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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
Data corrente: |
28/01/2021 |
Data da última atualização: |
10/06/2021 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
ARAÚJO, F. C. B. das; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; BONFIM, K.; TAVARES, E. J. M.; MOURA, M. F.; SILVA, G. F. da. |
Afiliação: |
Francisca Chagas Bezerra das Araújo, UFRA; ELISA FERREIRA MOURA CUNHA, CPATU; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; KENNY BONFIM DE ARRUDA CARVALHO, Cenargen; ERALDO JOSE MADUREIRA TAVARES, CPATSA; Mônika Fecury Moura, CPATU; GILVAN FERREIRA DA SILVA, CPAA. |
Título: |
Identification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon. |
Ano de publicação: |
2021 |
Fonte/Imprenta: |
Genetic Resources and Crop Evolution, v. 68, p. 1809-1824, 2021. |
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s10722-020-01097-x |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. The results were compatible with the phenotype detected experimentally. MenosThe biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. T... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Biofortificação; Raíz rica em carotenoide. |
Thesagro: |
Carotenóide; Mandioca; Manihot Esculenta; Polimorfismo; Proteína; Raiz Alimentícia; Variação Genética. |
Thesaurus Nal: |
Carotenoids; Cassava; Haplotypes; Polymorphism. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02740naa a2200361 a 4500 001 2129648 005 2021-06-10 008 2021 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s10722-020-01097-x$2DOI 100 1 $aARAÚJO, F. C. B. das 245 $aIdentification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon.$h[electronic resource] 260 $c2021 520 $aThe biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. The results were compatible with the phenotype detected experimentally. 650 $aCarotenoids 650 $aCassava 650 $aHaplotypes 650 $aPolymorphism 650 $aCarotenóide 650 $aMandioca 650 $aManihot Esculenta 650 $aPolimorfismo 650 $aProteína 650 $aRaiz Alimentícia 650 $aVariação Genética 653 $aBiofortificação 653 $aRaíz rica em carotenoide 700 1 $aCUNHA, E. F. M. 700 1 $aRODRIGUES, S. de M. 700 1 $aBONFIM, K. 700 1 $aTAVARES, E. J. M. 700 1 $aMOURA, M. F. 700 1 $aSILVA, G. F. da 773 $tGenetic Resources and Crop Evolution$gv. 68, p. 1809-1824, 2021.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Registros recuperados : 53 | |
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Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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44. | | ISHIDA, A. K. N.; COSTA, R. C. da; MIRANDA, V. S.; BONFIM, K.; OLIVEIRA, L. C. de; RIBEIRO JÚNIOR, P. M.; RESENDE, M. L. V. de. Indução de resistência no controle da mancha bacteriana do maracujazeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE DEFENSIVOS AGRÍCOLAS NATURAIS, 6., 2013, João Pessoa. Anais... João Pessoa: UEPB: Embrapa, 2013. p. 134.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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47. | | DAMASCENO FILHO, A. S.; ISHIDA, A. K. N.; NASCIMENTO, W. M. O.; CARVALHO, J. E. U.; SOUZA, C. A. S.; OLIVEIRA, L. C.; BONFIM, K. Reação de plantas de maracujazeiro amarelo a Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae. Tropical Plant Pathology, Lavras, MG, v. 35, p. S214, Aug. 2010. Suplemento. Edição dos resumos do XLIII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Cuiabá, ago. 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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49. | | PIZETTA, C. S. R.; RIBEIRO, W. R.; FERREIRA, A. L.; MOURA, M. da C.; BONFIM, K.; PINHEIRO, P. V.; CABRAL, G. B.; ARAGÃO, F. J. L. RNA interference-mediated tolerance to whitefly (Bemisia tabaci) in genetically engineered tomato. Plant Cell, Tissue and Organ Culture, v. 148, p. 281-291, 2022. Na publicação: Kenny Bonfim.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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50. | | ALMEIDA, L. M.; CIPRIANO, T. M.; BONFIM, K.; NOGUEIRA, E. O. P. e L.; RIBEIRO, S. da G.; ARAGAO, F. J. L. RNAI-resistance to bipartite Begomoviruses in genetically modified Tomatoes. In: INTERNATIONAL GEMINIVIRUS SYMPOSIUM, 6.; INTERNATIONAL ssDNA COMPARATIVE VIROLOGY WORKSHOP, 4., 2010, Guanajuato, Mexico. [Programme & abstracts]. Guanajuato: Cinvestav: Conacyt, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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51. | | VIANNA, G. R.; IRALA, L. H.; SANTOS, C. R.; RAMA SWAMI, N.; BONFIM, K.; SOUZA JÚNIOR, M. T.; ARAGÃO, F. J. L.; RECH, E. L. Transformação genética de tabaco visando obter plantas mais tolerantes a estresses abióticos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Águas de Lindóia: Sociedade Brasileira de Genética, 2007.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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52. | | SPRICIGO, P. C.; PILON, L.; TRENTO, J. P.; MOURA, M. R. de; BONFIM, K. S.; FOSCHINI, M. M.; MATTOSO, L. H. C.; FERREIRA, M. D. Nano-chitosan as an antimicrobial agent in preservative solutions for cut flowers. Journal of Chemical Technology and Biotechnology, v. 96, n. 8, p. 2168-2175, Aug. 2021. 8 p. Na publicação: Milene C Mitsuyuki.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças; Embrapa Instrumentação. |
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53. | | ARAÚJO, F. C. B. das; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; BONFIM, K.; TAVARES, E. J. M.; MOURA, M. F.; SILVA, G. F. da. Identification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon. Genetic Resources and Crop Evolution, v. 68, p. 1809-1824, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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