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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
26/02/2016 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; ANDERSON LUIS ALVES, CNPASA; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; PATRICIA IANELLA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
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Título: |
Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2016. Pôster P0481. |
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Conteúdo: |
The South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource conservation activities. MenosThe South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genômica; Sequenciamento de genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome assembly; Genomics; Sequence analysis. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140246/1/PAG-p0481.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Solos. |
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Data corrente: |
02/02/2018 |
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Data da última atualização: |
07/02/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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Autoria: |
FONTANA, A.; VIANA, J. H. M.; DONAGEMMA, G. K.; ALMEIDA, B. G. de; CORREA, J. C. de O.; OLIVEIRA, E. M. de. |
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Afiliação: |
ADEMIR FONTANA, CNPS; JOAO HERBERT MOREIRA VIANA, CNPMS; GUILHERME KANGUSSU DONAGEMMA, CNPS; BRIVALDO GOMES DE ALMEIDA, UFRPE; JUACY CAMPBELL DE OLIVEIRA CORREA, CNPS; EDUARDO MENDES DE OLIVEIRA, CNPS. |
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Título: |
Preparo de amostras e separação de terra fina, cascalho e calhaus. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
In: TEIXEIRA, P. C.; DONAGEMMA, G. K.; FONTANA, A.; TEIXEIRA, W. G. (Ed.). Manual de métodos de análise de solo. 3. ed. rev. e ampl. Brasília, DF: Embrapa, 2017. pt. 1, cap. 1, p. 21-28. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O preparo das amostras é a operação a ser realizada juntamente com o registro antes da entrada para as análises laboratoriais. Esse preparo visa adequar a amostra aos procedimentos analíticos no laboratório e promover sua homogeneização. Deve ser efetuada em ambiente apropriado, preferencialmente fora da área analítica, com arejamento e iluminação suficientes. As frações granulométricas são divididas por seu diâmetro equivalente em matações (>20 cm), calhaus (20 cm a 20 mm), cascalhos (<20 mm a 2,0 mm) e a terra fina (<2,0 mm). Sua quantificação permite classificar o solo quanto à proporção de frações grossas e possibilita inferências sobre algumas das características de interesse agronômico e ambiental, como retenção de água, mecanização e erodibilidade. |
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Thesagro: |
Análise de laboratório; Análise do solo; Análise física. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/172262/1/Pt-1-Cap-1-Preparo-de-amostras.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Solos (CNPS) |
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