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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
12/12/2011 |
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Data da última atualização: |
24/01/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, T. L. P. O.; BARROS, E. G. de; BELLATO, C. M.; HWANG, E.-Y.; CREGAN, P. B.; PASTOR-CORRALES, M. A. |
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Afiliação: |
THIAGO LIVIO PESSOA OLIV DE SOUZA, CNPAF; EVERALDO G. DE BARROS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CLAUDIA M. BELLATO, USDA; EUN-YOUNG HWANG, USDA; PERRY B. CREGAN, USDA; MARCIAL A. PASTOR-CORRALES, USDA. |
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Título: |
Single nucleotide polymorphism discovery in common bean. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Breeding, Dordrecht, v. 30, p. 419-428, 2012. |
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DOI: |
DOI 10.1007/s11032-011-9632-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered in common bean (Phaseolus vulgaris L.) via resequencing of sequence-tagged sites (STSs) developed by PCR primers previously designed to soybean shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) end sequences, and by primers designed to common bean genes and microsatellite flanking regions. DNA fragments harboring SNPs were identified in single amplicons from six contrasting P. vulgaris genotypes of the Andean (Jalo EEP 558, G 19833, and AND 277) and Mesoamerican (BAT 93, DOR 364, and Ruda´) gene pools. These genotypes are the parents of three common bean recombinant inbred line mapping populations. From an initial set of 1,880 PCR primer pairs tested, 265 robust STSs were obtained, which could be sequenced in each one of the six common bean genotypes. In the resulting 131,120 bp of aligned sequence, a total of 677 SNPs were identified, including 555 single-base changes (295 transitions and 260 transversions) and 122 small nucleotide insertions/deletions (indels). The frequency of SNPs was 5.16 SNPs/kb and the mean nucleotide diversity, expressed as Halushka?s theta, was 0.00226. This work represents one of the first efforts aimed at detecting SNPs in P. vulgaris. The SNPs identified should be an important resource for common bean geneticists and breeders for quantitative trait locus discovery,marker-assisted selection, and map-based cloning. These SNPS will be also useful for diversity analysis and microsynteny studies among legume species. MenosSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered in common bean (Phaseolus vulgaris L.) via resequencing of sequence-tagged sites (STSs) developed by PCR primers previously designed to soybean shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) end sequences, and by primers designed to common bean genes and microsatellite flanking regions. DNA fragments harboring SNPs were identified in single amplicons from six contrasting P. vulgaris genotypes of the Andean (Jalo EEP 558, G 19833, and AND 277) and Mesoamerican (BAT 93, DOR 364, and Ruda´) gene pools. These genotypes are the parents of three common bean recombinant inbred line mapping populations. From an initial set of 1,880 PCR primer pairs tested, 265 robust STSs were obtained, which could be sequenced in each one of the six common bean genotypes. In the resulting 131,120 bp of aligned sequence, a total of 677 SNPs were identified, including 555 single-base changes (295 transitions and 260 transversions) and 122 small nucleotide insertions/deletions (indels). The frequency of SNPs was 5.16 SNPs/kb and the mean nucleotide diversity, expressed as Halushka?s theta, was 0.00226. This work represents one of the first efforts aimed at detecting SNPs in P. vulgaris. The SNPs identified should be an important resource for common bean geneticists and breeders for quantitative trait locus discovery,marker-assisted selection, and map-based cloning. These SNPS will be also useful for diversity analysis and microsynteny studies a... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
DNA; Feijão; Phaseolus vulgaris; Polimorfismo genético. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; Polymerase chain reaction; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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Marc: |
LEADER 02303naa a2200277 a 4500
001 1909254
005 2013-01-24
008 2012 bl uuuu u00u1 u #d
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100 1 $aSOUZA, T. L. P. O.
245 $aSingle nucleotide polymorphism discovery in common bean.
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650 $aGenome
650 $aPolymerase chain reaction
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700 1 $aPASTOR-CORRALES, M. A.
773 $tMolecular Breeding, Dordrecht$gv. 30, p. 419-428, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 87 | |
| 41. |  | SOUZA, T. L. P. O.; FALEIRO, F. G.; DESSAUNE, S. N.; PAULA JUNIOR, T. J. de; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Breeding for common bean (Phaseolus vulgaris L.) rust resistance in Brazil. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 38, n. 5, p. 361-374, set./out. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 42. | | MÜLLER, B. S. de F.; SAKAMOTO, T.; MENEZES, I. P. P. de; PRADO, G. S.; MARTINS, W. S.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. Analysis of BAC-end sequences in common bean (Phaseolus vulgaris L.) towards the development and characterization of long motifs SSRs. Plant Molecular Biology, Dordrecht, v. 86, n. 4/5, p. 455-470, Nov. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 43. | | SILVA, A. P. M.; PINTO, M. de O.; CRUZ, M. F. A.; SOARES, C. Q. G.; PINHEIRO, J. B.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Expressão de genes de referência para uso em reações de qPCR em genótipos de soja contrastantes para o conteúdo de ácido oléico cultivados sob diferentes temperaturas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 319-322.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 44. | | SCHUSTER, I.; ABDELNOOR, R. V.; CARVALHO, V. P.; MARIM, S. S. R.; SILVA, J. F. V.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, E. M. A. Identificacao de marcadores moleculares ligados a um QTL de efeito maior para a resistencia ao nematoide de cisto da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999. Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.315. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 45. | | SCHUSTER, I.; ABDELNOOR, R. V.; CARVALHO, V. P.; MARIM, S. S. R.; SILVA, J. F. V.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Identificacao de marcador microssatelite ligado a resistencia ao nematoide de cisto da soja. Genetics and Molecular Biology, Ribeirao Preto, v. 21, n. 3, p. 233, set. 1998. Supplement.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 46. | | RODRIGUES, J. I. da S.; ARRUDA, K. M. A.; CRUZ, C. D.; PIOVESAN, N. D.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Divergência em QTLs e variância genética para teores de proteína e óleo em soja. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 11, p. 1042-1053, nov. 2015. Título em inglês: Divergence on QTLs and genetic variance for protein and oil contents in soybean.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 47. | | VASCONCELOS, M. J. V. de; MACHADO, M. A.; ALMEIDA, A. M. R.; HENNING, A. A.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Differentiation of colletrotrichum truncatum isolates by random amplified polymorphic DNA. Fitopatologia Brasileira, Brasília, v. 19, n. 4, p. 520-523, 1994.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 48. | | MELO, C. L. P. de; CARNEIRO, J. E. de S.; CARNEIRO, P. C. S.; CRUZ, C. D.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Linhagens de feijão do cruzamento 'Ouro Negro' x 'Pérola' com características agronômicas favoráveis. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 41, n. 11, p. 1593-1598, nov. 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 49. | | SILVA, M. F. da; SCHUSTER, I.; CERVIGNI, G. D. L.; SILVA, J. F. V.; DIAS, W. F.; FERREIRA, A.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Inheritance of resistance to soybean cyst nematode races 3 and 14 in soybean RIL and F2 populations. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 12, p. 1735-1740, dez. 2007 Título em portugês: Herança da resistência ao nematóide de cisto da soja, raças 3 e 14, em populações de linhagem endogâmica recombinante e F2 de soja.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 50. | | SILVA, M. F. da; SCHUSTER, I.; CERVIGNI, G. D. L.; SILVA, J. F. V. da; DIAS, W. P.; FERREIRA, A.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Inheritance of resistance to soybean cyst nematode races 3 and 14 in soybean RIL and F2 populations. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 12, p. 1735-1740, Dec. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Soja. |
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| 51. | | FERREIRA, M. F. da; CERVIGNI, G. D. L; FERREIRA, A.; SCHUSTER, I.; SANTANA, F. A.; PEREIRA, W. D.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. QTLs for resistance to soybean cyst nematode, races 3, 9, and 14 in cultivar Hartwig. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 4, p. 420-428, abril 2011 Título em português: QTLs de resistência ao nematoide do cisto da soja, raças 3, 9 e 14 na cultivar Hartwig.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 53. | | ALZATE-MARIN, A. L.; NIETSCHE, S.; COSTA, M. R.; ALMEIDA, K. S. de; SARTORATO, A.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Molecular analyses of Colletotrichum lindemuthianum and Phaeoisariopsis griseola for pathotypes characterization. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, v. 44, p. 125-126, Mar. 2001.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 54. | | ROCHA, R. B.; BARROS, W. S.; MURO-ABAD, J. I.; TOMAZ, R. S.; CRUZ, C. D.; BARROS, E. G. de; ARAÚJO, E. F. de. Método para mapeamento de locos controladores de características oligogênicas. Ciência Rural, v. 40, n. 2, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 55. | | SCHUSTER, I.; ABDELNOOR, R. V.; CARVALHO, V. P.; MARIM, S. R. R.; SILVA, J. F. V.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, E. M. A. Mapeamento de um QTL maior para a resistencia ao nematoide de cisto da soja, em uma populacao F3 de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999. Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.315. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 56. | | SANTANA, F. A.; SILVA, M. F. da; GUIMARÃES, J. K. F.; FERREIRA, M. F. da S.; PEREIRA, W. D.; PIOVESAN, N. D.; BARROS, E. G. de. Marker-assisted selection strategies for developing resistant soybean plants to cyst nematode. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Londrina, v. 14, n. 3, p. 180-186, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 57. | | ABDELNOOR, R. V.; VASCONCELOS, M. J. V.; ALMEIDA, A. M. R.; SILVA, J. F. V.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Uso da técnica de RAPD para avaliar a diversidade genética entre isolados do nematóide do cisto da soja. Revista Brasileira de Genética, Ribeirão Preto, v. 18. n. 3, p. 161, set. 1995. Suplemento. Edição dos resumos do 41º Congresso Nacional de Genética, Caxambu, MG, 1995.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Soja. |
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| 58. | | SOUZA, T. L. P. O.; BARROS, E. G. de; BELLATO, C. M.; HWANG, E.-Y.; CREGAN, P. B.; PASTOR-CORRALES, M. A. Single nucleotide polymorphism discovery in common bean. Molecular Breeding, Dordrecht, v. 30, p. 419-428, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 59. | | MELO, C. L. P. de; RAGAGNIN, V. A.; ARRUDA, K. M. A.; BARROS, E. G. de; CARNEIRO, P. C. S.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; MOREIRA, M. A.; CARNEIRO, J. E. de S. Caracterização fenótípica e molecular de genitores de feijão em tipo carioca quanto à resistência a patógenos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 495-504, abr. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 60. | | RIBEIRO, C. A. G.; SOUSA, S. M. de; SOUZA, V. F. de; NEGRI, B. F.; GAULT, C. M.; PASTINA, M. M.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARAES, L. J. M.; BARROS, E. G. de; BUCKLER. E. S.; GUIMARÃES, C. T. Genome-wide association study for root morphology and phosphorus acquisition efficiency in diverse maize panels. International Journal of Molecular Sciences, v. 24, n. 7, 6233, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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