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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
Data corrente: |
01/09/2014 |
Data da última atualização: |
09/12/2014 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
MÜLLER, B. S. de F.; SAKAMOTO, T.; MENEZES, I. P. P. de; PRADO, G. S.; MARTINS, W. S.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. |
Afiliação: |
BÁRBARA SALOMÃO DE FARIA MÜLLER, UFV; TETSU SAKAMOTO, UFMG; IVANDILSON PESSOA PINTO DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; GUILHERME SOUZA PRADO, bolsista CNPAF; WELLINGTON SANTOS MARTINS, UFG; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; EVERALDO GONÇALVES DE BARROS, UNIVERSIDADE CATÓLICA DE BRASÍLIA; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
Título: |
Analysis of BAC-end sequences in common bean (Phaseolus vulgaris L.) towards the development and characterization of long motifs SSRs. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology, Dordrecht, v. 86, n. 4/5, p. 455-470, Nov. 2014. |
DOI: |
10.1007/s11103-014-0240-7 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The increasing volume of genomic data on the Phaseolus vulgaris species have contributed to its importance as a model genetic species and positively affected the investigation of other legumes of scientific and economic value. To expand and gain a more in-depth knowledge of the common bean genome, the ends of a number of bacterial artificial chromosome (BAC) were sequenced, annotated and the presence of repetitive sequences was determined. In total, 52,270 BESs (BAC-end sequences), equivalent to 32 Mbp (~6 %) of the genome, were processed. In total, 3,789 BES-SSRs were identified, with a distribution of one SSR (simple sequence repeat) per 8.36 kbp and 2,000 were suitable for the development of SSRs, of which 194 were evaluated in low-resolution screening. From 40 BES-SSRs based on long motifs SSRs (≥trinucleotides) analyzed in high-resolution genotyping, 34 showed an equally good amplification for the Andean and for the Mesoamerican genepools, exhibiting an average gene diversity (H E) of 0.490 and 5.59 alleles/locus, of which six classified as Class I showed a H E ≥ 0.7. The PCoA and structure analysis allowed to discriminate the gene pools (K = 2, FST = 0.733). From the 52,270 BESs, 2 % corresponded to transcription factors and 3 % to transposable elements. Putative functions for 24,321 BESs were identified and for 19,363 were assigned functional categories (gene ontology). This study identified highly polymorphic BES-SSRs containing tri- to hexanucleotides motifs and bringing together relevant genetic characteristics useful for breeding programs. Additionally, the BESs were incorporated into the international genome-sequencing project for the common bean. MenosThe increasing volume of genomic data on the Phaseolus vulgaris species have contributed to its importance as a model genetic species and positively affected the investigation of other legumes of scientific and economic value. To expand and gain a more in-depth knowledge of the common bean genome, the ends of a number of bacterial artificial chromosome (BAC) were sequenced, annotated and the presence of repetitive sequences was determined. In total, 52,270 BESs (BAC-end sequences), equivalent to 32 Mbp (~6 %) of the genome, were processed. In total, 3,789 BES-SSRs were identified, with a distribution of one SSR (simple sequence repeat) per 8.36 kbp and 2,000 were suitable for the development of SSRs, of which 194 were evaluated in low-resolution screening. From 40 BES-SSRs based on long motifs SSRs (≥trinucleotides) analyzed in high-resolution genotyping, 34 showed an equally good amplification for the Andean and for the Mesoamerican genepools, exhibiting an average gene diversity (H E) of 0.490 and 5.59 alleles/locus, of which six classified as Class I showed a H E ≥ 0.7. The PCoA and structure analysis allowed to discriminate the gene pools (K = 2, FST = 0.733). From the 52,270 BESs, 2 % corresponded to transcription factors and 3 % to transposable elements. Putative functions for 24,321 BESs were identified and for 19,363 were assigned functional categories (gene ontology). This study identified highly polymorphic BES-SSRs containing tri- to hexanucleotides mo... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Feijão; Genética molecular; Phaseolus vulgaris. |
Thesaurus Nal: |
Beans; Fabaceae; Genomics; Microsatellite repeats; Molecular genetics; Transcription factors; Transposons. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 02734naa a2200337 a 4500 001 1993888 005 2014-12-09 008 2014 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1007/s11103-014-0240-7$2DOI 100 1 $aMÜLLER, B. S. de F. 245 $aAnalysis of BAC-end sequences in common bean (Phaseolus vulgaris L.) towards the development and characterization of long motifs SSRs.$h[electronic resource] 260 $c2014 520 $aThe increasing volume of genomic data on the Phaseolus vulgaris species have contributed to its importance as a model genetic species and positively affected the investigation of other legumes of scientific and economic value. To expand and gain a more in-depth knowledge of the common bean genome, the ends of a number of bacterial artificial chromosome (BAC) were sequenced, annotated and the presence of repetitive sequences was determined. In total, 52,270 BESs (BAC-end sequences), equivalent to 32 Mbp (~6 %) of the genome, were processed. In total, 3,789 BES-SSRs were identified, with a distribution of one SSR (simple sequence repeat) per 8.36 kbp and 2,000 were suitable for the development of SSRs, of which 194 were evaluated in low-resolution screening. From 40 BES-SSRs based on long motifs SSRs (≥trinucleotides) analyzed in high-resolution genotyping, 34 showed an equally good amplification for the Andean and for the Mesoamerican genepools, exhibiting an average gene diversity (H E) of 0.490 and 5.59 alleles/locus, of which six classified as Class I showed a H E ≥ 0.7. The PCoA and structure analysis allowed to discriminate the gene pools (K = 2, FST = 0.733). From the 52,270 BESs, 2 % corresponded to transcription factors and 3 % to transposable elements. Putative functions for 24,321 BESs were identified and for 19,363 were assigned functional categories (gene ontology). This study identified highly polymorphic BES-SSRs containing tri- to hexanucleotides motifs and bringing together relevant genetic characteristics useful for breeding programs. Additionally, the BESs were incorporated into the international genome-sequencing project for the common bean. 650 $aBeans 650 $aFabaceae 650 $aGenomics 650 $aMicrosatellite repeats 650 $aMolecular genetics 650 $aTranscription factors 650 $aTransposons 650 $aFeijão 650 $aGenética molecular 650 $aPhaseolus vulgaris 700 1 $aSAKAMOTO, T. 700 1 $aMENEZES, I. P. P. de 700 1 $aPRADO, G. S. 700 1 $aMARTINS, W. S. 700 1 $aBRONDANI, C. 700 1 $aBARROS, E. G. de 700 1 $aVIANELLO, R. P. 773 $tPlant Molecular Biology, Dordrecht$gv. 86, n. 4/5, p. 455-470, Nov. 2014.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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Registros recuperados : 328 | |
161. | | RANGEL, P. N.; BRONDANI, R. P. V.; GARCIA, R. A. V.; DEL PELOSO, M. J.; BRONDANI, C.; BLAIR, M. Desenvolvimento e aplicações de sistemas de genotipagem multiloco semi-automatizados baseados em marcadores microssatélites para feijoeiro. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 8., 2005, Goiânia. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2005. v. 1. p. 25-28. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 182).Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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162. | | OLIVEIRA, Z. R. de; CRUZEIRO, G. A. V.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C. Desenvolvimento e avaliação de marcadores snps de genes relacionados a proteínas de reserva de arroz. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 4., 2010, Santo Antônio de Goiás. Resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2010. p. 39. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 257).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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163. | | OLIVEIRA, Z. R. de; CRUZEIRO, G. A. V.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C. Desenvolvimento e avaliação de marcadores SNPs de genes relacionados a proteínas de reserva de arroz. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 5., 2011, Santo Antônio de Goiás. Resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2011. p. 35. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 270).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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165. | | BORBA, T. C. O.; BRONDANI, C.; RANGEL, P. H. N.; BRONDANI, R. P. V.; SANTOS, T. C. Determinação da conservação genômica do gênero Oryza via marcadores SSR e STS. In: CONGRESSO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 1.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ - RENAPA, 7., 2002, Florianópolis. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2002. p. 262-265. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 134).Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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169. | | OLIVEIRA, J. A. V. de; ABREU, F. R. M.; MENDONÇA, J. A.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C. Expressão relativa de genes homólogos de Arabidopsis em arroz relacionados ao aumento da produtividade. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 10., 2016, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2016. p. 87. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 311).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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170. | | ABREU, F. R. M.; DEUS, K. E. de; PEREIRA, W. J.; SILVEIRA, R. D. D.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C. Expression of rice genes homologous of Arabidopsis genes previously related to drought tolerance. Australian Journal of Crop Science, v. 10, n. 9, p. 1266-1271, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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171. | | PANTALIÃO, G. F.; BORBA, T. C. de O.; GUIMARÃES, C. M.; NARCISO, M. G.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C. Identificação de loci relacionados à produtividade sob deficit hídrico utilizando uma abordagem GBS - GWAS. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 9., 2015, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2015. p. 110. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 309).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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173. | | PANTALIÃO, G. F.; BORBA, T. C. de O.; GUIMARÃES, C. M.; NARCISO, M. G.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C. Identificação de SNPs associados à produtividade em arroz sob déficit hídrico. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 7., 2013, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2013. p. 27. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 292). Apresentação oral - Pós-graduação.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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174. | | CRUZ, A. C. da; CERRI, R.; NARCISO, M. G.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C. Identificação e Validação de SNPs por Machine Learning relacionados a caracteres de interesse em arroz. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 16., 2022, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2022. p. 28.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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176. | | GRISI, M. C. de M.; BRONDANI, R. P. V.; DEL PELOSO, M. J.; BLAIR, M.; GEPTS, P.; BRONDANI, C. Integração de marcadores SSR no mapa genético consenso de feijão (BAT93 X Jalo EEP`558). In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 8., 2005, Goiânia. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2005. v. 1. p. 37-40. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 182).Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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177. | | FERREIRA, L. R.; COELHO, G. R. C.; SOUZA, T. L. P. O. de; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Monitoramento da qualidade e eficiência do cruzamento PI 181996 x Aurora no âmbito do programa de melhoramento de feijão através de microssatélites. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 9., 2015, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2015. p. 64. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 309).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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178. | | PENTEADO, M. I. de O.; BRONDANI, C.; FERREIRA, M. A.; AMARAL, Z.; RANGEL, P. H. N.; FERREIRA, M. E. Monitoring a rice recurrent selection program using SSR and RAPD markers. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA E CARIBE, 2., 1999, Brasilia, DF. Anais... Brasilia: Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia, 1999. CD-ROM.Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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179. | | RANGEL, P. H. N.; BRONDANI, C.; ZIMMERMANN, F. J. P.; CORDEIRO, A. C. C.; FERREIRA, M. E. Obtenção de linhagens Sativa vetoras de genes de - Oryza glumaepatula. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 2.; REUNIÃO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 24., 2001, Porto Alegre. Anais... Porto Alegre: IRGA, 2001. p. 18-20.Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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180. | | VIEIRA, A. F.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; CASTRO, A. P. de; NEVES, L. G.; BRONDANI, C. Marcadores SNPs relacionados a tolerância à seca em arroz a partir do sequenciamento de 2500 genes candidatos. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 12., 2018, Santo Antônio de Goiás. Resumos. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2018. p. 65. (Embrapa Arroz e Feijão. Eventos técnicos & científicos, 2)Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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