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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
10/02/2017 |
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Data da última atualização: |
29/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; ANDERSON LUIS ALVES, CNPASA; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; PATRICIA IANELLA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
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Título: |
Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2016. Pôster P0481. |
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Conteúdo: |
The South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource conservation activities. MenosThe South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genômica; Sequenciamento de genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome assembly; Genomics; Sequence analysis. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140246/1/PAG-p0481.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 68 | |
| 21. |  | HASHIMOTO, D. T.; TARDIVO, T. F.; VARELA, E. S.; GANECO, L. N.; ALVES, A. L.; PORTO-FORESTI, F. Monitoramento genético dos estoques de reprodutores de peixes cultivados em uma piscicultura do Tocantins. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 5., 2012, Palmas. Unir, consolidar e avançar: anais. Palmas: AQUABIO, 2012. 1 CD-ROM. Organizado por: Sílvio Ricardo Maurano; AQUACIÊNCIA 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 23. | | BORBA, R. S. de; ZAWADZKI, C. H.; OLIVEIRA, C.; PERDICES, A.; PARISE-MALTEMPI, P. P.; ALVES, A. L. Phylogeography of Hypostomus strigaticeps (Siluriformes: Loricariidae) inferred by mitochondrial DNA reveals its distribution in the upper Paraná River basin. Neotropical Ichthyology, Porto Alegre, v. 11, n. 1, p. 111-116, jan./mar. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 24. | | MORO, G. V.; REZENDE, F. P.; ALVES, A. L.; HASHIMOTO, D. T.; VARELA, E. S.; TORATI, L. S. Espécies de peixe para piscicultura. In: RODRIGUES, A. P. O.; LIMA, A. F.; ALVES, A. L.; ROSA, D. K.; TORATI, L. S.; SANTOS, V. R. V. dos (Ed.). Piscicultura de água doce: multiplicando conhecimentos. Brasília, DF: Embrapa, 2013. p. 29-70. il.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 25. | | SILVA, E. L. da; PISCOR, D.; PONZETO, J. M.; CENTOFANTE, L.; ALVES, A. L.; PARISE-MALTEMPI, P. P. Cytogenetic characterisation of the ornamental freshwater fish, Piabucus melanostomus (Iguanodectinae) from Brazilian wetlands and its relation with species of Characidae basal group. Reviews in Fish Biology and Fisheries, London, v. 22, n. 2, p. 477-484, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 26. | | GANECO, L. N.; LIMA, A. F.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; TORATI, L. S.; LUNDSTEDT, L. M. Desenvolvimento embrionário do híbrido "Pintado-da-amazônia" (fêmea Pseudoplatystoma punctifer x macho Leiarius marmoratus). In: CONFERÊNCIA LATINOAMERICANA SOBRE CULTIVO DE PEIXES NATIVOS, 3.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PRODUÇÃO DE PEIXES NATIVOS, 3., 2011, Lavras. Anais... Lavras: UFLA, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 27. | | BORBA, R. S. de; SILVA, E. L. da; PACHECO, A. C. S.; PARISE-MALTEMPI, P. P.; ALVES, A. L. Trends in the karyotypic evolution of the Neotropical catfish family Heptapteridae Bockmann 1998 (Teleostei: Siluriformes). Reviews in Fish Biology and Fisheries, London, v. 22, n. 2, p. 509-518, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 28. | | YAMADA, A. L. M.; ALVARENGA, M. L.; BRANDÃO, J. S.; WATANABE, M. J.; RODRIGUES, C. A.; HUSSNI, C. A.; ALVES, A. L. G. Arcabouço de PRP-gel associado a células tronco mesenquimais: uso em lesões condrais em modelo experimental equino. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 36, n. 6, p. 461-467, junho. 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 29. | | HINDERSMANN, R.; SOUSA, S. S.; MARCHESE, J. A.; ALVES, A. L.; KOPP, M. M.; OLIVEIRA, J. C. P.; FERREIRA, J. L. Avaliação de linhagens de ervilhaca na Região da Campanha Gaúcha no ano de 2013. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 4., 2014, Bagé. Resumos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2014. p. 32.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 30. | | GREGORI, B. de; BARBACHAN, G.; SOUSA, S. S.; MARCHESE, J. A.; HINDERSMANN, R.; ALVES, A. L.; KOPP, M. M.; OLIVEIRA, J. C. P.; FERREIRA, J. L.; DALL'AGNOL, M. Avaliação indireta para tolerância ao pastejo em genótipos de alfafa. In: SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 3., 2013, Bagé. Resumos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2013. p. 18.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 31. | | ABREU, A. de Q.; ANDRADE, C. M. S. de; FARINATTI, L. H. E.; NASCIMENTO, H. L. B. do; ALVES, A. L.; JANK, L. Características morfogênicas e estruturais de novos genótipos de Panicum maximum sob pastejo no bioma Amazônia. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012. 3 p. 1 CD-ROM. SBZ 2012. Trabalho 4PXH.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 32. | | BARROSO, A. da S.; OLIVEIRA, A. da S.; ALVES, M. S. S.; VARELA, E. S.; HASHIMOTO, D. T.; ALVES, A. L. Composição da ictiofauna em canal de irrigação no Rio Caiapó, tributário do Rio Araguaia (Tocantins). Revista Integralização Universitária, Palmas, TO, v. 7, n. 9, p. 181-186, mar./set. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 33. | | MARCHESE, J. A. de Q.; SOUSA, S. S.; HINDERMANN, R. I.; ALVES, A. L.; KOPP, M. M.; OLIVEIRA, J. C. P.; FERREIRA, J. L. Avaliação da produção de forragem de trigo duplo propósito no sul do Rio Grande do Sul. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 4., 2014, Bagé. Resumos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2014. p. 21.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 34. | | SOUSA, S. S.; HINDERSMANN, R. I.; MARCHESE, J. A. de Q.; ALVES, A. L.; KOPP, M. M.; OLIVEIRA, J. C. P. Avaliação da produtividade forrageira de diferentes linhagens de cornichão (Lotus corniculatus L) na região da Campanha do Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 23.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 16., 2014, Pelotas. Anais... Pelotas: UFPel, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 35. | | BARBACHAN, G.; GREGORI, B. de; SOUSA, S. S.; MARCHESE, J. A.; HINDERSMANN, R.; ALVES, A. L.; KOPP, M. M.; OLIVEIRA, J. C. P.; FERREIRA, J. L.; DALL'AGNOL, M. Avaliação da produtividade de linhagens de alfafa em Bagé-RS. In: SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 3., 2013, Bagé. Resumos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2013. p. 19.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 36. | | LIMA, M. de L.; MADARI, B. E.; MEDEIROS, J. C.; ALVES, A. L. R.; SILVA, W. de S.; XAVIER, L. O. Condutividade hidráulica do solo num sistema de integração lavoura-pecuária. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 7., 2013, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2013. p. 85. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 292). Pôster - pós-graduação.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 38. | | CONCEIÇÃO, M. L.; ALVARENGA, M. L.; SOUZA, J. B.; MATTOS, L. H. L.; RODRIGURES, C. A.; WATANABE, J. J.; HUSSNI, C. A.; ALVES, A. L. G. Plasma rico em plaquetas: estudo comparativo entre a dupla centrifugação e o filtro E-PET (Equine Platelet Enhancement Therapy). Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 37, n. 3, p. 215-220, março 2017. Título em inglês: Comparative study of double spin and use of E-PET filter (Equine Platelet Enhancement Therapy) to obtain platelet rich plasma in horses.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 39. | | CASTRO, A. de; ALVES, A. L.; SANTOS, E. H. dos; AMARAL, F. R.; BACCARIN, F. A.; RIVA, J. D.; GONZALES, L. E.; MATTEI, R. Sibraar: Sistema Brasileiro de Agrorrastreabilidade: módulos operacionais e funcionalidades. Campinas: Embrapa Agricultura Digital, 2023. 23 p. 4 p. il. color. (Embrapa Agricultura Digital. Comunicado técnico, 138).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 40. | | PEREIRA, B. F.; ALVES, A. L.; SENHORINI, J. A.; ROCHA, R. de C. G. de A.; PITOL, D. L.; CAETANO, F. H. Effects of biodegradable detergents in the accumulation of lipofuscin (age pigment) in gill and liver of two neotropical fish species. International Journal of Morphology, Temuco, v. 32, n. 3, p. 781-789, set. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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