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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
08/03/2005 |
Data da última atualização: |
11/07/2017 |
Autoria: |
BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. |
Afiliação: |
ELISEU BINNECK, CNPSO; JOAO FLAVIO VELOSO SILVA, GPR; NORMAN NEUMAIER, CNPSO; JOSE RENATO BOUCAS FARIAS, CNPSO; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO. |
Título: |
VSQual: a visual system to assist DNA sequencing quality control. |
Ano de publicação: |
2004 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 3, n. 4, p. 474-482, 2004. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
A lack of plant software tools that support small- to medium-scale DNA sequencing efforts is a major hindrance for recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. Here we describe VSQual, a set of Perl programs intended to provide simple and powerful tools to check several quality features of the sequencing data generated by automated DNA sequencing machines. The core program of VSQual is a flexible Perl-based pipeline, designed to be accessible and useful for both programmers and non-programmers. This pipeline directs the processing steps and can be easily customized for laboratory needs. Basically, the raw DNA sequencing trace files are processed by Phred and Cross_match, then the outputs are parsed, reformatted into Web-based graphical reports, and added to a Web site structure. The result is a set of real time sequencing reports easily accessible and understood by common laboratory people. These reports facilitate the monitoring of DNA sequencing as well as the management of laboratory workflow, significantly reducing operational costs and ensuring high quality and scientifically reliable results. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 01699naa a2200181 a 4500 001 1467806 005 2017-07-11 008 2004 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aBINNECK, E. 245 $aVSQual$ba visual system to assist DNA sequencing quality control. 260 $c2004 520 $aA lack of plant software tools that support small- to medium-scale DNA sequencing efforts is a major hindrance for recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. Here we describe VSQual, a set of Perl programs intended to provide simple and powerful tools to check several quality features of the sequencing data generated by automated DNA sequencing machines. The core program of VSQual is a flexible Perl-based pipeline, designed to be accessible and useful for both programmers and non-programmers. This pipeline directs the processing steps and can be easily customized for laboratory needs. Basically, the raw DNA sequencing trace files are processed by Phred and Cross_match, then the outputs are parsed, reformatted into Web-based graphical reports, and added to a Web site structure. The result is a set of real time sequencing reports easily accessible and understood by common laboratory people. These reports facilitate the monitoring of DNA sequencing as well as the management of laboratory workflow, significantly reducing operational costs and ensuring high quality and scientifically reliable results. 653 $aBioinformática 700 1 $aSILVA, J. F. V. 700 1 $aNEUMAIER, N. 700 1 $aFARIAS, J. R. B. 700 1 $aNEPOMUCENO, A. L. 773 $tGenetics and Molecular Research, Ribeirão Preto$gv. 3, n. 4, p. 474-482, 2004.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Registros recuperados : 39 | |
28. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | MELO, A. W. F. de; AMARAL, E. F. do; LUNZ, A. M. P.; PEREIRA, J. B. M. Correlação de parâmetros fisiográficos com os teores ideais de nutrientes no Projeto Reca, Nova Califórnia, Rondônia. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SISTEMAS AGROFLORESTAIS, 3., 2000, Manaus. Sistemas agroflorestais: manejando a biodiversidade e compondo a paisagem rural: resumos expandidos. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2000. p. 118-120. (Embrapa Amazônia Ocidental. Documentos, 7).Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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31. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | PEREIRA, J. B. M.; GUEDES, R. da S.; ARAÚJO, E. A. de; MASTRÂNGELO, J. P.; AMARAL, E. F. do; OLIVEIRA, T. K. de; BARDALES, N. G. Combinação de cultivos florestais com a cultura da palma de óleo no estado do Acre. In: RAMALHO FILHO, A.; MOTTA, P. E. F. da; FREITAS, P. L. de; TEIXEIRA, W. G. T. Zoneamento agroecológico, produção e manejo para a cultura da palma de óleo na Amazônia. Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2010. p. 179-188.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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32. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | BARDALES, N. G.; PEREIRA, J. B. M.; DUARTE, A. F.; ARAÚJO, E. A. de; OLIVEIRA, T. K. de; LANI, J. L. Zoneamento agroclimático para cultivo da cana-de-açúcar em três municípios da regional do Baixo Acre, Estado do Acre, Brasil. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2011. 31 p. (Embrapa Acre. Documentos, 124).Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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33. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | AMARAL, E. F. do; ANDRADE NETO, R. de C.; BARDALES, N. G.; MARTORANO, L. G.; OLIVEIRA, T. K. de; PEREIRA, J. B. M. Zoneamento pedoclimático. In: ANDRADE NETO, R. de C.; NOGUEIRA, S. R.; NEGREIROS, J. R. da S.; NASCIMENTO, G. C. do (ed.). Cultura do maracujazeiro no Estado do Acre. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2021. (Embrapa Acre. Sistema de produção, 10). Publicação eletrônica.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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36. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | AMARAL, E. F. do; BARDALES, N. G.; OLIVEIRA, T. K. de; MELO, A. W. F. de; ARAÚJO, E. A. de; KER, J. C.; SCHAEFER, C. E. G. R.; FRANKE, I. L.; MARTORANO, L. G.; PEREIRA, J. B. M. Levantamento de reconhecimento de média intensidade dos solos da região de inserção do Projeto Reca nos estados de Rondônia, Acre e Amazonas. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2023. 107 p. (Embrapa Acre. Documentos, 176). ODS 12, ODS, 13, ODS 17.Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Amazônia Oriental. |
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