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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
09/01/2020 |
Data da última atualização: |
09/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
Afiliação: |
PATRICIA IANELLA, Cenargen; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; LUCIANA CRISTINE VASQUES VILLELA, CNPASA; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen. |
Título: |
Tambaqui (Colossoma macropomum) single nucleotide polymorphism discovery by reduced representation library deep sequencing. |
Ano de publicação: |
2019 |
Fonte/Imprenta: |
In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. |
Páginas: |
p. 491. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native freshwater fish farmed in Brazil. Production and supply chains are consistently growing, while current yearly production levels of this species exceed 200.000mt. Recent efforts of our research team have produced a draft genome sequence for this species. Here we describe results from SNP discovery efforts using deep sequencing of reduced representation libraries (RRLs) of varying fragment sizes. Ten micrograms of bulked DNA samples from 63 unrelated fish (males and females) were completely digested with HaeIII. Fragments between 400?500bp; 500?650 bp; and 650?850bp representing around 12% of the tambaqui genome were sequenced with a depth of >100x. Nearly 720 million reads (2x150bp) were generated with a HiSeq2000 using TruSeq v3 chemistry, 2.444.604 putative SNPs were identified and their allele frequencies estimated. A total of 2.011.219 SNPs were observed with read depths RD>150 and minor allele frequencies >0.05 (Fig. 1). This represents the first report of an extensive effort to identify SNP markers for this species and will be a valuable source of information for designing marker panels with varying applications. These results can affect the use of genomic tools in broodstock management, assisted genetic evaluations and breeding for tambaqui. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Colossoma Macropomum; Tambaqui. |
Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Algodão. |
Data corrente: |
05/06/2019 |
Data da última atualização: |
05/06/2019 |
Tipo da produção científica: |
Nota Técnica/Nota Científica |
Autoria: |
SEVERINO, L. S.; RODRIGUES, S. M. M.; CHITARRA, L. G.; LIMA FILHO, J. R. de; CONTINI, E.; MOTA, M. M.; MARRA, R.; ARAGÃO, A. A. |
Afiliação: |
LIV SOARES SEVERINO, CNPA; SANDRA MARIA MORAIS RODRIGUES, CNPA; LUIZ GONZAGA CHITARRA, CNPA; JOAQUIM RAIMUNDO DE LIMA FILHO, SIRE; ELISIO CONTINI, SIRE; MIERSON MARTINS MOTA, SIRE; RENNER MARRA, SIRE; ADALBERTO ARAUJO ARAGAO, SIRE. |
Título: |
Algodão - Parte 01: Caracterização e desafios tecnológicos. |
Ano de publicação: |
2019 |
Fonte/Imprenta: |
Brasília, DF: Embrapa, 2019. 29 p. |
Série: |
(Desafios do agronegócio brasileiro, 3). |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Nota técnica. Autoria na publicação: Joaquim Lima Filho, Mierson Mota e Adalberto Araújo. |
Conteúdo: |
Objetivou-se caracterizar os principais componentes da cadeia produtiva do algodão, analisar a produção mundial, os principais países produtores e a demanda por algodão no Brasil e no mundo, identificando problemas/desafios do ponto de vista tecnológico para o crescimento da produção no Brasil e identificar tecnologias disponíveis e lacunas para superar os desafios existentes na programação da Embrapa e de outras organizações públicas e privadas de pesquisa agropecuária no Brasil. |
Thesagro: |
Cotonicultura; Gossypium Hirsutum; Mercado; Rendimento. |
Thesaurus NAL: |
Cotton; Crop yield; Market analysis. |
Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/198192/1/SerieDesafiosAgronegocioBrasileiroNT3Algodao.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Algodão (CNPA) |
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