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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
29/08/2022 |
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Data da última atualização: |
01/09/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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Autoria: |
OKINO, C. H.; IBELLI, A. M. G.; NICIURA, S. C. M.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. |
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Afiliação: |
CINTIA HIROMI OKINO, CPPSE; ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; MAGDA VIEIRA BENAVIDES, CPPSUL; ANA CAROLINA DE SOUZA CHAGAS, CPPSE. |
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Título: |
Transcriptoma abomasal comparativo de ovinos da raça Morada Nova com fenótipos divergentes de resistência a Haemonchus contortus. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2022. |
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Páginas: |
34 p. |
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Série: |
(Embrapa Pecuária Sudeste. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 54). |
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ISSN: |
1981-2078 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O presente estudo teve como objetivo comparar o transcriptoma abomasal de ovinos da raça Morada Nova com fenótipos divergentes de resistência a Haemonchus contortus. Para tanto, 287 cordeiros foram submetidos a dois desafios parasitários experimentais e monitorados quanto ao ganho de peso, ao volume globular e à contagem de ovos por
grama de fezes. Após análise de dados, foram selecionados 10 animais de cada extremo de fenótipo de resistência parasitária, sendo que metade desses animais foi submetida ao sequenciamento de RNA (RNAseq) da mucosa abomasal. Genes diferencialmente expressos (DE) relacionados às respostas imunes e outros processos biológicos foram observados entre os grupos extremos de resistência parasitária por RNAseq baseando-se nos três genomas ovinos disponíveis nas bases de dados públicas (NCBI Oar 2.0 - 21 genes DE, Ensembl Oar 1.0 - 11 genes DE e Ensembl Texel 3.1 - 14 genes DE). No entanto apenas cinco genes DE (B3GNT3, CLCA1, TFF3, PKLR e SELP) foram comuns aos três genomas. Para a validação dos resultados de RNAseq por RT-qPCR foram desenhados primers para 14 genes DE, para, no mínimo, duas regiões gênicas em éxons distintos por gene. Entretanto, só houve amplificação específica para oito genes, e apenas um gene apresentou concordância com os resultados de RNAseq. Concluiu-se que a validação por RT-qPCR não foi possível, provavelmente por dois motivos principais: 1) baixa quantidade de sequências atribuídas à maioria dos genes DE e 2) baixa qualidade de anotação do genoma ovino. Foram utilizadas três versões de referência atualizadas do genoma ovino que apresentam discordâncias quanto à montagem, localização e anotação dos genes. Isso impacta diretamente e negativamente nos resultados de validação por RT-qPCR, dado que, se as regiões gênicas (principalmente relacionadas à junção éxon-éxon) não estão bem anotadas, há dificuldades e falhas no desenho dos primers e na amplificação adequada. MenosO presente estudo teve como objetivo comparar o transcriptoma abomasal de ovinos da raça Morada Nova com fenótipos divergentes de resistência a Haemonchus contortus. Para tanto, 287 cordeiros foram submetidos a dois desafios parasitários experimentais e monitorados quanto ao ganho de peso, ao volume globular e à contagem de ovos por
grama de fezes. Após análise de dados, foram selecionados 10 animais de cada extremo de fenótipo de resistência parasitária, sendo que metade desses animais foi submetida ao sequenciamento de RNA (RNAseq) da mucosa abomasal. Genes diferencialmente expressos (DE) relacionados às respostas imunes e outros processos biológicos foram observados entre os grupos extremos de resistência parasitária por RNAseq baseando-se nos três genomas ovinos disponíveis nas bases de dados públicas (NCBI Oar 2.0 - 21 genes DE, Ensembl Oar 1.0 - 11 genes DE e Ensembl Texel 3.1 - 14 genes DE). No entanto apenas cinco genes DE (B3GNT3, CLCA1, TFF3, PKLR e SELP) foram comuns aos três genomas. Para a validação dos resultados de RNAseq por RT-qPCR foram desenhados primers para 14 genes DE, para, no mínimo, duas regiões gênicas em éxons distintos por gene. Entretanto, só houve amplificação específica para oito genes, e apenas um gene apresentou concordância com os resultados de RNAseq. Concluiu-se que a validação por RT-qPCR não foi possível, provavelmente por dois motivos principais: 1) baixa quantidade de sequências atribuídas à maioria dos genes DE e 2) baixa qualidade d... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise de transcriptoma; Bibliotecas de cDNA; Extração de RNA; Integridade de RNA; Nematódeos gastrintestinais; Resiliência; RNAseq; RT qPCR; Sequenciamento de RNA; Transcriptômica. |
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Thesagro: |
Cordeiro; Haemonchus Contortus; Nematóide; Ovino. |
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Categoria do assunto: |
H Saúde e Patologia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1145846/1/BOLETIM-54.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
29/02/2012 |
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Data da última atualização: |
29/02/2012 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
FERREIRA JUNIOR, O. L.; VILELA, E. S. D.; GIOVEDY, J. S.; SILVA, C. M. M. de S.; MELO, I. S. de. |
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Afiliação: |
OSVALDO L. FERREIRA JÚNIOR, ETECAP; ELKE SIMONI DIAS VILELA, CNPMA; JONATHAN S. GIOVEDY, FAJ; CELIA MARIA MAGANHOTTO DE SOUZA SILVA, FAJ; ITAMAR SOARES DE MELO, CNPMA. |
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Título: |
Atividade de enzimas ligninocelulolíticas envolvidas na degradação do bagaço de cana-de-açúcar por linhagens fúngicas da Caatinga. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 5., 2011, Campinas. Anais... Campinas: Embrapa Monitoramento por Satélite, 2011. 1 CD ROM. |
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Páginas: |
Nº 11419. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Resumo: Atualmente o bagaço de cana-de-açúcar é o maior resíduo da agroindústria brasileira, assim sendo, de alta importância que sejam desenvolvidas novas utilidades para o uso de tal substrato. Com esse fim, este trabalho teve por objetivo avaliar a atividade ligninocelulolítica de fungos isolados de serrapilheira da Caatinga. A seleção inicial foi feita em meio de cultivo contendo Remazol Brilliant Blue e observado o crescimento e a degradação de bagaço de cana com e sem tratamento químico. Destes, foi selecionada a linhagem fúngica 3.3 F2 na qual se observou uma atividade enzimática maior. Este isolado apresentou as seguintes atividades enzimáticas: Lignina Peroxidase (4,9046 U.L-1), Lacase (54,9148 U.L-1), Endoglucanase (4,4966 U.L-1), ?-glicosidase (5,1494 U.L-1) sendo que não foi verificada nenhuma atividade para as enzimas Manganês Peroxidase e Xilanase. Observou-se que a atividade enzimática foi maior no resíduo sem tratamento, em relação ao resíduo tratado. Os resultados obtidos sugerem a possibilidade da substituição do uso de enzimas, por linhagens fúngicas produtoras das mesmas para otimização do processo de produção de etanol de segunda geração. Abstract: Sugar cane bagasse nowadays is one of the biggest waste produced by Brazilian agroindustry, becoming relevant the development of new uses for it. The objective of this study was to evaluate the lignocellulolytic activity in sugar cane bagasse of fungi isolated from litter in Caatinga biome. Screening was performed on Petri dishes, where 4 isolates were selected for quantification of lignolytic enzyme by discoloration of Remazol Brilliant Blue, with growth observation and degradation of sugarcane bagasse with and without chemical treatment. From the fungal isolates, strain 3.3 F-2 showed increased activity and was selected for evaluation of lignocellulolytic enzymes. It showed the following enzymatic activities: LigninPeroxidase (4.9046 U.L-1), Laccase (54.9148 U.L 1), endoglucanase (4.4966 U.L-1), β-glucosidase (5.1494 U.L-1) and Manganese Peroxidase and Xylanase displayed no activity. The enzymes showed higher activity with the untreated material. These results suggest the possibility of replacing the use of enzymes for enzyme-producing fungal strains to optimize the process of ethanol production. MenosResumo: Atualmente o bagaço de cana-de-açúcar é o maior resíduo da agroindústria brasileira, assim sendo, de alta importância que sejam desenvolvidas novas utilidades para o uso de tal substrato. Com esse fim, este trabalho teve por objetivo avaliar a atividade ligninocelulolítica de fungos isolados de serrapilheira da Caatinga. A seleção inicial foi feita em meio de cultivo contendo Remazol Brilliant Blue e observado o crescimento e a degradação de bagaço de cana com e sem tratamento químico. Destes, foi selecionada a linhagem fúngica 3.3 F2 na qual se observou uma atividade enzimática maior. Este isolado apresentou as seguintes atividades enzimáticas: Lignina Peroxidase (4,9046 U.L-1), Lacase (54,9148 U.L-1), Endoglucanase (4,4966 U.L-1), ?-glicosidase (5,1494 U.L-1) sendo que não foi verificada nenhuma atividade para as enzimas Manganês Peroxidase e Xilanase. Observou-se que a atividade enzimática foi maior no resíduo sem tratamento, em relação ao resíduo tratado. Os resultados obtidos sugerem a possibilidade da substituição do uso de enzimas, por linhagens fúngicas produtoras das mesmas para otimização do processo de produção de etanol de segunda geração. Abstract: Sugar cane bagasse nowadays is one of the biggest waste produced by Brazilian agroindustry, becoming relevant the development of new uses for it. The objective of this study was to evaluate the lignocellulolytic activity in sugar cane bagasse of fungi isolated from litter in Caatinga biome. Screening was perfo... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cana-de-açúcar. |
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Thesagro: |
Bagaço; Biodegradação; Caatinga; Enzima celulolítica. |
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Thesaurus NAL: |
Biodegradation; Cellulolytic microorganisms; Sugarcane bagasse. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/54802/1/2011AA45.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 5., 2011, Campinas. Anais... Campinas: Embrapa Monitoramento por Satélite, 2011. 1 CD ROM.$c2011
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520 $aResumo: Atualmente o bagaço de cana-de-açúcar é o maior resíduo da agroindústria brasileira, assim sendo, de alta importância que sejam desenvolvidas novas utilidades para o uso de tal substrato. Com esse fim, este trabalho teve por objetivo avaliar a atividade ligninocelulolítica de fungos isolados de serrapilheira da Caatinga. A seleção inicial foi feita em meio de cultivo contendo Remazol Brilliant Blue e observado o crescimento e a degradação de bagaço de cana com e sem tratamento químico. Destes, foi selecionada a linhagem fúngica 3.3 F2 na qual se observou uma atividade enzimática maior. Este isolado apresentou as seguintes atividades enzimáticas: Lignina Peroxidase (4,9046 U.L-1), Lacase (54,9148 U.L-1), Endoglucanase (4,4966 U.L-1), ?-glicosidase (5,1494 U.L-1) sendo que não foi verificada nenhuma atividade para as enzimas Manganês Peroxidase e Xilanase. Observou-se que a atividade enzimática foi maior no resíduo sem tratamento, em relação ao resíduo tratado. Os resultados obtidos sugerem a possibilidade da substituição do uso de enzimas, por linhagens fúngicas produtoras das mesmas para otimização do processo de produção de etanol de segunda geração. Abstract: Sugar cane bagasse nowadays is one of the biggest waste produced by Brazilian agroindustry, becoming relevant the development of new uses for it. The objective of this study was to evaluate the lignocellulolytic activity in sugar cane bagasse of fungi isolated from litter in Caatinga biome. Screening was performed on Petri dishes, where 4 isolates were selected for quantification of lignolytic enzyme by discoloration of Remazol Brilliant Blue, with growth observation and degradation of sugarcane bagasse with and without chemical treatment. From the fungal isolates, strain 3.3 F-2 showed increased activity and was selected for evaluation of lignocellulolytic enzymes. It showed the following enzymatic activities: LigninPeroxidase (4.9046 U.L-1), Laccase (54.9148 U.L 1), endoglucanase (4.4966 U.L-1), β-glucosidase (5.1494 U.L-1) and Manganese Peroxidase and Xylanase displayed no activity. The enzymes showed higher activity with the untreated material. These results suggest the possibility of replacing the use of enzymes for enzyme-producing fungal strains to optimize the process of ethanol production.
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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