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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
15/01/2013 |
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Data da última atualização: |
15/01/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ALMEIDA, I. F. de; CRUZ, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; ALMEIDA, R. V. de. |
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Afiliação: |
Ísis Fernanda de Almeida, Universidade Estadual de Goiás; Cosme Damião Cruz, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Ramon Vinícius de Almeida, Universidade Estadual de Goiás. |
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Título: |
Método de estimação e validação na seleção genômica. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Agrotecnologia, Anápolis, v. 3, n. 2, 2012. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A seleção genômica ampla (GWS) consiste na utilização simultânea de centenas ou milhares de marcadores, os quais cobrem o genoma de maneira densa, de forma que todos os genes de um caráter quantitativo estejam em desequilíbrio de ligação com pelo menos uma parte dos marcadores. Este trabalho teve por objetivo avaliar a acurácia ao se aplicar diferentes métodos estatísticos de seleção genômica (RR-BLUP e BLASSO) e diferentes formas de validação. Foram simulados genomas com dez grupos de ligação contendo 100 marcas bi-alélicas e co-dominantes por grupo, totalizando 1010 marcadores apresentando intervalos entre marcas adjacentes equidistantes. Esses genomas foram utilizados para a geração da população simulada de famílias de meios-irmãos com 1.000 indivíduos. As diferentes características quantitativas, uniformes e binomiais, de herdabilidade 0,40, foram avaliadas. Para um tipo de validação criou-se uma população de validação independente com 1000 indivíduos e para outro tipo, aplicou-se a validação cruzada de Jacknife, usando a mesma população para estimação e validação. Os programas estatísticos utilizados foram GENES, SELEGEN GENÔMICA e R. As acurácias apresentaram valores entre 0,55 e 0,92. De forma geral, a validação feita através da população independente apresentou valores mais elevados de acurácia. Para famílias de meios-irmãos e com distribuição binomial dos efeitos genéticos, o método BLASSO foi ligeiramente superior ao RR-BLUP. Para a distribuição uniforme, os dois métodos de análise apresentaram valores superiores de acurácia a depender da forma de validação. MenosA seleção genômica ampla (GWS) consiste na utilização simultânea de centenas ou milhares de marcadores, os quais cobrem o genoma de maneira densa, de forma que todos os genes de um caráter quantitativo estejam em desequilíbrio de ligação com pelo menos uma parte dos marcadores. Este trabalho teve por objetivo avaliar a acurácia ao se aplicar diferentes métodos estatísticos de seleção genômica (RR-BLUP e BLASSO) e diferentes formas de validação. Foram simulados genomas com dez grupos de ligação contendo 100 marcas bi-alélicas e co-dominantes por grupo, totalizando 1010 marcadores apresentando intervalos entre marcas adjacentes equidistantes. Esses genomas foram utilizados para a geração da população simulada de famílias de meios-irmãos com 1.000 indivíduos. As diferentes características quantitativas, uniformes e binomiais, de herdabilidade 0,40, foram avaliadas. Para um tipo de validação criou-se uma população de validação independente com 1000 indivíduos e para outro tipo, aplicou-se a validação cruzada de Jacknife, usando a mesma população para estimação e validação. Os programas estatísticos utilizados foram GENES, SELEGEN GENÔMICA e R. As acurácias apresentaram valores entre 0,55 e 0,92. De forma geral, a validação feita através da população independente apresentou valores mais elevados de acurácia. Para famílias de meios-irmãos e com distribuição binomial dos efeitos genéticos, o método BLASSO foi ligeiramente superior ao RR-BLUP. Para a distribuição uniforme, os dois m... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise genômica. |
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Thesagro: |
Genética; Marcador Molecular. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/74155/1/2012-M.Deon-RAgrotec-Metodos.pdf
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Marc: |
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520 $aA seleção genômica ampla (GWS) consiste na utilização simultânea de centenas ou milhares de marcadores, os quais cobrem o genoma de maneira densa, de forma que todos os genes de um caráter quantitativo estejam em desequilíbrio de ligação com pelo menos uma parte dos marcadores. Este trabalho teve por objetivo avaliar a acurácia ao se aplicar diferentes métodos estatísticos de seleção genômica (RR-BLUP e BLASSO) e diferentes formas de validação. Foram simulados genomas com dez grupos de ligação contendo 100 marcas bi-alélicas e co-dominantes por grupo, totalizando 1010 marcadores apresentando intervalos entre marcas adjacentes equidistantes. Esses genomas foram utilizados para a geração da população simulada de famílias de meios-irmãos com 1.000 indivíduos. As diferentes características quantitativas, uniformes e binomiais, de herdabilidade 0,40, foram avaliadas. Para um tipo de validação criou-se uma população de validação independente com 1000 indivíduos e para outro tipo, aplicou-se a validação cruzada de Jacknife, usando a mesma população para estimação e validação. Os programas estatísticos utilizados foram GENES, SELEGEN GENÔMICA e R. As acurácias apresentaram valores entre 0,55 e 0,92. De forma geral, a validação feita através da população independente apresentou valores mais elevados de acurácia. Para famílias de meios-irmãos e com distribuição binomial dos efeitos genéticos, o método BLASSO foi ligeiramente superior ao RR-BLUP. Para a distribuição uniforme, os dois métodos de análise apresentaram valores superiores de acurácia a depender da forma de validação.
650 $aGenética
650 $aMarcador Molecular
653 $aAnálise genômica
700 1 $aCRUZ, C. D.
700 1 $aRESENDE, M. D. V. de
700 1 $aALMEIDA, R. V. de
773 $tRevista Agrotecnologia, Anápolis$gv. 3, n. 2, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 18 | |
| 8. |  | RAMOS, N. P.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BATISTA, E. R.; ANDRADE JÚNIOR, A. S. de; FREITAS NETO, M. de A. Diagnóstico agroambiental rápido dos setores de produção e processamento da cana-de-açucar nos estados do Maranhão e Piauí. In: CONGRESSO NACIONAL DA SOCIEDADE DOS TÉCNICOS AÇUCAREIROS E ALCOOLEIROS DO BRASIL, STAB, 9., 2008, Maceió. Anais... Maceió: STAB, 2008. p. 788-793| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 10. | | RAMOS, N. P.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BATISTA, E. R.; ANDRADE JUNIOR, A. S. de; FREITAS NETO, M. de A. Diagnóstico agroambiental rápido dos setores de produção e processamento da cana-de-açúcar nos estados do Maranhão e Piauí. In: STAB: Açúcar, álcool e subprodutos, v.27, n.2, p.34, 2008. Reumos do 9. Congresso Nacional da STAB, 2008, Maceió.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 11. | | FREITAS NETO, M. de A. F.; FELIX, J. P. L.; ARTHAUD, I. D. B.; LEITÃO, R. C.; SANTAELLA, S. T. Remoção de compostos nitrogenados de águas residuárias de refinarias de petróleo através de reatores biológicos com fungos. Revista Tecnologia, Fortaleza, v.28, n.1, p.85-96, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - C |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 12. | | VEDOVOTO, G. L.; ALMEIDA, M. J. de O.; FREITAS NETO, M. de A.; GAZZOLA, R.; AVILA, A. F. D.; GERHARDT, I. V. Linha de base para avaliação de impactos de variedades biofortificadas: produção e autoconsumo de alimentos no Piauí. In: REUNIÃO DE BIOFORTIFICAÇÃO NO BRASIL, 5., 2015, São Paulo. [Anais...]. Brasília, DF: Embrapa, 2015. Organização Embrapa Agroindústria de Alimentos. Editora técnica: Marília Regini Nutti| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 13. | | FREITAS NETO, M.; PEREIRA, T. N. S.; GERONIMO, I. G. C.; AZEVEDO, A. O. N.; RAMOS, S. R. R.; PEREIRA, M. G. Coconut genome size determined by flow cytometry: tall versus dwarf types. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 1, february, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 14. | | FREITAS NETO, M. A.; LEITÃO, R. C.; ROSA, M. de F.; ARAÚJO, A. M.; FARIAS FILHO, A. L.; BRITO, C. R. F.; VIANA, M. B.; SANTAELLA, S. T. Perspectiva do aproveitamento energético do biogás gerado durante o tratamento anaeróbio do líquido da casca do coco verde. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE AGROENERGIA E BIOCOMBUSTÍVEIS, 2007, Teresina-PI. [Resumos...] Teresina: Embrapa Meio Norte, 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 15. | | FREITAS NETO, M.; PEREIRA, T. N. S.; GERONIMO, I. G. da C.; NUNES, A. O.; RAMOS, S. R. R.; PEREIRA, M. G. Tamanho do genoma em coqueiro (Cocos nucifera L.) via citometria de Fluxo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 16. | | SILVA FILHO, J. V. da; SILVA, D. R. M. da; ARRUDA, F.; FREITAS NETO, M. de A.; CUNHA, J. R. da; SANTOS, F. S. R. dos; SILVA, K. M. L.; LEITE, L. F. C. Índice de manejo de carbono em latossolo vermelho amarelo sob plantio direto e convencional no cerrado piauiense. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas: anais. [Uberlândia]: SBCS: UFU, ICIAG, 2011. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 17. | | SILVA, K. M. L.; FREITAS NETO, M. de A.; SOUSA, N. S. de; MIRANDA, D. de S.; SANTOS, F. S. R. dos; GUIMARÃES, F. P. de A.; LEITE, L. F. C. Geoespacialização dos teores de fósforo e potássio em latossolo amarelo sob diferentes sistemas de preparo no cerrado piauiense. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas: anais. [Uberlândia]: SBCS: UFU, ICIAG, 2011. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 18. | | LEITAO, R. C.; ARAÚJO, A. M. de; SOUSA, O. L. de; FREITAS-NETO, M. de A.; VIANA, M. B.; BRITO, C. R. F. DE; SOUSA, A. B. de; ROSA, M. de F.; PINTO, G. A. S.; SANTAELLA, S. T. Tratamento biológico do líquido da casca do coco verde. Fortaleza: Embrapa Agroindústria Tropical, 2010. 123 p. (Embrapa Agroindústria Tropical. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 39).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Meio-Norte. |
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