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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
Data corrente: |
02/10/2015 |
Data da última atualização: |
21/03/2016 |
Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
Autoria: |
BOISON, S. A. |
Afiliação: |
SOLOMON ANTWI BOISON. |
Título: |
Genotype imputation and genomic predictions in indicine dairy and beef cattle populations of Brazil. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
2015. |
Páginas: |
191 f. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Tese (Doutorado) - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria. Co-orientador, Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva, Embrapa Gado de Leite. |
Conteúdo: |
Application of genomic selection (GS) in the breeding industry depends, among other factors, on the price of genotyping. To reduce the cost of GS, imputation approaches have been used. Imputation strategies and GS have been comprehensively studied in several taurine dairy and beef populations but limited information is available on indicine populations. Factors that affect the efficiency of imputation and GS such as population structure, linkage disequilibrium between syntenic markers and marker density differ between indicine and taurine breeds. Hence, the need to investigate effectiveness of genotype imputation and GS in indicine breeds. The objective of the thesis was to investigate strategies to maximize genotype imputation and accuracy of genomic predictions in two (Nelore - beef cattle and Gyr - dairy cattle) indicine cattle populations of Brazil. |
Palavras-Chave: |
Genomic selection; Genotype imputation. |
Thesaurus Nal: |
genetic improvement. |
Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
Marc: |
LEADER 01494nam a2200169 a 4500 001 2025708 005 2016-03-21 008 2015 bl uuuu m 00u1 u #d 100 1 $aBOISON, S. A. 245 $aGenotype imputation and genomic predictions in indicine dairy and beef cattle populations of Brazil. 260 $a2015.$c2015 300 $a191 f. 500 $aTese (Doutorado) - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria. Co-orientador, Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva, Embrapa Gado de Leite. 520 $aApplication of genomic selection (GS) in the breeding industry depends, among other factors, on the price of genotyping. To reduce the cost of GS, imputation approaches have been used. Imputation strategies and GS have been comprehensively studied in several taurine dairy and beef populations but limited information is available on indicine populations. Factors that affect the efficiency of imputation and GS such as population structure, linkage disequilibrium between syntenic markers and marker density differ between indicine and taurine breeds. Hence, the need to investigate effectiveness of genotype imputation and GS in indicine breeds. The objective of the thesis was to investigate strategies to maximize genotype imputation and accuracy of genomic predictions in two (Nelore - beef cattle and Gyr - dairy cattle) indicine cattle populations of Brazil. 650 $agenetic improvement 653 $aGenomic selection 653 $aGenotype imputation
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Registros recuperados : 15 | |
2. | | SANTOS, D. J.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TONHATI, H.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. An approach to genomic analysis of longitudinal data using random regression In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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3. | | SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; BOISON, S. A.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A.; TORRES JUNIOR, R. A. de A. Acurácia de imputação de genótipos para estudos de associação genômica em bovinos da raça Canchim. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 10., 2014, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2014. p. 52-53. 2 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 208). Comissão organizadora: Grácia Maria Soares Rosinha, Alexandra Rocha de Oliveir, Rodrigo Carvalho Alva.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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4. | | MÉSZÁROS, G.; BOISON, S. A.; O'BRIEN, A. M. P.; FERENCAKOVIC, M.; CURIK, I.; SILVA, M. V. G. B.; UTSONOMIYA, Y. T.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Genomic analysis for managing small and endangered populations: a case study in Tyrol Grey cattle. Frontiers in Genetics, v. 6, p. 192-203, 2015. Article 173.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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5. | | BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SILVA, M. V. G. B. Genomic Evaluation Using 50K and Imputed HD Genotypes in Guzera (Bos indicus) Breed. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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6. | | BOISON, S. A.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. Imputation of non-genotyped individuals using genotyped progeny in Nellore, a Bos indicus cattle breed. Livestock Science, v. 166, p. 176-189, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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7. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; MÉSZÁROS, G.; CARVALHEIRO, R.; GARCIA, J. F.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. Accuracy of genomic predictions for dairy traits in Gyr cattle (Bos indicus) Warsaw: EAAP, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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8. | | MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; FONSECA, R. da; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Association Study for Calving Interval in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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9. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Scan for Age at First Calving in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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10. | | SILVA, M. V. G. B.; SANTOS, D. J. A. dos; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; CARMO, A. S.; SONSTEGARD, T. S.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V. The development of genomics applied to dairy breeding. Livestock Science, v. 166, p. 66-75, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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11. | | BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A.; UTSONOMIYA, A. H. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. Strategies for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping to enhance genotype imputation in Gyr (Bos indicus) dairy cattle: Comparison of commercially available SNP chips. Journal of Dairy Science, v. 98, n. 7, p. 4969-4989, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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12. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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13. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. Accuracy of genomic predictions in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 7, p. 5479-5490, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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14. | | O'BRIEN, A. M. P.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Low levels of taurine introgression in the current Brazilian Nelore and Gir indicine cattle populations. Genetics Selection Evolution, v. 47, article 31, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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15. | | SÖLKNER, J.; PEREZ O'BRIEN, A. M.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F. Zebuines kerngenom und taurine Mitochondrien: admixtur von Nelore, der größten brasilianischen rinderrasse. Nova Acta Leopoldina, NF 119, n. 404, p. 69-75, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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