron 8 gene do receptor da leptina em galinhas com rendimento de órgãos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 44., 2007, Jaboticabal. O avanço científico e tecnológico na produção animal: anais. Jaboticabal: Sociedade Brasileira de Zootecnia: UNESP, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2007. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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