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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
21/01/2011 |
Data da última atualização: |
03/06/2011 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
BORTOLETI, K. C. A.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BELARMINO, L. C. S.; OLIVEIRA, A. R. S.; NASCIMENTO, I. R.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. |
Afiliação: |
K. C. A. BORTOLETI, Universidade Federal de Pernambuco; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; A. M. BENKO-ISEPPON, Universidade Federal de Pernambuco; L. C. S. BELARMINO, Universidade Federal de Pernambuco; A. R. S. OLIVEIRA, Universidade Federal de Pernambuco; I. R. NASCIMENTO, Universidade Federal Rural de Pernambuco; A. C. BRASILEIRO-VIDAL, Universidade Federal de Pernambuco. |
Título: |
Distribuição de microssatélites no genoma de leguminosas mediante hibridização in situ fluorescente. |
Ano de publicação: |
2010 |
Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... [Curitiba]: UFPR, 2010. p. 115. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Os microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no genoma. A FISH com oligonucleotídeos evidenciaram marcações pericentroméricas e proximais, embora um padrão de distribuição disperso tenha prevalecido ao longo dos cromossomos das espécies analisadas, com exceção de (AG)8 em soja que não revelou marcações visíveis. O oligonucleotídeo (AAG)5 revelou uma marcação pericentromérica evidente em P. lunatus, tratando-se de um marcador cromossômico para tal espécie. Na hibridização com (ACC)5 notou-se a presença de seis marcações fortes em V. unguiculata, estando uma delas localizada no par cromossômico 10, portador do sítio de DNAr 45S. O microssatélite (TGA)6 revelou uma marcação bem evidente no cromossomo 10 de P. lunatus, identificado pela presença de DNAr 5S. Algumas divergências observadas no padrão de distribuição e na intensidade dos sinais entre os genomas das espécies confirmam a hipótese de que as sequências de DNA repetitivo apresentam uma composição heterogênea. Na análise genômica de soja, foram observados 92, 84, 83, 142 e 103 sítios de repetições para os oligonucleotídeos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6, respectivamente, de tamanhos variáveis entre 30 a 454 pb, localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. Considerando o pequeno tamanho, fica evidente que estas sequências não correspondem aos sítios observados pela FISH, uma vez que esta técnica evidencia apenas sequências com comprimentos acima de 1-3kb. Sugere-se que as marcações localizadas por FISH estejam associadas a regiões de heterocromatina e que sejam constituintes dos mais de 1.000 scaffolds existentes no sequenciamento da soja, não sendo, por essa razão, detectadas pela análise in silico. MenosOs microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no gen... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Microssatélites. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/25952/1/GP-115.pdf
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Marc: |
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7. | | VASCONCELOS, S.; SOUZA, A. A. de; GUSMÃO, C. L. S.; MILANI, M.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. Heterochromatin and rDNA 5S and 45S sites as reliable cytogenetic markers for castor bean (Ricinus communis, euphorbiaceae). Micron, n. 41, p. 746-753, 2010.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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8. | | GUERRA, M.; MORAES, A. P.; MIRKOV, E.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; SILVA, A. E. B. e; SOARES FILHO, W. dos S. Molecular characterization of chromosomes of Poncirus trifoliata using different DNA sequences. In: INTERNATIONAL CITRUS CONGRESS, 11., 2008, Wuhan,China. Program and abstracts... Wuhan: The International Society of Citriculture, 2008. p. 25. 19.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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9. | | BELARMINO, L. C.; OLIVEIRA, A. R. da S.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. de A.; BEZERRA-NETO, J. P.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M. Mining plant genome browsers as a means for efficient connection of physical, genetic and cytogenetic mapping: an example using soybean. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 335-347, May 2012.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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10. | | REIS, G. B.; ANDRADE VIEIRA, L. F.; DAVIDE, L. C.; TORRES, G. A.; OLIVEIRA, A. R.; BRASILEIRO-VIDAL, A.C.; PEREIRA, A. V. Estudo da eliminação cromossômica em híbridos de capim-elefante e milheto(Pennisetum sp. Schum., Poaceae) através da hibridização in situ genômica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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11. | | OLIVEIRA, A. R. da S.; BORTOLETI, K. C. de A.; POZZOBON, M. T.; PEÑALOZA, A. del P. de S.; BRAMMER, S.; GOEDERT, C. O.; BRASILEIRO VIDAL, A. C. Efeito da conservação em longo prazo na integridade citogenética de sementes de Triticum aestivum L. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 433.Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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12. | | BORTOLETI, K. C. A.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BELARMINO, L. C. S.; OLIVEIRA, A. R. S.; NASCIMENTO, I. R.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. Distribuição de microssatélites no genoma de leguminosas mediante hibridização in situ fluorescente. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... [Curitiba]: UFPR, 2010. p. 115.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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13. | | BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. A.; BENKO-ISEPPON, A. M.; VASCONCELOS, E. V. V.; FONSÊCA, A.; PEDROSA-HARAND, A.; OLIVEIRA, A. R. S.; BELARMINO, L. C.; AMORIM, L. L. B.; ABDELNOOR, R. V.; PANDOLFI, V.; MELO, N. F. Citogenética comparativa em leguminosas cultivadas. In: CONGRESO ARGENTINO DE GENÉTICA, 40., SIMPÓSIO LATINOAMERICANO DE CITOGENÉTICA Y EVOLUCIÓN, 3., JORNADAS SAG-NEA, 1., 2011, Buenos Aires. Journal of Basic & Apllied Genetics, v. 51, Supp., p. S19-20, 2011.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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14. | | SILVA, R. de C.; PEÑALOZA, A. del P. de S.; SANTOS, S. dos; GOEDERT, C. de O.; RIBEIRO, M. R.; BRAMMER, S. P.; COSTA, C. T. da; BRASILEIRO VIDAL, A. C.; POZZOBON, M. T. Estudo da viabilidade de germoplasma semente de trigo, mantidas a longo prazo na Colbase/Embrapa Cenargen. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 347.Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Trigo. |
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15. | | BRAMMER, S. P.; IORCZESKI, E. J.; BONATO, A. L. V.; ALBUQUERQUE, A. C. S.; SCAGLIUSI, S. M. M.; NASCIMENTO JUNIOR, A. do; BAGGIO, M. I.; PRESTES, A. M.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; GUERRA, M.; CARDOSOS, M. B.; ZANETTINI, M. H.; KALTCHUK-SANTOS, E. Atividades de pesquisa em citogenética molecular do núcleo de biotecnologia aplicada a cereais de inverno (NBAC) da Embrapa Trigo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO SUL-BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E DE TRITICALE, 38.; REUNIÃO DA COMISSÃO CENTRO-SUL BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E DE TRITICALE, 21., 2006. Passo Fundo. Atas e resumos... Passo Fundo: Embrapa Trigo: Comissão Sul-brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale: Comissão Centro-Sul Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale, 2006. fito1. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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16. | | POZZOBON, M. T.; PEÑALOZA, A. del. P. S.; GOEDERT, C. de O.; BRASILEIRO VIDAL, A. C.; BRAMMER, S. P.; SCAGLIUSI, S. M. M.; SANTOS, S. dos; LIMA, G. S. de; RIBEIRO, M. R.; SILVA, R. C.; COSTA, C. T. da; OLIVEIRA, A. R. da S. Integridade fisiológica e genética de germoplasma de trigo (Triticum aestivum L.) armazenados em longo prazo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 2, 2008, Passo Fundo. Ata e resumos. Passo Fundo: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale : Embrapa Trigo : Embrapa Transferência de Tecnologia, 2008. Disponível em: .Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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17. | | POZZOBON, M. T.; PEÑALOZA, A. del P. S.; GOEDERT, C. de O.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BRAMMER, S. P.; SCAGLIUSI, S. M. M.; SANTOS, S. dos; LIMA, G. S. de; RIBEIRO, M. R.; SILVA, R. C.; COSTA, C. T. da; OLIVEIRA, A. R. da S. Integridade fisiológica e genética de germoplasma de trigo (Triticum aestivum L.) armazenados em longo prazo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 2., 2008, Passo Fundo. Atas e resumos... Passo Fundo: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale: Embrapa Trigo: Embrapa Transferência de Tecnologia, 2008. 3 p. 1 CD-ROM. Melhoramento, 56. Área: Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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18. | | MATOS, M. K. da S.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BEZERRA-NETO, J. P.; FERREIRA-NETO, J. R. C.; WANG, Y.; LIU, H.; PANDOLFI, V.; AMORIM, L. L. B.; WILLADINO, L.; AMORIM, T. C. do V.; KIDO, E. A.; VIANELLO, R. P.; TIMKO, M. P.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. The WRKY transcription factor family in cowpea: Genomic characterization and transcriptomic profiling under root dehydration. Gene, v. 823, 146377, May 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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19. | | BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; BARBOSA, P. K. A; BELARMINO, L. C.; MONTE, S. J. H. do; BRANDÃO, R. M. S. de; ARAUJO, A. de S.; CASTRO, J. A. F. de; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; SILVA, A. R. da; CALSA JUNIOR, T.; ROCHA, M. de M.; WINTER, P.; KAHL, G.; ROTTER, B.; HORRES, R.; MOLINA, C.; JUNGMANN, R.; AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FERREIRA-NETO, J. R. C.; GRANJEIRO, T. B.; LIMA, A. S.; LOBO, M. D. P.; HOULLOU-KIDO, L. M.; CARVALHO, R. de; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BARROS, P. dos S.; VIEIRA-MELLO, G. S.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. de A.; PEDROSA-HARAND, A.; ANDRADE, P. P. de; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; SITTOLIN, I. M.; FREIRE FILHO, F. R. Brazilian cowpea transcriptome project: over 20 million expressed sequence tags to understand salinity and virus resistance. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010. Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 97-98.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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20. | | KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; BARBOSA, P. K. A.; SILVA, L. C. B. da; SILVA, A. B. da; MONTE, S. J. H. do; BRANDÃO, R. M. S. de S.; ARAUJO, A. de S.; CASTRO, J. A. F. de; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; CALSA-JUNIOR, T.; ROCHA, M. M.; WINTER, P.; KAHL, G.; ROTTER, B.; HORRES, R.; MOLINA, C.; JUNGMANN, R.; AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FARIAS NETO, J. C.; GRANJEIRO, T. B.; LIMA, A. S.; LOBO, M. D. P.; HOULLOU-KIDO, L. M.; CARVALHO, R. de; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BARROS, P. dos S.; VIEIRA-MELLO, G. S.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. de A.; PEDROSA-HARAND, A.; ANDRADE, P. P. de; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; SITTOLIN, I. M.; FREIRE FILHO, F. R.; CASTRO, L. A. B. de; BENKO-ISEPPON, A. M. Brazilian cowpea transcriptome project: over five million expressed sequence tags to understand salinity and virus resistance. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 12., 2009, Fortaleza. Desafios para a produção de alimentos e bioenergia: livro de resumos. Fortaleza: SBFV: UFC: Embrapa Agroindústria Tropical, 2009. p. 25-26. Resumo 61.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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