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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
13/09/2023 |
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Data da última atualização: |
17/01/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. |
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Afiliação: |
JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA-NETO, UFPE; MANASSÉS DANIEL DA SILVA, UFPE; ELISEU BINNECK, CNPSO; NATONIEL FRANKLIN DE MELO, CPATSA; RAHISA HELENA DA SILVA; ANA LUIZA TRAJANO MANGUEIRA DE MELO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; FERNANDA DE OLIVEIRA BUSTAMANTE, UFPE; ANA CHRISTINA BRASILEIRO-VIDAL, UFPE; ANA MARIA BENKO-ISEPPON, UFPE. |
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Título: |
Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Plants, v. 12, 3246, 2023. |
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Páginas: |
23 p. |
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DOI: |
10.3390/plants12183246 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Stylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. MenosStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Aquaporinas; Bioma Caatinga; Elementos móveis; Genoma nuclear; PRR-genes; R-genes. |
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Thesagro: |
Leguminosa; Stylosanthes Scabra. |
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Thesaurus Nal: |
Aquaporins; Drought; Nuclear genome. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 02798naa a2200385 a 4500
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005 2024-01-17
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520 $aStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 58 | |
| 21. |  | SILVA, J. B. da; SILVA, R. L. de O.; BEZERRA NETO, J. P.; ABURJAILE, F. F.; MELO, N. F. de; BENKO-ISEPPON, A. M. Validação de genes NBS-LRR em duas cultivares de Vitis infectadas pela bactéria Xanthomonas citri pv. viticola In: ENCONTRO DE GENÉTICA DO NORDESTE, 22., 2018, Natal. Anais... Natal: UFRN: Sociedade Brasileira de Genética Regional Nordeste, 2018. p. 147.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 22. | | ARAÚJO, A. C. C. de; SILVA, R. L. de O.; SILVA, J. B. da; OLIVEIRA, M. F. de; BEZERRA NETO, J. P.; ABURJAILE, F. F.; MELO, N. F. de; BENKO-ISEPPON, A. M. Análise de expressão gênica diferencial de fatores de transcrição WRKY em videira sob estresse biótico. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DO NORDESTE, 22., 2018, Natal. Anais... Natal: UFRN: Sociedade Brasileira de Genética Regional Nordeste, 2018. p. 154.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 23. | | BARBOSA, P. K. A; CALSA JUNIOR, T; PANDOLFI, V.; KIDO, E. A.; ROCHA, M. de M.; SITTOLIN, I. M; ANDRADE, G. P; PIO-RIBEIRO, G.; BENKO-ISEPPON, A. M. Análise transcricional de Vigna unguiculata infectada por potyvírus (CABMV) através de LongSAGE. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 246| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 24. | | ONOFRE, A. V. C.; AMORIM, L. L. B.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M. Análise de bulks segregantes (BSA) para detecção de marcadores DAF e microssatélite ligados ao gene de resistência ao vírus do mosaico severo em feijão-caupi. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 98| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 25. | | BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. A.; BENKO-ISEPPON, A. M.; VASCONCELOS, E. V. V.; FONSÊCA, A.; PEDROSA-HARAND, A.; OLIVEIRA, A. R. S.; BELARMINO, L. C.; AMORIM, L. L. B.; ABDELNOOR, R. V.; PANDOLFI, V.; MELO, N. F. Citogenética comparativa em leguminosas cultivadas. In: CONGRESO ARGENTINO DE GENÉTICA, 40., SIMPÓSIO LATINOAMERICANO DE CITOGENÉTICA Y EVOLUCIÓN, 3., JORNADAS SAG-NEA, 1., 2011, Buenos Aires. Journal of Basic & Apllied Genetics, v. 51, Supp., p. S19-20, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 26. | | FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. Plants, v. 12, 3246, 2023. 23 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
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| 27. | | CARVALHO, R. de; AMORIM, L. L. B.; HORRES, R.; ONOFRE, A. V. C.; KIDO, E. A.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. M.; FREIRE FILHO, F. R.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; BENKO-ISEPPON, A. M. Polimorfismos revelados por marcadores CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence) em feijão-caupi visando o mapeamento genético. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 12., 2009, Fortaleza. Desafios para a produção de alimentos e bioenergia: livro de resumos. Fortaleza: SBFV: UFC: Embrapa Agroindústria Tropical, 2009. p. 30. Resumo 79.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 28. | | SOARES-CAVALCANTI, N. N.; BELARMINO, L. C.; KIDO, E. A.; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BEZERRA-NETO, J. P.; CAVALCANTI-LIRA, R.; PANDOLFI, V.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; NASCIMENTO, L. C.; BENKO-ISEPPON, A. M. In silico identification of known osmotic stress responsive genes from Arabidopsis in soybean and Medicago. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 315-321, May 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 29. | | AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M. Fenotipagem e seleção de marcadores em população de mapeamento de feijão-caupi segregante para resistência ao vírus do mosaico severo do caupi (CPSMV). In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 222| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 30. | | AMORIM, L. L. B.; LEITE, N. G. A.; ONOFRE, A. V. C.; COSTA, A. F.; DAMASCENO-SILVA, K. J.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M. Genetic diversity among cowpea cultivars as revealed by ISSR and DAF markers. In: FERIA CONGRESO LATINOAMERICANO DE BIOTECNOLOGIA, 9.; CONGRESO ARGENTINO DE BIOTECNOLOGIA, 4., 2010, Buenos Aires. Bioeconomia e innovación: un nuevo desafio. Buenos Aires, Argentina: FAB: FELAEB, 2010. p. 11. BIOLATINA 2010. Autoria: DAMASCENO-SILVA, K. J. [i.e. SILVA, K. J. D. e].| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 31. | | AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; CARVALHO, R.; MORETZSOHN, M. C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. M.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M. Generation of a preliminary genetic map of a CPSMV segregating cowpea population. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, p. S161, 2009. Suplemento. Edição dos Resumos do XLII do Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, RJ, 2009. R558| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 32. | | AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; CARVALHO, R.; MORETZSOHN, M. de C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M. Generation of a preliminary genetic map of a CPSMV segregating cowpea population. Tropical Plant Pathology, v. 34, p. S161, ago. 2009. Suplemento. Ref. 558. Edição dos Resumos do 42° Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, ago. 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 33. | | FERREIRA NETO, J. R. C.; COSTA, M. M. R.; PANDOLFI, V.; SILVA, R. L. de O.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A. L.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, É. A. Modulação transcricional de genes associados à fosforilação oxidativa em genótipos contrastantes de feijão-caupi submetidos à desidratação radicular. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/345a.pdf. Acesso em: 09 ago. 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte. |
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| 34. | | WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BELARMINO, L. C.; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; BEZERRA-NETO, J. P.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; ABDELNOOR, R. V.; BINNECK, E.; CARAZZOLE, M. F.; BENKO-ISEPPON, A. M. An overall evaluation of the resistance (R) and pathogenesis-related (PR) superfamilies in soybean, as compared with Medicago and Arabidopsis. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 260-271, May 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 35. | | SANTOS, R.; BASANTE, C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A. Mineração de motivos SSR em sequências expressas de feijão-caupi contendo TAGS supersage diferecialmente expressas sob desidratação radicular. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/344a.pdf. Acesso em: 09 ago. 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte. |
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| 36. | | BRITTO-KIDO, S. de A.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A. Natural antisense transcripts in plants: a review and identification in soybean infected with Phakopsora pachyrhizi SuperSAGE Library. The Scientific World Journal, v. 2013, 14 p., 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 37. | | ONOFRE, A. V. C.; AMORIM, L. L. B.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; KIDO, É. A.; BENKO-ISEPPON, A. M. Identificação de marcas moleculares associadas à resistência ao vírus do mosaido severo do feijão-caupi. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 4 p. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 38. | | SILVA, S. C.; MARTINS, M. I. G.; SANTOS, R. C. dos; PENALOZA, A. D. P. de S.; MELO FILHO, P. A.; BENKO-ISEPPON, A. M.; VALLS, J. F. M.; CARVALHO, R. Karyological features and banding patterns in Arachis species belonging to the heteranthae section. Plant Systematics and Evolution, n. 285, p. 201-207, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 39. | | SILVA, S. C.; MARTINS, M. I. G.; SANTOS, R. C. dos; PENALOZA, A. D. P. de S.; MELO FILHO, P. A.; BENKO-ISEPPON, A. M.; VALLS, J. F. M.; CARVALHO, R. Karyological features and banding patterns in Arachis species belonging to the heteranthae section. Plant System and Evolution, n. 285, p. 201-207, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 40. | | KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; FERREIRA NETO, J. R. C.; BARBOSA, P. D. de A.; ANDRADE, P. P. de; LANE, R.; GUIMARÃES, F. C. M.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M. Differential transcriptional profiling of phakopsora pachyrhizi-infected soybean revealed by high-thoughput supersage. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 9., 2013, Durban. [Proceedings...]. Durban: OPDT: OPOT, 2013. Abst. 387. 1 CD-ROM. WSRC.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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