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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
17/05/2017 |
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Data da última atualização: |
27/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
Fabyano Fonseca e Silva, UFV/VIÇOSA; Maria Fernanda Betancur Zambrano, UFV/VIÇOSA; Luis Varona, University of Zaragoza; Leonardo Siqueira Glória, UFV/VIÇOSA; Paulo Sávio Lopes, UFV; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL; Sirlene Fernandes Lázaro, UFV/VIÇOSA; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Simone Eliza Facioni Guimarães, UFV/VIÇOSA. |
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Título: |
Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 74, n. 1, 2017. |
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Páginas: |
7 P. |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Conteúdo: |
Genome association analyses have been successful in identifying quantitative trait
loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole
weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to
look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is
via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated
separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of
estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint
modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome
association analysis for growth curves in pigs based on NMM as well as to compare it with the
traditional two-step method. In addition, we also aimed to identify the nearest candidate genes
related to significant SNP (single nucleotide polymorphism) markers. The NMM presented a
higher number of significant SNPs for adult weight (A) and maturity rate (K), and provided a direct
way to test SNP significance simultaneously for both the A and K parameters. Furthermore, all
significant SNPs from the two-step method were also reported in the NMM analysis. The ontology
of the three candidate genes (SH3BGRL2, MAPK14, and MYL9) derived from significant SNPs
(simultaneously affecting A and K) allows us to make inferences with regards to their contribution
to the pig growth process in the population studied. MenosGenome association analyses have been successful in identifying quantitative trait
loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole
weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to
look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is
via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated
separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of
estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint
modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome
association analysis for growth curves in pigs based on NMM as well as to compare it with the
traditional two-step method. In addition, we also aimed to identify the nearest candidate genes
related to significant SNP (single nucleotide polymorphism) markers. The NMM presented a
higher number of significant SNPs for adult weight (A) and maturity rate (K), and provided a direct
way to test SNP significance simultaneously for both the A and K parameters. Furthermore, all
significant SNPs from the two-step method were also reported in the NMM analysis. The ontology
of the three candidate genes (SH3BGRL2, MAPK14, and MYL9) derived from significant SNPs
(simultaneously affecting A and K) allows us to make inferences with regards to their contribution
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Palavras-Chave: |
Longitudinal data; SNP markers. |
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Thesaurus Nal: |
body weight. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161512/1/Cnpgl-2017-SciAgric-Silva-Genome.pdf
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Marc: |
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520 $aGenome association analyses have been successful in identifying quantitative trait loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome association analysis for growth curves in pigs based on NMM as well as to compare it with the traditional two-step method. In addition, we also aimed to identify the nearest candidate genes related to significant SNP (single nucleotide polymorphism) markers. The NMM presented a higher number of significant SNPs for adult weight (A) and maturity rate (K), and provided a direct way to test SNP significance simultaneously for both the A and K parameters. Furthermore, all significant SNPs from the two-step method were also reported in the NMM analysis. The ontology of the three candidate genes (SH3BGRL2, MAPK14, and MYL9) derived from significant SNPs (simultaneously affecting A and K) allows us to make inferences with regards to their contribution to the pig growth process in the population studied.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 185 | |
| 101. |  | ARBEX, W. A.; MARTINS, M. F.; PEREIRA, L. G. R.; GUEDES, E.; ANDRADE, L. G. DE; SILVA, M. V. G. B. Tá quente? Muito! Essa fornada de aquecimento global está quase pronta. O Girolando, v. 15, n. 86, p. 24-28, 2012.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 102. | | UTSYNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. DE A. DOS; ARBEX, W. A.; MARTINS, M. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Tamanho efetivo de população em diferentes raças zebuínas e uma população F2. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Viçosa: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 103. | | SANTOS, K. C. L. dos; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; FONSECA, I.; SANTOS, D. J. de A. dos. Sistema de armazenamento para a organização e o controle do banco de DNA de bovinos de leite. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 12.; WORKSHOP DE POLÍTICAS PÚBLICAS, 12.; SIMPÓSIO DE SUSTENTABILIDADE DA ATIVIDADE LEITEIRA, 13., 2013, Porto Velho. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2013. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 104. | | GOMES, J. S.; DAVID, J. M. N.; BRAGA, R.; ARBEX, W. A.; BARBOSA, B.; GOMES, W. L.; FONSECA, L. M. G. Sistemas de suporte à decisão nas fazendas inteligentes: um mapeamento sistemático. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 13., 2021, Bagé. Anais. Bagé: Universidade Federal do Pampa, 2021. p. 301-310.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 105. | | CARVALHO, V. P.; SANT'ANNA, I. C.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; CRUZ, C. D.; ARBEX, W. A.; OLIVEIRA, F. C.; SILVA, F. F. Support vector machines applied to the genetic classification problem of hybrid populations with high degrees of similarity. Genetics and Molecular Research, v. 17, n. 4, gmr18122, 2018. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 106. | | ARBEX, W. A.; TAGLIATTI, R. F.; ANDRADE, L. G. D.; MUNIZ, M. N. M.; GUEDES, E.; SILVA, M. V. G. B. Storage as a service and cloud computing for bioinformatics computing environment. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 107. | | OLIVEIRA, F. C. de; BORGES, C. C. H.; ALMEIDA, F. N.; SILVA, F. F. e; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A. SNPs selection using support vector regression and genetic algorithms in GWAS BMC Genomics, v. 15, article S4, 2014. 15 p. Suppl. 7.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 108. | | SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; RODRIGUES, W. B. R. Usando a ciência como ferramenta para a escolha de reprodutores. Girolando, v. 15, n. 87, p. 18-21, 2012.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 109. | | SANTOS, K. C. L. dos; NASCIMENTO, E. O.; SANTOS, G. B.; OLIVEIRA, D. R.; SILVA, R. L. S.; CARVALHO, B. C. de; ARBEX, W. A. Visão Computacional Aplicada à Pecuária de Precisão para Determinação da Escore Corporal em Bovinos. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 110. | | ARBEX, W. A.; GUIMARAES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; FONSECA, I.; PAIVA, D. de S.; ANDRADE, L. G. de; TAGLIATTI, R. F. A utilização da informática na agropecuária e o impacto da bioinformática no melhoramento genético animal. O Girolando, Uberaba, v. 11, n. 71, p. 32-34, 2010.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 112. | | MEIRA, L. H. da R.; PAIVA, D. de S.; SIQUEIRA, T. R. de; FONSECA, I.; PINTO, I. S. B.; ALVINO, R. M.; ARBEX, W. A.; GUIMARAES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B. Avaliação do polimorfismo do gene da betalactoglobulina em bovinos da raça Girolando. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE, 5., 2010, Juiz de Fora, MG. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2010. 1 CD-ROM. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 141.). p. 57-59.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 113. | | MUNIZ, M. N. M.; ANDRADE, L. G. D.; GUEDES, E.; TAGLIATTI, R. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARAES, M. F. M.; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B. Linkage disequilibrium patterns in dairy gyr breed. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 114. | | MARTINS, M. F.; SANTOS, A. S. de O. dos; MEURER, V. M.; FURTADO, M. A. M.; EGITO A. S. do; PINTO, I. S. B.; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B. Fraude no leite: leite de qualidade x qualidade de vida. O Girolando, Uberaba v. 15, n. 88, p. 28-32, 2013.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 115. | | MARTINS, M. F.; SANTOS, A. S. DE O. DOS; MEURER, V. M.; FURTADO, M. A. M.; VASCONCELOS, A. S. do E.; PINTO, I. S. B.; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B. Fraude no leite: leite de qualidade x qualidade de vida. O Girolando, Uberaba, v. 15, n. 88, p. 28-32, 2013.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 116. | | SIQUEIRA, T. R. de; PAIVA, D. de S.; MEIRA, L. H. da R.; FONSECA, I.; ALVINO. R. M.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; GUIMARAES, M. F. M. Frequência genotípicas e alélicas do gene DGAT1 em bovinos da raça Girolando. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendedorismo e progresso científico na zootecnia brasileira: anais. Salvador: SBZ, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 117. | | PAIVA, D. de S.; MEIRA, L. H. da R.; SIQUEIRA, T. R. de; ALVINO, R. M.; FONSECA, I.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.; ARBEX, W. A.; GUIMARAES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B. Frequência do polimorfismo do gene CSN3 em animais da raça Girolando. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendedorismo e progresso científico na zootecnia brasileira: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2010. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 118. | | SIQUEIRA, T. R. de; PAIVA, D. de S.; MEIRA, L. H. da R.; FONSECA, I.; ALVINO, R. M.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; GUIMARAES, M. F. M. Frequências genotípicas e alélicas do gene DGATI em bovinos da raça Girolando. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendedorismo e progresso científico na zootecnia brasileira: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2010 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 119. | | PEREIRA, W. P.; RETTORE, K. V. P.; PEREIRA, G. R. DA S.; MOTTA, I. G. B. DA; PINTO, I. S. B.; FONSECA, I.; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F. Frequências genotípicas e alélicas dos genes DGAT1 e OPN. In: Workshop de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite, 8., 2011, Juiz de Fora. Anais... Documentos, 151.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 120. | | ARAUJO, I. I. M. DE; MOTTA, I. G. B. DA; FONSECA, I.; PINTO, I. S. B.; ARBEX, W. A.; BARBOSA, S. B. P.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. Caracterização do polimorfismo dos genes CSN3 e LGB em animais da raça girolando. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 7.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 13., 2012, Maceió. Anais... Maceió: Sociedade Nordestina de Produção Animal, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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