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BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Soja.
Data corrente:  07/04/2004
Data da última atualização:  27/07/2007
Autoria:  BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; ALMEIDA, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; WENDLAND, A.; SILVEIRA, C. A. da; MOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; NEPOMUCENO, A. L.
Título:  Bioinformatics tools for sequence analysis and annotation applied to soybean functional genome.
Ano de publicação:  2004
Fonte/Imprenta:  In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004.
Páginas:  p. 248-249.
Série:  (Embrapa Soja. Documentos, 228).
Idioma:  Inglês
Notas:  Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
Conteúdo:  Worldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches li... Mostrar Tudo
Categoria do assunto:  --
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Soja (CNPSO)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPSO23752 - 1UMTPL - --RF 633.34072W927a
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141.Imagem marcado/desmarcadoTORRES, G. A. M.; CONSOLI, L.; GONZÁLES, H. H. S.; BINNECK, E.; DIANESE, A. de C.; SEIXAS, C. D. S.; GOULART, A. C. P.; SANTANA, F. M.; WEBBER, N. F.; COELHO, M. A. O.; SCAGLIUSI, S. M. M.; NHANI JUNIOR, A.; BONATO, A. L. V.; NICOLAU, M.; BONOW, S. Blast (Magnaporthe oryzae), a potential threat to wheat production in South America. In: SEMINARIO INTERNACIONAL: 1914-2014, UN SIGLO DE MEJORAMIENTO DE TRIGO EN LA ESTANZUELA, 2014, La Estanzuela, Uruguai. [Anales...]. Montevideo: INIA, 2018. p. 167-175. (INIA. Serie técnica, 241).
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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142.Imagem marcado/desmarcadoTORRES, G. A. M.; CONSOLI, L.; GONZÁLES, H. H. S.; BINNECK, E.; DIANESE, A. de C.; SEIXAS, C. D. S.; GOULART, A. C. P.; SANTANA, F. M.; WEBBER, N. F.; COELHO, M. A. O.; SCAGLIUSI, S. M. M.; NHANI JUNIOR, A.; BONATO, A. L. V.; NICOLAU, M.; BONOW, S. Blast (Magnaporthe oryzae), a potential threat to wheat production in South America. In: SEMINARIO INTERNACIONAL: 1914-2014, UN SIGLO DE MEJORAMIENTO DE TRIGO EN LA ESTANZUELA, 2014, La Estanzuela, Uruguai. [Anales...]. Montevideo: INIA, 2018. p. 167-175. (INIA. Serie técnica, 241).
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste.
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143.Imagem marcado/desmarcadoTORRES, G. A. M.; CONSOLI, L.; GONZÁLES, H. H. S.; BINNECK, E.; DIANESE, A. de C.; SEIXAS, C. D. S.; GOULART, A. C. P.; SANTANA, F. M.; WEBBER, N. F.; COELHO, M. A. O.; SCAGLIUSI, S. M. M.; NHANI JUNIOR, A.; BONATO, A. L. V.; NICOLAU, M.; BONOW, S. Blast (Magnaporthe oryzae), a potential threat to wheat production in South America. In: SEMINARIO INTERNACIONAL «1914-2014, UN SIGLO DE MEJORAMIENTO DE TRIGO EN LA ESTANZUELA», 2014, La Estanzuela, Uruguai. [Anales...]. Montevideo: INIA, 2018. p. 167-175. (INIA. Serie técnica, 241).
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Trigo.
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144.Imagem marcado/desmarcadoPOLIZEL, A M.; MEDRI, M. E.; YAMANAKA, N.; BENEVENTI, M. A.; SHINOZAKI, K. Y.; NAKASHIMA, K.; OLIVEIRA, M. C. N. de; BINNECK, E.; FARIAS, J. R. B.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; ABDELNOOR, R. V.; PAIVA, A. A. R.; STOLF, R.; SALINET, L. H.; LEMOS, N. G.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Avaliação molecular e fisiológica de soja geneticamente modificadas com a construção rd29:DREB1A, de Arabidopsis thaliana, visando tolerância à seca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52.; CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE GENÉTICA, 12., 2006, Foz do Iguaçu. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. 1 CD-ROM. Área Plantas - pdf 1136.
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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145.Imagem marcado/desmarcadoNEPOMUCENO, A. L.; SILVA, J. F. V.; LEMOS, E. G. M.; BINNECK, E.; CARNEIRO, N.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; BASSOI, M. C.; ALMEIDA, A. M. R.; MORALES, A.; BENEVENTI, M. A.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; MOLINA, J. C.; WENDLAND, A. Genômica funcional em plantas de soja submetidas a estresses bióticos e abióticos. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 113-114. (Embrapa Soja. Documentos, 209). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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146.Imagem marcado/desmarcadoNEPOMUCENO, A. L.; SILVA, J. F. V.; LEMOS, E.; BINNECK, E.; CARNEIRO, N.; MARIN, S. R.; SILVEIRA, C. A.; BASSOI, M. C.; ALMEIDA, A. M.; MORALES, A.; BENEVENTI, M. A.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A.; MOLINA, J. C.; WENDLAND, A. Genômica Funcional: Tolerância à seca e resistência a nematóides em soja. Brazilian Journal of Plant Physiology, Campinas, v.15, p.80, 2003. Suplemento. Resumo apresentado no IX Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal, Atibaia, 2003.
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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147.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS-SILVA, C. A. dos; FERREIRA-NETO, J. R. C.; AMADOR, V. C.; BEZERRA-NETO, J. P.; VILELA, L. M. B.; BINNECK, E.; RÊGO, M. de S.; SILVA, M. D. da; MELO, A. L. T. M. de; SILVA, R. H. da; BENKO-ISEPPON, A. M. From gene to transcript and peptide: a deep overview on non-specific lipid transfer proteins (nsLTPs). Antibiotics, v. 12, n. 5, 939, 2023. 26 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 3
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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148.Imagem marcado/desmarcadoNEPOMUCENO, A. L.; SILVA, J. F. V.; LEMOS, E. G. M.; BINNECK, E.; CARNEIRO, N.; MARIN, S. R.; SILVEIRA, C. A; WENDLAND, A.; BASSOI, M. C.; ALMIEDA, A. M.; MORAES, A.; BENEVENTI, M. A.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A.; MOLINA, J. C. Genoma funcional de raízes de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA, 24., 2003, Petrolina. [ Anais...]. Petrolina: Sociedade Brasileira de Nematologia: Embrapa Semi-Árido, 2003. p. 53-55. Editado por Wellington Antonio Moreira, Lúcia Helena Piedade Kiill.
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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149.Imagem marcado/desmarcadoROMERO, C. C. T.; STOLF-MOREIRA, R.; BRITO JÚNIOR, S. L.; CATELLI, L. L.; PEREIRA, R. M.; LINO, E. J.; SILLA, P. R.; NASCIMENTO, L. S. do; NASCIMENTO, L. C. do; CARAZZOLLE, M. F.; BINNECK, E.; MARCELINO, F. C.; ABDELNOOR, R. V. Genome-wide expression analysis of soybean plants under an incompatible interaction with the fungus Uromyces appendiculatus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 219-220.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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150.Imagem marcado/desmarcadoNEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; BENEVENTI, M. A.; NEUMAIER, N.; YAMANAKA, N.; NAKASHIMA, K.; BINNECK, E.; MARIN, S. R. R.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; SILVEIRA, C. A. da; OLIVEIRA, M. C. N. de; ABDELNOOR, R. V.; ROLLA, A. A. P.; POLIZEL, A. M. Introdução de genes por biobalística em soja visando tolerância à seca. In: SARAIVA, O. F.; LEITE, R. M. V. B. de C. (Ed.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja 2006. Londrina: Embrapa Soja, 2008. p. 109-124. (Embrapa Soja. Documentos, 308).
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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151.Imagem marcado/desmarcadoBENEVENTI, M. A.; NAKASHIMA, K.; YAMANAKA, N.; BINNECK, E.; FARIAS, J. R. B.; OLIVEIRA, M. C. N.; NEUMAIER, N.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; FUGANTI R.; STOLF, R.; SALINET, L.; ROLLA, A. A. P.; POLIZEL, A. M.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; NEPOMUCENO, A. L. Introduction of Arabidopsis thaliana DREB1A/CBF3 transcription factor into soybean improves drought stress tolerance. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTEGRATED APPROACHES TO IMPROVE CROP PRODUCTION UNDER DROUGHT-PRONE ENVIRONMENTS, 3., 2009, Shangai. Abstracts... Shangai: Shangai Academy of Agricultural Sciences: Shangai Agrobiological Gene Center, 2009. p. 133, ref. P 4.07. INTERDROUGHT 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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152.Imagem marcado/desmarcadoSTOLF, R.; LEMOS, E. G. de M.; CARARETO-ALVES, L.; PEREIRA, R.; KISHI, L.; MARCONDES, J.; PEREIRA, S. dos S.; ROLLA, A. A. de P.; YAMANAKA, N.; OLIVEIRA, M. C. N. de; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. Identificação de genes de soja diferencialmente expressos durante a seca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Anais... São Lourenço: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2007. 1 CD-ROM. Pdf. 411.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota TécnicaCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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153.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, D. C. G.; MORTEL, M. van de; WHITHAM, S.; BAUM, T.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; BENEVENTI, M. A.; BINNECK, E.; YAMANAKA, N.; NEPOMUCENO, A. L.; ALMEIDA, A. M. R.; DI MAURO, A. O.; ABDELNOOR, R. V. Construção e análise de bibliotecas subtrativas de cDNA de genótipos de soja sob interação com o fungo causador da ferrugem asiática. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52.; CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE GENÉTICA, 12., 2006, Foz do Iguaçu. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. 1 CD-ROM. Área Plantas - pdf 1270.
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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154.Imagem marcado/desmarcadoALMEIDA, A. M. R.; PIUGA, F. F.; KITAJIMA, E. W.; GASPAR, J. O.; VALENTIN, N.; BENATO, L. C.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; OLIVEIRA, T. G. de; BELINTANI, P.; GUERZONI, R. A.; NUNES JUNIOR, J.; HOFFMANN, L.; NORA, P. S.; NEPOMUCENO, A. L.; MEYER, M. C.; ALMEIDA, L. A. Necrose da haste da soja. Londrina: Embrapa Soja, 2003. 44 p. (Embrapa Soja. Documentos, 221).
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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155.Imagem marcado/desmarcadoROLLA, A. A. P.; BENEVENTI, M. A.; FUGANTI, R.; MARTINS, M. T. B.; PEREIRA, S. S.; RUBIRA, A. P. R.; MARIN, S. R. R.; FARIAS, J. R. B.; SILVEIRA, C. A.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, V. R.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Quantificação do número de cópias de inserções transgenes no genoma da soja por PCR quantitativo via quantificação absoluta e relativa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 277.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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156.Imagem marcado/desmarcadoBINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. ALMEIDA, A. M. R.; SOSA-GÓMEZ, D. R.; FARIAS, J. R. B.; BASSOI, M. C.; SILVA, J. F. V.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; OLIVEIRA, M. C. N.; MARCELINO, F. C.; PEREIRA, R. M.; GREGORIO, D.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A. Setting the bioinformatics laboratory at Embrapa Soybean aiming to ameliorate biotic and abiotic stresses. In: MEETING INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 3., 2007, São Paulo. X-Meeting 2007: proceedings. Campinas: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2007. p. 195. 1 CD-ROM.
Tipo: Resumo em Anais de CongressoCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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157.Imagem marcado/desmarcadoJESÚS-PIRES, C. de; FERREIRA-NETO, J. R. C.; BEZERRA-NETO, J. P.; KIDO, E. A.; SILVA, R. L. de O.; PANDOLFI, V.; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BINNECK, E.; COSTA, A. F. da; PIO-RIBEIRO, G.; PEREIRA-ANDRADE, G.; SITTOLIN, I. M.; FREIRE-FILHO, F.; BENKO-ISEPPON, A. M. Plant Thaumatin-like Proteins: Function, Evolution and Biotechnological Applications Current Protein and Peptide Science, v. 21, n. 1, p. 36-51, 2020.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Soja.
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158.Imagem marcado/desmarcadoJESÚS-PIRES, C. de; FERREIRA-NETO, J. R. C.; BEZERRA-NETO, J. P.; KIDO, E. A.; SILVA, R. L. de O.; PANDOLFI, V.; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BINNECK, E.; COSTA, A. F. da; PIO-RIBEIRO, G.; PEREIRA-ANDRADE, G.; SITTOLIN, I. M.; FREIRE FILHO, F. R.; BENKO-ISEPPON, A. M. Plant Thaumatin-like Proteins: Function, Evolution and Biotechnological Applications Current Protein and Peptide Science, v. 21, n. 1, p. 36-51, 2020.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte.
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159.Imagem marcado/desmarcadoHOFFMANN-CAMPO, C.B.; OLIVEIRA, L. J.; BUENO, A. F.; SOARES, R. M.; DIAS, W.; ARIAS, C. A. A.; BINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L.; FRIGHETTO, R. T. S.; MELLO, I. S. de; VALARINI, P. J.; BORGES, M.; MORAES, M. C. B.; VIANA, P. A.; RIBEIRO, P. E. de A.; LEVY, S.; ZARBIN, P. H. G. Substâncias químicas constitutivas e induzidas em plantas de soja e milho envolvidas nos mecanismos de resistência a estresses bióticos e abióticos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 1., 2008, Brasília, DF. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2008.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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160.Imagem marcado/desmarcadoHOFFMANN-CAMPO, C. B.; OLIVEIRA, L. J.; BUENO, A. F.; SOARES, R. M.; DIAS, W.; ARIAS, C. A. A.; BINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L.; FRIGHETTO, R. T. S.; MELO, I. S. de; VALARINI, P. J.; BORGES, M.; MORAES, M. C. B.; VIANA, P. A.; RIBEIRO, P. E. de A.; LEVY, S.; ZARBIN, P. H. G. Substâncias químicas constitutivas e induzidas em plantas de soja e milho envolvidas nos mecanismos de resistência a estresses bióticos e abióticos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 1., 2008; SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Trabalhos apresentados e documentos... Brasília, DF: Embrapa, 2012. 1 DVD.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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