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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
29/08/2022 |
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Data da última atualização: |
01/09/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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Autoria: |
OKINO, C. H.; IBELLI, A. M. G.; NICIURA, S. C. M.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. |
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Afiliação: |
CINTIA HIROMI OKINO, CPPSE; ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; MAGDA VIEIRA BENAVIDES, CPPSUL; ANA CAROLINA DE SOUZA CHAGAS, CPPSE. |
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Título: |
Transcriptoma abomasal comparativo de ovinos da raça Morada Nova com fenótipos divergentes de resistência a Haemonchus contortus. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2022. |
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Páginas: |
34 p. |
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Série: |
(Embrapa Pecuária Sudeste. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 54). |
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ISSN: |
1981-2078 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O presente estudo teve como objetivo comparar o transcriptoma abomasal de ovinos da raça Morada Nova com fenótipos divergentes de resistência a Haemonchus contortus. Para tanto, 287 cordeiros foram submetidos a dois desafios parasitários experimentais e monitorados quanto ao ganho de peso, ao volume globular e à contagem de ovos por
grama de fezes. Após análise de dados, foram selecionados 10 animais de cada extremo de fenótipo de resistência parasitária, sendo que metade desses animais foi submetida ao sequenciamento de RNA (RNAseq) da mucosa abomasal. Genes diferencialmente expressos (DE) relacionados às respostas imunes e outros processos biológicos foram observados entre os grupos extremos de resistência parasitária por RNAseq baseando-se nos três genomas ovinos disponíveis nas bases de dados públicas (NCBI Oar 2.0 - 21 genes DE, Ensembl Oar 1.0 - 11 genes DE e Ensembl Texel 3.1 - 14 genes DE). No entanto apenas cinco genes DE (B3GNT3, CLCA1, TFF3, PKLR e SELP) foram comuns aos três genomas. Para a validação dos resultados de RNAseq por RT-qPCR foram desenhados primers para 14 genes DE, para, no mínimo, duas regiões gênicas em éxons distintos por gene. Entretanto, só houve amplificação específica para oito genes, e apenas um gene apresentou concordância com os resultados de RNAseq. Concluiu-se que a validação por RT-qPCR não foi possível, provavelmente por dois motivos principais: 1) baixa quantidade de sequências atribuídas à maioria dos genes DE e 2) baixa qualidade de anotação do genoma ovino. Foram utilizadas três versões de referência atualizadas do genoma ovino que apresentam discordâncias quanto à montagem, localização e anotação dos genes. Isso impacta diretamente e negativamente nos resultados de validação por RT-qPCR, dado que, se as regiões gênicas (principalmente relacionadas à junção éxon-éxon) não estão bem anotadas, há dificuldades e falhas no desenho dos primers e na amplificação adequada. MenosO presente estudo teve como objetivo comparar o transcriptoma abomasal de ovinos da raça Morada Nova com fenótipos divergentes de resistência a Haemonchus contortus. Para tanto, 287 cordeiros foram submetidos a dois desafios parasitários experimentais e monitorados quanto ao ganho de peso, ao volume globular e à contagem de ovos por
grama de fezes. Após análise de dados, foram selecionados 10 animais de cada extremo de fenótipo de resistência parasitária, sendo que metade desses animais foi submetida ao sequenciamento de RNA (RNAseq) da mucosa abomasal. Genes diferencialmente expressos (DE) relacionados às respostas imunes e outros processos biológicos foram observados entre os grupos extremos de resistência parasitária por RNAseq baseando-se nos três genomas ovinos disponíveis nas bases de dados públicas (NCBI Oar 2.0 - 21 genes DE, Ensembl Oar 1.0 - 11 genes DE e Ensembl Texel 3.1 - 14 genes DE). No entanto apenas cinco genes DE (B3GNT3, CLCA1, TFF3, PKLR e SELP) foram comuns aos três genomas. Para a validação dos resultados de RNAseq por RT-qPCR foram desenhados primers para 14 genes DE, para, no mínimo, duas regiões gênicas em éxons distintos por gene. Entretanto, só houve amplificação específica para oito genes, e apenas um gene apresentou concordância com os resultados de RNAseq. Concluiu-se que a validação por RT-qPCR não foi possível, provavelmente por dois motivos principais: 1) baixa quantidade de sequências atribuídas à maioria dos genes DE e 2) baixa qualidade d... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise de transcriptoma; Bibliotecas de cDNA; Extração de RNA; Integridade de RNA; Nematódeos gastrintestinais; Resiliência; RNAseq; RT qPCR; Sequenciamento de RNA; Transcriptômica. |
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Thesagro: |
Cordeiro; Haemonchus Contortus; Nematóide; Ovino. |
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Categoria do assunto: |
H Saúde e Patologia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1145846/1/BOLETIM-54.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
30/11/2000 |
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Data da última atualização: |
05/05/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CORDEIRO, C. M. T.; ABADIE, T.; FUKUDA, W. M. G.; BARRETO, J. F.; BURLE, M. L.; CARDOSO, E. M. R.; CAVALCANTI, J.; COSTA, I. R. S.; FIALHO, J. F.; MAGALHAES, J. R.; MARSCHALEK, R.; ROCHA, D. M. S.; VALE, T. L. |
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Afiliação: |
JOSIAS CAVALCANTI, CPATSA. |
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Título: |
The brazilian core collection of cassava. |
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Ano de publicação: |
2000 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL SCIENTIFIC MEETING CASSAVA BIOTECHNOLOGY NETWORK, 4., 1998, Salvador. Cassava biotechnology: proceedings. Brasília, DF: EMBRAPA-CENARGEN: CBN, 2000. |
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Páginas: |
p. 102-110. |
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ISBN: |
85-87697-05-6 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The size of Germplasm Collections has become an important limitation for theirr use in plant breeding programs. To overcome this limitation the Core Collection concept has been proposed. A Core Collection consists of a set of accessions selected to represent the genetic diversity of the base collection with minimum repetitiveness. This insures the conservation of maximum genetic variation, allowing rapid evaluation of germplasm and better access to the base collection. The brazilian germplasm Collection of Cassava is the largest national collection, and contains strategic genetic variation for the development of breeding programs worldwide. It consists of approximately 3350 accessions conserved in 7 regional Active Germplasm Banks. To develop the Core Collection a hierarchical stratification similar to that proposed by Cordeiro et al (1995) was used. Two key criteria were used for the stratification of the accessions: category and origin. According to category the accessions were classified as landraces or breeding materials. Within the landraces strutum, accessions were classified according to ecogeographical origin using the Geographic Information System. The selection of the members of the Core, was done trying to represent the genetic variability within each ecogeographic zone, incorporating the knowledge and experience of the curators. This Core Collection will be a logical and efficient starting point for studying the Base Collection using biotechnological tools. |
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Palavras-Chave: |
Melhoramento de planta; Plant breending; Variabilidade genetica. |
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Thesagro: |
Banco de Germoplasma; Biotecnologia; Mandioca; Manihot Esculenta. |
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Thesaurus NAL: |
biotechnology; cassava; gene banks; genetic variation. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/142797/1/ID-8743-1.pdf
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Marc: |
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520 $aThe size of Germplasm Collections has become an important limitation for theirr use in plant breeding programs. To overcome this limitation the Core Collection concept has been proposed. A Core Collection consists of a set of accessions selected to represent the genetic diversity of the base collection with minimum repetitiveness. This insures the conservation of maximum genetic variation, allowing rapid evaluation of germplasm and better access to the base collection. The brazilian germplasm Collection of Cassava is the largest national collection, and contains strategic genetic variation for the development of breeding programs worldwide. It consists of approximately 3350 accessions conserved in 7 regional Active Germplasm Banks. To develop the Core Collection a hierarchical stratification similar to that proposed by Cordeiro et al (1995) was used. Two key criteria were used for the stratification of the accessions: category and origin. According to category the accessions were classified as landraces or breeding materials. Within the landraces strutum, accessions were classified according to ecogeographical origin using the Geographic Information System. The selection of the members of the Core, was done trying to represent the genetic variability within each ecogeographic zone, incorporating the knowledge and experience of the curators. This Core Collection will be a logical and efficient starting point for studying the Base Collection using biotechnological tools.
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700 1 $aMARSCHALEK, R.
700 1 $aROCHA, D. M. S.
700 1 $aVALE, T. L.
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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