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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
06/11/2008 |
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Data da última atualização: |
11/07/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ANDREOTTI, R.; PEDROSO, M. S.; CAETANO, A. R.; MARTINS, N. F. |
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Afiliação: |
RENATO ANDREOTTI E SILVA, CNPGC; MARISELA S. PEDROSO, CENTRO DE INGENIERÍA GENÉTICA Y BIOTECNOLOGIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; NATALIA FLORENCIO MARTINS, Cenargen. |
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Título: |
Comparison of predicted binders in Rhipicephalus (Boophilus) microplus intestine protein variants BM86 Campo Grande Strain, BM86 and BM95. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, v. 17, n. 1, p. 93-98, abr./jun. 2008. |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Conteúdo: |
ABSTRACT - This paper reports the sequence analysis of Bm86 Campo Grande strain comparing it with Bm86 and Bm95 antigens from the preparations TickGardPLUS and GavacTM, respectively. The PCR product was cloned into pMOSBlue and sequenced. The secondary structure prediction tool PSIPRED was used to calculate alpha helices and beta strand contents of the predicted polypeptide. The hydrophobicity profile was calculated using the algorithms from the Hopp and Woods method, in addition to identification of potential MHC class-I binding regions in the antigens. Pair-wise alignment revealed that the similarity between Bm86 Campo Grande strain and Bm86 is 0.2% higher than that between Bm86 Campo Grande strain and Bm95 antigens. The identities were 96.5% and 96.3% respectively. Major suggestive differences in hydrophobicity were predicted among the sequences in two specific regions. RESUMO - O objetivo deste estudo foi analisar a seqüência de Bm86 cepa Campo Grande comparando-a com os antígenos Bm86 e Bm95 das preparações TickGardPLUS e GavacTM, respectivamente. O produto de PCR foi clonado em PMOSBlue e seqüenciado. Para calcular os conteúdos de alfa-hélice e fita beta do polipeptídio previsto, foi utilizada a ferramenta de prognóstico de estrutura secundária PSIPRED. O perfil de hidrofobicidade foi calculado usando os algoritmos de Hopp e Woods, além da identificação das possíveis regiões de ligação com MHC classe I nos antígenos. O alinhamento "pair-wise" revelou que a similaridade entre Bm86 cepa Campo Grande e Bm86 é 0,2% maior que aquela entre Bm86 cepa Campo Grande e Bm95. As identidades foram de 96,5% e 96,3%, respectivamente. Com relação à hidrofobicidade, os resultados sugerem que a maior diferença MenosABSTRACT - This paper reports the sequence analysis of Bm86 Campo Grande strain comparing it with Bm86 and Bm95 antigens from the preparations TickGardPLUS and GavacTM, respectively. The PCR product was cloned into pMOSBlue and sequenced. The secondary structure prediction tool PSIPRED was used to calculate alpha helices and beta strand contents of the predicted polypeptide. The hydrophobicity profile was calculated using the algorithms from the Hopp and Woods method, in addition to identification of potential MHC class-I binding regions in the antigens. Pair-wise alignment revealed that the similarity between Bm86 Campo Grande strain and Bm86 is 0.2% higher than that between Bm86 Campo Grande strain and Bm95 antigens. The identities were 96.5% and 96.3% respectively. Major suggestive differences in hydrophobicity were predicted among the sequences in two specific regions. RESUMO - O objetivo deste estudo foi analisar a seqüência de Bm86 cepa Campo Grande comparando-a com os antígenos Bm86 e Bm95 das preparações TickGardPLUS e GavacTM, respectivamente. O produto de PCR foi clonado em PMOSBlue e seqüenciado. Para calcular os conteúdos de alfa-hélice e fita beta do polipeptídio previsto, foi utilizada a ferramenta de prognóstico de estrutura secundária PSIPRED. O perfil de hidrofobicidade foi calculado usando os algoritmos de Hopp e Woods, além da identificação das possíveis regiões de ligação com MHC classe I nos antígenos. O alinhamento "pair-wise" revelou que a similaridade... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Antigen; Bm86; Bm95; Rhipicephalus (Boophilus) microplus; Tick. |
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Thesagro: |
Antígeno; Carrapato; Imunologia. |
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Thesaurus Nal: |
Antigens; immunology; Rhipicephalus microplus; Ticks. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/326689/1/Comparison-predicted-binders-2008.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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| Registros recuperados : 305 | |
| 4. |  | CAETANO, A. R. Revelado o mapa físico do genoma bovino. In: SANTOS, M. G. B. dos. (Org). Artigos técnicos divulgados na mídia: coletânea 2007. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 244). Publicado em 21/08/2007. Disponível em: Cultivar, cultivar210807; Boletim Pecuário, bpecuario210807; Clicnews, clicnews210807; Pets, pets210807; Hotel Virtual, hvirtual210807; Agrosoft, agrosoft210807; Portal Biotecnologia Ufla,...| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | STAFUZZA, N. B.; CAETANO, A. R.; AMARAL, M. E. J. Mapeamento RH dos genes APOM, BDA20 e CRABP2 no genoma bovino. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. A era da genômica: da bioestatística à bioinformática: anais. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 194.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | FACO, O.; PAIVA, S. R.; LOBO, R. N. B.; VILLELA, L. C. V.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R.; CAETANO, A. R.; PIMENTEL, C. M. Núcleo de consercação e melhoramento genético da raça Morada Nova: resultados preliminares. In: XIMENES, L. J. F.; MARTINS, G. A.; MORAIS, O. R. de; COSTA, L. S. de A.; NASCIMENTO, J. L. S. do (Coord.). Ciência e tecnologia na pecuária de caprinos e ovinos. Fortaleza: Banco do Nordeste do Brasil, 2010. Cap. 12. p. 311-337. (Série BNB. Ciência e Tecnologia, 5).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 14. | | CARDOSO, F. F.; LOPA, T. B. P.; BIEGELMEYER, P.; CAETANO, A. R. Avanços nos programas de avaliação genética aplicados à pecuária de corte. In: JORNADA [DO] NÚCLEO DE ESTUDOS EM SISTEMAS DE PRODUÇÃO DE BOVINOS DE CORTE E CADEIA PRODUTIVA, 8.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE SISTEMAS DE PRODUÇÃO DE BOVINOS DE CORTE E CADEIA PRODUTIVA, 1., 2013, Porto Alegre. A vez da inovação na pecuária de corte: anais. Porto Alegre: NESPRO-UFRGS: SENAR, 2013. p. 179-196. 1 CD-ROM. Editores: Maria Eugênia Andrighetto Canozzi, Bárbara Bremm, João Batista Gonçalves Costa Júnior, Júlio Otávio Jardim Barcellos.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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