| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Semiárido. Para informações adicionais entre em contato com cpatsa.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
|
Data corrente: |
13/09/2023 |
|
Data da última atualização: |
17/01/2024 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. |
|
Afiliação: |
JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA-NETO, UFPE; MANASSÉS DANIEL DA SILVA, UFPE; ELISEU BINNECK, CNPSO; NATONIEL FRANKLIN DE MELO, CPATSA; RAHISA HELENA DA SILVA; ANA LUIZA TRAJANO MANGUEIRA DE MELO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; FERNANDA DE OLIVEIRA BUSTAMANTE, UFPE; ANA CHRISTINA BRASILEIRO-VIDAL, UFPE; ANA MARIA BENKO-ISEPPON, UFPE. |
|
Título: |
Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. |
|
Ano de publicação: |
2023 |
|
Fonte/Imprenta: |
Plants, v. 12, 3246, 2023. |
|
Páginas: |
23 p. |
|
DOI: |
10.3390/plants12183246 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Stylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. MenosStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Aquaporinas; Bioma Caatinga; Elementos móveis; Genoma nuclear; PRR-genes; R-genes. |
|
Thesagro: |
Leguminosa; Stylosanthes Scabra. |
|
Thesaurus Nal: |
Aquaporins; Drought; Nuclear genome. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
Marc: |
LEADER 02798naa a2200385 a 4500
001 2156669
005 2024-01-17
008 2023 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.3390/plants12183246$2DOI
100 1 $aFERREIRA-NETO. J. R. C.
245 $aBridging the gap$bcombining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga.$h[electronic resource]
260 $c2023
300 $a23 p.
520 $aStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies.
650 $aAquaporins
650 $aDrought
650 $aNuclear genome
650 $aLeguminosa
650 $aStylosanthes Scabra
653 $aAquaporinas
653 $aBioma Caatinga
653 $aElementos móveis
653 $aGenoma nuclear
653 $aPRR-genes
653 $aR-genes
700 1 $aSILVA, M. D. da
700 1 $aBINNECK, E.
700 1 $aMELO, N. F. de
700 1 $aSILVA, R. G. da
700 1 $aMELO, A. L. T. M. de
700 1 $aPANDOLFI, V.
700 1 $aBUSTAMANTE, F. de O.
700 1 $aVIDAL, A. C. B.
700 1 $aBENKO-ISEPPON, A. M.
773 $tPlants$gv. 12, 3246, 2023.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 169 | |
| 81. |  | LEMOS, N. G.; MOLINA, J. C.; STOLF, R.; MORALES, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E, FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Expressão de aquaporinas e outros genes em raízes de soja sob condições de deficiência hídrica. In: CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA , 49., 2003, Águas de Lindóia. A dupla hélice do DNA: [resumos]. [S. l.]: SBG, 2003. 1 CD-ROM. Resumo Área GP pdf. 069.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
|   |
| 82. | | BRETON, M. N.; RUAS, C. F.; NEUMAIER, N.; MARTINS, P. K.; PEDROSO, J. C.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. Expressão diferencial de genes em plantas de soja [Glycine max (L.) Merrill] submetidas a dois fotoperíodos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 2.; MERCOSOJA 2002, 2002, Foz do Iguaçu. Perspectivas do agronegócio da soja: resumos. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 19. (Embrapa Soja. Documentos, 181). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann-Campo.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 83. | | MOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; MORALES, A. M.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Expressão gênica em raízes de soja durante o déficit hídrico. In: CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA , 49., 2003, Águas de Lindóia. A dupla hélice do DNA: [resumos]. [S. l.]: SBG, 2003. 1 CD-ROM. Resumo Área GP pdf. 068.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 84. | | PEREIRA, S. S.; STOLF, R.; ROLLA, A. A. P.; FUGANTI, R.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Expression analysis of transcription factors involved in drought tolerance in soybean roots. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2., 2009, Búzios. Programa e resumos. [S.l.]: SBG, 2009. p. 160.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 85. | | KIDO, E. A.; FERREIRA-NETO, J. R. C.; BINNECK, E.; SILVA, M. da; SILVA JUNIOR, W. da; BENKO-ISEPPON, A. M. Explore the RNA-sequencing and the next-generation sequencing in crops responding to abiotic stress. In: SHARMA, P.; YADAV, D.; GAUR, R. K. (ed.). Bioinformatics in Agriculture: Next Generation Sequencing Era. [S. l.]: Elsevier Academic Press, c2022. CHAP. 10, p. 161-175.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
|  |
| 86. | | COSTAMILAN, L. M.; YORINORI, J. T.; ALMEIDA, A. M. R.; SEIXAS, C. D. S.; BINNECK, E.; ARAÚJO, M. R.; CARBONARI, J. A. First report of Diaporthe phaseolorum var. caulivora infecting soybean plants in Brazil. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, n. 5, p. 381-385, Sep./Oct. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
|  |
| 88. | | PEDROSO, J. C.; SILVA, J. F. V.; MARTINS, P. K.; BRETON, M. C.; BINNECK, E.; MARIN, S. RR.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Genes diferencialmenrte expressos em genótipos de soja (Glycine max L. Merrill) submetidos à infestação de Meloidogyne javanica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 2.; MERCOSOJA 2002, 2002, Foz do Iguaçu. Perspectivas do agronegócio da soja: resumos. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 17. (Embrapa Soja. Documentos, 181). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann-Campo.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 89. | | YAMANAKA, N.; SATO, H.; YANG, Z.; XU, D. H.; CATELLI, L. L.; BINNECK, E.; ARIAS, C. A. A.; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L. Genetic relationships between chinese, japanese, and brazilian soybean gene pools revealed by simple sequence repeat (SSR) markers. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 1, p. 85-88, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 90. | | ALMEIDA, A. M. R.; SOSA-GOMEZ, D. R.; BINNECK, E.; MARIN, S. R. R.; ZUCCHI, M. I. ABDELNOOR, R. V.; SOUTO, E. R. Effect of crop rotation on specialization and genetic diversity of Macrophomina phaseolina. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, n. 4, p. 257-264, jul./aug. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 91. | | SOUZA, M. C. P. de; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; CABRAL, G. A. de L.; ISEPPON, A. M. B.; POMPELLI, M. F.; ENDRES, L.; KIDO, E. A. RNA-Seq transcriptome analysis of Jatropha curcas L. accessions after salt stimulus and unigene-derived microsatellite mining. Industrial Crops & Products, v. 147, 112168, 2020. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 92. | | BINNECK, E.; NASCIMENTO, L. S.; ABDELNOOR, R. V.; ALMEIDA, A. M. R.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; HUNGRIA, M. Using soybean gene express for gene expression profiling in soybean. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 9., 2013, Durban. [Proceedings...]. Durban: OPDT: OPOT, 2013. Abst. 249. 1 CD-ROM. WSRC.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 93. | | BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ALMEIDA, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; NEPOMUCENO, A. L. VSQual a visual system to assist the DNA sequencing quality control. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 50., 2004, Florianópolis. 50 anos desvendando a genética. [S.l.]: Sociedade Brasileira de Genética, 2004. 1 CD-ROM. Seção GP trabalho n. 1416.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 94. | | PEDROSO, J. C.; SILVA, J. F. V.; MARTINS, P. K.; BRETON, M. C.; BINNECK, E.; MARIN, S. R. R.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Utilização da técnica de "differential display" na busca de genes de resistência a nematóide da galha (Meloidogyne javanica) em genótipos de soja (Glycine max L. Merrill). In: CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 48., 2002, Águas de Lindóia. A genética na inclusão social: resumos. Águas de Lindóia: SBG, 2002. 1 CD-ROM. Resumo Área MG pdf.092.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 95. | | VITORINO, J. C.; BARBOSA E. G. G.; IWATA, M.; SANTOS, L. G. A. dos GONÇALVES, A. R.; SILLA, P. R.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; GONÇALVES, S. L.; BINNECK, E. Banco de dados e informações sobre a dinâmica de decomposição de resíduos vegetais em sistemas de manejo do solo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 38, trab. 48. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 96. | | VITORINO, J. C.; BARBOSA E. G. G.; IWATA, M.; SANTOS, L. G. A. dos; GONÇALVES, A. R.; SILLA, P. R.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; SARAIVA, O. F.; GONCALVES, S. L.; BINNECK, E. Banco de dados e informações sobre a dinâmica de decomposição de resíduos vegetais em sistemas de manejo do solo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2009. Seção trabalhos, t. 48. 1 CD-ROM. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 97. | | STOLF, R.; MEDRI, M. E.; FARIAS, J. R. B.; BINNECK, E.; LEMOS N. G.; BENEVENTI, M. A.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; BROGIN, R. L.; YAMANAKA, N.; LEMOS, E. G. M.; NEPOMUCENO, A. L. Análise de expressão por PCR em tempo real e clonagem de genes induzidos sob condições de seca, em duas cultivares de soja, Glycine max (L.) Merrill. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 27., 2005. Cornélio Procópio. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2005. p. 86-87. (Embrapa Soja. Documentos, 257). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Janete Lasso Ortiz, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 98. | | FUGANTI, R.; MACHADO, M. F. P. S.; SILVA, J. F. V.; ARIAS, C. A. A.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Análise da região promotora do gene Gmhsp 17.6-L em cultivares de soja resistentes e suscetíveis ao nematóide de galhas, Meloidogyne javanica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 317.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 99. | | RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; AMARAL, L. C.; ENGELS, C.; PEREIRA, R. M.; CARAZZOLLE, M. F.; OLIVEIRA, M. C. N. de; MARCELINO, F. C.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L. Comparison of gene expression profiles of contrasting soybean cultivars in response to drought. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 189.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 100. | | NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. Bioinformatics analysis applied to genosoja project. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book ... Rio de Janeiro: AB3C, 2009. p. 22. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| Registros recuperados : 169 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
