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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
21/01/2011 |
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Data da última atualização: |
03/06/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
BORTOLETI, K. C. A.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BELARMINO, L. C. S.; OLIVEIRA, A. R. S.; NASCIMENTO, I. R.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. |
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Afiliação: |
K. C. A. BORTOLETI, Universidade Federal de Pernambuco; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; A. M. BENKO-ISEPPON, Universidade Federal de Pernambuco; L. C. S. BELARMINO, Universidade Federal de Pernambuco; A. R. S. OLIVEIRA, Universidade Federal de Pernambuco; I. R. NASCIMENTO, Universidade Federal Rural de Pernambuco; A. C. BRASILEIRO-VIDAL, Universidade Federal de Pernambuco. |
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Título: |
Distribuição de microssatélites no genoma de leguminosas mediante hibridização in situ fluorescente. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... [Curitiba]: UFPR, 2010. p. 115. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no genoma. A FISH com oligonucleotídeos evidenciaram marcações pericentroméricas e proximais, embora um padrão de distribuição disperso tenha prevalecido ao longo dos cromossomos das espécies analisadas, com exceção de (AG)8 em soja que não revelou marcações visíveis. O oligonucleotídeo (AAG)5 revelou uma marcação pericentromérica evidente em P. lunatus, tratando-se de um marcador cromossômico para tal espécie. Na hibridização com (ACC)5 notou-se a presença de seis marcações fortes em V. unguiculata, estando uma delas localizada no par cromossômico 10, portador do sítio de DNAr 45S. O microssatélite (TGA)6 revelou uma marcação bem evidente no cromossomo 10 de P. lunatus, identificado pela presença de DNAr 5S. Algumas divergências observadas no padrão de distribuição e na intensidade dos sinais entre os genomas das espécies confirmam a hipótese de que as sequências de DNA repetitivo apresentam uma composição heterogênea. Na análise genômica de soja, foram observados 92, 84, 83, 142 e 103 sítios de repetições para os oligonucleotídeos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6, respectivamente, de tamanhos variáveis entre 30 a 454 pb, localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. Considerando o pequeno tamanho, fica evidente que estas sequências não correspondem aos sítios observados pela FISH, uma vez que esta técnica evidencia apenas sequências com comprimentos acima de 1-3kb. Sugere-se que as marcações localizadas por FISH estejam associadas a regiões de heterocromatina e que sejam constituintes dos mais de 1.000 scaffolds existentes no sequenciamento da soja, não sendo, por essa razão, detectadas pela análise in silico. MenosOs microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no gen... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Microssatélites. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/25952/1/GP-115.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Solos. |
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Data corrente: |
04/06/2013 |
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Data da última atualização: |
08/10/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
GUIMARÃES, S. T; LIMA, H. N.; TEIXEIRA, W. G.; JUNIOR NEVES, A. F.; SILVA, F. W. R.; MACEDO, R. S.; SOUZA, K. W. de. |
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Afiliação: |
Sérgio Tavares Guimarães, UFAM; Hedinaldo Narciso Lima, UFAM; WENCESLAU GERALDES TEIXEIRA, CNPS; Afrânio Ferreira Neves Junior, UFAM; Francisco Weliton Rocha Silva, UFAM; Rodrigo Santana Macedo, ESALQ/USP; Kleberson Worslley de Souza, Centro Pesquisa Agropecuária do Cerrado. |
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Título: |
Caracterização e classificação de gleissolos da várzea do Rio Solimões (Manacapuru e Iranduba) Amazonas, Brasil. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa, v. 37, n. 2, p. 317-326, mar./abr. 2013. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1590/S0100-06832013000200003 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
As várzeas do rio Solimões são áreas inundáveis com predomínio de Gleissolos, onde se estabeleceu grande parte da população rural do Estado do Amazonas. Os objetivos deste trabalho foram caracterizar e classificar cinco perfis de Gleissolos, distribuídos em três áreas da bacia do Médio Amazonas, localizados nas várzeas dos municípios de Manacapuru e Iranduba. Após a descrição morfológica dos solos, coletaram-se amostras dos seus horizontes para caracterização física, química e mineralógica. Similarmente, todos os perfis apresentaram expressiva gleização na matriz do solo, com cores cinzenta a cinzenta-esverdeada, nos horizontes mais superficiais, e cinzenta-clara a cinzenta-escura, nos subsuperficiais, denotando a redução do ferro. Os teores mais elevados da fração areia em horizontes de subsuperfície indicaram presença de diferentes camadas de deposição fluvial, enquanto os elevados teores de silte evidenciaram a natureza sedimentar recente e o baixo grau de desenvolvimento pedogenético desses solos. Os cátions predominantes nos solos foram Ca2+ e Mg2+, que apresentaram porcentagens de sódio trocável (PST), com amplitude de variação entre 0,70 e 2,09. Os valores de carbono orgânico encontrados foram menores de 80 g kg-1, apresentando a natureza mineral dos sedimentos recém-depositados. A composição mineralógica da fração argila revelou presença significativa de argilominerais 2:1, mas sem grande variabilidade entre os perfis. Esses resultados refletiram-se em elevada soma e saturação por bases, caracterizando solos eutróficos e com argila de atividade alta. MenosAs várzeas do rio Solimões são áreas inundáveis com predomínio de Gleissolos, onde se estabeleceu grande parte da população rural do Estado do Amazonas. Os objetivos deste trabalho foram caracterizar e classificar cinco perfis de Gleissolos, distribuídos em três áreas da bacia do Médio Amazonas, localizados nas várzeas dos municípios de Manacapuru e Iranduba. Após a descrição morfológica dos solos, coletaram-se amostras dos seus horizontes para caracterização física, química e mineralógica. Similarmente, todos os perfis apresentaram expressiva gleização na matriz do solo, com cores cinzenta a cinzenta-esverdeada, nos horizontes mais superficiais, e cinzenta-clara a cinzenta-escura, nos subsuperficiais, denotando a redução do ferro. Os teores mais elevados da fração areia em horizontes de subsuperfície indicaram presença de diferentes camadas de deposição fluvial, enquanto os elevados teores de silte evidenciaram a natureza sedimentar recente e o baixo grau de desenvolvimento pedogenético desses solos. Os cátions predominantes nos solos foram Ca2+ e Mg2+, que apresentaram porcentagens de sódio trocável (PST), com amplitude de variação entre 0,70 e 2,09. Os valores de carbono orgânico encontrados foram menores de 80 g kg-1, apresentando a natureza mineral dos sedimentos recém-depositados. A composição mineralógica da fração argila revelou presença significativa de argilominerais 2:1, mas sem grande variabilidade entre os perfis. Esses resultados refletiram-se em elevada soma e... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
DRX; Horizonte glei; Solos da Amazônia; Solos hidromórficos. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/83771/1/V37N2a03.pdf
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Marc: |
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773 $tRevista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa$gv. 37, n. 2, p. 317-326, mar./abr. 2013.
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Registro original: |
Embrapa Solos (CNPS) |
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