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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
08/11/2019 |
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Data da última atualização: |
08/11/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ALMEIDA FILHO, J. E. de A.; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R. de. |
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Afiliação: |
Janeo Eustáquio de Almeida Filho, Universidade Esatdual do Norte Fluminense e "Darcy Ribeiro"; João Filipi Rodrigues Guimarães, Futuragene Ltda; Fabyano Fonsceca e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Patricio Muñoz, University of Florida; Matias Kirst, University of Florida; Marcio Fernando Ribeiro de Resende Júnior, University of Florida. |
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Título: |
Genomic prediction of additive and non-additive effects using genetic markers and pedigrees. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 9, p. 2739-2748, Aug. 2019. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The genetic merit of individuals can be estimated using models with dense markers and pedigree information. Early genomic models accounted only for additive effects. However, the prediction of non-additive effects is important for different forest breeding systems where the whole genotypic value can be captured through clonal propagation. In this study, we evaluated the integration of marker data with pedigree information, in models that included or ignored non-additive effects. We tested the models Reproducing Kernel Hilbert Spaces (RKHS) and BayesA, with additive and additive-dominance frameworks. Model performance was assessed for the traits tree height, diameter at breast height and rust resistance, measured in 923 pine individuals from a structured population of 71 full-sib families. We have also simulated a population with similar genetic properties and evaluated the performance of models for six simulated traits with distinct genetic architectures. Different cross validation strategies were evaluated, and highest accuracies were achieved using within family cross validation. The inclusion of pedigree information in genomic prediction models did not yield higher accuracies. The different RKHS models resulted in similar predictions accuracies, and RKHS and BayesA generated substantially better predictions than pedigree-only models. The additive-BayesA resulted in higher accuracies than RKHS for rust incidence and in simulated additive-oligogenic traits. For DBH, HT and additive dominance polygenic traits, the RKHS- based models showed slightly higher accuracies than BayesA. Our results indicate that BayesA performs the best for traits with few genes with major effects, while RKHS based models can best predict genotypic effects for clonal selection of complex traits MenosThe genetic merit of individuals can be estimated using models with dense markers and pedigree information. Early genomic models accounted only for additive effects. However, the prediction of non-additive effects is important for different forest breeding systems where the whole genotypic value can be captured through clonal propagation. In this study, we evaluated the integration of marker data with pedigree information, in models that included or ignored non-additive effects. We tested the models Reproducing Kernel Hilbert Spaces (RKHS) and BayesA, with additive and additive-dominance frameworks. Model performance was assessed for the traits tree height, diameter at breast height and rust resistance, measured in 923 pine individuals from a structured population of 71 full-sib families. We have also simulated a population with similar genetic properties and evaluated the performance of models for six simulated traits with distinct genetic architectures. Different cross validation strategies were evaluated, and highest accuracies were achieved using within family cross validation. The inclusion of pedigree information in genomic prediction models did not yield higher accuracies. The different RKHS models resulted in similar predictions accuracies, and RKHS and BayesA generated substantially better predictions than pedigree-only models. The additive-BayesA resulted in higher accuracies than RKHS for rust incidence and in simulated additive-oligogenic traits. For DBH, HT and ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
BayesA; Genomic Prediction; Genotypic Value; GenPred; Oligogenic; Polygenic; Predição genòmica; RKHS; Shared Data Resources. |
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Thesagro: |
Genótipo. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 36 | |
| 3. |  | SOARES, D. C. P.; ALMEIDA FILHO, J. E.; TARDIN, F. D.; SOUZA, S. A. Resistência de genótipos de sorgo à Helmintosporiose em Vilhena-RO. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 28.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA DO CARTUCHO, 4., 2010, Goiânia. Potencialidades, desafios e sustentabilidade: resumos expandidos... Sete Lagoas: ABMS, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 4. | | SOARES, D. C. P.; ALMEIDA FILHO, J. E.; TARDIN, F. D.; SOUZA, S. A. Resistência de híbridos de sorgo à antracnose em Itumbiara-GO e Vilhena-RO. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 28.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA DO CARTUCHO, 4., 2010, Goiânia. Potencialidades, desafios e sustentabilidade: resumos expandidos... Sete Lagoas: ABMS, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 6. | | RIOS, E.; RESENDE, M.; KIRST, M.; RESENDE, M. D. V. de; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MUNOZ, P. Predictive ability of Genomic Estimated Family Values (GEFV). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Pôster P1186.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 7. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; TARDIN, F. D.; SOUZA, S. A. de; GODINHO, V. de P. C.; CARDOSO, M. J. Desempenho agronômico e estabilidade fenotípica de híbridos de sorgo granífero. Revista Brasileira de Milho e Sorgo, Sete Lagoas, v. 9, n. 1, p. 54-64, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Rondônia. |
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| 9. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; SOARES, D. C. de P.; SILVA, E. A.; CANDIDO, L. S.; TARDIN, F. D.; SOUZA, S. A. de. Avaliação agronômica de 25 híbridos simples de sorgo granífero (Sorghum bicolor) em distintas condições edafoclimáticas. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 28.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA DO CARTUCHO, 4., 2010, Goiânia. Potencialidades, desafios e sustentabilidade: resumos expandidos... Sete Lagoas: ABMS, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JUNIOR, M. F. R. The contribution of dominance to phenotype prediction in a pine breeding and simulated population. Heredity, v. 117, p. 33-41, July 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 11. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; TARDIN, F. D.; LOPES, V. da S.; BARBÉ, T. C.; GODINHO, V. de P. C.; CARDOSO, M. J.; DAHER, R. F. Correlação entre parâmetros de estabilidade e adaptabilidade em híbridos de sorgo granífero. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil. [Búzios]: SBMP, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Rondônia. |
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| 12. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; TARDIN, F. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; GRANATO, I. S. C.; MENEZES, C. B. de. Genetic evaluation of grain sorghum hybrids in Brazilian environments using the REML/BLUP procedure. Scientia Agricola, Piracicaba, v. 71, n. 2, p. 146-150, Mar./Apr. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de A.; RODRIGUES, J. F. G.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JÚNIOR, M.; MUÑOZ, P.; KIRST, M. Genomic prediction of assitive and non-additive effects using genetic markers and pedigrees in pines breeding. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: SBMP: UFG, 2015. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 14. | | GUIMARÃES, J. F. R.; ALMEIDA FILHO, J. E.; RESENDE JÚNIOR, M. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; MUÑOZ, P.; KIRST, M. Predictive ability behavior across sites after discard of SNPS with unstable effects. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: SBMP: UFG, 2015. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 15. | | ALMEIDA FILHO, J. E.; TARDIN, F. D.; DAHER, R. F.; BARBÉ, T. C.; PAULA, C. M.; CARDOSO, M. J.; GODINHO, V. P. C. Stability and adaptability of grain sorghum hybrids in the off-season. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, v.13, n. 3, p. 7626-7635, mar. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Rondônia. |
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| 16. | | TEODORO, P. E.; ALMEIDA FILHO, J. E.; DAHER, R. F.; MENEZES, C. B. de; CARDOSO, M. J.; GODINHO, V. de P. C.; TORRES, F. E.; TARDIN, F. D. Identification of sorghum hybrids with high phenotypic stability using GGE biplot methodology. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 15, n. 2, p. 1-8, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Rondônia. |
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| 17. | | TARDIN, F. D.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; OLIVEIRA, C. M. de; LEITE, C. E. do P.; MENEZES, C. B. de; MAGALHAES, P. C.; RODRIGUES, J. A. S.; SCHAFFERT, R. E. Avaliação agronômica de híbridos de sorgo granífero cultivados sob irrigação e estresse hídrico. Revista Brasileira de Milho e Sorgo, Sete Lagoas, v. 12, n. 2, p. 102-117, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 18. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; TARDIN, F. D.; DAHER, R. F.; SILVA, K. J. da; JOÃO BATISTA XAVIER NETO; BASTOS, E. A.; LOPES, V. da S.; BARBE, T. da C.; MENEZES, C. B. de. Avaliação agronômica de híbridos de sorgo granífero em diferentes regiões produtoras do Brasil. Revista Brasileira de Milho e Sorgo, Sete Lagoas, v. 13, n. 1, p. 82-95, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 19. | | DAHER, R. F.; CUNHA, R. C. V. da; ARAÚJO, V. da S.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; GRAVINA, G. de A.; LEDO, F. J. da S.; GOTTARDO, R. D. Análise de estabilidade da produção forrageira de genótipos de capim-elefante avaliados em Campos dos Goytacazes - RJ. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 606-610| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 20. | | SILVA, V. Q. R. da; DAHER, R. F.; SOUZA, M. C. de; LEDO, F. J. da S.; GRAVINA, G. de A.; GOTTARDO, R. D.; BARBÉ, T. da C.; ALMEIDA FILHO, J. E. de. Análise dialélica parcial em capim-elefante sob dois cortes de avaliação em Campos dos Goytacazes, RJ. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil. [Búzios]: SBMP, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Gado de Leite. |
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