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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
24/07/2019 |
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Data da última atualização: |
09/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. de S.; ANDRADE, B. G.; KOLTES, J. E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
PRISCILA S. N. DE OLIVEIRA, CPPSE; LUIZ L. COUTINHO, Esalq/USP; ALINE S. M. CESAR, Esalq/USP; WELLISON J. DA SILVA DINIZ, UFSCar; MARCELA M. DE SOUZA, Iowa State University; BRUNO G. ANDRADE, CPPSE; JAMES E. KOLTES, Iowa State University; GERSON B. MOURÃO, Esalq/USP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; JAMES M. REECY, Iowa State University; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Co-expression networks reveal potential regulatory roles of miRNAs in fatty acid composition of nelore cattle. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 10, p. 1-14, July 2019. |
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DOI: |
10.3389/fgene.2019.00651 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article 651. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C.A. Regitano. |
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Conteúdo: |
Fatty acid (FA) content affects the sensorial and nutritional value of meat and plays a significant role in biological processes such as adipogenesis and immune response. It is well known that, in beef, the main FAs associated with these biological processes are oleic acid (C18:1 cis9, OA) and conjugated linoleic acid (CLA-c9t11), which may have beneficial effects on metabolic diseases such as type 2 diabetes and obesity. Here, we performed differential expression and co-expression analyses, weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) and partial correlation with information theory (PCIT), to uncover the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in skeletal muscle associated with FA content. miRNA and mRNA expression data were obtained from skeletal muscle of Nelore cattle that had extreme genomic breeding values for OA and CLA. Insulin and MAPK signaling pathways were identified by WGCNA as central pathways associated with both of these fatty acids. Co-expression network analysis identified bta-miR-33a/b, bta-miR-100, bta-miR-204, bta-miR-365-5p, btamiR-660, bta-miR-411a, bta-miR-136, bta-miR-30-5p, bta-miR-146b, bta-let-7a-5p, bta-let-7f, bta-let-7, bta-miR 339, bta-miR-10b, bta-miR 486, and the genes ACTA1 and ALDOA as potential regulators of fatty acid synthesis. This study provides evidence and insights into the molecular mechanisms and potential target genes involved in fatty acid content differences in Nelore beef cattle, revealing new candidate pathways of phenotype modulation that could positively benefit beef production and human consumption. MenosFatty acid (FA) content affects the sensorial and nutritional value of meat and plays a significant role in biological processes such as adipogenesis and immune response. It is well known that, in beef, the main FAs associated with these biological processes are oleic acid (C18:1 cis9, OA) and conjugated linoleic acid (CLA-c9t11), which may have beneficial effects on metabolic diseases such as type 2 diabetes and obesity. Here, we performed differential expression and co-expression analyses, weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) and partial correlation with information theory (PCIT), to uncover the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in skeletal muscle associated with FA content. miRNA and mRNA expression data were obtained from skeletal muscle of Nelore cattle that had extreme genomic breeding values for OA and CLA. Insulin and MAPK signaling pathways were identified by WGCNA as central pathways associated with both of these fatty acids. Co-expression network analysis identified bta-miR-33a/b, bta-miR-100, bta-miR-204, bta-miR-365-5p, btamiR-660, bta-miR-411a, bta-miR-136, bta-miR-30-5p, bta-miR-146b, bta-let-7a-5p, bta-let-7f, bta-let-7, bta-miR 339, bta-miR-10b, bta-miR 486, and the genes ACTA1 and ALDOA as potential regulators of fatty acid synthesis. This study provides evidence and insights into the molecular mechanisms and potential target genes involved in fatty acid content differences in Nelore beef cattle, revealing new candidate... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Ácido linoleico conjugado; Ácido oleico; Ácidos graxos; Genômica; Integrative genomics; MiRNA; MRNA; Redes de co-expressão. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado de Corte. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Conjugated linoleic acid; Oleic acid. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/199817/1/AP-Coexpression-networks.pdf
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Marc: |
LEADER 02877naa a2200421 a 4500
001 2110872
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 29 | |
| 1. |  | REGITANO, L. C. de A.; OLIVEIRA, P. N. DE; ANDRADE, B. G. DE. Hologenoma ruminante: caracterização da população de microrganismos do trato digestivo de ruminantes e seu impacto sobre o genoma funcional do hospedeiro, desempenho, qualidade do produto e impacto ambiental. In: SOTTA, E. D.; SAMPAIO, F. G.; MARZALL, K.; SILVA, W. G. da. Estratégias de adaptação às mudanças do clima dos sistemas agropecuários brasileiros. Brasília, DF: MAPA, 2021. p.36-37.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 2. | | REGITANO, L. C. de A.; OLIVEIRA, P. N. DE; ANDRADE, B. G. DE. Ruminant hologenome characterization of microorganism populations in ruminants digestive tract and their impact on the host s functional genome, performance, product quality and environmental impact. In: SOTTA, E. D.; SAMPAIO, F. G.; MARZALL, K.; SILVA, W . G. da. Adapting to climate change: strategies for brazilian agricultural and livestock system. Brasília, DF: MAPA, 2021. p.36-37.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 3. | | CONTEVILLE, L. C.; ANDRADE, B. G.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Carbohydrate active enzymes in metagenome-assembled genomes from ruminal and stool microbiomes of nelore cattle. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 426. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana de Almeida Regitano.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 4. | | PEREIRA, B. C. S.; OLIVEIRA, A. de C. LADEIRA, A. M. M.; VITAL, B. R.; ANDRADE, B. G. Propriedades energéticas da madeira e do carvão vegetal de Eucalyptus benthamii Maiden et Cambage. In: CONGRESSO BRASILEIRO SOBRE FLORESTAS ENERGÉTICAS, 1., 2009, Belo Horizonte. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2009. 1 CD-ROM. (Embrapa Florestas. Documentos, 178). Seção: Matéria Prima e Processos de Conversão Energética.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 6. | | AQUINO, L. M. DE; CONTEVILLE, L. C.; ANDRADE, B. G.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Characterization of antibiotic resistance genes and identification of mobile elements in the gastrointestinal microbiome of Nelore bulls. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 68., 2023, Ouro Preto. Paleogenomics: sequencing ancient DNA. [Ribeirão Preto]: Sociedade Brasileira de Genética, 2023. p. 488. e-Book.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | AQUINO, L. M. de; CONTEVILLE, L. C.; ANDRADE, B. G. N.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Identificação de genes de resistência e elementos móveis no microbioma ruminal e fecal de touros Nelore. JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 15., 2023, São Carlos, SP. Anais [...]. São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Instrumentação, 2023. p. 40. (Embrapa Pecuária Sudeste, Eventos técnicos & científicos, 01). Organizadores: Cintia Righetti Marcondes; Daniel Souza Corrêa. Evento virtual.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 8. | | SILVA, J. V. da; CONTEVILLE, L. C.; ANDRADE, B. G.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Microbial abundance and expression in the rumen microbiome of nelore cattle. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 420. e-book.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | SILVA, W. DOS S.; CARDOSO, T. F.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, J. V.; CONTEVILLE, L. C.; AFONSO, J.; BRUSCADIN, J.; OKINO, C. H.; KAPRITCHKOFF, R. T. I.; CHAGAS, A. C. de S.; REGITANO, L. C. de A. Componentes do microbioma fecal e ruminal associados à suscetibilidade à infecção por Haemonchus contortus em ovinos Morada Nova. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 14., 2022, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste, 2022. p. 77. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 73).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 10. | | OLIVEIRA, P. S. N. DE; ANDRADE, B. G.; CARDOSO, T. F.; PASCHOAL, J. J.; JOSAHKIAN, L. A.; ALMEIDA, L. F.; MARCONDES, C. R.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A. Differentially expressed miRNAs in the stool of Bos indicus divergent for feed efficiency. Italian Journal of Animal Science, v. 22, supplement 1, 2023. p. 193-194. Congress of the Animal Science and Production Association, 25., Monopoli (BARI – ITALY), June 13–16, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 11. | | NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, T. F.; IBELLI, A. M. G.; OKINO, C. H.; ANDRADE, B. G.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S.; ESTEVES, S. N.; MINHO, A. P.; REGITANO, L. C. de A.; GONDRO, C. Multi-omics data elucidate parasite-host-microbiota interactions and resistance to Haemonchus contortus. in sheep Parasites & Vectors, v. 17, n. 102, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 12. | | OLIVEIRA, P. S. N. DE; ANDRADE, B. G.; CONTEVILLE, L. C.; CARDOSO, T. F.; PASCHOAL, J. J.; JOSAHKIAN, L. A.; ALMEIDA, L. F.; MARCONDES, C. R.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A. Microbial diversity in the stool of Bos indicus divergent for feed efficiency. Italian Journal of Animal Science, v. 22, supplement 1, 2023. p. 194. Congress of the Animal Science and Production Association, 25., Monopoli (BARI – ITALY), June 13–16, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 13. | | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 14. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 15. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 16. | | LIMA, A. O.; MALHEIROS, J. M.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; DINIZ, W. J. da S.; DONATONI, F. A. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; RIBEIRO, J. A. S.; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; FUKUMASU, H.; BEIKI, H.; REECY, J. M.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Prune homolog 2 with BCH domain (PRUNE2) gene expression is associated with feed efficiency related traits in Nelore steers. Mammalian Genome, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 17. | | BUSS, C. E.; DINIZ, W. J. da S.; ANDRADE, B. G.; LIMA, A. O. de; GEISTLINGER, L.; AFONSO, J.; TULLIO, R. R.; TIZIOTO, P. C.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; WOLF, J. B.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Identification of pleiotropic loci for daily weight gain and intramuscular fat in cattle using bivariate genome-wide association analysis. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 161-162.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 18. | | BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 22. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 19. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; BANERJEE, P.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N. B; MALHEIROS, J. M.; ZERLOTINI NETO, A.; VIEIRA, D. da S.; FERNANDES, A. C.; CESAR, A. S. M.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Integration of different omics layers with SNP-SNP interaction networks associated with methane emission in nelore cattle. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 247. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. de S.; ANDRADE, B. G.; KOLTES, J. E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression networks reveal potential regulatory roles of miRNAs in fatty acid composition of nelore cattle. Frontiers in Genetics, v. 10, p. 1-14, July 2019. Article 651. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C.A. Regitano.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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