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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
06/11/2023 |
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Data da última atualização: |
07/12/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. |
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Afiliação: |
MATHEUS MASSARIOL SUELA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MEHDI MOMEN, UNIVERSITY OF WISCONSIN-MADISON; ANTONIO CARLOS BAIAO DE OLIVEIRA, CNPCa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; GOTA MOROTA, VIRGINIA POLYTECHNIC INSTITUTE AND STATE UNIVERSITY; MOYSÉS NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA. |
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Título: |
Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. |
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Páginas: |
17 p. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11295-023-01597-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Yield is one of the most important traits of arabica coffee. Plant breeders seek to maximize yield directly or indirectly, using other related traits. The standard multi-trait genome-wide association study (MTM-GWAS) does not accommodate the network structure of phenotypes, therefore, does not address how traits are interrelated. We applied structural equation modeling (SEM) to GWAS to explore interrelated dependencies between phenotypes related to morphology (fruit size and number of reproductive nodes), physiology (vegetative vigor), and productivity (yield) traits using 195 Coffea arábica individuals genotyped with 21,211 single-nucleotide polymorphism markers. We inferred the probabilistic phenotypic network by the Hill-Climbing algorithm to estimate the structural coefficients. The integration of multivariate GWAS and SEM (SEM-GWAS) identified a positive interrelationship between vegetative vigor and yield, and vegetative vigor and the number of reproductive nodes. Among those traits, yield and number of reproductive nodes presented indirect SNP effects. There was no evidence of a single quantitative trait locus controlling all the traits jointly. We identified three genes (Stress enhanced protein 1, Abscisic stress-ripening protein 5, and SAR?SNI1) that acted directly on yield. In summary, SEM-GWAS offered new insights into the relationship between the traits linked to coffee yield, providing useful information for arabica coffee breeding programs. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea arabica var. arabica; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Structural equation modeling. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1157822/1/Genome-wide-association.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 77 | |
| 21. |  | TEODORO, P. E.; FARIAS, F. J. C.; CARVALHO, L. P. de; RIBEIRO, L. P.; NASCIMENTO, M.; AZEVEDO, C. F.; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L. Adaptability and stability of cotton genotypes regarding fiber yield and quality traits. Crop Science, v. 59, p. 518?524, March?April 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
|    |
| 22. | | RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V.; SILVA, F. F.; AZEVEDO, C. F.; TAKAHASHI, E. K.; SILVA JUNIOR, O. B.; GRATTAPAGLIA, D. Assessing the expected response to genomic selection of individuals and families in Eucalyptus breeding with an additive-dominant model. Heredity, v. 119, p. 245-255, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 23. | | PEREIRA, V. C. S.; DIAS, R. V.; AZEVEDO, C. F. e O.; PEREIRA, I. S.; HONDA, L. S.; PINHEIRO, E. F. M.; CAMPOS, D. V. B. de. Agregação do solo sob diferentes usos e cobertura vegetal no bioma Cerrado. In: CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE CIÊNCIA DO SOLO, 23.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 38., 2023, Florianópolis. Anais [...]. Florianópolis: Epagri, 2023. p. 949. Ref. ID 1339.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 25. | | AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; GLÓRIA, L. S. Comparison of dimensionality reduction methods to predict genomic breeding values for carcass traits in pigs. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 14, n. 4, p. 12217-12227, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 26. | | COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. A comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction. Genetics and Molecular Research, v. 20, n. 2, p. 1-15, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 27. | | LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 30. | | SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. 17 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 31. | | GOIS, I. B.; BORÉM, A.; CRISTOFANI-YALY, M.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; BASTIANEL, M.; NOVELLI, V. M.; MACHADO, M. A. Genome wide selection in citrus breeding. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 4, gmr15048863, Oct. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 32. | | SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F. Genomic prediction for additive and dominance effects of censored traits in pigs. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 4, gmr15048764, Oct. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 34. | | ESTOPA, R. A.; PALUDETO, J. G. Z.; MÜLLER, B. S. F.; OLIVEIRA, R. A. de; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; TAMBARUSSI, E. V.; GRATTAPAGLIA, D. Genomic prediction of growth and wood quality traits in Eucalyptus benthamii using different genomic models and variable SNP genotyping density. New Forests, 54, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 35. | | SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARAES, S. E. F.; GLORIA, L. S.; SILVA, F. F. Genomic selection for slaughter age in pigs using the Cox frailty model. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 14, n. 4, p. 12616-12627, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 36. | | COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. Determination of optimal number of independent components in yield traits in rice. Scientia Agricola, v. 79, n. 6, p. 1-8, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 37. | | AZEVEDO, C. F.; CARVALHO, I. R.; NASCIMENTO, M.; SILVA, J. A. G. da; NASCIMENTO, A, C. C.; CRUZ, C. D.; HUTH, C.; ALMEIDA, H. C. F. de. Informative prior distribution applied to linseed for the estimation of genetic parameters using a small sample size. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 57, e02793, 2022. Título em português: Distribuição a priori informativa aplicada à linhaça para estimação de parâmetros genéticos com uso de tamanho amostral reduzido.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 38. | | ANDRADE, L. R. B. de; SOUSA, M. B. e; WOLFE, M.; JANNINK, J. L.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; OLIVEIRA, E. J. de. Increasing cassava root yield: additive-dominant genetic models for selection of parents and clones. Frontiers in Plant Science, v. 13, article 1071156, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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