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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
22/06/2016 |
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Data da última atualização: |
22/06/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA, Unemat, IB/Unicamp; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen. |
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Título: |
Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-14, 2016. |
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DOI: |
10.1186/s12864-016-2752-9 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the onset of disease in a number of species. Information from high-resolution studies to detect, characterize and estimate population-specific variant frequencies will facilitate the incorporation of CNVs in genomic studies to identify genes affecting traits of importance. Results: Genome-wide CNVs were detected in high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping data from 1,717 Nelore (Bos indicus) cattle, and in NGS data from eight key ancestral bulls. A total of 68,007 and 12,786 distinct CNVs were observed, respectively. Cross-comparisons of results obtained for the eight resequenced animals revealed that 92 % of the CNVs were observed in both datasets, while 62 % of all detected CNVs were observed to overlap with previously validated cattle copy number variant regions (CNVRs). Observed CNVs were used for obtaining breed-specific CNV frequencies and identification of CNVRs, which were subsequently used for gene annotation. A total of 688 of the detected CNVRs were observed to overlap with 286 non-redundant QTLs associated with important production traits in cattle. All of 34 CNVs previously reported to be associated with milk production traits in Holsteins were also observed in Nelore cattle. Comparisons of estimated frequencies of these CNVs in the two breeds revealed 14, 13, 6 and 14 regions in high (>20 %), low (<20 %) and divergent (NEL > HOL, NEL < HOL) frequencies, respectively. Conclusions: Obtained results significantly enriched the bovine CNV map and enabled the identification of variants that are potentially associated with traits under selection in Nelore cattle, particularly in genome regions harboring QTLs affecting production traits. MenosBackground: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the onset of disease in a number of species. Information from high-resolution studies to detect, characterize and estimate population-specific variant frequencies will facilitate the incorporation of CNVs in genomic studies to identify genes affecting traits of importance. Results: Genome-wide CNVs were detected in high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping data from 1,717 Nelore (Bos indicus) cattle, and in NGS data from eight key ancestral bulls. A total of 68,007 and 12,786 distinct CNVs were observed, respectively. Cross-comparisons of results obtained for the eight resequenced animals revealed that 92 % of the CNVs were observed in both datasets, while 62 % of all detected CNVs were observed to overlap with previously validated cattle copy number variant regions (CNVRs). Observed CNVs were used for obtaining breed-specific CNV frequencies and identification of CNVRs, which were subsequently used for gene annotation. A total of 688 of the detected CNVRs were observed to overlap with 286 non-redundant QTLs associated with important production traits in cattle. All of 34 CNVs previously reported to be associated with milk production traits in Holsteins were also observed in Nelore cattle. Comparisons of estimated frequencies of these CNVs in the two breeds revealed... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Copy number variations; Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; SNP genotyping. |
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Thesagro: |
Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Bioinformatics; Genotyping; High-throughput nucleotide sequencing; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/144667/1/AP-Genome-Silva-et-al.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 305 | |
| 101. |  | CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P.; GOMES, C. C. G.; COMIN, H. B.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I. Accuracy of genomic prediction for tick resistance in Braford and Hereford cattle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 102. | | CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P.; GULIAS-GOMES, C. C.; COMIN, H. B.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J. I.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I. Accuracy of genomic prediction for tick resistance in Braford and Hereford cattle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 103. | | BRANDÃO, R. M.; CARDOSO, M. das G.; BATISTA, L. R.; CAETANO, A. R. S.; LEMOS, A. C. C.; MARTINS, M. A.; NELSON, D. L. OLIVEIRA, J. E. de. Antifungal and physicochemical properties of Ocimum .essential oil loaded in poly(lactic acid) nanofibers Letters in Applied Microbiology, v. 74, n. 5, 2022. 765-776| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 104. | | MUNIZ, M. M. M.; CAETANO, A. R.; McMANUS, C.; CAVALCANTI, L. C. G.; FAÇANHA, D. A. E.; LEITE, J. H. G. M.; FACO, O.; PAIVA, S. R. Application of genomic data to assist a community-based breeding program: A preliminary study of coat color genetics in Morada Nova sheep. Livestock Science, v. 190, p. 89-93, Aug. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 105. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; COSTA, C. N.; LOPES, P. S.; CAETANO, A. R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Autoregressive single-step test-day model for genomic evaluations of Portuguese Holstein cattle. Journal of Dairy Science, v. 102, n. 7, p. 6330-6339, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 106. | | SILVA, N. M. A. da; ARAÚJO, R. O. de; LACERDA, T. S.; GULIAS-GOMES, C. C.; CARDOSO, F. F.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Aprimoramento de protocolos de extração de DNA de sangue armazenado em cartões FTA. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 107. | | SILVA, N. M. A.; ARAÚJO, R. O. de; LACERDA, T. S.; GULIAS-GOMES, C. C.; CARDOSO, F. F.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Aprimoramento de protocolos de extração de DNA de sangue armazenado em cartões FTA. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 108. | | NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; BELICUAS, S. N. J.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L. Análise de genes candidatos para características de produção e qualidade da carcaça em aves. In: COLDEBELLA, A.; SCHEUERMANN, G. N. (Ed.). Relatório dos projetos concluídos 2009. Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2009. cap. 4.1, p. 57-63. (Embrapa Suínos e Aves. Documentos, 138).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 109. | | NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; JARDIM, S. N.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L. Análise de genes candidatos para características de produção e qualidade da carcaça em aves Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2009. p. 55-63| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 110. | | ALMEIDA, L. D.; MARIANTE, A. da S.; CAETANO, A. R.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; OLIVEIRA, J. V.; EGITO, A. A. do. Análise genética do núcleo de conservação da raça jumento brasileiro. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 11., 2010, João Pessoa. Memorias... João Pessoa: Ed. da UFPB: Instituto Nacional do Semiárido, 2010. p. 110-112.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 111. | | IANELLA, P.; BIAZIO, G. R.; FACO, O.; SILVA, K. de M.; RAMOS, A. F.; MUNIZ, M. M. M.; CAETANO, A. R.; MARIANTE, A. da S.; PAIVA, S. R. Análise da variabilidade genética do banco de germoplasma da raça Morada Nova. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 48.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 112. | | VASCONCELOS, C. C. M. P. de; MCMANUS, C. M.; SOUZA, C. J. H. de; SILVA, M. V. G. B.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Análise de paternidade com marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) em ovinos da raça Crioula Lanada. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012. 3 P.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 113. | | COMIN, H. B.; SOLLERO, B. P.; JUNQUEIRA, V. S.; CARDOSO, L. L.; HIGA, R. H.; CAETANO, A. R.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Controle de qualidade de genótipos e amostras utilizados na seleção genômica das raças Braford e Hereford In: SEMINÁRIO INTERINSTITUCIONAL DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO, 18.; MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 16,; MOSTRA DE EXTENSÃO, 11., 2013, Cruz Alta. Ciência, conhecimento e sociedade de risco: anais. Cruz Alta: Unicruz, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 114. | | CHIARATTI, M. R.; BRESSAN, F. F.; FERREIRA, C. R.; MONZANI, P. S.; MESQUITA, L. G.; CAETANO, A. R.; SMITH, L. C.; VERCESI, A. E.; MEIRELLES, F. V. Correlação positiva entre a quantidade de DNA mitocondrial no zigoto e seu potencial de desenvolvimento a blastocisto. Acta Scientiae Veterinariae, v. 36, supl. 2, p. S522, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 115. | | CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M.; GOMES, C. C. G.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I. Cluster cross-validation for genomic prediction of tick resistance in Braford and Hereford cattle. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of knowledge in animal production: abstracts. Campinas: SBZ, 2013. Não paginado. Resumo 6HAX.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 116. | | CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M.; GULIAS-GOMES, C. C.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J. I.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I. Cluster cross-validation for genomic prediction of tick resistance in Braford and Hereford cattle. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of knowledge in animal production: abstracts. Campinas: SBZ, 2013. Não paginado. 1 CD-ROM. Resumo 6HAX.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 119. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Is aromatase necessary for ovarian differentiation in tambaqui (Colossoma macropomum)? In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. New fromtiers in reproductive diversity in a changing environment: program and abstracts. [S.l.: s.n.], 2018. p. 99.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 120. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F.; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Is aromatase necessary for ovarian differentiation in tambaqui (Colossoma macropomum)? In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. p. 99.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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